1994 yılının Kasım ayında (30 Kasım olabilir), Midyat'ın Doğançay köyünde oturan Nihat Aydoğan'ın evini sabah saat 5 civarı çok sayıda özel tim, askerler ve korucular bastı. Kapıları kırarak içeri giren 20-30 civarında özel tim Nihat Aydoğan'ın gözlerini ve ellerini bağlayıp, diz çöktürdüler. Ev araması küfürler, hakaretler ve şiddetli darbelerle yaklaşık bir saat kadar sürdü. Evdeki ve kilerdeki tüm eşya ve erzakları darmadağın ettikten sonra Nihat Aydoğan'ı götürürken "Çocuklarına, evine iyi bak, iyi vedalaş" diyerek çıktılar. Halime Aydoğan eve gelen koruculardan üçünü tanıyor ama soyadlarını bilmiyordu: Faik, Kemal ve Sabri.

Nihat Aydoğan gözaltına alındıktan sonra evi neredeyse her gün özel timler tarafından basılmaya, aile korkutulmaya ve tehdit edilmeye devam edildiği için tüm aile huzursuzdu ve Nihat Aydoğan'ın annesi o yüzden oğlunun evinde kalmaya başlamıştı. Bu baskınlardan birinde Nihat Aydoğan'ın eşi Halime Aydoğan'ı gözaltına almaya çalıştılar ancak köyün çıkışında gözaltına alan ekibin komutanı bırakılmasını isteyince geri bıraktılar. Her baskında Halime Aydoğan'a kendileri almış olmalarına rağmen kocasının nerede olduğunu sordular. Yaklaşık 20 gün sonra köyün evde tek telefonu olan ailesinin 9-10 yaşlarındaki kızı Nihat Aydoğan'ın telefon açtığını ve "beni bıraktılar, eve geleceğim, aileme haber verin," dediğini söyledi. Bunun üzerine Leyla Aydoğan ve babaannesi Nihat Aydoğan'ı karşılamak üzere Midyat'a gitti. Babaanenin kardeşinin Midyat'taki evinde sabaha kadar Nihat Aydoğan'ı beklediler, gelmeyince meraklanıp köyü aradılar ama Nihat Aydoğan'dan bir haber çıkmadı. Kocası gözaltına alındığında 6-7 aylık hamile olan Halime Aydoğan yaşadığı zorluklar sonucunda bebeğini kaybetti. Bu olaydan yaklaşık 10-15 gün sonra baskılara dayanamayan Halime Aydoğan ve çocukları (kocasının gözaltına alınmasından yaklaşık iki ay sonra) evlerini bırakarak önce Cizre'deki kardeşinin yanına, oradan da diğer akrabalarının yanına gitti. Halime Aydoğan nerede bir cenaze bulunduğunu duysa belki kocasına aittir diyerek gidip baktı. Bir süre geçtikten sonra köye dönerek eşyalarını topladılar ve köyden kimseye haber vermeden alabildikleri eşyalarla gizlice İstanbul'a akrabalarının yanına taşındılar. Kalan eşyalarını ve hayvanlarını çok cüzi miktara birine satarak kendileri gittikten sonra gelip alması için anlaştılar. Bir süre Sultanbeyli'de akrabalarında kaldıktan sonra çok zor şartlarda kendilerine bir ev tuttular ve Leyla Aydoğan'la 8 ve 9 yaşlarındaki erkek kardeşleri çalışmaya başladı. Anne Halime Aydoğan uzun bir süre çocuklarını korumak için nereden geldiğini, neler yaşadığını kimseye anlatmadı; çocuklarına da anlatmamaları için telkinde bulundu. İki sene kadar sonra kendisine ulaşan Evrensel Gazetesi muhabirleri ile görüşene kadar bu böyle sürdü. Gazeteye verdikleri röportajdan sonra Halime Aydoğan İHD'ye başvurdu.

Halime Aydoğan Mardin'de ve İstanbul'da defalarca savcılıklara dilekçe verdi. Dilekçelere gelen cevaplarda çelişkili ifadeler vardı. Çoğu dilekçeye gelen cevapta gözaltına alındıktan 20 gün sonra mahkemeye çıkartılarak serbest bırakıldığı ve sonrasında ortadan kaybolduysa örgüte katılmış olabileceği yazıyordu. Son gelen cevabın başında 1993'te örgüte katılan Nihat Aydoğan'ın bir çatışma sonrasında ölü olarak ele geçirildiği yazarken dilekçenin sonunda 1994'te gözaltına alındığı, nöbetçi savcılığa sevk edildikten sonra da serbest bırakıldığı yazıyordu.

Halime Aydoğan savcılık başvurusu yapmak için nüfus müdürlüğünden kayıt alınca Nihat Aydoğan'ın resmi kayıtlarda ölü göründüğünü farketti. Aile köyün muhtarı ile görüştükten sonra Mardin karakol komutanının köyün muhtarını zorlayarak Nihat Aydoğan'ın nüfusa ölü bildirilmesini sağladığını öğrendi. Ailenin avukatı durumun düzeltilmesi için dava açtı ve dava sonucunda muhtar ceza aldı ve nüfus kaydı düzeltildi.

Nihat Aydoğan’ın zorla kaybedilmesine ilişkin soruşturmada 2012'nin bahar aylarında zamanaşımı kararı verildi. Aydoğan ailesi iç hukuk yolları tükenince AİHM’ye başvurmak üzere ellerindeki tüm evrakları avukatlarına iletti.