Abdulmecit Baskın, Altındağ Nüfus Müdürü olarak görev yapıyordu. 30 Eylül 1993 günü eve gitmedi. Bir gün sonra sabah saat 05.00’te arabası evinin önüne getirildi. Eşi kapıya indiğinde arabanın kapılarının açık olduğunu ve bir adamın kaçtığını gördü. Hava henüz aydınlanmadığı için kaçan kişinin kim olduğunu göremedi. Arabayı boş gören eşi bir şeyler olduğunu anladı ve 2 Ekim 1993'te Kavacık Polis Karakoluna eşinin kaybolduğuna ilişkin ifade verdi. 3 Ekim 1993'te saat 12.00 sıralarında Gölbaşı’ndan bir çiftçi, Ankara Haymana Yolu Yavrucak mevkisi yakınlarında, yolun 20-25 metre ötesindeki tarlada bulunan bir binanın arka tarafında Abdulmecit Baskın’ın cansız bedenini görüp yetkililere haber verdi. Ailesi bulunan cenazenin Abdulmecit Baskın’a ait olduğunu hastanede teşhis etti. Abdulmecit Baskın sol göz kapağından, göğsünün tam ortasından ve karnından üç kurşunla öldürülmüştü. Cenaze aile tarafından alınarak Yüksekova’da defnedildi.

Ayhan Çarkın yıllar sonra 2011’de Yüksekova çetesini soruşturan emekli astsubay Hüseyin Oğuz'a, Abdulmecit Baskın'ın PKK üyelerine nüfus cüzdanı çıkardığına dair söylentiler nedeniyle öldürüldüğünü itiraf etti. Daha sonra işlenen cinayetlere ilişkin ifade veren ve soruşturma kapsamında tutuklu bulunan eski Özel Harekâtçı Ayhan Çarkın, Abdulmecit Baskın olayına dair şunları anlattı: “O zaman Özel Harekât Daire Başkanı olarak İbrahim Şahin görev yapıyordu. Abdulmecit Baskın Altındağ Nüfus Müdürüydü. Bize söylenen bu kişinin emniyete intikalini sağlamaktı, bilgisine başvurulacağı söylendi. Biz istihbaratımızı yaptık. Oğuz Yorulmaz, Ercan Ersoy ve ben, 1 haftalık çalışma sonucunda kendisini gidip Altındağ Nüfus Müdürlüğünden emniyete davet ettik. Ayhan Akça, Ziya Bandırmalıoğlu, Seyfettin Lap ve Ahmet Sakarya’nın olduğu araçta Abdulmecit Baskın emniyete götürüldü. Biz de bir müddet sonra daire başkanlığına gittik. Orada yoklardı. Bunun üzerine İbrahim Şahin, bize ‘burada ne işiniz var, gidin onlarla buluşun’ dedi. Onlarda piecers denilen alet vardı. Bu mesaj aletiydi. Onunla Gölbaşı’nda olduklarını anladık. Yanlarına gittiğimizde Abdulmecit Baskın’ın ölmüş olduğunu gördük. Kimin öldürdüğünü bilmiyorum. Orada Ayhan Akça ile kavga ettik. Bu ne biçim görev, bu ne biçim iştir diye söyledim. ‘Bu işi daire başkanı biliyor, sen karışma’ dedi. Biz birbirimize yumrukla girdik. Daha sonra oradan uzaklaştık. Ceset orada kaldı. Olay yerinde Ayhan Akça, Ziya Bandırmalıoğlu, Seyfettin Lap, Ayhan Özkan, Ahmet Sakarya vardı. O günden sonra onlarla emniyetteki ilişkilerimiz bozuldu.”

Çarkın’ın bu itiraflarının ardından Abdulmecit Baskın’ın eşi Raife ve ağabeyi Necip Baskın suç duyurusunda bulundu. Suç duyurusunda, Mehmet Ağar, İbrahim Şahin, Korkut Eken ve eski özel harekatçıların yanı sıra dönemin Başbakanı Tansu Çiller ile dönemin İçişleri Bakanı Nahit Menteşe ve Tuğgeneral Veli Küçük hakkında da dava açılması istendi. Dilekçede, Abdulmecit Baskın’ın öldürüldüğü günden bugüne kadar faillerinin bulunmadığı belirtilerek, “Dönemin koşulları, o günden bu güne kadar yaşanan süreçler ve kamuoyunda Susurluk ve Ergenekon olarak bilinen oluşumların kısmi de olsa ifşa edilmesiyle bu cinayetin o dönem işlenen bir çok faili meçhul cinayet gibi belli bir program dahilinde devlet imkanlarını kullanan ve kendilerini hukuktan üstün gören çevrelerce belli bir emir komuta zinciri içerisinde işlendiği açıkça ortaya konmuştur” denildi.

Ayhan Çarkın, 26 Mart 2011'de İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığına verdiği ifadede, 1993 sonunda Ankara Özel Harekat Daire Başkanlığı emrine atandığını söyledi. Dönemin Emniyet Genel Müdürü Mehmet Ağar'ın talimatıyla Özel Harekat Daire Başkanı İbrahim Şahin'in başkanlığında 60 kişilik özel ekip oluşturulduğunu anlatan Çarkın, sanık Ahmet Demirel'in de Şahin'in ardından gelen amirleri olduğunu ifade etti. Ancak Demirel'in, ayrı bir grubun amiri olduğunu kaydeden Çarkın, kendisiyle birlikte Ayhan Akça, Ziya Bandırmalıoğlu, Oğuz Yorulmaz, Ahmet Sakarya, Ercan Ersoy, Enver Ulu, Seyfettin Lap, "Cengiz" isimli emniyet amiri, "Enver" ve "Ümit" adlı polis memurları, "Yusuf" adlı komiser ve Semih Sueri isimli sivil kişinin bulunduğu grubun doğrudan Şahin'e bağlı olduğunu anlattı. Sueri'nin, Şahin'in fabrikatör bir arkadaşının oğlu olduğunu söyleyen Çarkın, bu kişiye polis kimliği verildiğini anlattı. Osman Gürbüz ve Duran Fırat isimli astsubay olduğunu bildiği kişilerin de Şahin ile sürekli bağlantılı olduğunu, Korkut Eken'in ise Emniyet Genel Müdürlüğünde görev yaptığını anlatan Çarkın, özel harekat polislerinin seçimi ve eğitiminde görev alan Eken'in oldukça etkili olduğunu savundu. Bu özel grubun Güneydoğu'daki terörle mücadelede rol almak ve yeni personeli eğitmek amacıyla kurulduğunu ifade eden Çarkın, grubun, sonradan ana amacının dışına çıktığını ve "Ankara'da bazı infazlar gerçekleştirdiğini" söyledi. Susurluk davası hükümlüsü, eski özel harekatçı Ayhan Çarkın’ın 1993-1994 yıllarında faili meçhul kalmış cinayetlerle ilgili 2011’de yaptığı itiraflar üzerine başlatılan soruşturmada Ankara’da ilk iddianame hazırlandı. Cumhuriyet Savcısı Mustafa Bilgili, 30 Eylül 1993’te öldürülen Ankara Altındağ Nüfus Müdürü Abdulmecit Baskın’la ilgili soruşturma dosyasını zamanaşımı riski nedeniyle, 16 faili meçhul cinayetle ilgili yürüttüğü ana soruşturmadan ayırarak, iddianame hazırladı. İddianamede, dönemin Emniyet Genel Genel Müdürü Mehmet Kemal Ağar, eski Özel Harekat Dairesi Başkan Vekili İbrahim Şahin, emekli Yarbay Korkut Eken ile eski özel harekat polisleri Ayhan Çarkın, Ayhan Akça, Ziya Bandırmalıoğlu, Seyfettin Lap, Ercan Ersoy, Ahmet Demirel, Ayhan Özkan, Uğur Şahin ve Alper Tekdemir hakkında, “cürüm işlemek amacıyla kurulan silahlı suç örgütünün faaliyeti çerçevesinde adam öldürmek” suçundan ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası istendi.

Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi (AİHM) kararları uyarınca, kamu görevlilerinin işlediği suçlarda zamanaşımı uygulanmasa bile Cumhuriyet Savcısı Mustafa Bilgili’nin, soruşturmanın iç hukuka göre zamanaşımına uğramaması için davayı açtığı bildirildi. Davanın açılması, Baskın cinayetiyle ilgili zamanaşımını durdururken, “adam öldürmek” suçuna öngörülen 20 yıllık zamanaşımı süresini de 10 yıl daha uzatarak 30 yıla çıkardı. Bilgili, hazırladığı iddianameyi, Ankara 13. Ağır Ceza Mahkemesine gönderdi. Mahkeme zaman aşımına bir gün kala iddianameyi kabul etti.

Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı, Abdulmecit Baskın’ın 1993’te öldürülmesinin soruşturması ile başlayan ve birçok faili meçhul cinayetin dahil edildiği davada, Mehmet Ağar, İbrahim Şahin, Korkut Eken, eski Özel Harekat Polisleri Ayhan Çarkın, Ziya Bandırmalıoğlu, Ayhan Akça, Ercan Ersoy, Seyfettin Lap, Ahmet Demirel, Ayhan Özkan, Uğur Şahin ve Alper Tekdemir, “Cürüm işlemek için oluşturulan silahlı teşekkülün faaliyeti kapsamında insan öldürmek” suçundan yargılanıyor.

2011’de tekrar yapılan suç duyurusu ile başlayan davada, savcı 16 Mayıs 2014’te verdiği mütalaada sanıkların tamamının duruşmalardan vareste tutulmasını talep etti ve Çarkın’ın tahliyesini istedi. Gerekçe olarak dosyadaki delillerin soyut olduğunu ve sadece Çarkın’ın ifadelerine dayandığını iddia etti. Mahkeme mütalaaya uydu ve dosyada tutuklu sanık kalmadı. Ayrıca tüm sanıklar hakkında duruşmalardan vareste tutulma kararı verildi. Ayhan Çarkın’ın akli dengesinin yerinde olduğuna ilişkin rapor dosyaya girdi. İtiraz üzerine mahkeme heyeti Ağar hakkındaki vareste kararını kaldırdı.