16 Kasım 1996 günü saat 15:00 sıralarında Hakkı Kaya ve beraberindeki iki arkadaşı – Ahmet Yaşar ve Mehmet (soyadı bilinmiyor) Diyarbakır kent merkezinde yürümekteydi. Orman Müdürlüğü binasının önünden geçerken 06 EKN 22 plakalı Renault marka bir steyşın araç kendilerine yaklaştı. Sivil giyimli, telsiz taşıyan kendilerini polis memuru olarak tanıtan üç kişi kimlik kontrolü yaptı. Daha sonra Hakkı Kaya’yı ifade vermek üzere polis karakoluna gelmesi gerektiğini söyleyerek araçlarına binmeye zorladılar.

28 Kasım 1996 tarihinde Hakkı'nın oğlu Efendi Kaya Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Savcılığı’na şikayette bulunarak Hakkı Kaya’nın kaybolmasının araştırılmasını talep etti. Aynı tarihte Hakkı Kaya’nın kardeşi Şefik Kaya Diyarbakır Cumhuriyet Savcılığı’na verdiği dilekçe ile kardeşinin nerede olduğu hakkında bilgi istedi.

4 Aralık 1996 tarihinde polis, Hakkı Kaya’nın kaçırılmasının tanığı olan Ahmet Yaşar’ın ifadesini aldı. Yaşar, ifadesinde olay günü iki arkadaşıyla birlikte Diyarbakır Orman Müdürlüğü binasının önünde yürürlerken 06 EKN 22 plakalı beyaz Toros steyşın aracın kendilerine yaklaştığını söyledi. Araçtaki adamlar kimlik kontrolü yaptı ve Yaşar’a gidebileceğini söylediler. Yaşar, her şey çok hızlı gerçekleştiği için bu adamları net olarak tarif edemediğini belirtti. Ne var ki birinin sarışın, diğerinin ise kıvırcık saçlı olduğunu hatırladı. Bu kişilerin kimin için çalıştıkları hakkında bilgisi yoktu.

5 Ocak 1997 tarihinde Diyarbakır İl Jandarma Komutanı Diyarbakır DGM Savcısına Hakkı Kaya’nın gözaltına alınmadığı bilgisini verdi.

17 Mart 1997 tarihinde Diyarbakır DGM Savcısı görevsizlik kararı verdi ve davayı Diyarbakır Başsavcılığı’na sevketti. Başsavcılık Kaya’nın kaybolmasıyla ilgili soruşturma başlattı ve şahsın aranmasını Diyarbakır Emniyet Müdürlüğü’nden talep etti. Belirtilen tarihten bu yana Hakkı Kaya daimi arama kararı ile aranmaktadır.

27 Mart 1997 tarihinde Türkiye Büyük Millet Meclisi İnsan Hakları Araştırma Komisyonu ailesine Hakkı Kaya’nın gözaltında olmadığını bildirdi. Komisyon ayrıca 06 EKN 22 plakalı aracın modelinin iddia edildiği gibi steyşın Toros değil, Fiat Şahin olduğunu ve Ankara’da ikamet eden Y.C.’ye ait olduğunu aileye bildirdi.

7 Eylül 1998 tarihinde polis Efendi Kaya’nın ifadesini aldı. Efendi Kaya ifadesinde, babasının Kasım 1996’dan beri kayıp olduğunu ve o zamandan beri kendisinden hiç haber alamadığını belirtti.

28 Ocak 2000 tarihinde Hakkı Kaya'nın ailesi Cumhuriyet Savcısına bir şikayette daha bulundu. Polis Efendi Kaya’nın ifadesini iki kez daha aldı. İfadelerde değişiklik yoktu.

11 Mart 2004 tarihinde eski PKK üyesi ve JİTEM (Jandarma İstihbarat Merkezi) üyesi olduğu iddia edilen Abdulkadir Aygan’la yapılan bir röportaj Ülkede Özgür Gündem gazetesinde yayınlandı. Aygan röportajda Hakkı Kaya’nın JİTEM tarafından öldürülenlerden biri olduğunu ifade etti. Kaya’nın cesedinin Diyarbakır-Silvan karayolu üzerinde, Karacali ile Han köyleri arasında gömülü olduğunu belirtti. Hakkı'nın ailesi gazete kupürünün bir kopyasını incelenmek üzere Savcıya ilettiler.

6 Nisan 2004 tarihinde Diyarbakır Emniyet Müdürlüğü, Abdülkadir Aygan’ın 1986 yılında örgüt üyeliğinden 15 yıl hapis cezasına çarptırıldığı konusunda Diyarbakır Cumhuriyet Savcısı’na bilgi verdi. Ancak 1985 yılında çıkarılan pişmanlık yasasından faydalandığı için salıverildi ve nerede bulunduğu bilinmediğini ve Cumhuriyet Savcısının Abdülkadir Aygan’ı araştırmaya devam etse de yerini tespit edemediğini belirtti.

8 Haziran 2004 tarihinde Efendi Kaya Abdülkadir Aygan hakkında Hakkı Kaya’yı öldürdüğü yönünde şikayette bulundu.

Hakkı Kaya'nın ailesi 27 Temmuz 2001 tarihinde AİHM'ye başvurdular.

AİHM 24 Ekim 2006 tarihinde Sözleşme'nin 2. maddesinin usulden (etkili soruşturma yapılmaması) ihlal edildiğine karar verdi. Ayrıca, başvuranların etkili başvuru hakkının ihlal edilmesi sebebiyle Sözleşme'nin 13. maddesinin ihlal edildiğine karar verdi.