1994 yılında, Mehmet Emin Şen’in ifadesine göre, Ahmet Şen ve ailesi evlerindeki eşyaları havan topu saldırılarında zarar görmemesi için bir mağaraya taşımıştır. Bir gün mağaradaki eşyalarının ateşe verildiğini öğrenmişler ve bu olaydan 7-8 gün sonra Eruh’a bağlı Nivila köyünden Ahmet isminde bir korucu başı ile iki asker, Ahmet Şen’i camiden alıp köyün karakoluna götürmüştür. Daha sonradan Mehmet Emin Şen, babası Ahmet Bulmuş’un korucu Ahmet, Mehmet Keskin ve Güri Kalkan isimli şahıslar ile birlikte gözaltına alındığını öğrenmiştir.

Mehmet Keskin ve Güri Kalkan birkaç gün sonra serbest bırakılmıştır. Ailenin Mehmet Keskin'den aldığı bilgilere göre, Ahmet Şen yanındakilerle birlikte önce Bulmuşlar Köyü Karakoluna götürülmüş, diğerleri salıverildikten sonra da Diyarbakır'dan istendiği söylenerek birlikte tutuldukları karakoldan alınmıştır. Bu tarihten itibaren bir daha Ahmet Şen'den haber alınamamıştır.

2009 yılında cezaevinde tutuklu bulunan iki gizli tanığın, terörle mücadele adı altında faaliyet yürüten bir suç örgütünün varlığından bahsedip işlenen suçlar hakkında ayrıntılı bilgiler vermesi üzerine CMK 250. maddesi ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı 2009/906 hazırlık numaralı bir soruşturma başlatmıştır. Savcılığın, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının 2009/430 soruşturma numaralı dosyası ile birlikte yürüttüğü bu soruşturmanın ciddiyetle üzerine düşülmesi sonucu, tanık anlatımlarının birçok eski dosya bilgileri ile örtüştüğü görülerek, önemli kanıtlara ulaşılmış ve şüphelilerin bir kısmı tutuklanmıştır. Yaşanan gelişmelerin duyulmasıyla bölge kamuoyunda sorumluların tespit edilip yargılanabileceği umudu doğmuştur. Bu nedenle 2009 yılında Cizre, Silopi ve İdil ilçelerinde pek çok aile Şırnak Barosu aracılığıyla ve gönüllü avukatların desteğiyle kendi kayıplarının da akıbetlerini öğrenebilmek ve sorumluların bulunması amacıyla uzun süredir hiçbir ilerleme olmamış kayıp dosyaları ile ilgili olarak savcılıklara yeniden başvuru yapmıştır.

2009 yılında, Mehmet Emin Şen bu gelişmeler üzerine Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına babası Ahmet Şen’in kaybedilmesine ilişkin bir şikâyet dilekçesi vermiştir.

27.03.2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, 2009/430 numarası ile yürüttüğü soruşturmada Mehmet Emin Şen’in müşteki sıfatıyla ifadesini almıştır.

30.03.2009 tarihinde CMK m. 250 ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 2009/906 numaralı soruşturma kapsamında Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına yazılan yazıda Cizre’de 1990-2000 yılları arasında jandarma ve polis bölgelerinde meydana gelen faili meçhul cinayetler ve zorla kaybetmelerle ilgili ayrıntılı bir tablo hazırlanması, 1993-1994 yıllarına ait nezarethane kayıt defterlerinin ve aynı yıllara ait İlçe Jandarma Komutanlığı tarafından İl Jandarma Komutanlığına gönderilen vukuat raporlarının temin edilmesi, tanık Mehmet Nuri Binzet ve gizli tanık Tükenmez Kalem’in beyanlarında yer alan olaylarla ilgili yürütülen soruşturma dosyalarından Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında bulunanlar kapsamında tanık beyanlarının yeniden alınması, fotoğraf teşhis ve fethi kabir işlemlerinin gerçekleştirilmesi, kimlik tespiti açısından gerekliyse biyolojik incelemelerin yapılması, mermi çekirdek ve kovanlarının gerekli kriminal incelemelerinin tamamlanması talep edilmiştir.

31.03.2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 2009/430 numaralı soruşturma kapsamında bu taleplerin yerine getirilmesini Cizre İlçe Emniyet Müdürlüğü ve İlçe Jandarma Komutanlığından istemiştir.

24.04.2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından yürütülen 2009/430 numaralı soruşturma kapsamında CMK m. 250 ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına 30.03.2009 tarihli talebinin sonucu bildirilmiştir.

26.05.2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 03.04.2009 tarihinde aralarında Ahmet Şen’in de bulunduğu, Güçlükonak’ta meydana geldiği iddia edilen faili meçhul cinayet ve kayıplarla ilgili soruşturmanın 2009/546 numarasına havalesine karar verilmiştir.

25.03.2010 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, CMK 250. maddesi ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına yazdığı yazı ile 2009/430 numarası üzerinden yürütülen soruşturmaya ilişkin tahkikat aşamasını ve değerlendirmelerini göndermiştir. Buna göre öncelikle Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının 2009/906 numaralı soruşturma üzerinden yürüttüğü ve daha sonradan Cizre Cumhuriyet Başsavcılığınca yürütülen soruşturma dosyasının 2009/430 numarasına kaydedildiği, Güçlükonak’ta gerçekleştiği iddia edilen olaylarla ilgili olarak ise 2009/546 numarası üzerinden soruşturmanın yürütüldüğü belirtilmiştir.

02.05.2011 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, CMK 250. maddesi ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına, 2009/546 soruşturma numaralı dosya (Güçlükonak ilçesinde işlenen suçlara ilişkin) içerisinde bulunan iddiaların kendi içerisinde tasniflenerek dört ayrı klasöre bölündüğünü iletmiş ve bu klasörlere konu olaylar ve dosya kapsamında yapılan işlemlerin bir özetini göndermiştir. Sonuç olarak da bu aşamadan sonra mevcut soruşturma ile ilgili olarak ne gibi işlem veya işlemler yapılması gerektiği, soruşturmaya bu aşamadan sonra nasıl yön verileceği hususlarının istinabe yoluyla bildirilmesi talep edilmiştir. Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından gönderilen Ahmet Şen’e ilişkin olay ve işlem özeti, “1994 yılının Nisan ayında, Ahmet Şen askerler tarafından götürülmüş ve bir daha eve dönmemiştir. Konuyla ilgili şikayetçinin müracaatı alınmıştır.” şeklindedir.

16.03.2012 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, CMK 250. maddesi ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına, 2009/546 soruşturma numaralı dosyaya (Güçlükonak ilçesinde işlenen suçlara ilişkin) ilişkin olarak fezleke göndermiştir. Fezlekede, CMK 250. maddesi ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının 1996/515 numaralı dosyasına esas olmak üzere, Şırnak ili Güçlükonak ilçesinde 1993-1998 yılları arasında aralarında Ahmet Şen’in de bulunduğu 20 kişinin askerler tarafından öldürüldükleri iddiasına ilişkin olarak yürütülen soruşturma kapsamında, gerek soruşturmanın önemi, gerekse zamanaşımı süresinin yaklaşmış olması dikkate alınarak diğer kişilere ilişkin Adli Tıp raporlarının dönüşü beklenmeksizin evrakın fezleke ile gönderilmesine karar verildiği ifade edilmiştir.

06.02.2013 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının TMK m.10 ile görevli ve yetkili Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdiği fezlekede, TMK m.10 ile görevli ve yetkili Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının 2009/906 soruşturma numarası üzerinden yürütülen soruşturma ile ilgili olarak Cizre ilçesinde 1993-1998 yılları arasındaki faili meçhul cinayet, gözaltında kayıp ve diğer şekillerde kayıp iddiaları ile ilgili olarak soruşturmanın Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının 2009/430 soruşturması üzerinden yürütülmesine karar verildiği, (aralarında Ahmet Şen’in de bulunduğu) Güçlükonak ilçesinde işlendiği iddia edilen suçlarla ilgili olarak soruşturmanın çok kapsamlı olması sebebiyle evrakın tefrik edilerek Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının 2009/546 soruşturma numarasına kaydedildiği belirtilmiştir. TMK m.10 ile görevli ve yetkili Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığında dosya 2013/466 soruşturma numarasına kaydedilmiştir.

20.03.2014 tarihinde, TMK m.10 ile görevli ve yetkili Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı, 6526 sayılı yasanın 19. maddesi ile TMK m.10 ile yetkili Cumhuriyet Başsavcılıklarının görevine son verilmesi sebebiyle, yetkisizlik kararı vererek 2013/466 numaralı soruşturma dosyasını Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına göndermiş, dosya burada 2014/1859 sayılı soruşturma sırasına kaydedilmiştir.