Silopi Cumhuriyet Başsavcılığınca yürütülen soruşturma dosyası, Ergül ailesinin beyanları ve çeşitli basın-yayın organlarında çıkan haberlere göre Hasan Ergül evli ve altı çocuk babasıydı. Ailesi ile birlikte Silopi'nin Kortik köyünde yaşıyor, çiftçilik yaparak geçimini sağlıyordu. 23 Mayıs 1995'te Hasan Ergül, traktörüne bağlı buğday dolu römorkla Silopi’ye doğru yola çıktı. Yanında doktora götürdüğü küçük oğlu da vardı. Silopi çıkışında Ova Petrol denilen bölgede üç taksi tarafından durduruldu ve taksilerden inen dört silahlı kişi Hasan Ergül’ü kendi traktöründen alıp arabaya bindirerek götürdü. Hasan Ergül’ün üç yaşındaki oğlu çalışır vaziyette bulunan traktörde bırakıldı. Saatler sonra bir tanıdıkları istop edilmeden bırakılmış traktörün üstünde çocuğu buldu ve evine götürdü. Eşi H. Ergül çocuğun yanında babasının olması gerektiğini söyledi, fakat oğullarını getiren kişinin Hasan Ergül’den haberi yoktu. Çocuğu nerede bulduğunu sorarak traktörün yerini de öğrenmiş oldular ve gidip traktörü aldılar ancak Hasan Ergül'ün akıbetine ilişkin hiçbir bilgi edinemediler.

2009 yılında basına yansıyan bilgilere göre itirafçı Abdülkadir Aygan, 2004 yılında bir gazeteye verdiği röportajda "Hasan isimli Silopili bir şahıs, Çukurca köyünden olması gerekir. JİTEM'de çalışan ve maddi durumu iyi olan, ismi C. soyadı A. olan 'Koçero' lakaplı kişi, Hasan adlı kişiyi alarak, Silopi timine götürdü. Ardından Diyarbakır timine, sonra da Elazığ timine götürülen Hasan öldürüldü. Burada da cesedi çuval içerisine konularak Hazar Gölü'ne atıldı," demiş ancak aile, açıklamanın yapıldığı dönemde de Hasan Ergül'ün akıbetini soruşturmaktan çekinmişti. Ergenekon soruşturması ile başlayan süreçle cesaretlenen Hasan Ergül'ün kardeşleri, Aygan'ın bu açıklamalarından yola çıkarak, 2009 başında kardeşlerinin akıbetini öğrenmek için girişimlere başladı.

İki kardeş önce Silopi Savcılığına dilekçe verdi. Nisan ayında ise Elazığ'a giderek Aygan'ın tarif ettiği Hazar Gölü çevresinde kardeşlerinin akıbetini araştırdı. Hazar Gölü'nde balıkçılık yapan bazı görgü tanıkları, 1995 yılında biri torba içinde, diğeri çıplak halde iki erkek bedeni bulduklarını anlattı. Ergül kardeşler, bu bilgi üzerine 9 Nisan 2009'da Elazığ Cumhuriyet Başsavcılığına başvurdu. Edinilen bilgiye göre, balıkçıların, buldukları cenazeleri Elazığ Emniyetine bildirmeleri üzerine savcılık devreye girmiş, cenazeler, fotoğrafları çekilip Adli Tıp Kurumunda otopsi yapıldıktan sonra kimlikleri tespit edilemediği için kimsesizler mezarlığına gömülmüştü. Elazığ Cumhuriyet Savcısı, 1995 yılına ait sahipsiz cenazelerle ilgili dosyaları tek tek çıkararak Ergül kardeşlere gösterdi. Ergül kardeşler, kardeşleri Hasan Ergül'ü dosyadaki fotoğraflardan teşhis etti. Elazığ Cumhuriyet Savcısının kararı ile mezar 14 Nisan 2009'da açıldı ve kemik numuneleri alındı. Alınan numuneler Hasan Ergül kaçırılırken yanında olan oğlundan alınan kan numuneleri ile karşılaştırılmak üzere Adli Tıp Kurumuna gönderildi.

Yapılan DNA testinde kemiklerin Hasan Ergül'e ait olduğu belirlendi ve cenaze ailesine teslim edildi. Hazırlanan rapor, 2013 başında Elazığ Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildi. Ergül ailesi, kayıp kişilerle ilgili soruşturma çerçevesinde tutuklanan Kayseri Jandarma Alay Komutanı Albay C.T. ve K.S. hakkında Elazığ Cumhuriyet Başsavcılığına suç duyurusunda bulundu.