AİHM dava dosyasına göre, Necati Aydın, Mehmet Ay ve Ramazan Keskin’in bedenleri 9 Nisan 1994 tarihinde bulunduktan sonra Bismil Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 1994/2233 soruşturma numarasıyla “İnfazdan sorumlu olan PKK üyelerini” tespit etmek üzere soruşturma başlatıldı. Otopsi raporu düzenlendi, ancak ölüm nedenleri görünür olduğundan dolayı tam otopsi yapmaya gerek duyulmadı.

Soruşturma süreci yavaş ilerledi. 18 Nisan 1994 tarihinde, Bismil Cumhuriyet Başsavcılığı Necati Aydın’ın kardeşinin ifadesine başvurdu. Aydın’ın kardeşi katillerin kim olduğunu bilmediğini ve kimseden şüphelenmediğini ifade etti.

26 Nisan 1994 tarihinde, Bismil Cumhuriyet Başsavcılığı, jandarma komutanlığından öldürmelerin politik bir yönünün bulunup bulunmadığını araştırmalarını istedi. 30 Mayıs 1994 tarihinde de politik bir yön bulunduğu gerekçesiyle yetkisizlik kararı vererek dosyayı Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. 1994 senesi boyunca Haziran ve Eylül ayları arasında Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemsi Cumhuriyet Başsavcılığı ve Bismil İlçe Jandarma Komutanlığı arasında yazışmalar oldu ancak jandarma komutanlığı faillerin tespit edilemediğini belirtti.

Necati Aydın’ın eşi, 4 Ekim 1994 tarihinde AİHM’ye başvurdu. Adalet Bakanlığı Uluslararası Hukuk ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğünün AİHM başvurusu üzerine Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığından konuyla ilgili soruşturmaya dair bilgi almak üzere yazdığı yazıya, Savcılık 3 Mayıs 1995 tarihinde cevap verdi. Savcılık, soruşturmanın sürmekte olduğunu ve Necati Aydın ve Mehmet Ay’ın örgütten ayrıldıkları için PKK üyeleri tarafından öldürüldüğünü ve daha sonra devletin üzerine attıklarını düşündüklerini belirtti.

27 Kasım 1997 tarihinde Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı, emniyet müdürlüğü ve jandarma komutanlığından Necati Aydın ve Mehmet Ay’ı öldüren PKK üyelerini araştırmasını istedi.

27 Mart 1998 tarihinde Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı, Diyarbakır Emniyet Müdürlüğü Terörle Mücadele Şubesinden Necati Aydın ve Mehmet Ay’ı gözaltında sorgulayan iki polisin kimliğinin belirlenmesini istedi. Cevaben iki isim verildi. Ayrıca 15 Nisan 1998 tarihinde söz konusu dönemde polis memurlarının salıverme tutanağı düzenleme yetkisinin bulunmadığını, dolayısıyla adliyede onlara eşlik eden polis memurlarının kimliğinin belirlenemediği bildirildi.

12 Mayıs 1998 tarihinde ismi verilen polislerden birinin ifadesine başvuruldu. Polis memuru, Necati Aydın ve Mehmet Ay’ı sorgulamadığını ve adliyede onlara eşlik etmediğini beyan etti. Daha sonra polis memuruna şahıslara ait kolluk beyanları altındaki imzası gösterilince, Ramazan Keskin’in 2 Nisan 1994 tarihinde sorgusunda bulunduğunu ama hatırlamadığını, mahkemeye hangi görevliler tarafından sevk edildiklerini bilmediğini söyledi.

22 Mayıs 1998 tarihinde Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı, PKK üyelerinin öldürdüğüne ilişkin somut deliller bulunmadığı ve dolayısıyla politik bir cinayetten söz edilemeyeceği gerekçesiyle yetkisizlik kararı vererek dosyayı Bismil Cumhuriyet Başsavcılığına geri gönderdi.
28 Mayıs 1998 tarihinde İdil Cumhuriyet Başsavcısı, Bismil’deki meslektaşıyla iletişime geçerek, 1993 ve 1996 yılları arasında işlenen cinayetlerin büyük çoğunluğunun öldürme yöntemleri ve kullanılan silahlar göz önüne alındığında aynı kişi veya kişilerce işlenmiş olabileceğini söyledi ve aradaki bağı kurabilmesi için Bismil Cumhuriyet Başsavcılığının yetki alanında olan cinayetlerle ilgili kendisini bilgilendirmesini istedi.

9 Eylül 1998 tarihinde Bismil Cumhuriyet Başsavcılığı cevaben 1993 ve 1996 yılları arasında üç kişinin 9 Nisan 1994 ve dört kişinin 14 Eylül 1996 tarihinde olmak üzere toplam yedi kişinin öldürülmüş olduğunu söyledi. Cinayetlerde kullanılan kurşunların Adli Tıp Kurumu tarafından incelemeden geçtiğini ve arada herhangi bir bağ tespit edilemediğini bildirdi.

5 Mayıs 1999 tarihinde Adalet Bakanlığı Uluslararası Hukuk ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğü, Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığından bedenlerin bulunduğu yerde kurşun, koçan veya benzeri bir delil bulunup bulunmadığını sordu. Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı, bu soruyu Bismil Cumhuriyet Başsavcılığına yöneltti. Bismil Cumhuriyet Başsavcılığından 7 Mayıs 1999 tarihinde gelen cevap, söz konusu nitelikte herhangi bir delile ulaşılamadığını söylüyordu. 23 Temmuz 1999 tarihinde Bismil Cumhuriyet Başsavcılığı, Adalet Bakanlığı Uluslararası Hukuk ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğünün 18 Temmuz 1999 tarihli sorusuna cevaben, soruşturmanın hala sürmekte olduğunu, kolluk tarafından şüphelilerin arandığını ve her üç ayda bir kendisine raporlandığını bildirdi.

30 Eylül 1999 tarihinde Diyarbakır Emniyet Müdürlüğünün Emniyet Genel Müdürlüğüne gönderdiği yazıda, Mehmet Ay ve Necati Aydın’ın salıverilmeleri ile ilgili herhangi bir belge bulunmadığı ancak onları gözaltından çıkararak Devlet Güvenlik Mahkmesi Cumhuriyet Başsavcılığına götüren üç personelin kimliklerinin emniyet amiri ile yapılan telefon görüşmesi neticesinde anlaşıldığı belirtildi. 2002 senesinde Bismil Cumhuriyet Başsavcılığı ve Bismil Jandarma Birlik Komutanlığı arasında yazışmalar başladı. Bismil Cumhuriyet Başsavcılığı her iki ayda bir savcılığa bilgi verilmesini istedi. Jandarma ise faillerin bulunamadığını, araştırmaya devam edildiğini, failler yakalandığında bilgi verileceğini söylendi.

Ülkede Özgür Gündem gazetesinde çıkan haberden sonra 29 Mayıs 2003 tarihinde avukatlar Yakınlarını Kaybeden Ailelerle Yardımlaşma ve Dayanışma Derneği adına İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığına suç duyurusunda bulundu. Daha sonra, 16 Mart 2004 tarihinde, Sağlık ve Sosyal Hizmet Emekçileri Sendikası adına da suç duyurusunda bulundu, ancak Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı yetkisizlik kararı verdi. AİHM 24 Mayıs 2005 tarihli kararında AİHS’nin 38. Maddesinin, 2. maddesinin esastan ve usulden, 3. Maddesinin Necati Aydın yönünden ve 13. Maddesinin ihlal edildiğine hükmetti ve devleti Aydın ailesine tazminat ödemeye mahkum etti.

Abdülkadir Aygan, olayla ilgili itiraflarında şunları söyledi: “Tüm Sağlık-Sen Diyarbakır Şubesinin üç üyesi Necati Aydın, Mehmet Ay ve Ramazan Keskin, JİTEM’de sorgulandıktan sonra Silvan yolunda bir araziye götürüldüler. Gençler yan yana dizildiler. Elleri ve gözleri arkadan bağlandı. Sonra komutan gençlere diz çöktürttü ve tam enselerinden birer el ateş etti. Kurşun beyinlerini delip geçti, alınlarının ortasından oluk oluk kan fışkırdı. Sonra da bize 'Gömün bunları,' dedi. İki arabayla oraya gitmiştik. Yedi-sekiz kişi bu olaya tanık olduk. Üç sendikacı gencin bilgisi emniyetten geldi. Devlet Güvenlik Mahkemesinde ifadeye çıkacakları bize bildirildi. Komutan da mahkeme serbest bırakırsa bu gençleri alıp JİTEM’e getirmemizi emretti. N.A. adında astsubay ile birlikte dört kişi beyaz Renault’yla mahkemenin önüne gittik ve bekledik. Gençler mahkeme tarafından serbest bırakıldılar. Biz onları almak için yol kenarında beklerken, onlar karşıdan davaları bitti diye sevine sevine geliyorlardı. Üç genci mahkemenin önünden alıp JİTEM’e getirdik. Sorgulandılar...(…) Daha sonra bunları toprağa gömdük."

Abdulkadir Aygan’ın itiraflarının çeşitli basın yayın organlarında yer almasından sonra soruşturma başlatan Bismil Cumhuriyet Başsavcılığı 2009 yılı başında bir fezleke hazırlayarak Necati Aydın, Ramazan Keskin ve Mehmet Ay’ın JİTEM mensupları tarafından örgüt faaliyeti çerçevesinde öldürüldüklerini, Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu kararınca, çete ve örgüt suçlarıyla ilgili soruşturma yapma yetkisinin özel yetkili başsavcılık tarafından yürütülmesi nedeniyle, 1998/339 numaralı soruşturma dosyasının düzenlenen fezleke ile gereğinin takdiri için Diyarbakır Özel Yetkili Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. Fezlekede şu ifadelere yer verildi:

“İtirafçı Abdülkadir Aygan isimli şahıs, maktullerin mahkemece serbest bırakılmalarının ardından JİTEM görevlileri tarafından Toros marka araç ile gözaltına alındıkları, birkaç gün bu şahıslara işkence yapılmasının ardından Jandarma İstihbarat Grup Komutanlığına ve Tim Komutanlığına ait iki araç ile Silvan-Diyarbakır karayolu arasındaki Kağıtlı Jandarma Karakoluna gittikleri, bir köprü yanında ana yoldan ayrılarak tarla içerisine girdikleri, bu şahısların kafalarına kurşun sıkılarak infaz edildikleri, bu olayı ismi belirtilen altı asker ve bir itirafçının gerçekleştirdiği anlaşılmaktadır.”

2011 yılında Necati Aydın ve Mehmet Ay’ı Devlet Güvenlik Mahkemesine götüren kişiler olduğu düşünülen üç polis memurunun ifadeleri alındı. İçlerinden biri, Diyarbakır Emniyet Müdürlüğü Terörle Mücadele Bürosunda 1990-1994 yılları arasında polis memuru olarak görev yaptığını, şüphelenilen bir polis arkadaşı ile birlikte, Necati Aydın ve Mehmet Ay’ı adliyeye götürdüklerini söyledi. Başkomiserin herhangi bir emir vermediğini, şahısları serbest bıraktıktan sonra başka bir şey bilmediğini, morgda teşhise gittiğinde benzediklerini ancak kesin teşhiste bulunamadığını söyledi. Adını verdiği polis memuru ise, şahısları tanımadığını, onları bizzat adliyeye götürmediğini söyledi. Başkomiser de, 1992-1996 yılları arasında Diyarbakır’da Terörle Mücadele Şube Müdürlüğünde komiser olarak görev yaptığını, şube müdürlüğünce gözaltına alınan kişilerin Devlet Güvenlik Mahkemesi Savcılığına sevk işlemlerini yaptığını ancak aradan zaman geçtiği için şahısları hatırlamadığını söyledi.

2014 yılında, Abdülkadir Aygan’ın işaret ettiği iki kişinin daha ifadeleri alındı. E.B. (K.E.) ifadesinde 1987 yılları sonlarında PKK terör örgütünden ayrılarak itirafçı olduğunu, 1990-92 yıllarında askerlik yaptığını, askerlik yaparken örgütsel dokümanların tercümesi, şifre çözümü gibi işler yaptığını söyledi. Şahısları tanımadığını, öldürülmeleriyle ilgisinin olmadığını, Abdulkadir Aygan’ın onu örgütten ayrılması sebebiyle suçladığını iddia etti. Diğer kişi ise ifadesinde, 1988-1994 yılları arasında Diyarbakır’da Siyasi Şubede adli kalem amiri olarak çalıştığını, suçluların adliyeye getirilip götürülmesinde, itirafçı konumundaki kişilerin maddi iaşelerinin temini gibi hususlardan sorumlu olduğunu, kişiler serbest kaldıktan sonra herhangi bir görevi kalmadığını ve şahısları hatırlamadığını söyledi.

7 Mart 2014 tarihinde, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı, JİTEM’e bağlı olarak faaliyet yürüten aynı faillerin 1 Kasım 1994 tarihinde İzzettin Acet ve Mehmet Emin Kaynar’ın öldürülmelerine iştirak ettiklerine kanaat getirerek dosyaları birleştirme kararı aldı.

Necati Aydın’ın Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığındaki (TMK 10. Maddesi ile Görevli) 2009/583 soruşturma numaralı dosyada ise maktul sıfatı ile kayıtlı olduğu görüldü. Bu dosya birleştirme kararı nedeniyle kapatıldı. (Karar no: 2014/416 Kapanış Tarihi: 07.03.2014) Aynı şekilde maktul sıfatı ile kayıtlı olduğu bir başka dosya ise Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (TMK 10. Maddesi ile Görevli) 1994/3435 numaralı soruşturmasıdır. Bu dosya ise görevsizlik nedeniyle kapatılarak (Karar no: 2014/860 Kapanış Tarihi: 19.03.2014) Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına 2014/10754 esas numarası ile kaydedilmiştir. Bu dosyanın da birleştirme nedeniyle dosya kapatıldığı görülmektedir. (Karar 2018/2904 kapanış tarihi 10/09/2018) Son olarak dosyanın 2014/10025 numaralı dosya ile birleşmesinden sonra Necati Aydın’ın bu dosyada da maktul sıfatı ile kayıtlı olduğu görülüyor. Dosya açık, soruşturma devam ediyor durumda görünmesine rağmen inceleme taleplerimize olumsuz dönüş yapılmıştır. Dosyada kısıtlılık kararı bulunmaktadır. (Diyarbakır 4. Sulh Ceza Hakimliği tarafından 08.10.2020 tarihli 2020/3324 değişik iş nolu kısıtlılık kararı)

Mehmet Ay’ın bulunduğu tüm dosyalar 2014’te TMK 10. Maddesi ile görevli özel yetkili cumhuriyet başsavcılıkların kaldırılması sonrası görevsizlik kararıyla Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına aktarılmış ve Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığında bulunmakta olan Mehmet Ay’ın kayıtlı olduğu diğer dosyalarda da birleştirme kararı verilerek 2014 itibari ile dosya 2014/10025 numaralı soruşturmada görülmeye devam ediyor halindedir. Bu dosya hakkında kısıtlılık kararı gerekçe gösterilerek bilgi verilmemiştir. Mayıs 2023 itibariyle bilgiler günceldir.