AİHM’nin 9 Ekim 2003 tarihli kabuledilemezlik kararındaki bilgilere göre İsa Efe 9 Temmuz 1996 tarihinde ifade vermek üzere gittiği Tepebağ Jandarma Karakolunda gözaltına alındı ancak bir kaç saat sonra ifadesi alınarak serbest bırakıldı, evine döndü. Aynı gün akşam 22.00 sıralarında evi Üçyol Karakoluna bağlı askerler tarafından basıldı ve orada bulunan akrabalarının da tanıklığında elleri, ayakları, gözleri bağlanarak yeniden gözaltına alındı.

Yakınları onu ve başka bir köylülerini alan askerlerin peşinden Üçyol Karakoluna gitti. Gözaltına alınanların bu karakola getirildiklerini orada bulunan başka köylüleri de gördü. Üç günün sonunda askerler gözaltında tutulduğu hücreye gelerek İsa Efe’yi götürmek istedi. İsa Efe kendisi gibi gözaltında bulunan yanındaki V. isimli yeğenine ayağıyla vurarak askerler tarafından hücreden çıkarıldığını haber verdi. Götürüldükten sonra uzun bir süre geçmesine rağmen geri dönmeyince yeğeni görevli askerlere İsa Efe’yi sordu. Asker ona İsa Efe’nin serbest bırakıldığı söyledi.

O günün sabahında İsa Efe dışında gözaltına alınan tüm köylüler serbest bırakıldı. Serbest bırakılanlar arasında İsa Efe’nin olmadığını gören yakınları onu bulabilmek için tüm tanıdıklarına haber verdi. Yakınları savcılığa giderek İsa Efe’nin gözaltına alındıktan sonra kaybolduğuna dair dilekçe vermek istedi ancak savcı dilekçeyi işleme koymadı. Karakoldan İsa Efe’nin yakınlarına serbest bırakıldığı bilgisi dışında bilgi verilmedi.

Resmi kayıtlara göre İsa Efe 9 Temmuz 1996 tarihinde gözaltına alınmış ve ertesi gün 10 Temmuz 1996 tarihinde serbest bırakılmıştı. Bu tarihe ilişkin jandarma tarafından düzenlenen serbest bırakılma zaptını İsa Efe de imzalamıştı. Gözaltı sonrası sağlık raporunu düzenleyen doktor da İsa Efe’nin vücudunda herhangi bir darp izine rastlanmadığını belirtiyordu.

15 Temmuz 1996 tarihinde yakını Sa.E., İsa Efe ile bilgi edinebilmek için Derik Cumhuriyet Savcılığına başvurdu. 17 Temmuz 1996 tarihinde Derik İlçe Jandarma Komutanı Yüzbaşı C.V., İsa Efe’nin serbest bırakılma işlemlerini yürüten Tepebağ Jandarma Karakol Komutanı E.A., telefonla gelen emir üzerine nöbetçi jandarma tabibinin sağlık muayenesinden sonra İsa Efe'nin serbest bırakıldığını ancak o sırada kendisinin karakolda bulunmadığını belirterek İsa Efe’nin yakınlarının müracaatları üzerine kaybolduğundan haberdar olduğunu ifade etti. Nöbetçi subay F.V.K., saat 21.00 civarında, Yüzbaşı C.V.’den İsa Efe’nin serbest bırakılmasına ilişkin telefonla emir gelmesi üzerine sağlık raporu ve serbest bırakılma zaptı düzenlendiğini belirtti. Nöbetçi çavuş D.T., nöbetçi subayın İsa Efe’nin usuli işlemlerin yerine getirildiği büroya arabayla götürülmesini emrettiğini ifade etti. D.T., saat 22.00 sularında, İsa Efe’yi özellikle şahsen serbest bıraktığını ve herhangi bir araca binmeden uzaklaştığını söyledi. Nizamiye nöbetçisi H.Ö., saat 22.00 civarında, nöbetçi çavuşun İsa Efe'yi serbest bıraktığına şahit olduğunu ve şahsın karşı yolda 10 dakika kadar bekledikten sonra herhangi bir araca binmeden uzaklaştığını beyan etti. H.K., E.E. ve K.Y., İsa Efe’nin serbest bırakılmasına ilişkin Yüzbaşı C.V.’den telefonla emir alan nöbetçi subay F.V.K.niın nöbetçi çavuş ile karakoldan ayrıldıklarını ve saat 22.00 civarında geri döndüklerini öne sürdüler.

22 Temmuz 1996 tarihinde, S.E., eşinin akıbetini öğrenebilmek için Derik Cumhuriyet Savcılığına başvurdu ve eşinin serbest bırakılmadığını ve gözaltına alınmasından sonra herhangi bir bilgi edinemediğini bildirdi. 28 Temmuz 1996 tarihinde Üçyol Jandarma Karakol Komutanına vermiş olduğu ifadede S.E., eşinin 9 Temmuz 1996 tarihinde saat 20.00 sularında Üçyol Jandarma Karakolu jandarmaları tarafından gözaltına alındığını ve o andan itibaren eşinden haber alamadığını, köylülerin söylentilerine göre eşinin serbest bırakıldığında bir araç ile uzaklaştığını ve eşinin kaybolma olayında köy korucuları İ.D., S.D. ve O.D.’nin ilgilerinin bulunduğunu savundu. Aynı gün, Üçyol Jandarma Karakol Komutanı, İsa Efe’nin yakınlarının ifadelerini aldı. B.E., A.A. ve Si.E., İsa Efe’nin kaybolmasından sorumlu kişileri bilmediklerini vurguladılar.

29 Temmuz 1996 tarihinde, Üçyol Jandarma Karakol Komutanı, İsa Efe’yi tanımadığını ve kaybolma olayı ile ilgisinin bulunmadığını ifade eden köy korucusu A.S.’yi sorguladı. 1 Ağustos 1996 tarihinde, cumhuriyet savcısı, Derik İlçe Jandarma Komutanlığı ve Emniyet Müdürlüğünden tahkikatın sürdürülmesini ve soruşturmayla ilgili yeni kanıtlar hakkında bilgi verilmesini istedi. Aynı gün, cumhuriyet savcısı, S.E.'nin ve İsa Efe’nin yakınlarının ifadelerine başvurdu. S.E., daha evvel ileri sürmüş olduğu iddiaları yineledi ve V.A. adlı görgü tanığının ismini verdi. Yine karakolda gözaltına alınan V.A., 10 Temmuz 1996 tarihinde saat 22.00 sularında İsa Efe'yi serbest bırakmak için iki jandarmanın geldiğini ve dışarıda bir araç beklediğine dair bir duyum aldığını belirtti. Olaydan iki gün sonra, nöbetçi subay tarafından sorgulanan nöbetçi jandarma, İsa Efe’nin serbest bırakıldığı sırada üç kişinin bulunduğu bir aracın nizamiyede beklediğini ve ayrıca olay günü Yüzbaşı C.V.’nin da karakolda hazır bulunduğunu belirtti. Sa.E., cumhuriyet savcısına verdiği 28 Temmuz 1996 tarihli ifadesini yineledi. 2 Ağustos 1996 tarihinde, cumhuriyet savcısına vermiş olduğu ifadede Kocatepe köyü muhtarı A.T., V.A.’nın İsa Efe’nin akıbetiyle ilgili bilgi edinmek için uğradığı Tepebağ Jandarma Karakolu girişine müsaade edilmediğini dile getirdi. Karakol komutanı E.A. ile yaptığı bir görüşme sırasında, muhtar, İsa Efe’nin bir araçla götürüleceğine dair jandarmalardan bir duyum aldığını öne sürdü.

5 Ağustos 1996 tarihinde, cumhuriyet savcısı, İ.D., S.D., O.D. ve A.S. adlı köy korucuları ve bir gün sonra 6 Ağustos 1996 tarihinde ise jandarma erleri D.T., H.Ö. ve H.B. hakkında ihzar müzekkeresi çıkardı. 7 Ağustos 1996 tarihli ifadelerinde, Y.P., H.Ö. ve D.T., 17 Temmuz 1996 tarihinde vermiş oldukları ifadeleri cumhuriyet savcısı karşısında yinelediler. 12 Ağustos 1996 tarihinde ifadeleri alınan köy korucuları İ.D., S.D. ve O.D. kaybolma olayı ile ilgilerinin bulunmadığını, İsa Efe'yi tehdit ettiklerine dair iddiaları kabul etmediklerini belirtti. Olay günü saat 20.30 civarında, O.D ve İ.D. köylerinin yakınlarında çıkan yangını bildirmek için Üçyol Jandarma Karakoluna uğradıklarını, S.D. ise yangın mahalline gittiğini iddia etti.

12 Ağustos 1996 tarihinde, cumhuriyet savcısı, İncesu köyü muhtarı ve köy korucusu A.S. hakkında ihzar müzekkeresi hazırladı. 12 Ağustos 1996 tarihli yazıda, Diyarbakır Emniyet Müdürlüğü, cumhuriyet savcısına İsa Efe’ye ilişkin tahkikatın devam ettiği bilgisini iletti. 20 Ağustos 1996 tarihli ifadesinde, A.S. cumhuriyet savcısına, İsa Efe'yi tanımadığını ve hiçbir şekilde kaybolma olayı ile ilgisinin bulunmadığını öne sürdü. 19 Eylül 1996 tarihinde, cumhuriyet savcısı, İsa Efe ile birlikte aynı karakolda gözaltına alınan Ş.A. hakkında ihzar müzekkeresi düzenledi. 19 Eylül 1996 tarihinde, cumhuriyet savcısı tarafından ifadesi alınan M.S., nöbet tutulan yerden karakola giren ve çıkan kişileri tanıma imkânının bulunmadığını belirtti.

24 Eylül 1996 tarihinde, cumhuriyet savcısı, İsa Efe’nin tutuklanma gerekçeleri, gözaltı süresi, hakkında açılan soruşturmalar, düzenlenen sağlık raporları ve Tepebağ Jandarma Karakolunda 10 Temmuz 1996 tarihinde saat 22.00 sularında nöbette bulunan jandarma subay ve erlerin listesi hakkında Derik İlçe Jandarma Komutanlığından bilgi istedi. 4 Ekim 1996 tarihli ifadesinde, Ş.A., İsa Efe’nin bir gün gözaltında tutulduktan sonra 10 Temmuz 1996 tarihinde saat 22.00 civarında serbest bırakıldığını dile getirdi. 17 Ekim 1996 tarihli bilgi yazısında, Derik İlçe Jandarma Komutanlığı, İsa Efe’nin 9 Temmuz 1996 tarihinde saat 20.00 civarlarında Üçyol Jandarma Karakoluna bağlı jandarmalar tarafından yakalandığını, sorgulanmak üzere Tepebağ Jandarma Karakoluna götürüldüğünü ve 10 Temmuz 1996 tarihinde saat 22.00 sularında serbest bırakıldığını ve ayrıca, O.D.’nin İsa Efe aleyhinde tanıklık yapmayı reddetmesi üzerine kaybolan kişi hakkında herhangi bir soruşturma açılmadığını belirtti. Söz konusu yazı ile birlikte sağlık raporu, gözaltı tutanakları, serbest bırakma zaptı ve nöbet listesi iletildi.

22 Ekim 1996 tarihinde, cumhuriyet savcısı, İskenderun, Karşıyaka ve Aslanapa Cumhuriyet Savcılıklarına sırasıyla E.A., T.S. ve F.V.K.’nin ifadelerinin alınmasını talep etti. 31 Ekim 1996 tarihinde, Derik İlçe Jandarma Komutanı Yüzbaşı C.V.’nin Zonguldak’a tayinine ilişkin cumhuriyet savcısına bilgi verdi. Üçyol Jandarma Karakol Komutanı V.Ö., 4 Kasım 1996 tarihinde, cumhuriyet savcısına vermiş olduğu ifadesinde, 9 Temmuz 1996 tarihinde İ.E.’nin Kocatepe köyünde yakalandığını ve Derik İlçe Jandarma Komutanının emri üzerine Derik İlçe Jandarma Komutanlığında gözaltına alınarak hakkında tutanak tutulduğunu belirtti. 5 Kasım 1996 tarihinde, Aslanapa Cumhuriyet Savcılığı, F.V.K. hakkında ihzar müzekkeresi düzenledi. Aynı gün, Aslanapa İlçe Jandarma Komutanlığı F.V.K.’nin Gönen Sağlık Ocağı’nda görevli olduğuna dair Aslanapa Cumhuriyet Savcılığına bilgi verdi. 15 Kasım 1996 tarihinde, Karşıyaka Cumhuriyet Savcılığı, Yüzbaşı C.V.’nin şoförü T.S.’yi dinledi.

20 Kasım 1996 tarihinde, cumhuriyet savcısı, Gönen ve Zonguldak Cumhuriyet Savcılıklarından sırasıyla F.V.K.’nin ve C.V.’nin ifadelerinin alınmasını talep etti. 25 Kasım 1996 tarihinde, cumhuriyet savcısı, 12 Ağustos 1996 tarihli ifadelerini yineleyen O.D. ve İ.D.’nin ifadelerine tekrardan başvurdu. 29 Kasım 1996 tarihinde, Zonguldak Cumhuriyet Savcılığı, C.V. hakkında ihzar müzekkeresi düzenledi. 5 Aralık 1996 tarihinde, cumhuriyet savcısı, O.D. aleyhinde yürütülen soruşturmalar ve şahsın ifadesine göre yakalanan kişilerin isimleri hakkında bilgi verilmesini istedi.

13 Aralık 1996 tarihinde Zonguldak Cumhuriyet Savcısına ifade veren C.V., İsa Efe’nın isminin iki itirafçı tarafından verildiğini, uzunca bir süre bulunamadığı için hakkında herhangi bir tahkikat başlatılamadığını, 10 Temmuz 1996 tarihinde yakalandığını öğrenince O.D.’den aleyhinde tanıklık yapması istediğini ancak intikam korkusu nedeniyle kabul etmediğini, delil yetersizliğinden dolayı telefonla arayan nöbetçi subayına İsa Efe’nin serbest bırakılmasına dair emir verdiğini, ertesi gün İsa Efe’nin kaybolduğunu öğrendiğini ve cumhuriyet savcısının istemi üzerine jandarmanın, personelin ve olayla ilgili diğer şahısların ifadelerine başvurduğunu dile getirdi.

Nöbetçi Subay F.V.K., 20 Aralık 1996 tarihinde Gönen Cumhuriyet Savcılığına vermiş olduğu ifadede 17 Temmuz 1996 tarihli ifadesini yineledi ve Yüzbaşı C.V.’nin Tepebağ Jandarma Karakoluna saat 21.45 sularında yanında yakınları olduğundan şüphe duyulmayan iki kişiyle birlikte İsa Efe’yi almaya geldiğini, jandarma karakolunun çıkışında Yüzbaşı C.V.’nin getirdiği 35 (il) plakalı araçla adı geçeni götürdüğünü belirtti. Adı geçenlerin Kocatepe köyünün yolunu tuttuğunu, yüzbaşının, İsa Efe’nin serbest bırakılmasının ardından 15 dakika sonra jandarma karakolundan ayrılarak ters istikamette yol aldığını iddia etti. Nöbetçi subay, İsa Efe’nin ifadesinin aynı yüzbaşı tarafından alındığını ekledi.

4 Şubat 1997’de İskenderun Cumhuriyet Başsavcılığı, Tepebağ Jandarma Karakol Komutanı E.A.’nın ifadesine başvurdu, anılan kişi 17 Temmuz 1996 tarihli ifadesini tekrarladı. 21 Mayıs 1997 tarihinde cumhuriyet savcısı, Zonguldak Cumhuriyet Savcılığından, çelişkili ifadeleri nedeniyle C.V.’nin ifadesinin yeniden alınmasını talep etti. 26 Mayıs 1997’de Derik Jandarma Komutanlığı, cumhuriyet savcısına Tepebağ Jandarma Karakolunun nöbet mahallinin karakol giriş çıkışlarının yer aldığı ayrıntılı krokiyi iletti. Zonguldak Cumhuriyet Savcısı tarafından 17 Temmuz 1997 tarihinde yeniden ifadesine başvurulan C.V., O.D.’nin itirafta bulunduğu ifadesine dayalı olarak tutuklananlar arasında İsa Efe’nin da yer aldığını belirterek, bu ifade ile İsa Efe’nin ifadesi arasında önemli sayıda kişinin tutuklandığını, yeterli delilin bulunmaması ve bir kaza nedeniyle yaklaşık yedi ay boyunca birçoğu hakkında bilgi elde edilemediğini söyledi. C.V. olayların meydana geldiği sıradaki yoğun aktiviteler nedeniyle Tepebağ Jandarma Karakoluna günde pek çok kişinin geldiğini fakat 10 Temmuz 1997’de saat 21.45 sularında kimin geldiğini hatırlamadığını dile getirerek Tepebağ Jandarma Karakoluna 35 [il] plakalı araçla hiçbir zaman gitmediğini iddia etti. Ayrıca İsa Efe’nin saat 21.45’te salıverilmesi ile ilgili olarak Tepebağ Jandarma Karakolunun ıssız bir yerde bulunmadığını, geç bir saatte mezkûr kişinin dışarıda olmasının hiçbir tehlikesi bulunmadığının iddia etti.

6 Ekim 1997’de cumhuriyet savcısı, Eskişehir ve Erzurum Cumhuriyet Savcılıklarından jandarma eri H.Ö.’nün ve Y.A.’nın ifadelerinin alınmasını talep etti. 22 Ekim 1997 tarihinde Erzurum Cumhuriyet Savcısı Y.A. hakkında ihzar müzekkeresi çıkardı. 10 Kasım 1997’de hazırlanan tutanakta Y.A.’nın tüm aramalara karşın bulunamadığı belirtildi. 24 Kasım 1997 tarihinde, Bandırma Cumhuriyet Savcılığı, H.Ö. hakkında ihzar müzekkeresi düzenledi. 1 Aralık 1997 tarihinde cumhuriyet savcısı tarafından ifadesi alınan H.Ö., 7 Ağustos 1996 tarihinde aynı cumhuriyet savcısına vermiş olduğu bir önceki ifadeyi yineledi.

15 Ocak 1998 tarihinde, cumhuriyet savcılığı, gözaltı tutanaklarını, serbest bırakılma zaptını, görgü tanıklarının ifadelerini dikkate alarak, S.E. ve Sa.E.’nin şikâyeti hakkında takipsizlik kararı verdi. Ayrıca, şikâyetçilerin iddialarını desteklemek amacıyla herhangi bir kanıt sunamadıklarını vurguladı. Aynı gün, cumhuriyet savcısı, Derik İlçe Jandarma Komutanlığından söz konusu kararı şikâyetçilere tebliğ etmesini istedi. 19 ve 24 Şubat 1998 tarihlerinde, jandarma takipsizlik kararını Sa.E. ve S.E.'ye bildirdi. 5 Mart 1998 tarihinde, Derik İlçe Jandarma Komutanlığı, ilgili tebligatı cumhuriyet savcılığına gönderdi. Böylece kapanan dosya sonrası Efe ailesi AİHM'ye başvurdu ancak mahkeme soruşturma dosyasında yaptığı inceleme sonrasında İsa Efe'nin zorla kaybedilmesi ile ilgili yürütülen soruşturmanın etkisiz olarak değerlendirilemeyeceğine hükmederek 9 Ekim 2003 tarihinde kabuledilemezlik kararı verdi.