Benişto Öner, ailesiyle birlikte Şırnak’ın Güçlükonak ilçesine bağlı Ağaçordu (Zıvınga Şıkati) köyünde yaşıyordu. 1994 yılında Güçlükonak Karakolu'na bağlı askerler Ağaçordu köylüne gelerek köylülerin PKK'ye yardım ettiklerini iddia ederek köyü boşalttı. Benişto Öner’in kızının ifadelerine göre köy boşaltılırken köyde bulunan hayvanlar da dahil olmak üzere ne varsa askerler tarafından yakıldı. Öner ailesi bu dönemki yoğun baskıdan ve köylerinin yakılmasından dolayı 2 ay boyunca dağlarda yaşadı. Uzun bir zamandan sonra ailesiyle birlikte tekrar köyüne dönen Benişto Öner eşine "Burada duramayız, hiç bir şeyimiz kalmadı gidelim" dedi ve anneannesinin köyü olan Koçtepe (Xeste) köyüne yerleşti.

Öner ailesi Koçtepe köyüne gittikten 3-4 gün sonra askerler bu köye de baskın yaptı ve Benişto Öner’e "Biz senin köyünü yaktık, ama senin çocuklarının kimliğini çıkarmak için seni karakola götüreceğiz" dedi ve onu Güçlükonak Karakolu'na götürdü. Benişto Öner, askerler onu götürürken eşine döndü ve “Ben gidiyorum, beni öldürecekler. Çocuklarım sana emanet” dedi.

Benişto Öner Koçtepe (Xeste) köyünde yaşayan Ömer Aksu ve Ahmet isimli bir kişi ile birlikte karakola götürüldü. Eşi Hayriye Öner, olaydan yarım saat sonra eşinin akıbetini öğrenmek için onun götürüldüğü karakola gitti. Karakolda bulunan askeri yetkililer eşini soran Hayriye Öner’e “sen git biz onu göndereceğiz” dedi. Ancak sonraki günlerde Benişto Öner'in ailesi defalarca karakola gitmesine rağmen herhangi bir sonuç elde edemedi. Güçlükonak ilçesinde korucubaşı olan Bahattin Aktuğ'un girişimleri sonucu gözaltına alınanlardan Ömer Aksu serbest bırakıldı. Görgü tanıklarının da ifadesine göre Güçlükonak Karakol Komutanlığı'na götürüldüğü tespit edilen 3 kişiden Benişto Öner ve Ahmet isimli köylüsünden ise bir daha bir daha haber alınamadı.

Benişto Öner'in evden götürülmesinden bir kaç gün sonra kızı Seyran Öner de “yardım yataklık” suçlamasıyla gözaltına alınarak babasının götürüldüğü Güçlükonak Karakolu'na götürüldü. Seyran Öner’e karakolda babasının eşyaları ve kimliği gösterildi ve “Sen ölen kişinin neyini istiyorsun?” diye soruldu. Ayrıca Seyran Öner serbest bırakıldıktan sonra babasının kaybedildiği karakolda ağır işkenceler maruz kaldığını anlattı.

Benişto Öner’in askerler tarafından zorla kaybedilmesinden yıllar sonra 31 Mart 2013 tarihinde Dicle Haber Ajansı'na konuşan kızı Aycan Öner; İzmir'de temizlik için gittiği evlerden birinde babasının kaybedildiği Güçlükonak Karakol Komutanı Yavuz isimli kişi ile karşılaştığını ifade etti. Aycan Öner DİHA’ya verdiği röportajda olayın ayrıntılarını şu şekilde aktardı:

“Ben Şırnaklı olduğumu söyledim, oda orada askerlik yaptığını söyledi. Babamın öldürüldüğü sene Güçlükonak Karakolu'nda komutan olduğunu laf arasında söyledi. Ben de o dönem orada 2 tane yaşlı adam vardı, öldürüldü dedim. O da bana 'O dönem orada komutandım. Karakola 3 kişiyi getirdiler isimleri sarı Ömer, Benişto Öner ve Ahmet hoca idi. Sarı Ömer'i Bahattin kurtardı. Diğer 2 kişiyi öldürüp bir yere attılar' dedi. Yani anlattığım gibi anlattı. İsimleri söyledi, Ömer Aksu'nun Güçlükonak Belediye Başkanı Bahattin Aktuğ tarafından bırakıldığını bile biliyordu. O an babamın katilinin pisliğini temizlediğimi farkettim. Gerçekten kendimi çok kötü hissettim. Babamın katilinin evini temizlemeye gitmişim, bunu düşündükçe, kafayı yemek üzereydim. Hatta işimi bitirmeden kalktım eve gittim. Ona hiç bir tepki veremedim. Öldürülen Benişto'nun babam olduğuna dair de hiç bir şey söyleyemedim. Çok rahat bir dille anlatıyordu. Normal sohbet edersin ya, çayını kahveni içersin o şekilde söyledi. Sanki bir kartonu şuradan şuraya bırakmış, o şekil anlattı bana. Ben o adamın evine gittim, temizlik yaptım. Şimdi düşünüyorum da, belki babamın katili odur. Bunu ben çok düşündüm. Acaba babamı öldüren o muydu, katili o muydu? Kendime çok kızdım. Düşündükçe kafayı yiyorum. Adam dün gibi hatırladı babamın öldürülüşünü."

Benişto Öner’in kızının yaptığı bu açıklamalardan sonra 2013 yılında Diyarbakır D Tipi Cezaevi'nde tutuklu bulunan BDP Şırnak Milletvekili Faysal Sarıyıldız, Benişto Öner ve Hacı Ahmet isimli yurttaşların akıbetininin açıklanması talebiyle İçişleri Bakanı Muammer Güler'in yanıtlaması için BDP Grup Başkan Vekili İdris Baluken aracılığı ile yazılı soru önergesi verdi. Sarıyıldız Karakol Komutanı olan Yavuz isimli kişinin bu ifadelerinin Benişto Öner ve Ahmet isimli kişinin karakolda katledildiğinin açık bir itirafı olduğuna işaret etti ve Bakan Güler'e yanıtlaması talebi ile şu soruları sordu: "Bakanlığınız tarafından Benişto Öner ve Ahmet isimli kişinin katledildiğini doğrulayan Karakol Komutanı Yavuz isimli kişi ve dönemin mülki amirlerinin ifadesi alınmış mıdır? Bu kişi hakkında herhangi bir inceleme ya da soruşturma başlatılmış mıdır? Olay hakkında Öner ailesinin bilgisine başvurulmuş mudur? Karakolda katledildiği belirtilen 2 köylü için daha önceden yürütülen bir soruşturma ya da yargılama mevcut mudur? Şırnak'ta 1990 ile 2013 yılları arasında kaybedilen ve faili meçhul cinayetlere kurban giden yurttaşların sayısı kaçtır? Bu yıllar arasında yaşanan bu insanlık dışı vakalara karşı kaç güvenlik görevlisi hakkında soruşturma ya da inceleme başlatılmıştır? Bölgede işlenen binlerce faili meçhul cinayeti ile ilgili yürütülen soruşturma ve davalar zaman aşımı tehlikesi ile karşı karşıya bulunmaktadır. Kürtler için bir yıkım süreci olan 90'lı yıllarda işlenen cinayetler ile ilgili kapsamlı bir inceleme ve araştırma yapmayı düşünmekte misiniz?"

Ancak bu girişimlere rağmen Benişto Öner’in akıbetine dair bir sonuca ulaşılamadı.