Çetin Birlik'in 31 Mart 1995 tarihinde Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına müracaat ederek, abisi Kemal Birlik ve onu cezaevinden almaya giden babası Abdulbaki Birlik ile abisi Zübeyir Birlik'ten bir daha haber alamadıklarını, öldürüldüklerinden şüphelendiklerini belirterek, gerekli soruşturmanın yapılmasını talep etmesi üzerine 1995/251 numaralı soruşturma başlatıldı. Soruşturma kapsamında Zeki Alabalık’ın kızı E.A.’nın müşteki sıfatıyla ifadesine başvuruldu.

Savcılık tarafından Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanlığından araştırma yapılmasının istenmesi üzerine Komutanlık 11 Nisan 1995 tarihli cevabi yazısında "Zeki Alabalık ve Kemal Birlik'in 29 Mart 1995 günü saat 10.00'da Kızıltepe Kapalı Cezaevi’nden tahliye edildiklerini, sonra Kızıltepe ilçesi Şenyurt Kavşağına doğru gittiklerinin belirlendiğini ve başkaca bir bilgiye ulaşılamadığını" belirtti.

Meliha Birlik’in Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına yaptığı başvuru üzerine başlatılan 2000/246 numaralı soruşturma dosyası 16 Şubat 2000 tarihinde görevsizlik kararıyla Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildi. 2 Haziran 2000 tarihinde 1995/251 numaralı soruşturmayla birleştirildi.

27 Ekim 2008 tarihinde İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığının 2008/1756 numaralı dosya üzerinden yürüttüğü, kamuoyunda Ergenekon Soruşturması olarak anılan soruşturma kapsamında gizli tanık Aydos verdiği ifadede "Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanı Hasan Atilla Uğur’un terörle mücadele adı altında bölgede birçok cinayet, işkence, karanlık faaliyetler gerçekleştirdiğini," beyan etti. Bunun üzerine savcılık söz konusu iddialarla ilgili kısmı dosyadan ayırarak araştırması için Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (TMK 10. Maddesi ile Görevli) gönderdi.

Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığınca (TMK 10. Maddesi ile Görevli) 2009/3586 numaralı dosya üzerinden soruşturma başlatıldı. Bu kapsamda müşteki sıfatıyla Kemal Birlik’in kardeşi Çetin Birlik ile Zeki Alabalık’ın kardeşi Cahit Alabalık’ın ve tanık sıfatıyla Zeki Alabalık ve Kemal Birlik ile aynı koğuşta kalmış olan H.A.’nın ifadesine başvuruldu. 10 Ocak 2013 tarihinde Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına hitaben "Gizli tanığın ifadesinde geçen olaylar ile benzeri olaylara ilişkin kapsamlı araştırma yapılması" talimatı yazıldı. Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığı olayların talimat bürosu üzerinden araştırılamayacak kadar geniş kapsamlı olduğunu belirterek, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının uygun bulmasıyla, 13 Şubat 2013 tarihinde 2013/464 numaralı dosya üzerinden soruşturmaya başladı. Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığının 1995/251 numaralı soruşturması da 2013/464 numaralı soruşturmayla birleştirildi. Bu kapsamda tanık sıfatıyla B.K. ve İ.İ. dinlendi.

11 Haziran 2013 tarihinde kayıp yakınları avukatı tarafından Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına sunulan dilekçede "1995 yılında cezaevinden tahliye olduktan sonra kaybolan Kemal Birlik ve Zeki Alabalık ile bu şahısların iki akrabasının Kızıltepe ilçesi Yurtderi köyünde bulunan kilise içindeki kuyuya atıldıklarına dair harici bilgi elde edildiği" beyan edildi. Bunun üzerine 13 Haziran 2013 günü bölgede kazı yapıldı ve söz konusu kuyu içinde parçalanmış vaziyette toplam 612 adet insan kemiği ile iki adet bez parçası bulundu. Bulunan kemikler kayıp yakınlarının DNA profiliyle mukayese edilmek üzere İstanbul Adli Tıp Kurumu Başkanlığına gönderildi. İstanbul Adli Tıp Kurumu Başkanlığı Biyoloji İhtisas Dairesinin 4 Haziran 2014 tarih ve 1210 sayılı raporuyla kemiklerden bazılarının Zübeyir Birlik'e ait olduğu belirlendi. 4 Mart 2014 tarih ve 2137 sayılı raporu ile de kemiklerden bazılarının Zeki Alabalık'a ait olduğu belirlendi. Bu dosya 3 Temmuz 2013 tarihinde 2013/94 numaralı fezlekeye bağlanarak Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (TMK 10. Maddesi ile Görevli) gönderildi. Burada soruşturmaya 2013/1886 numaralı dosya üzerinden devam edildi. 6 Mart 2014 tarihinde Resmi Gazetede kabul edilerek yasalaşan 6526 sayılı Kanun ile TMK 10. Maddesi ile görevli cumhuriyet başsavcılıklarının görevlerine son verilmesi üzerine dosya Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına gönderilerek, 2014/1052 numaralı soruşturma numarasını aldı.

Mardin Cumhuriyet Başsavcılığı delilleri değerlendirerek, 20 Temmuz 2014 tarihinde 1992 ile 1996 yılları arasında Mardin’in Kızıltepe ilçesinde zorla kaybedilen ve yasa dışı keyfi infaz edilen 22 kişiye ve köy yakmalara ve boşaltmalara ilişkin bir iddianame düzenledi. İddianamede bu eylemlerin “Sistematik” bir şekilde JİTEM faaliyeti olduğu, bu yapının da devlet bağlantısı bulunduğu vurgulandı. “Kemal Birlik ve Zeki Alabalık'ın tahliye oldukları 29 Mart 1995 günü kendilerini karşılamaya gelen Abdulbaki Birlik ve Zübeyir Birlik ile birlikte JİTEM tarafından alıkonup kaçırılarak öldürüldükleri yönünde kuvvetli şüphe içeren delillerin mevcut olduğu anlaşılmıştır” tespitinde bulunuldu.

Şüpheli Hasan Atilla Uğur, Eşref Hatipoğlu ve Ahmet Boncuk‘un örgütün Kızıltepe ve Diyarbakır yöneticileri oldukları, dönem itibariyle Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanlığında görevli olan Ünal Alkan'ın JİTEM’e üye olduğu, Kızıltepe’de bu örgüte bağlı olarak geçici köy korucularından ve itirafçılardan oluşan "Bıçak Timi" adı altında bir timin mevcut olduğu, bu timin korucular Abdurrahman Kurğa, Ramazan Çetin, Mehmet Salih Kılınçaslan, Mehmet Emin Kurğa ve İsmet Kandemir ile asker olan Ünal Alkan'dan oluştuğu, Bıçak Timi'nin 1992 ile 1996 yılları arasında faaliyet gösterdiği belirtildi.

İddianame Mardin 2. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi ancak mahkeme gördüğü ilk duruşmada nakil kararı verilmesini talep etti. Bunun üzerine Yargıtay 5. Ceza Dairesi tarafından “Güvenlik gerekçesiyle” davanın Ankara’ya nakledilmesine karar verildi. Dava Ankara 5. Ağır Ceza Mahkemesinde görülmeye başlandı. 3 Mart 2015 tarihli ilk duruşmada sanıklardan emekli Albay Hasan Atilla Uğur ile dönemin Diyarbakır İl Jandarma Komutanı Albay Eşref Hatipoğlu’nun rütbeleri sebebiyle, yargılanmaları için Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu’ndan (HSYK) izin alınması gerektiğine karar verildi. Yargılama izin alınana dek durduruldu. 18 Ekim 2015 tarihinde görülen duruşmada ise HSYK’dan cevap gelmediği gerekçesiyle bir sonraki duruşma 15 Ocak 2016 tarihine ertelendi. 15 Ocak 2016 tarihli duruşma öncesi HSYK’nın sanıkların “Silahlı örgüt kurmak” ve “Tasarlayarak insan öldürmek” suçlarından yargılandıkları için izin alınmasına gerek olmadığına ve doğrudan kovuşturma yapılabileceğine hükmeden kararı mahkemeye ulaştı. 24 Haziran 2016 tarihinde tüm sanıkların duruşmalardan vareste tutulmasına karar verilen davada hiçbir gelişme kaydedilmeden 9 Eylül 2019 tarihinde tüm sanıklar hakkında zamanaşımı, suç unsurlarının oluşmaması ve suçun sabit olmaması gerekçeleriyle beraat kararı verildi. Ankara Bölge Adliye Mahkemesi 19. Ceza Dairesi 14 Temmuz 2021 tarihinde ve beraat ve düşme kararlarının “Hukuka uygun, yasal ve yeterli olarak açıklanan gerekçeye göre verilen hükümde bir isabetsizlik bulunmadığı” gerekçesiyle onanmasına, istinaf başvurusunun esastan reddine karar verdi. Bunun üzerine Yargıtay başvurusu yapılan dosya hala Yargıtay önünde bekliyor. Davayla ilgili detaylı bilgi için lütfen bkz. http://failibelli.org/dava/kiziltepe-jitem-davasi/

Davada şüpheli sıfatıyla yargılanan Hasan Atilla Uğur 2007 yılında albay rütbesiyle emekli oldu. Ergenekon Soruşturması kapsamında 1 Temmuz 2008 tarihinde gözaltına alınmış, savcı tarafından mahkemeye sevk edilerek tutuklanmış, özel yetkili mahkemeleri kaldıran, tutukluluğu azami beş yılla sınırlayan yasa değişikliğiyle, hakkında verilmiş ceza hükmü olmasına rağmen Mart 2014'te tahliye edilmişti. Yargıtay’da bozulan karar üzerine yeniden yargılama sonucunda 2019 yılında Ergenekon Davası’ndan beraat etti. Diğer sanık emekli Albay Eşref Hatipoğlu ise emekli Üsteğmen Tünay Yanardağ ile birlikte Lice'de 1993 yılında Jandarma Bölge Komutanı Tuğgeneral Bahtiyar Aydın'ın da aralarında bulunduğu ikisi asker 17 kişinin ölümüyle ilgili 1 Nisan 2015 tarihinde Diyarbakır’da açılan, daha sonra güvenlik gerekçesiyle önce Eskişehir daha sonra İzmir’e taşınan davada tutuksuz yargılanmış; 7 Aralık 2018 tarihli son duruşmada beraat etmişti.