Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına yapılan suç duyurusu ile başlayan soruşturma sürecine ilişkin dosyada yer alan bilgilere göre; 10 Haziran 1994 tarihinde saat 09.00 sularında Cizre İlçe Jandarma görevlileri, İnci Bozalan köyü yolunda gece saat 02.00 sularında meydana gelen bir patlama sonucunda bir kişinin hayatını kaybettiğini Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına bildirmişti. Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, ölü olarak bulunan kişiyi sanık/maktül olarak nitelendirmiş ve yasadışı örgüt mensubu olmak ve bu amaçla patlayıcı döşemek suçlarına ilişkin olarak 1994/308 hazırlık numaralı bir soruşturma başlatmıştı. Aynı gün olay yeri keşif ve ölü muayenesi ve otopsi tutanağı düzenlenmişti. Tutanağa göre patlama, İnci Bozalan köyü yolunun Cizre-Silopi sapağında gerçeklemiş, yarım metre çapında bir çukurun açılmasına sebep olmuş, hayatını kaybeden kişinin bedeninin parçaları çukurun etrafına yayılmıştır. Klasik otopsi yapılmaya gerek duyulmamış ve yapılan harici muayene yeterli bulunmuştu.

30 Haziran 1994 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 1994/308 hazırlık numaralı dosya hakkında görevsizlik kararı (Karar No: 1994/175) vererek dosyayı Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına göndermişti.

31 Ağustos 2007 tarihinde Abdülkerim Kalkan’ın eşi, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına müracaat ederek eşi Abdülkerim Kalkan’ı gözaltına alan ve kaybeden jandarma görevlileri hakkında suç duyurusunda bulunmuştu. Kendisinin ve diğer şahitlerin ifadelerinin alınmasını, beyanları doğrultusunda dönemin jandarma görevlilerinin açık kimlik ve adreslerinin belirlenerek ifadelerinin alınmasını ve kuvvetli suç şüphesi gözetilerek haklarında yasal işlem yapılmasını talep etmişti. 31 Ağustos 2007 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 2007/1330 hazırlık numaralı soruşturmayı başlatmıştı. Aynı gün Kalkan’ın eşi müşteki sıfatıyla savcılıkta ifade vermişti.

19 Eylül 2007 tarihinde H.S. Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında tanık sıfatıyla ifade vermişti. İfadesinde özetle, Abdülkerim Kalkan ve H.A. ile birlikte kimliklerini almak üzere beraber Cizre Jandarma Komutanlığına gittiklerini, Jandarma görevlilerinin Abdülkerim Kalkan’ın kimliğinin kayıp olduğunu söylediklerini ve kendisine "Sen git kendi alsın kimliğini, bulunca vereceğiz,” dediklerini, Abdülkerim Kalkan’ı en son orada gördüğünü belirtmişti.

17 Aralık 2007 ve 27 Aralık 2007 tarihlerinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, Cizre Jandarma İlçe Komutanlığından 1994 yılında İlçe Jandarma Komutanlığında görev yapan İlçe Jandarma Komutanının ve rütbeli personellerin açık kimliklerinin ve adreslerinin tespit edilerek gönderilmesini, Merkez Jandarma Karakol Komutanlığına ait 1994 yılı Mayıs ayına ilişkin nezaret kayıt defterinin onaylı bir suretinin gönderilmesini, nezaret kayıt defterinin arşivde bulunmaması halinde bulunmama sebebinin bildirilmesini ve bulunmadığına ilişkin olarak adli ve idari herhangi bir işlem yapılıp yapılmadığının bildirilmesini talep etmişti.

7 Ocak 2008 ve 9 Ocak 2008 tarihinde Cizre Jandarma İlçe Komutanlığının Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına cevaben yazdığı yazıda, Merkez Jandarma Karakol Komutanlığına ait 1994 yılı Mayıs ayına ilişkin nezaret kayıt defterinin arşivde bulunamadığı belirtilmiş ama bulunamama sebebi ve bulunmadığına ilişkin olarak adli ve idari herhangi bir işlem yapılıp yapılmadığı açıklanmamıştı. Bununla birlikte, gönderilen yazıların eklerinde 1994 yılı mayıs ayında İlçe Jandarma Komutanlığında görev yapan İlçe Jandarma Komutanının ve rütbeli personellerin açık kimlikleri gönderilmişti.

23 Haziran 2008 tarihinde A. Kalkan, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında tanık sıfatıyla ifade vermişti. İfadesinde özetle, Kalkan’ın eşinin kendi amcasının oğlu olan Abdülkerim Kalkan'ın eşi olduğunu, ifadesinde belirttiği hususların hiçbirine tanık olmadığını, kimlik tespiti için Cizre’ye muhtar ve Abdülkerim Kalkan ile birlikte gitmediğini, Abdülkerim Kalkan’ın eşinin neden ismini verdiğini bilmediğini belirtmişti.

1 Temmuz 2008 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 2007/1330 numaralı soruşturma hakkında takipsizlik kararı vermişti (Karar No: 2008/534). Abdülkerim Kalkan’ın eşi itiraz süresi içerisinde, eksik tahkikat ve değerlendirme yapıldığı gerekçesiyle Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının takipsizlik kararına itiraz etmişti. İtiraz dilekçesinde Kalkan, Jandarma Komutanlığının savcılığa gönderdiği ve Abdülkerim Kalkan’ın gözaltı kayıtlarında isminin geçmediği yönündeki bilgilendirmeleri inandırıcı bulmadığını belirtmişti. Ayrıca yine savcılık, anılan tarihte görevli olan jandarma kolluk amirinin ve görevlilerinin ifadelerini almamış, kurumun arşivlerinde neden nezarethane defterinin bulunamadığını araştırmamış, H. S.’nin tanık ifadesini göz önünde bulundurmamıştı.

25 Kasım 2008 tarihinde Siirt Ağır Ceza Mahkemesi, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının 2008/534 sayılı takipsizlik kararının eksik incelemeye dayalı olarak verildiğine ve bu bağlamda 1994 Mayıs ayında Cizre İlçe Jandarma Komutanlığında görevli bulunan İlçe Jandarma Komutanı ve diğer sorumlu görevlilerin ifadelerine başvurulup olay tarihine ilişkin ziyaretçi defterinin incelenip, yine olay yerine ilişkin arşivde bulunmadığı bildirilen nezaret kayıt defterlerinin arşivde bulunmama sebeplerinin araştırılarak soruşturmanın genişletilmesine, sonuç olarak belirtilen eksikliklerin giderilmesi için Cizre Cumhuriyet Savcısının görevlendirilmesine karar vermişti.

27 Ocak 2009 tarihinde soruşturmaya 2008/1793 hazırlık numarası ile devam etmeye başlayan Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, Cizre İlçe Jandarma Komutanlığından 1994 yılı Mayıs ayına ait ziyaretçi kayıt ve nezarethane kayıt defterlerinin onaylı suretlerini, ayrıca Cizre İlçe Jandarma Komutanlığında 1994 yılı Mayıs ayı içerisinde nezarethane işlemlerinden sorumlu personelin kimlik ve adres bilgilerini talep etmişti. 5 Mart 2009 tarihinde Cizre İlçe Jandarma Komutanlığı düzenlediği tutanakta, yapılan araştırma neticesinde Cizre İlçe Jandarma Komutanlığında ziyaretçi kayıt defterinin tutulmadığı, 1994 yılında tutulduğuna dair herhangi bir kayıt ve dokümanın bulunmadığı, 1994 yılı Mayıs ayına ilişkin nezarethane kayıt defterinin ise arşivde olmadığı, nezarethane kayıt defterinin arşiv süresinin 10 yıl olmasından dolayı muhtemelen imha edildiği, bu nedenle herhangi bir personele adli veya idari yönden işlem yapılmadığı belirtilmişti. Bununla birlikte, Cizre İlçe Jandarma Komutanlığı düzenlediği tutanakta, Cizre İlçe Jandarma Komutanlığında 1994 yılı Mayıs ayı içerisinde nezarethane işlemlerinden sorumlu personelin kimlik ve adres bilgilerinin tespit edilemediğini; çünkü Cizre İlçe Jandarma Komutanlığı personel-lojistik işlem kısmından alınan bilgiye göre, 2000 yılından önceki künye ve defterlerinde personelin görev yaptığı birim/karakol/komando bölüğünün tam olarak yazılmadığını açıklamıştı.

2009 yılında cezaevinde tutuklu bulunan iki gizli tanığın, terörle mücadele adı altında faaliyet yürüten bir suç örgütünün varlığından bahsedip işlenen suçlar hakkında ayrıntılı bilgiler vermesi üzerine, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) 2009/906 hazırlık numaralı bir soruşturma başlatmıştı. Savcılığın, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının 2009/430 soruşturma numaralı dosyası ile birlikte yürüttüğü bu soruşturmanın ciddiyetle üzerine düşülmesi sonucu, tanık anlatımlarının birçok eski dosya bilgileri ile örtüştüğü görülerek şüphelilerin bir kısmı tutuklanmıştı. Yaşanan gelişmelerin duyulmasıyla bölge kamuoyunda sorumluların tespit edilip yargılanabileceği umudu doğmuştu. Bu nedenle 2009 yılında Cizre, Silopi ve İdil ilçelerinde pek çok aile Şırnak Barosu aracılığıyla ve gönüllü avukatların desteğiyle kendi kayıplarının da akıbetlerini öğrenebilmek ve sorumluların bulunması amacıyla uzun süredir hiçbir ilerleme olmamış kayıp dosyaları ile ilgili olarak savcılıklara yeniden başvuru yapmıştı.

26 Mart 2009 tarihinde Abdülkerim Kalkan’ın annesi, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında tanık sıfatıyla ifade vermişti. İfadesinde özetle, 1994 yılı Mayıs ayında gerçekleşen olayları H.S’nin kendisine anlattığını, bu olaydan sonra oğlunu aramak için Komutanlığa ve Kaymakamlığa gittiğini, Kaymakamlıkta Albay C.T. ile görüşerek oğlunun akıbetini sorduğunu, C.T.’nin kendisine “Oğlunu göndereceğiz,” dediğini ancak oğlundan bir daha hiç haber alamadığını belirtmişti.

Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı Abdülkerim Kalkan’ın kaybedilmesine ilişkin dosyayı 2009/430 soruşturma dosyası altında incelemeye karar vermişti. Ancak UYAP ortamında eski hazırlık numarası, yeni hazırlık numarası ile birleştirilememişti. Bu dönemde muhtemelen iki soruşturma dosyası da açık kalmış ve ikisi üzerinden Abdülkerim Kalkan’ın kaybedilmesine ilişkin olarak tahkikat işlemleri yapılmıştı. 30 Mart 2009 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) tarafından 2009/906 numaralı soruşturma kapsamında Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına yazılan yazıda Cizre’de 1990-2000 yılları arasında jandarma ve polis bölgelerinde meydana gelen faili meçhul cinayetler ve zorla kaybetmelerle ilgili ayrıntılı bir tablo hazırlanması, 1993-1994 yıllarına ait nezarethane kayıt defterlerinin ve aynı yıllara ait İlçe Jandarma Komutanlığı tarafından İl Jandarma Komutanlığına gönderilen vukuat raporlarının temin edilmesi, tanık M.N.B. ve gizli tanık T.K.’nin beyanlarında yer alan olaylarla ilgili yürütülen soruşturma dosyalarından Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında bulunanlar kapsamında tanık beyanlarının yeniden alınması, fotoğraf teşhis ve fethi kabir işlemlerinin gerçekleştirilmesi, kimlik tespiti açısından gerekliyse biyolojik incelemelerin yapılması, mermi çekirdek ve kovanlarının gerekli kriminal incelemelerinin tamamlanması talep edilmişti. 31 Mart 2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 2009/430 numaralı soruşturma kapsamında bu taleplerin yerine getirilmesini Cizre İlçe Emniyet Müdürlüğü ve İlçe Jandarma Komutanlığından istemişti.

6 Nisan 2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, Cizre Jandarma İlçe Komutanlığından 2009/430 soruşturma dosyası kapsamında 1994-1995 yıllarında Bozalan köyü İnci mezrasında ikamet etmekte olan Abdülkerim isimli bir şahsın kaybolup kaybolmadığının araştırılmasını istemiştir. Ayrıca eski Kuştepe köyü muhtarının tanık olarak dinlenmesi talep edilmişti. 24 Nisan 2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından yürütülen 2009/430 numaralı soruşturma kapsamında Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) 30 Mart 2009 tarihli talebinin sonucu bildirilmişti. 21 Nisan 2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından düzenlenen teşhis tutanağına göre, Kalkan’ın eşi, kocasının evden ayrılırken üzerinde bulunan kıyafetlerle ilgili bilgi vermiş, kendisine gösterilen açık kahverengi deri yazlık bir çift ayakkabıyı incelemiş ancak otopsi raporundaki bilgilerden ve kendisine gösterilen ayakkabılardan bu olayda ölen kişinin Abdülkerim Kalkan olup olmadığını tam olarak teşhis edemediğini dile getirmişti. Bununla birlikte, eşinin kaybolduktan iki ay sonra annesi ve kardeşi ile birlikte İnciköy’ün biraz dışındaki köprünün yakınına tezek toplamaya gittiğini, burada bir patlama sonrası oluşmuş çukurun yanında giysi parçaları gördüklerini, bu giysi parçalarının kocasının gömleğinin parçaları olduğunu düşündüğünü, giysileri alıp eve götürdüğünü ancak daha sonra çocuklarının bu giysileri attığını ifade etmişti.

16 Mayıs 2009 tarihinde Cizre Jandarma İlçe Komutanlığı, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının 6 Nisan 2009 tarihli yazısına cevaben Abdülkerim Kalkan isimli şahıs hakkında yapılan araştırma sonucunda hazırlanan 6 Mayıs 2009 tarihli tutanağı savcılığa göndermişti. İlgili tutanakta, 1994-1995 yıllarında İnci mezrasında Abdülkerim isimli bir kişinin kaybolduğu, kaybolan kişinin yakınlarının Cudi Mahallesi Tepe Kümesi Kaynar Sokak No.7/Cizre adresinde ikamet ettikleri ve Kuştepe köyünün eski muhtarının tanık olarak dinlenmesi için müracaatın sağlanamadığı çünkü Kuştepe köyünün sorumluluk alanlarında bulunmadığı belirtilmişti. 20 Mayıs 2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, Cizre İlçe Emniyet Müdürlüğüne gönderdiği yazıda, 2009/430 numaralı soruşturma dosyası kapsamında, aralarında A. Kalkan’ın da bulunduğu 20 kadar kişinin açık kimlik ve adres bilgilerini ve savcılıkta hazır edilmelerini talep etmişti.

27 Mayıs 2009 tarihinde A. Kalkan Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında, 2008/1793 numaralı soruşturma dosyası kapsamında tanık sıfatıyla dinlenmişti. A. Kalkan ifadesinde özetle, önceki ifadesinin geçerli olduğunu, Abdülkerim Kalkan’ın eşinin iddia ettiği gibi Abdülkerim Kalkan’ın kimliğini almak üzere Muhtar H.S. ile beraber İlçe Jandarma Komutanlığına gitmediğini, 40 yıldır Cizre’de ikamet ettiğini, bahsedilen köye yapılan baskında orada bulunmadığını, muhtemelen o dönemde Abdülkerim Kalkan Cizre’ye giderken eşine kendisine uğrayacağını söylediği için Kalkan’ın eşinin olayları karıştırdığını belirtmişti.

2 Haziran 2009 tarihinde Cizre İlçe Emniyet Müdürlüğü, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına yazdığı yazıda A. Kalkan’ın Cumhuriyet Başsavcılığına müracaatlarının sağlandığını belirtmişti.

4 Haziran 2009 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına yazdığı yazıda, Abdülkerim Kalkan’ın kaybedilmesine ilişkin dosyanın 2009/906 numaralı soruşturma evrakıyla irtibatlı olduğu bildirilmişti.

24 Haziran 2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, Cizre İlçe Emniyet Müdürlüğüne, 2008/1793 soruşturma dosyası kapsamında yazdığı yazıda, 10 Haziran 1994 tarihinde, Cizre Bozalan köyü yolu Silopi sapağında meydana gelen patlama neticesinde bir erkek kişinin bedeninin parçalanarak hayatını kaybetmesi olayı ile ilgili olarak yürütülmekte olan soruşturmaya ilişkin olarak bedenin gömüldüğü yerde DNA tespiti için mezar açma işlemi yapılacağını belirtmişti. Bu çerçevede öncelikle Cizre Belediyesi’ne hastane polisi tarafından böyle bir cenazenin teslim edilip edilmediği, edilmiş ise yerinin kroki ile belirtilmek suretiyle belediyeden istenerek temin edilmesi talep edilmişti. Ayrıca savcılık, belediyeye böyle bir cenazenin teslim edilmediği iddia edildiği takdirde, olay tarihinde hastane polisi olarak görev yapan görevlilerin tespit edilerek kendileriyle telefon görüşmesi yapılmasını, olayla ilgili bilgi alınıp bu bilginin cenazenin gömülü olduğu yerin tespiti için değerlendirilmesini talep etmişti. Son olarak, hiçbir şekilde bir tutanak veya belgeye ulaşılamaması halinde, olay tarihinde imamlık yapan kişilerin ve bu konuda bilgisi olan şahısların dinlenerek titizlikle araştırma yapılıp cenazenin gömülü olduğu yerin tespit edilmesi istenmişti.

26 Haziran 2009 tarihinde Cizre Terörle Mücadele Amirliği, savcılığın talebi doğrultusunda, A.E’den bilgi almıştı. A.E. ifadesinde, belirtilen tarihlerde itfaiye şoförü olarak görev yaptığını, patlama olayını ilk defa duyduğunu, daha önce böyle bir patlamadan haberi olmadığını, o dönemde hastaneye gelen cenazelerin defin işlemlerini imamların yaptığını belirtmişti. 1 Temmuz 2009 tarihinde Cizre Terörle Mücadele Amirliği, savcılığın talebi doğrultusunda, N.E.’den bilgi almıştı. N.E. ifadesinde, belirtilen tarihlerde hastanede, hastane gassali (cenaze yıkama görevlisi) olarak çalıştığını, patlama olayını ilk defa duyduğunu, daha önce böyle bir patlamadan haberi olmadığını, o dönemde hastaneye gelen cenazelerin defin işlemlerini imamların yaptığını, belirtilen tarihlerde imam olarak görev yapan kişilerin hepsinin vefat ettiğini ifade etmişti. 1 Temmuz 2009 tarihinde Cizre Terörle Mücadele Amirliği, savcılığın talebi doğrultusunda, A.Ç.'den bilgi almıştı. A.Ç. ifadesinde, belirtilen tarihlerde hastanede, hastane gassali (cenaze yıkama görevlisi) olarak çalıştığını, bahsi geçen patlama olayı ile ilgili olarak kimden aldığını hatırlamadığı ama parçalanmış şekilde, diz kapağından yukarısı olmayan iki adet bacak ve bu bacaklara ait ayak kısmına giyili vaziyette olan kırmızı renkli iki adet erkek ayakkabısı ve bir adet ne olduğunu bilmediği bir kemik parçasını morg bölümünde yıkadığını, o dönemde hastaneye gelen cenazelerin defin işlemlerini imamlar yaptığı için beden parçalarını belediye görevlilerine teslim ettiğini ancak kime teslim ettiğini hatırlamadığını belirtmiştir. Ayrıca belirtilen tarihlerde imam olarak görev yapan kişilerin hepsinin vefat ettiğini ifade etmiştir.

7 Eylül 2009 tarihinde Cizre İlçe Emniyet Müdürlüğü, Şehit Murat Akançay Polis Merkezi Amirliğinden 10 Haziran 1994 tarihinde hastane polisi olarak görev yapan memurun açık kimlik bilgisini talep etmişti. Aynı gün Şehit Murat Akançay Polis Merkezinden gelen cevap yazısında, anılan tarihte Şehit Murat Akançay Polis Merkezi Amirliğinin bulunmadığını, Çarşı Karakolu ve Dicle Karakolu olmak üzere iki adet karakol bulunduğunu ve hastane polislerini Çarşı Karakolunun görevlendirdiğini yaptıkları araştırma sonucunda tespit ettiklerini ancak Çarşı Karakolu kayıtlarının kendi amirliklerinde bulunmadığını belirtmişti. 29 Eylül 2009 tarihinde Cizre İlçe Emniyet Müdürlüğü, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının 24 Haziran 2009 tarihli mezar yerinin tespitine ilişkin talep yazısına cevaben hazırlanan tutanağı göndermişti. Hazırlanan tutanakta, bilgi alınan hastane gassallerinin ve itfaiye şoförünün ifadelerine yer verilmiş olup, Şehit Murat Akançay Polis Merkezi Amirliğinden gelen cevap yazısı özetlenmişti.

16 Kasım 2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, 2008/1793 numaralı kaydın kapatılmasına ve soruşturmaya eski kayıt olan 1993/492 soruşturma numaralı evrak üzerinden devam olunmasına karar vermişti. 25 Mart 2010 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) 2009/430 numarası üzerinden yürütülen soruşturmaya ilişkin tahkikat aşamasını ve değerlendirmelerini göndermişti. Buna göre öncelikle Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) 2009/906 numaralı soruşturma üzerinden yürüttüğü ve daha sonradan Cizre Cumhuriyet Başsavcılığınca yürütülen soruşturma dosyasının 2009/430 numarasına kaydedildiği belirtilmişti. İlgili soruşturmalara ilişkin olarak 19 adet dosya klasörünün 24 Nisan 2009 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) gönderildiği ifade edilmiş ve bu 19 olaydan Abdülkerim Kalkan’ın öldürülmesi iddialarına ilişkin olarak dava açılmadığının öğrenildiği belirtilmişti.

7 Mayıs 2010 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) gönderdiği fezleke ile, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) 2009/906 numara üzerinden yürütülen soruşturma ile ilgili olarak faili meçhul cinayet, gözaltında kayıp ve diğer şekillerde kayıp iddiaları ile ilgili olarak soruşturmanın Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında 2009/430 numarası üzerinden yürütülmüş olduğunu, bunun dışında savcılığın 2005/975, 2001/1552, 2003/623, 1995/20, 1993/492, 1994/116, 1995/504, 1995/239 ve 2008/1793 numaralı faili meçhul soruşturma evraklarının Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) 2009/906 numarası üzerinden yürütülen soruşturma ile ilgili oldukları belirlendiğinden, dosya asılları 24 Nisan 2009 tarihli yazıları ile Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) gönderildiğini belirtmişti. Savcılık Abdülkerim Kalkan’ın öldürülmesi ile ilgili suç tarihinde olay yerinden elde edilen bir çift ayakkabı 2009/69 emanet numarasında kayıtlı bulunduğunu ve bu çerçevede şeklen 1993/492 soruşturma numaralı dosyanın kapatılması için fezleke düzenlendiğini ifade etmişti. 5 Nisan 2011 tarihinde Abdülkerim Kalkan’ın eşinin, soruşturmanın akıbetini öğrenmek için savcılığa başvurduğunda dosyanın Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığınca (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) yürütülen 2009/906 sayılı faili meçhul ve kayıplar ile ilgili genel soruşturma ile birleştirildiğini öğrenmişti. Bunun üzerine soruşturmanın akıbetini öğrenmek için Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına aldığı bilgileri içeren yazılı bir dilekçe ile başvurmuş, soruşturmanın akıbeti ile ilgili bilgi verilmesini talep etmişti.

Ailesi, dosya içeriğinden Abdülkerim Kalkan’ın cenazesinin Cizre Kimsesizler Mezarlığı’na gömüldüğünü öğrenmişti, ancak hangi mezarın Abdülkerim Kalkan’a ait olduğu hala bilinmiyor. 18 Mayıs 2012 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı ayırma kararı verdi. Buna göre Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) 2009/906 numarası üzerinden yürütülen soruşturmanın Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının 2009/430 numarası üzerinden yürütülmesine karar verildi.

6 Şubat 2013 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 2009/430 numaralı soruşturmasını tamamlayarak, fezlekeyle Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (TMK 10. Maddesi ile Görevli) gönderdi. Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığında dosya 2013/466 soruşturma numarasına kaydedildi.

20 Mart 2014 tarihinde, TMK 10. Maddesi ile görevli ve yetkili Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı, 6526 sayılı yasanın 19. maddesi ile TMK 10. maddesi ile yetkili Cumhuriyet Başsavcılıklarının görevine son verilmesi sebebiyle, yetkisizlik kararı vererek 2013/466 numaralı soruşturma dosyasını Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi, dosya burada 2014/1859 sayılı soruşturma sırasına kaydedildi.

14 Mayıs 2015 tarihinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı ayrıca, 2014/1859 numaralı soruşturma dosyası kapsamında, Cizre İlçe Emniyet Müdürlüğünden; Abdülkerim Kalkan’ın 1994 yılında Cizre ilçesinde öldürülmesi olayı ile ilgili olarak bugüne kadar herhangi bir failin tespit edilip edilmediği ve konu ile ilgili olarak herhangi bir kamu davası açılıp açılmadığının tespitini talep etmiştir. Soruşturmanın bundan sonraki seyrine ilişkin elimizde başkaca bir bilgi bulunmamaktadır.

Haziran 2023 yılında yapılan incelemeye göre; Abdülkerim Kalkan’ın ismi savcılık taramasında Cizre Toplu Dosyası’nda görülmedi. Cizre Toplu Dosyası 55’e yakın klasörden oluştuğu için, klasörlerin tamamı incelenemedi ve savcılık katibinden UYAP ekranı üzerinden görünen bilgiler istendi. Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında yapılan işlemlerde ise Abdülkerim Kalkan ismi herhangi bir şekilde bu dosyada kayıtlı çıkmadı. Şırnak Barosu avukatları ile yapılan görüşmelerde de daha önceki 1993/492 Nolu dosyanın ise şuan Diyarbakır Savcılığında da görülmediği ve akıbetine dair bilgi olmadığını belirtildi. Haziran 2023 itibariyle bilgiler günceldir.