AİHM’nin 31 Mayıs 2005 tarihli kararındaki ifadelere göre 25 yaşındaki Ender Toğcu Diyarbakır’da bir otel ve kıraathane işletiyordu. 29 Kasım 1994’te fenalaşan hamile eşini annesiyle beraber Diyarbakır Devlet Hastanesine götürdü. Öğleden sonra üç civarında hastaneden eve döndüler ve Ender yeniden işletmekte olduğu kıraathaneye gitmek üzere evden ayrıldı. Normalde gece yarısına doğru evine dönüyordu ancak o günden sonra bir daha kendisinden haber alınamadı.

Aynı günün akşamı saat 22.30 civarlarında yedi ya da sekiz sivil polis baba Hüseyin Toğcu’nun evine geldi, Ender’in nerede olduğunu sordu, korkan Hüseyin Toğcu oğlunun üç gün önce Kayseri’ye gitmek için ayrıldığını söyleyince polisler kendisini ve küçük oğlunu dövdü ve Ender’in kendi ellerinde olduğunu, üç gün sonra cesedini teslim edeceklerini söyledi. Aynı polisler baba Hüseyin Toğcu’nun evinden ayrıldıktan sonra gece yarısı Ali Toğcu’nun evine giderek arama yaptı. Ali Toğcu kardeşini öğlen üç civarlarından beri görmediğini söyleyince polisler kendisini de alarak yeniden baba Hüseyin Toğcu’nun evine götürdü. Burada evde silah olduğunu bildiklerini ve kendilerine teslim edilmesini istediklerini söylediler. Hüseyin ve Ali Toğcu evde silah olduğunu inkar etti. Bunun üzerine polisler bir telsiz görüşmesi yaptıktan sonra Ender’in silahın yerini kendilerine itiraf ettiğini söyleyerek evin odunluğunda arama yaptı ve sözkonusu silahı bularak evden ayrıldı. Ertesi gün polisler Ali Toğcu’yu bir kahvehaneden gözaltına alarak Diyarbakır Emniyet Müdürlüğüne götürdü. Ali daha sonra Suçüstü Bürosunun resmi gözaltı merkezine götürüldü ve burada tutulduğu dört gün boyunca işkenceye tabi tutuldu. Ender’in nerede olduğu konusunda gelen sorulara bilmediği cevabını verdiğinde polisler kendisine Ender’in yakalandığını, üzerinde telsiz telefon ve batarya fiyatlarının olduğu bir liste bulunduğunu söyledi. Polisler Ali’ye kardeşi Ender’in “dağa gittiğini” söylemiş olmalarına rağmen Ali bu sorgulama sırasında Ender’in çığlıklarını duyabiliyordu. Dört beş saat boyunca sorgulayıp işkence ettikten sonra polisler öldüğünü sanarak Ali’yi Diyarbakır’a yaklaşık 50 kilometre uzaklıkta Ergani’deki bir çöplüğe bıraktılar. Serbest bırakıldıktan bir süre sonra Ali Toğcu Çarşı Polis Karakolundan kardeşinin akıbetini öğrenmeye çalıştı ve Ender’in gözaltında olduğu, sorgusunun ardından serbest bırakılacağı cevabını aldı. Daha sonraki bir tarihte ise kardeşinin bir fotoğrafını ve kimliğinin bir fotokopisini de yanına alarak Cinayet Şubesi başkomiserine daha ayrıntılı sorular sordu ancak bu araştırmalarından da hiçbir sonuç alamadı.

Bir süre sonra baba Hüseyin Toğcu ve Ali Toğcu yeniden gözaltına alındı; polis, baba ve kardeşi dağda olduğunu iddia ettikleri Ender’e yardım etmekle ve onunla görüşmekle suçluyordu. Hüseyin ve Ali Toğcu altı gün sonra savcılığa çıkartılmadan serbest bırakıldı. Belirsiz bir tarihte birtakım polis memurları Ali Toğcu’dan Ender’in öldürülmemesi karşılığında para talep etti. Bütün bunlar olurken Toğcu ailesi Olağanüstü Hal Valisi, il valisi ve diğer makamlara birçok dilekçe verdi fakat dilekçelerine hiçbir cevap alamadı. 6 Nisan 1995’te Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Savcılığına verdikleri dilekçeye ertesi gün verilen cevapta gözaltı kayıtlarında Ender Toğcu’nun isminin olmadığı belirtildi. Savcı, baba Hüseyin Toğcu’yu ilk kez bir buçuk yıldan fazla bir süre geçtikten sonra, 19 Temmuz 1996 tarihinde dinledi ve 6 Kasım 1996’da Diyarbakır Cumhuriyet Savcısı olayla ilgili takipsizlik kararı verdi.

Soruşturma, Ekim 1999’da tekrar açıldı. Bu soruşturma sırasında Diyarbakır Cumhuriyet Savcısı Hüseyin Toğcu’nun yanı sıra ilk kez Ender Toğcu’nun eşi ve annesinin de ifadesini aldı. Hüseyin Toğcu ve eşi hiç Türkçe konuşmadıkları için ifadeleri alınırken torunları Mehmet de yanlarındaydı. Mehmet’e göre mahkemenin resmi çevirmeni dedesi ve ninesinin cevaplarını çarpıttı. Örneğin, Hüseyin Toğcu eve gelen polisleri tanıyabileceğini söylediği halde çevirmen bunu “Oğlumu götüren kişileri tanımıyorum,” diye çevirdi. Buna itiraz edince Mehmet Savcılıktan çıkartıldı ve yazılan ifadeleri okumasına izin verilmedi.

Toğcu ailesi iç hukuk yolları tıkanınca 25 Mayıs 1995'te AİHM'ye başvurdu. Mahkeme, 25 Haziran 1999 tarihinde hükümetten, Diyarbakır ve civarındaki gözaltı tesislerinin sayısını bildirmesini; Ender ve Ali Toğcu’nun 29 Kasım 1994 ve 3 Aralık 1994 tarihleri arasında gözaltında tutulup tutulmadıklarını ve eğer tutulmuşlarsa kimler tarafından ve hangi tarihlerde tutulduklarını tespit etmek için tüm bu gözaltı tesislerinin gözaltı kayıtlarının kontrol edildiğini teyit etmesini ve Diyarbakır Emniyet Müdürlüğündeki gözaltı merkezlerinin gözaltı kayıtlarının nüshalarını sunmasını istedi. 14 Eylül 1999'daki kabuledilebilirlik kararının ardından 6 Kasım 1996'da hazırlanan soruşturma dosyasındaki dokümanların bir nüshasının Mahkeme'ye sunulmasını talep etti. 12 Ocak 2000 tarihinde hükümet AİHM’ye, Diyarbakır Emniyet Müdürlüğünün 12 ve Diyarbakır'daki diğer bölgelerde de 12 gözaltı tesisi olduğunu, ayrıca, Diyarbakır içinde ve civarında jandarmanın 45 gözaltı tesisi bulunduğunu bildirdi. AİHM 12 Temmuz 1999 tarihinde hükümet tarafından sunulan gözaltı kayıtlarının, hazırlanmış oldukları gözaltı tesislerine ilişkin hiçbir bilgi sağlamadığını; sözkonusu kayıtlarda adları geçen kişilerin yakalanmalarında ve gözaltı işleminde etkin olan polis memurlarının isimleri ya da rütbelerinin belirtilmediğini; kayıtların Jandarma ya da Polis gözaltı tesisleri ile ilgili olup olmadığının açık olmadığını ve hükümet tarafından sunulan kayıtların Diyarbakır'daki tüm gözaltı tesislerini kapsamadığını; özellikle Toğcu ailesinin Ender Toğcu'nun tutulduğunu iddia ettiği yerin kayıtlarının belirtilmediğini hükümete bildirdi; eksik bilgilerin tamamlanmasını talep etti ancak hükümet herhangi bir ek bilgi sağlamadı. AİHM ayrıca hükümetin olaya ilişkin soruşturma dosyasının da eksik gönderdiğini tespit etti; tamamlanması için yapılan talebe de cevap alamadı.

Mahkeme, 31 Mayıs 2005'te verdiği kararda Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi'nin yaşam hakkını düzenleyen 2. maddesinin usulden ve davanın soruşturulması için gerekli tüm zeminin sağlanması zorunluluğunu düzenleyen 38. madde ile etkili soruşturma hakkını düzenleyen 13. maddesinin ihlal edildiğine hükmederek devleti Toğcu ailesine tazminat ödemeye mahkum etti.

Cumartesi İnsanlarının 1 Aralık 2012 tarihli basın açıklamasına göre, 25 yaşındaki Ender Toğcu'nun gözaltına alınarak götürüldüğü beyaz Toros marka aracın içinde Diyarbakır Terörle Mücadele Şubesinde görevli emniyet mensubu Zafer Aktaş'da vardı; Toğcu ailesi yaptıkları araştırma sonucunda Ender'in Jitemci olduğu iddia edilen emekli Jandarma İstihbarat Binbaşı Zahit Engin'e teslim edildiğini öğrendi; dönemin Diyarbakır Terörle Mücadele Şube Müdürü Ramazan Sürücü, Diyarbakır Emniyet Müdürü ise Rıdvan Güler'di.