1991 yılının Haziran/Temmuz ayında, kardeşi Salih Karatay’ın 30.06.2009 tarihli ifadesine göre, Emin Karatay ailesine ait traktör ve patoz aracını alarak Bozalan köyüne bağlı Orta Holan mezrasına çalışmaya gitmiştir. Emin Karatay’ın tarlaya gitmesinden üç gün sonra, tarlada çalıştığı sırada, Cizre İlçe Jandarma timleri PKK gerillalarının köye geldiği iddiası ile köyü sarmıştır. Bu sırada bir çatışma çıkmış ve bir örgüt üyesi öldürülmüştür. Bunun üzerine askerler bir yandan köyde PKK gerillalarını aramaya devam ederken bir yandan da harman işleri ile uğraşan Emin Karatay’ı yakalayarak sorguya almıştır.

Olaya tanık olan Orta Holan köylülerinin aktardığına göre, Emin Karatay köye sadece harman işleri için geldiğini, kendisinin olaylarla bir ilgisi olmadığını söyleyerek jandarmalara yaptığı işle ilgili evraklarını ve kimliğini göstermiştir. Buna rağmen askerler, Emin Karatay’ı döverek askeri bir araca bindirip köyden götürmüşlerdir.

Emin Karatay’ın annesi Gazal Karatay ve babası Ömer Karatay haberi alır almaz köye gitmişler, üç gün boyunca oğullarını aramışlar ancak bir sonuç alamamışlardır. Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı'na giderek oğullarının durumunu anlatıp, öldürüldüğünden şüphelendiklerini söylemişler, bunun üzerine savcı önce Emin Karatay'ın eşkâliyle ilgili sorular sormuş ardından da Emin Karatay’ın öldürüldüğünü doğrulamıştır. Aile daha sonradan köylülerden Emin Karatay’ın Bozalan köyüne gömüldüğünü öğrenmiştir. Ancak aile Savcılık tarafından otopsi yapılıp yapılmadığı hakkında bilgi alamamıştır. Salih Karatay 30.06.2009 tarihinde verdiği ifadesinde, kardeşi Emin Karatay’ın “hiç yıkanmadan gündelik elbiseleriyle gömülmüş” olduğunu söylemiştir. Emin Karatay’ın mezarı hala Bozalan köyünde bulunmaktadır. Resmi belgelerde Emin Karatay’ın ölüm tarihi 11.07.1991 olarak gözükmektedir.

Emin Karatay’ın kardeşi Salih Karatay o dönemde işi nedeniyle Bursa'da olduğundan ancak döndüğünde kardeşinin mezarını ziyarete gidebilmiştir. Salih Karatay’ın 30.06.2009 tarihli ifadesine göre, o sırada askerler yanlarına gelerek “Bu teröristin mezarı, bu da patoz sahibinin mezarı.” diyerek mezarların yerini göstermişler ve Salih Karatay'ın orada uzun süre kalmasına izin vermemişlerdir.

2009 yılında cezaevinde tutuklu bulunan iki gizli tanığın, terörle mücadele adı altında faaliyet yürüten bir suç örgütünün varlığından bahsedip işlenen suçlar hakkında ayrıntılı bilgiler vermesi üzerine CMK 250. maddesi ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı 2009/906 hazırlık numaralı bir soruşturma başlatmıştır. Savcılığın, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının 2009/430 soruşturma numaralı dosyası ile birlikte yürüttüğü bu soruşturmanın ciddiyetle üzerine düşülmesi sonucu, tanık anlatımlarının birçok eski dosya bilgileri ile örtüştüğü görülerek, önemli kanıtlara ulaşılmış ve şüphelilerin bir kısmı tutuklanmıştır. Yaşanan gelişmelerin duyulmasıyla bölge kamuoyunda sorumluların tespit edilip yargılanabileceği umudu doğmuştur. Bu nedenle 2009 yılında Cizre, Silopi ve İdil ilçelerinde pek çok aile Şırnak Barosu aracılığıyla ve gönüllü avukatların desteğiyle kendi kayıplarının da akıbetlerini öğrenebilmek ve sorumluların bulunması amacıyla uzun süredir hiçbir ilerleme olmamış kayıp dosyaları ile ilgili olarak savcılıklara yeniden başvuru yapmıştır.

30.06.2009 tarihinde, Salih Karatay, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı'na yeniden dilekçe vererek kardeşinin öldürülmesinden sorumlu olanların tespit edilerek yargılanmalarını talep etmiştir.

Cizre Cumhuriyet Savcılığı, 2009/430 numarasıyla soruşturma başlatmıştır.

30.03.2009 tarihinde CMK m. 250 ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 2009/906 numaralı soruşturma kapsamında Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına yazılan yazıda Cizre’de 1990-2000 yılları arasında jandarma ve polis bölgelerinde meydana gelen faili meçhul cinayetler ve zorla kaybetmelerle ilgili ayrıntılı bir tablo hazırlanması, 1993-1994 yıllarına ait nezarethane kayıt defterlerinin ve aynı yıllara ait İlçe Jandarma Komutanlığı tarafından İl Jandarma Komutanlığına gönderilen vukuat raporlarının temin edilmesi, tanık Mehmet Nuri Binzet ve gizli tanık Tükenmez Kalem’in beyanlarında yer alan olaylarla ilgili yürütülen soruşturma dosyalarından Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında bulunanlar kapsamında tanık beyanlarının yeniden alınması, fotoğraf teşhis ve fethi kabir işlemlerinin gerçekleştirilmesi, kimlik tespiti açısından gerekliyse biyolojik incelemelerin yapılması, mermi çekirdek ve kovanlarının gerekli kriminal incelemelerinin tamamlanması talep edilmiştir.

31.03.2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 2009/430 numaralı soruşturma kapsamında bu taleplerin yerine getirilmesini Cizre İlçe Emniyet Müdürlüğü ve İlçe Jandarma Komutanlığından istemiştir.

24.04.2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından yürütülen 2009/430 numaralı soruşturma kapsamında CMK m. 250 ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına 30.03.2009 tarihli talebinin sonucu bildirilmiştir.

23.11.2009 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, Cizre Kaymakamlığı İlçe Nüfus Müdürlüğünden Emin Karatay’ın ölüm kaydının düşürülmesinde esas alınan belgelerin onaylı birer örneğini talep etmiştir.

01.12.2009 tarihinde, Cizre Kaymakamlığı İlçe Nüfus Müdürlüğü cevaben gönderdiği yazıda, yapılan incelemelerde Emin Karatay’ın 11.07.1991 tarihinde ölmüş olduğunu ve bunun 1991/168 numaralı vukuatla tescil edildiğini bildirmiştir. Ancak 1993 yılında Nüfus Müdürlüğünün arşivinin yanması sebebiyle Emin Karatay’ın ölümüne ilişkin diğer dayanaklara ulaşılamadığını belirtmiştir.

25.03.2010 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı CMK 250. maddesi ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına 2009/430 numarası üzerinden yürütülen soruşturmaya ilişkin tahkikat aşamasını ve değerlendirmelerini göndermiştir. Buna göre öncelikle CMK 250. maddesi ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının 2009/906 numaralı soruşturma üzerinden yürüttüğü ve daha sonradan Cizre Cumhuriyet Başsavcılığınca yürütülen soruşturma dosyasının 2009/430 numarasına kaydedildiği belirtilmiştir. Emin Karatay’ın öldürülmesi iddiası ile ilgili elde edilen bilgiler ve değerlendirmeler paylaşılmıştır.

02.05.2012 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, Silopi Cumhuriyet Başsavcılığından, Salih Karatay’ın savcılığa davet edilmesini ve Karatay’a 30.06.2009 tarihli ifadesindeki olayların ayrıntılı olarak açıklattırılmasını, olaya ilişkin delillerin sorulmasını, kardeşi Emin Karatay’ın nerede öldürüldüğü ve bu olayın ve Emin Karatay’ın otopsi işlemlerinin hangi savcılık tarafından yapıldığının, kardeşinin bulunduğunu belirttiği yerin nerede olduğunun ve bu yeri bilen şahıs veya şahısların olup olmadığının, varsa açık kimlik bilgilerinin ve adres bilgilerinin ne olduğu hususlarının kendisine sorulmasını ve elde edilecek belgelerin kendilerine gönderilmesini talep etmiştir. Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, aynı gün Silopi İlçe Jandarma Komutanlığına yazdığı yazı ile, Yeniköy Serebiye Mezrası/Silopi adresinde ikamet eden Salih Karatay’ın hafta içi mesai saatlerinde Silopi Cumhuriyet Başsavcılığında hazır edilmesini talep etmiştir.

09.05.2012 tarihinde, Salih Karatay, Silopi Cumhuriyet Başsavcılığında müşteki sıfatıyla ifade vermiştir. İfadesinde özetle, 30.06.2009 tarihinde verdiği ifadeyi aynen tekrar ettiğini, kardeşi Emin Karatay’ın olayın gerçekleştiği gün Bozalan köyüne bağlı Orta Holan mezrasına gittiğini bizzat görmediğini ancak anne ve babasının gördüğünü, her ikisinin de halen sağ ama yaşlı olduğunu, kardeşinin başına gelenleri o dönemde anne ve babasının olaydan bir hafta sonra öğrendiğini ve oğullarının akıbetini araştırdığını, anne ve babasına oğullarının öldüğü haberini kimin getirdiğini bilmediğini belirtmiştir. Karatay ifadesinde ayrıca, anne ve babasından duyduğu kadarıyla, ailesinin haberi alır almaz adı geçen köye gittiklerini ve yaptıkları araştırmada iki PKK gerillasının Orta Holan mezrasına indiğini öğrenen Jandarmanın operasyon başlattığını, gerillalardan birisi ölü ele geçirilirken diğerinin kaçtığını, askerlerin etrafı araştırırken patozun ve traktörün yanında bulunan Emin Karatay’ı görerek gerilla zannettiğini ve gözaltına aldığını söylemiştir. Karatay, o dönemde anne ve babasının Cumhuriyet Başsavcılığına başvurduğunu, açık kimliğini bilmedikleri bir savcının Emin Karatay’ın ölümünü doğruladığını, üzerinden çıkan kimliğini ve patoz kağıdını anne ve babasına gösterdiğini, bu eşyaların resmi olarak teslim edilip edilmediğini ve bugün nerede olduğunu bilmediğini ifade etmiş ve ayrıca adı geçen savcının Emin Karatay’ın askerler tarafından “terörist zannedilerek yanlışlıkla öldürüldüğünü” beyan ettiğini eklemiştir. Daha sonra ailesinin Emin Karatay’ın nereye gömüldüğünü tanımadıkları bazı köylülerden öğrendiğini ve kardeşinin Bozalan köy mezarlığına gömülü olduğunu, kardeşi Emin Karatay’ın cenazesi üzerine ne gibi işlemler yapıldığını (otopsi ve benzeri) bilmediğini belirtmiştir. Salih Karatay, kardeşinin ölümünden bir hafta sonra köye gelebildiğini, annesi ile mezarını ziyarete gittiklerini, bu sırada orada bulunan birkaç askerin yanlarına geldiğini ve birinin “Burada ne arıyorsun?” diye sorduğunu, kendisinin de mezarları göstererek “Biri benim kardeşim, biri de çatışmada öldürülen terörist” dediğinde askerin de bu ifadeyi doğruladığını belirtmiştir. Yine, kardeşi Emin Karatay’ın mezarında mezar taşı veya başkaca bir işaret bulunmadığını, en son 4-5 sene önce (yani 2007-2008 yıllarında) Emin Karatay’ın oğluna göstermek için mezarlığa gittiklerini, yerini bulamadıklarında köyden yaşlı bir adamdan yardım istediğini ve o adamın kendisine mezarın yerini gösterdiğini, yine bir işaret koymadan döndüklerini belirtmiştir.

10.05.2012 tarihinde, Silopi İlçe Jandarma Komutanlığı, Salih Karatay’ın Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına müracaatının sağlanmış olduğunu belirtmiştir.

12.05.2012 tarihinde Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına yazdığı yazı ile birlikte Salih Karatay’ın 09.05.2012 tarihli ifadesini göndermiştir.

18.05.2012 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı ayırma kararı vermiştir. Buna göre CMK 250. maddesi ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının 2009/906 numarası üzerinden yürütülen soruşturmanın Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının 2009/430 numarası üzerinden yürütülmesine karar verilmiştir.

06.02.2013 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 2009/430 numaralı soruşturmasını tamamlayarak, fezlekeyle TMK m.10 ile görevli ve yetkili Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına göndermiştir. TMK m.10 ile görevli ve yetkili Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığında dosya 2013/466 soruşturma numarasına kaydedilmiştir.

20.03.2014 tarihinde, TMK m.10 ile görevli ve yetkili Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı, 6526 sayılı yasanın 19. maddesi ile TMK m.10 ile yetkili Cumhuriyet Başsavcılıklarının görevine son verilmesi sebebiyle, yetkisizlik kararı vererek2013/466 numaralı soruşturma dosyasını Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına göndermiş, dosya burada 2014/1859 sayılı soruşturma sırasına kaydedilmiştir.

18.10.2014 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, 2014/1859-02 numaralı soruşturma dosyası kapsamında, Cizre Emniyet Müdürlüğüne yazdığı yazıda, aralarında Emim Karatay’ın da bulunduğu 21 maktulün öldürülmesi iddiasına ilişkin olarak; maktullerin ölümleri veya kaybolmaları iddiasına ilişkin olarak herhangi bir şüpheli tespit edilip edilmediği, tespit edilmişse bu şüpheli hakkında ne tür işlemler yapıldığının tespit edilmesi, kayıtların tetkiki ile maktullerin ölümleri veya kaybolmaları iddiasına ilişkin olarak Cizre Emniyet Müdürlüğüne herhangi bir şikayetin yapılıp yapılmadığı, yapılmışsa bu konuda ne tür işlemler yapıldığının tespiti, bu işlemler sırasında gerekiyorsa, maktul yakınları ile görüşülmesi ve yardım alınması, olay yerinin Jandarma bölgesinde bulunması halinde, gönderilen müzekkerenin iade edilmemesi ve Jandarma görevlileri ile koordinatlı bir şekilde bu işlemlerin yapılması, soruşturmaya konu olaya ilişkin olarak Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında 11 klasör halinde evraklar mevcut olup gerekirse irtibata geçilerek belgelerin tahsis edilmesi taleplerinde bulunmuştur.

.....04.2015 tarihinde, Cizre Emniyet Müdürlüğü, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına, ilgili soruşturmaya ilişkin hazırladığı 30.03.2015 tarihli “Arşiv Araştırma Tutanağı”nı göndermiştir. Buna göre, soruşturma evrakına konu ölümlerin veya kaybolmaların akıbeti ile ilgili olarak Asayiş Büro Amirliği, Şehit Murat Akançay Polis Merkez Amirliği ve Cizre İlçe Jandarma Komutanlığı ile soruşturma konusu ile ilgili olarak gerekli araştırmanın yapılması için yazışmalar yapılmış, Şehit Murat Akançay Polis Merkez Amirliği ve Cizre İlçe Jandarma Komutanlığı ile yapılan yazışmalardan henüz yanıt gelmemiş, yanıt gelmesi halinde gönderileceği belirtilmiştir. Asayiş Büro Amirliğinin cevap yazısı ve TEM Büro Amirliği arşiv kayıtlarında yapılan araştırma neticesinde hazırlanan araştırma tutanağı gönderilmiştir. Araştırma Tutanağında, Emin Karatay hakkında arşiv kayıtlarında herhangi bir belge ve bilgiye rastlanmadığı belirtilmiştir.

14.05.2015 tarihinde,Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, 2014/1859 numaralı soruşturma dosyası kapsamında, Cizre İlçe Emniyet Müdürlüğünden, Emin Karatay’ın 1991 yılında Cizre ilçesinde öldürülmesi olayı ile ilgili olarak bugüne kadar herhangi bir fail tespit edilip edilmediği ve konu ile ilgili olarak herhangi bir kamu davası açılıp açılmadığının tespitini talep etmiştir.

04.06.2015 tarihinde, TEM Büro Amirliği tarafından Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına gönderilen araştırma tutanağında, Emin Karatay’ın öldürülmesi olayını gerçekleştiren şahısların yapılan çalışmalar neticesinde kimliklerinin tespitinin ve yakalanmalarının mümkün olmadığını, çalışmalarının devam ettiğini belirtmiştir.