28 Kasım 1996 tarihinde Hakkı Kaya’nın oğlu Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Savcılığına şikayette bulunarak Hakkı Kaya’nın kaybolmasının araştırılmasını talep etti. Aynı tarihte Hakkı Kaya’nın kardeşi de Diyarbakır Cumhuriyet Savcılığına verdiği dilekçe ile kardeşinin nerede olduğu hakkında bilgi istedi. 4 Aralık 1996 tarihinde polis, Hakkı Kaya’nın kaçırılmasının tanığı olan A.Y.’nin ifadesini aldı. A.Y., ifadesinde olay günü iki arkadaşıyla birlikte Diyarbakır Orman Müdürlüğü binasının önünde yürürlerken 06 EKN 22 plakalı beyaz Toros steyşın aracın kendilerine yaklaştığını söyledi. Araçtaki adamlar kimlik kontrolü yaptı ve A.Y.’ye gidebileceğini söylediler. A.Y., her şey çok hızlı gerçekleştiği için bu adamları net olarak tarif edemediğini belirtti. Ne var ki birinin sarışın, diğerinin ise kıvırcık saçlı olduğunu hatırladı. Bu kişilerin kimin için çalıştıkları hakkında bilgisi yoktu.

5 Ocak 1997 tarihinde Diyarbakır İl Jandarma Komutanı Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Savcısına Hakkı Kaya’nın gözaltına alınmadığı bilgisini verdi. 17 Mart 1997 tarihinde Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Savcısı görevsizlik kararı verdi ve davayı Diyarbakır Başsavcılığına sevk etti. Başsavcılık Kaya’nın kaybolmasıyla ilgili soruşturma başlattı ve şahsın aranmasını Diyarbakır Emniyet Müdürlüğünden talep etti. Belirtilen tarihten bu yana Hakkı Kaya daimi arama kararı ile aranmaktadır.

27 Mart 1997 tarihinde Türkiye Büyük Millet Meclisi İnsan Hakları Araştırma Komisyonu ailesine Hakkı Kaya’nın gözaltında olmadığını bildirdi. Komisyon ayrıca 06 EKN 22 plakalı aracın modelinin iddia edildiği gibi steyşın Toros değil, Fiat Şahin olduğunu ve Ankara’da ikamet eden Y.C.’ye ait olduğunu aileye bildirdi. 7 Eylül 1998 tarihinde polis E.K.’nİn ifadesini aldı. E.K. ifadesinde, babasının Kasım 1996’dan beri kayıp olduğunu ve o zamandan beri kendisinden hiç haber alamadığını belirtti.

28 Ocak 2000 tarihinde Hakkı Kaya'nın ailesi cumhuriyet savcısına bir şikâyette daha bulundu. Polis E.K.’nin ifadesini iki kez daha aldı. İfadelerde değişiklik yoktu. 11 Mart 2004 tarihinde eski JİTEM üyesi olduğu iddia edilen Abdulkadir Aygan’la yapılan bir röportaj Ülkede Özgür Gündem gazetesinde yayınlandı. Aygan röportajda Hakkı Kaya’nın JİTEM tarafından öldürülenlerden biri olduğunu; Kaya’nın cesedinin Diyarbakır-Silvan karayolu üzerinde, Karacali ile Han köyleri arasında gömüldüğünü iddia etti. Hakkı Kaya'nın ailesi gazete kupürünün bir kopyasını incelenmek üzere savcıya iletti. 6 Nisan 2004 tarihinde Diyarbakır Emniyet Müdürlüğü, Abdülkadir Aygan’ın 1986 yılında örgüt üyeliğinden 15 yıl hapis cezasına çarptırıldığı konusunda Diyarbakır Cumhuriyet Savcısına bilgi verdi. Ancak 1985 yılında çıkarılan pişmanlık yasasından faydalandığı için salıverildiğini; nerede bulunduğunun bilinmediğini ve cumhuriyet savcısının Abdülkadir Aygan’ı araştırmaya devam etse de yerini tespit edemediğini belirtti. 8 Haziran 2004 tarihinde E.K. Abdülkadir Aygan hakkında Hakkı Kaya’yı öldürdüğü yönünde şikayette bulundu. Hakkı Kaya'nın ailesi 27 Temmuz 2001 tarihinde AİHM'ye başvurdu. AİHM 24 Ekim 2006 tarihinde Sözleşme'nin 2. maddesinin esas (devletin Hakkı'nın ölümünden sorumluluğu) ve usulden (etkili soruşturma yapılmaması) ihlal edildiğine karar verdi. Ayrıca, başvuranların etkili başvuru hakkının ihlal edilmesi sebebiyle Sözleşme'nin 13. maddesinin ihlal edildiğine karar verdi.

Mayıs 2023 yılında Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığında yapılan incelemede Hakkı Kaya’nın TMK 10. Maddesine ilişkin sorgusu yapıldı. Hakkı Kaya’nın maktul sıfatı ile bulunduğu iki adet dosya vardı. Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığında (TMK 10. Maddesi ile Görevli) 2009/688 numaralı dosyası (Kayıt tarihi: 19.02.2009) birleştirme kararıyla kapatılmış görünmektedir. (Karar No: 2014/428 Kapanış Tarihi: 20.03.2014) Aynı şekilde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığında (TMK 10. Maddesi ile Görevli) 2009/2590 numaralı dosyası ise (Kayıt tarihi: 04.09.2009) görevsizlik nedeniyle kapatılmış görünmektedir. (Karar No: 2014/1252 Kapanış Tarihi: 20.03.2014) Bu her iki dosya da 2014 tarihinde TMK. 10. Maddesi ile görevli olan özel yetkili savcılıkların kaldırılması ile Diyarbakır Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığında 2014/10025 esas numaralı dosyada soruşturulmaya devam etti.

Diyarbakır Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığındaki 2014/10025 dosyasında Hakkı Kaya maktul sıfatı ile kayıtlıdır. Söz konusu dosya birçok faili meçhulun soruşturulduğu bir toplu dosyadır. Dosya açık durumda ancak inceleme talep etmemize rağmen kısıtlılık kararı bulunmaktadır. (Diyarbakır 4. Sulh Ceza Hakimliği tarafından 08.10.2020 tarihli 2020/3324 değişik iş nolu kısıtlılık kararı) Mayıs 2023 itibariyle bilgiler günceldir.