AİHM’nin 23 Ocak 2013 tarihli nihai kararındaki ifadelere göre 28 Eylül 1999 tarihinde Hakkari’nin Şemdinli ilçesine bağlı Öveç yaylasında operasyon düzenleyen Kayseri 1. Dağ Komando Tugayı'na bağlı 2. ve 3. Tabur askerleri, yaylada keçilerini otlatmakta olan Mehmet Arıcı’yı gözaltına aldı. Askerler daha sonra, az ilerde Mehmet Arıcı gibi Bozyamaç köyünden olan ve keçilerini otlatan iki çobanın, Burhan Eren ve Emin Eren’in yanına geldi. Üç çobanın üzerini arayan askerler, çırılçıplak soyma tehdidiyle çobanların üzerlerindeki tüm para ve eşyaları istedi; Mehmet Arıcı’nın üzerinde hiç para olmadığını anlayınca da çırılçıplak soydular. Askerler daha sonra bu üç kişiyi, Kayseri 2. ve 3. Komando Taburlarından bir grup askerin, işportacılık amacıyla bölgeye geldiği sanılan 5 Iraklı ve Yeşilova mezrasında ikamet eden Muhsin Güngör’ü gözaltında tuttukları, yaklaşık 50 metre uzaklıktaki yere götürdü. Diğer altı kişinin de üzerleri soyuldu, üstlerindeki para, kimlik ve saatlere el konuldu. Askerler Burhan Eren ve Emin Eren’e diğer yedi kişiden tanıdıkları olup olmadığını sordu; Erenler sadece aynı köyden oldukları Mehmet Arıcı’yı tanıdıklarını söyledi. Askerler daha sonra Burhan ve Emin Eren’i serbest bıraktı. İkili, en son olarak, diğer yedi kişinin çıplak bir şekilde elleri kemerleri ile arkadan bağlanmış bir şekilde Güzelkonak istikametine doğru yürütüldüğünü gördü.

Aynı gün, Kayseri Komando 2. ve 3. Tugayına bağlı birtakım askerler Mehmet Arıcı’nın evinde üç kez arama yaptılar ancak herhangi bir suç unsuru bulamadılar. İkinci ve üçüncü aramada askerlerin yanında Rakıp adlı bir köylü de bulunuyordu. Mehmet Arıcı’nın eşi, Rakıp’a hangi nedenle evinde üç kez arama yaptıklarını sordu ancak bir cevap alamadı. Askerlerin başındaki komutan, Mehmet Arıcı’nın gözaltına alındığını söyledi ancak Nihayet Arıcı Türkçe bilmediği için kocasının gözaltına alınış nedenini soramadı. Mehmet Arıcı o gece eve gelmedi. Aynı gece köyün arka tarafından kesik makineli tüfek ateşi sesleri duyuldu ancak Arıcı ailesi Mehmet Arıcı’nın gözaltında olduğunu düşündü ve gece olduğu için de olay yerine gidemedi. Ertesi gün, 29 Eylül 1999 tarihinde, diğer köylülerle birlikte Mehmet Arıcı’yı aramaya çıktılar ancak keçileri bulmalarına rağmen Mehmet’in izine rastlayamadılar. Mehmet Arıcı’nın eşi olayı muhtara da haber verdi.

Bozyamaç köyü muhtarı, daha sonra verdiği ifadelerinde, 28 Eylül 1999 tarihinde saat on ikiye doğru Jandarma karakolundan çağrıldığını ve kendi aracıyla karakola gittiğini belirtti. Jandarma A. M. ile konuşmuş, kendisine Kayseri 2. ve 3. Komanda Taburu komutanlarının kendisiyle görüşmek istediği söylenmişti. A. M. ile birlikte Kayseri Komando Taburu Karargahına gitmiş ve saat 17.30’a doğru Kayseri Tabur Komutanı ile görüşmüştü. Komutan, kendisine Kayseri komandolarının Bozyamaç Köyü civarında bir askeri operasyon yaptıklarını söyledi. Bu operasyon sırasında beş Iraklı ve Mehmet Arıcı’yı gözaltına almışlardı; gözaltına alınanlar jandarmalara teslim edilecekti. Muhtar, 29 Eylül 1999 tarihinde, garnizona gelmesini isteyen Şemdinli Jandarma Karakolu Komutanı S. S.’yi aradı ve S. S. kendisine köylerinin arka tarafında silahlı çatışma olduğunu ve Kayseri komandolarının ifadelerine göre, yedi teröristin ölü ele geçirildiğini söyledi. Jandarma Komutanı, muhtardan, Kayseri komandolarının ifadelerini teyit etmek için çatışma mahalline gelmesini istedi.

Köylüler muhtar ile birlikte, 30 Eylül 1999 tarihinde, Mehmet Arıcı ve diğer kayıpları aramaya çıktı. Aynı gün saat 20.30’a doğru köylüler, Bozyamaç’a yaklaşık sekiz kilometre uzakta, Güzelkonak yamacında Ayıyatağı denilen mevkide, Mehmet Arıcı, Muhsin Güngör ve diğer beş Iraklı köylünün çıplak cansız bedenlerini, taşlık bir arazide üst üste gömülmüş şekilde buldu. Muhtar Cumhuriyet Savcısına haber verdi. Savcı, mayınlardan ve güvenlik tedbirlerinin yetersizliğinden dolayı muhtardan bedenleri Bozyamaç’a getirmesini istedi. Muhtar da bedenleri arabayla Bozyamaç İlkokuluna getirdi.

Cumhuriyet Savcısının 30 Eylül 1999 tarihinde düzenlediği ve muhtarın da imzaladığı tutanakta, yedi kişinin cansız bedeninin bulunduğu olay yerinde, askerler tarafından kullanılan G-3 tüfeklerine ait 7,62 mm çapında 79 mermi kovanının bulunduğu belirtildi. Bedenlerin gömüldüğü yerin on metre kadar yakınında kan izleri tespit edildi ve otopsi sırasında maktullerin başlarına ve göğüs bölgelerine isabet eden mermilerle öldürüldükleri saptandı. Maktuller yaklaşık 50 cm derinlikte taş ve toprakla bir çukura üst üste gömülmüştü ve üzerlerinde ayakkabıları hariç hiçbir şey yoktu.

Şemdinli Cumhuriyet Savcılığı, açtığı soruşturma kapsamında Mehmet Arıcı’nın eşi ve kızını, ev araması sırasında hazır bulunan Rakıp adlı köylüyü, köy muhtarını ve iki görgü şahidi olan Burhan ve Emin Eren’i dinledi. İfadelerin alınmasından sonra, 7 Ekim 1999 tarihinde, Şemdinli 1. Komando Birliğine Kayseri 2. ve 3. Taburlarının Bozyamaç köyünde inceleme ve arama yapıp yapmadıklarını sordu ve ilgili askerlerin isimlerini istedi. Aynı bilgiyi aynı gün içinde Şemdinli Jandarma Komutanlığından da istedi. Şemdinli 1. Komando Komutanı 11 Ekim 1999 tarihinde, Şemdinli Jandarma Karakolu Komutanı da 19 Ekim 1999 tarihinde, Cumhuriyet Savcısına kendi birliklerinin Bozyamaç köyünde araştırma ve arama yapmadıklarını bildirdi. Savcılık daha sonra, 15 Kasım 1999 tarihinde, 285 sayılı olağanüstü hal bölge valiliği ihdası hakkında kanun hükmünde kararnamenin 4. paragrafının i bendine istinaden, ilgili şahıs yedi kişinin şiddet kullanılarak öldürülmesi ve soyulması olayının şüpheli faillerinin Kayseri 2. ve 3. Komando Taburu askerleri olması gerekçesiyle ratione metaria yetkisizlik kararı verdi ve dosyayı Şemdinli İlçe İdare Kuruluna havale etti.

Şemdinli İlçe İdare Kurulunda soruşturmayı yapmak için tayin edilen görevli de aile yakınları, görgü tanıkları ve muhtarın ifadelerini aldı. 11 Aralık 2000 tarihinde, Şemdinli Kaymakamı, cevapsız kalan 17 Ocak 2000 tarihli yazısına atıfla, askeri yetkililerden haklarında adam öldürme ve gasp soruşturması açılan Kayseri 2. ve 3. Tabur askerlerinin istinabe yoluyla ifadelerinin alınmasını istedi. Şahitlerin ve müteveffaların yakınlarının ifadelerini aldıktan sonra, kaymakamın art arda tayin ettiği görevliler birçok kez askeri yetkililerden Kayseri Komando 2. ve 3. tabur komutanlarının dinlenmesini talep ettiler. Şahitler ve tarafların ifadeleri birer kez daha bu sefer Jandarma tarafından alındı. Muhsin Güngör’ün babası Abdullah Güngör ilk kez 16 Mart 2001 tarihinde dinlendi ve ifadesinde oğlunun Van’da askerlik yapan kardeşini ziyaret için olaydan on gün önce köyden çıktığını, dönmesi gerektiği halde dönmeyince kendisinin Savcılığa müracaat ettiğini, Savcılığın ise oğlunun resmi ile birlikte Valiliğe başvurması gerektiğini bildirdiğini belirtti. Kendisine daha sonra ölü olarak bulunun kişilerin fotoğrafları gösterilmiş, ancak oğlunu tam olarak teşhis edememişti.

Kayseri 1. Komando Tugay Komutanı, 30 Mart 2001 tarihli yazısında kendisine bağlı hiçbir birliğin belirtilen yer ve tarihte operasyon yapmadığını iddia etti. Soruşturma görevlisi, fezlekesini 6 Haziran 2001 tarihinde teslim etti ve kovuşturma izni verilmemesini tavsiye etti. İdare kurulu 13 Haziran 2001 tarihinde yeterli delil olmadığı gerekçesiyle, aralarında Mehmet Arıcı ve Muhsin Güngör’ün de bulunduğu yedi kişinin öldürülmesi ve gasp edilmesi iddiaları ile ilgili men-i muhakeme kararı aldı. Bu karar, otomatik olarak Van İdare Mahkemesine iletildi ve İdare Mahkemesi, bu kararı 19 Temmuz 2001 tarihinde iptal etti. Mahkeme, bazı şahitlerin ifadeleri ışığında şüpheli kişilerin suçluluğu veya suçsuzluğunun ancak adli işlemler sonucunda belirlenebileceğini değerlendirdi. Bu kararın üzerine, Şemdinli Asli Ceza Mahkemesinde, Kayseri 2. ve 3. Komando Tugayına bağlı askerler hakkında aralarında Mehmet Arıcı ve Muhsin Güngör’ün de bulunduğu yedi kişinin öldürülmesi ve gasp edilmesi suçundan dava açıldı.

Kara Kuvvetleri Komutanlığı 11 Ekim 2001 ve 15 Şubat 2002 tarihlerinde, Savcılığa ilgili Tugaylara bağlı askerlerin listelerini iletti. Savaskarsitlari.org adli sitede 14 Aralık 2004 tarihinde yayınlanan bir habere göre, Kara Kuvvetleri Komutanlığı listeleri göndermeden hemen önce, 10 Ekim 2001 tarihinde bir Kurmay Albay imzalı cevap yazısında isim ve adres listesi yerine, şu cevabı gönderdi:

1- TSK personelinin gasp ve kasten adam öldürmek gibi bir suçu işleyecek kadar şerefsiz ve haysiyetsiz olacağı düşünülemez.

2- Görevsizlik kararında yazıldığı şekilde, TSK'yi rencide edici ve sadece PKK yanlısı olarak bilinen köylülerin ağzından TSK personeline karşı bir suçlama ile karşı karşıya kalınmıştır.

3 - 1. Komando Tugay 2. ve 3. Komando Taburlarının anılan tarihte olay bölgesinde herhangi bir operasyon görevi yoktur. Anılan bölgede görev icra etmemişlerdir.

4- Şemdinli Cumhuriyet Savcılığının 1999/295 hazırlık ve 1999/73 sayılı görevsizlik kararında olayın oluşu ile ilgili iddiaların anlatılan ve yazılan hususların, TSK mensupları tarafından gerçekleştirilebileceğine ihtimal dahi vermek düşünülemez.

Aynı haberdeki bilgilere göre, metinde askerlerin isim listesinin ve adreslerinin açıklanmasının sakınca doğuracağı belirtilirken, mahkemeden tanıklık yapan köylüler ile diğer köylülerin PKK elemanı gibi çalıştıklarının ortaya çıkarılması istendi. Metinde, "PKK terör örgütü bu gibi olaylardan çıkacak kararlar ile Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'ne başvurarak tazminat davaları açmakta olup, T.C. Devleti'ni tazminat ödemek suretiyle mahkum etmeye ve böylece doğrudan ülkenin ve milletin bölünmez bütünlüğüne yönelik bir tehdide karşı en doğal hakkını kullanan ülkemizi dünya kamuoyu önünde zor duruma düşürmeye çalışmaktadır. Görevsizlik kararında adı geçen köy ve şikayetçi olan köylüler hakkında istihbarat ve MİT raporlarının istenmesi ve bunların PKK elemanı gibi çalıştıklarının ortaya çıkarılmasının dava hakkında karar aşamasında yardımcı olacağı değerlendirilmektedir. Olay ve dava hakkındaki nihai kararın görevli mahkemeye ait olduğunu arz ederim" denildi.

Bir süre devam eden yargılamadan sonra mahkeme, Memurin Muhakematı Kanunu'nu gerekçe göstererek dosyayı tekrar Şemdinli Cumhuriyet Savcılığına iade etti. İç hukuk yolu çıkmaza girince Arıcı ve Güngör aileleri avukatları aracılığıyla AİHM’e başvurdu. 16 Mayıs 2004 ve 16 Nisan 2005 tarihli iki başvuruyu birleştiren AİHM, Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi’nin yaşam hakkını düzenleyen 2. maddesinin esastan ve usulden ihlal edildiğine karar vererek devletin, ön soruşturmayı en kısa sürede tamamlaması ve başvuranlara ödenmesi gereken tazminat konusunda sonuçlara varması gerektiğine hükmetti.

1 Kasım 2013 tarihinde AİHM’e yapılan Nihayet Arıcı ve diğerleri / Türkiye başvurusu ile ilgili olarak 6374 S. Kanun gereğince, Adalet Bakanlığı İnsan Hakları Tazminat Komisyonu Başkanlığından tazminat talep edildi; ancak ortada çözüme kavuşturulacak bir dosya olmadığı gerekçesi ile bu talebin reddine karar verildi. 20 Ocak 2014’te Ankara 3. Bölge İdare Mahkemesine yapılan başvuruda bu karara itiraz edildi ancak bu itiraz oybirliği ile reddedildi.

5 Mart 2014 tarihinde Hakkari Cumhuriyet Başsavcılığına gönderilen dilekçede, ilgili kaybedilme olayı ile ilgili faillerin tespit edilmesi ve şüphelilerin cezalandırılması hususunda kamu davası açılması talep edildi.

27 Şubat 2015 tarihinde Van 3. İdare Mahkemesi, davacılardan Nihayet Arıcı’nın eşi, diğer davacıların ise babası olan Mehmet Arıcı’nın 29 Eylül 1999 tarihinde öldürülmüş ve gömülü halde bulunması olayında idarenin sorumlu olduğu iddiasıyla açılmış olan dava konusunda kararını verdi. Mahkeme, “tazminat isteminin konusu olayda kusursuz sorumluluğa ilişkin şartların oluşmadığı görüldüğünden, sosyal risk ilkesi uyarınca idarenin sorumlu tutulamayacağı” gerekçesiyle davanın reddine karar verdi.