Kızıltepe Savcılığı’nın sürdürdüğü fail meçhul cinayetler soruşturması kapsamında 2008 yılında "JİTEM’in ölüm merkezi" olarak kabul edilen Katarlı Köyü’nde bir kuyuda kazı yapıldı. Yapılan kazılarda insana ait olduğu belirlenen kemiklere ulaşıldı. Savcılık kazılarda bulunan kemikleri DNA incelemesi için İstanbul Adli Tıp Kurumu’na gönderdi. Adli Tıp Kurumu, kazılarda bulunan kemikler ile kan örnekleri alınan aileler arasında eşleşme yaptı. DNA analizi 2013 yılının Mayıs ayında tamamlandı ve kemiklerin Nurettin Yalçınkaya ve yeğeni Şemsettin (Necat) Yalçınkaya'ya ait olduğu kesinleşti.

Kemikler aileye teslim edilmek üzere Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı'ndan Mardin İnsan Hakları Derneği avukatları tarafından teslim alınarak Ocak 2014'te Yalçınkaya ailesi, Yakay-Der ve Cumartesi Anneleri tarafından gömülmek üzere İstanbul’a gönderildi; Nurettin ve Şemsettin (Necat) Yalçınkaya 23 Ocak 2014'te İstanbul Sütlüce Mezarlığı’nda toprağa verildi. >

Şüphelilere ilişkin Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından hazırlanan Jitem fezlekesi ve buna ilişkin soruşturma Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından yürütüldü. Mardin’in Kızıltepe ilçesinde 1992-1996 yılları arasında 22 kişinin yasadışı keyfi infaz edilmesi veya zorla kaybedilmesine ilişkin emekli Albay Hasan Atilla Uğur, dönemin Diyarbakır İl Jandarma Komutanı Albay Eşref Hatipoğlu, Jandarma Komando Bölük Komutanı Ahmet Boncuk, Başçavuş Ünal Alkan ve köy korucuları Abdurrahman Kurğa, Mehmet Emin Kurğa, Ramazan Çetin, Mehmet Salih Kılınçaslan ile İsmet Kandemir hakkında “silahlı örgüt kurmak veya yönetmek, silahlı örgüte üye olmak ve tasarlayarak öldürmek” suçlarından 2014 yılında dava açıldı. Dava daha başlamadan güvenlik gerekçesiyle Ankara’ya nakledildi. Ankara 5. Ağır Ceza Mahkemesi’nde 03 Mart 2015 tarihinde görülen ilk duruşmada sanıklar Hasan Atilla Uğur ve Eşref Hatipoğlu’nun rütbeleri nedeniyle CMK M.161/5’e dayanarak dosyanın izin istemiyle HSYK’ya gönderilmesine karar verildi. 19 Ekim 2015 tarihinde görülen duruşmada ise HSYK’dan cevap gelmediği gerekçesiyle bir sonraki duruşma 15 Ocak 2016 tarihine ertelendi. Duruşma öncesi HSYK’nın sanıkların “silahlı örgüt kurmak” ve “tasarlayarak insan öldürmek” suçlarından yargılandıkları için izin alınmasına gerek olmadığına ve doğrudan kovuşturma yapılabileceğine hükmeden kararı mahkemeye ulaştı. 15 Ocak tarihli duruşmada müdafii avukatları mahkeme heyetinin çekilmesini talep etti. Savcının usule ve esasa aykırı olduğu gerekçesiyle reddettiği bu talebi mahkeme heyeti yetkili merciiye gönderme kararı aldı. Davaya ilişkin geniş özete www.failibelli.org sitesinden erişilebilir.

Davada şüpheli sıfatıyla yargılanan Hasan Atilla Uğur 2007 yılında Albay rütbesiyle emekli oldu. Ergenekon soruşturması kapsamında 1 Temmuz 2008 tarihinde gözaltına alındı. Savcı tarafından mahkemeye sevk edilerek tutuklandı. 5 Ağustos 2013 tarihinde açıklanan mahkeme kararı sonucunda "Cebir ve şiddet kullanarak Türkiye Cumhuriyeti Hükümeti'ni ortadan kaldırmaya veya görevlerini yapmasını kısmen veya tamamen engellemeye teşebbüs etmek" suçundan, suçun işlendiği tarih göz önünde bulundurularak eski TCK'nın 147. maddesi gereğince, 20 yıl hapis cezasına, "Kişisel verileri ele geçirme" suçundan 7 yıl hapis cezasına çarptırıldı. Ayrıca "Ateşli Silahlar Kanununa muhalefetten" 2 yıl 3 ay hapis ile 4 bin 500 Lira para cezası da uygulandı ve toplamda 29 yıl 3 ay hapis cezasına çarptırıldı. Özel yetkili mahkemeleri kaldıran, tutukluluğu azami 5 yılla sınırlayan yasa değişikliğiyle, hakkında verilmiş ceza hükmü olmasına rağmen Mart 2014'te tahliye edildi. Dava Yargıtay aşamasında.