AİHM’nin 21 Şubat 2006 tarihli kararında yer alan bilgilere göre, 23 yaşındaki Mehmet Şah Şeker 9 Ekim 1999 tarihinde akşam saat 18.00 civarında tesisatçı olarak çalıştığı Bismil'deki işyerinden evine gitmek üzere ayrıldı. O tarihten itibaren kendisinden haber alınamadı. Olaydan üç gün sonra, 12 Ekim 1999 tarihinde iki kişi Mehmet Şah Şeker’in babasına 9 Ekim günü dört kişinin bir şahsı beyaz bir arabaya zorla bindirdiğini gördüklerini söylediler. Baba Şeker, 11 Ekim - 5 Kasım 1999 tarihleri arasında Bismil Cumhuriyet Başsavcılığı, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı, Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi, Olağanüstü Hal Bölge Valiliği ve Bölge Jandarma Komutanlığı, Türkiye Büyük Millet Meclisi İnsan Hakları Komisyonu ve İçişleri Bakanlığına birçok dilekçe yazdı; oğlunun kaybolmasına yönelik soruşturma başlatılmasını ve nerede olduğunun kendisine bildirilmesini talep etti. 27 Ekim 1999 tarihinde, baba Şeker oğlunun kaybolmasıyla ilgili olarak TBMM İnsan Hakları Komisyonuna yazdığı dilekçede oğlunun kaybolmadan bir ay önce bir sivil polisle kavgaya karıştığını ve bu tarihten beri polis tarafından tehdit edildiğini; kaybolduğu günden beri çeşitli mercilere yaptığı başvurulara cevap alamadığını belirtti ve Komisyondan olayla ilgili bir soruşturma başlatmalarını talep etti. Baba Şeker'in verdiği dilekçeler üzerine Bismil ve Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılıkları soruşturma başlattı. 1999 ve 2000 yıllarında çeşitli tarihlerde, Bismil ve Diyarbakır Emniyet Müdürlükleri, Mehmet Şah Şeker'in gözaltına alınmadığını ve aramanın devam ettiğini ilgili cumhuriyet savcılığına bildirdi. Hukuki süreçte ilerleme kaydedilmeyince baba Şeker 4 Kasım 1999'da AİHM'ye başvurdu.

Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Savcısı 2000 yılının başında baba Şeker'den Hizbullah evlerinde bulunan cesetlerin DNA'larıyla karşılaştırmak amacıyla kan örneği vermesini talep etti. Şeker, 21 Şubat 2000’de kan örneği verdi ancak 14 Ekim 2004 tarihinde savcılık bulunan kemiklerde yetersiz DNA olduğundan analiz yapılamadığını bildirdi. 7 Temmuz 2000 tarihinde, Diyarbakır Cumhuriyet Savcısı, olayların Bismil'de meydana geldiğini belirterek görevsizlik kararı verdi ve dosyayı Bismil Cumhuriyet Savcılığına gönderdi. Ancak Şubat 2002'ye kadar açılan soruşturma dosyalarında hiçbir ilerleme kaydedilmedi; özellikle muhtemel tanıkları belirlemek için yetkililer kendi inisiyatifleriyle hiçbir adım atmadılar ve Şeker'in kaybolduğu tarihlerde gözaltında bulunan kişilerin ifadeleri alınmadı. 15 Şubat 2002 tarihinde Adalet Bakanlığı Uluslararası Hukuk ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğü, Bismil Cumhuriyet Savcılığından, Mehmet Şah Şeker'in kaybolmasına yönelik etkili soruşturma yapmasını talep etti. Bu talebin ardından, Bismil ve Diyarbakır Cumhuriyet Savcıları, gözaltı kayıtlarını inceledi ve baba Şeker’in ve olay tarihinde Diyarbakır ve Bismil Emniyet Müdürlüklerinde gözaltında olan kişilerin ifadesini aldı.

8 Mart 2002'de Diyarbakır Emniyet Müdürlüğü Terörle Mücadele Şubesi Müdür Yardımcısı, Diyarbakır Cumhuriyet Savcısının istediği gözaltı kayıtlarını gönderirken Mehmet Şah Şeker hakkında Hizbullah faaliyetlerine karıştığı şüphesiyle arama emri çıkarıldığını belirtti. Mart 2005'te, baba Şeker'in avukatlarından biri kendisine Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesinde Hizbullah liderleri aleyhine açılan dava dosyasında Mehmet Şah Şeker'in üniversite kimlik kartının bir kopyasını gördüğünü bildirdi. Bunun üzerine Şeker, Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Savcısından bu belgeyi kendisine sunmasını talep etti ancak savcı söz konusu belgeyi dava dosyasında bulamadığını bildirdi. AİHM 21 Mayıs 2006 tarihinde aldığı nihai kararda, AİHS'nin yaşam hakkını düzenleyen 2. Maddesinin usul yönünden ve etkili başvuru hakkını düzenleyen 13. Maddesinin ihlal edildiğine karar vererek devleti Şeker ailesine manevi tazminat ödemeye mahkûm etti.

Soruşturmanın akıbeti hakkında başkaca bir bilgi mevcut değildir.