2008 yılında Şırnak Barosu, 1990’larda Şırnak’ta zorla kaybedilen kişilerle ilgili Silopi Cumhuriyet Savcılığına suç duyurusunda bulundu ve toplu mezar olduğu tahmin edilen bazı bölgelerde kazı yapılarak toprak altından çıkarılan kemikler üzerinde DNA incelemesi yapılmasını talep etti. İddiaya konu eylemlerin soruşturulması yetki ve görevinin özel yetkili cumhuriyet başsavcılığına ait olması sebebiyle soruşturmanın Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından verilecek talimatlar yoluyla Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından yürütülmesine karar verildi. Soruşturma kapsamında, 54 kişinin kaybedildiği veya öldürüldüğü iddiası ile 57 kişi tarafından başvuru yapıldı.

Başvuranlar arasında bulunan 1995 yılında BOTAŞ Askeri Tesisleri’nde kimlik kontrolü sırasında gözaltına alındıktan sonra kaybolan Salih Yusuf Tahir’in abisi, 27 Ocak 2009 tarihinde Silopi Cumhuriyet Başsavcılığında ifade verdi. Kardeşi Salih Yusuf Tahir, amcasının oğlu Süleyman Halil Teli ve yeğeni Abdurrahman Hoca Şuho’nun zorla kaybedilmesi ile ilgili olarak verdiği ifadede, BOTAŞ Karakol Komutanlığında ve Silopi Kimsesizler Mezarlığı’nda kazı yapılması ve kazılar ile elde edilecek veriler üzerinde DNA incelemesi yapılması talebinde bulundu.

Soruşturmaya dayanak oluşturan iddialar doğrultusunda 2009 yılının Mart ayında BOTAŞ Askeri Tesisleri’nde, Aslan (eski adıyla Sinan Lokantası) Tesisleri’nde yapılan kazılarda kemik ve giysi parçalarına ulaşıldı. Adli Tıp Kurumu tarafından düzenlenen raporda, çıkarılan tüm kemiklerin hayvan kemiği olduğu; kumaş parçalarının ise DNA incelemesine cevap vermediği belirtildi.

Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığından aldığı talimatlarla yürüttüğü araştırmaları sonucu hazırladığı fezlekeyi 23 Haziran 2009 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. Dosya Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 2009/2117 soruşturma sayısıyla yürütülmeye başlandı. 6 Mart 2014 tarihinde Resmi Gazete’de kabul edilerek yasalaşan 6526 Sayılı Kanun ile TMK 10. Maddesi ile görevli cumhuriyet başsavcılıklarının görevlerine son verilmesi üzerine Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı, 20 Mart 2014 tarihinde 2014/10160 sayılı yetkisizlik kararı verdi. Dosya Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına yollandı ve 2014/939 soruşturma numarasıyla takip edilmeye başlandı.

Haziran 2023 yılında Silopi Cumhuriyet Başsavcılığında yapılan incelemede 2014/939 numaralı dosyada mevcut haliyle yalnızca Yusuf Kalenderoğlu, Mehmet Dansık ve Ahmet Dansık olduğu görüldü. Bunun dışındaki kişilerin zorla kaybedilmesine ilişkin dosya 2014/980 dosyasında görülmektedir.

Silopi Cumhuriyet Başsavcılığındaki 2014/939 dosyasında daimi arama kararı alınarak dosya zamanaşımı bürosuna gönderildi. 19 Haziran 2018’de Silopi İlçe Jandarma Komutanlığı 23507909-0410-8514 sayı numaralı araştırma tutanağı ile daimi arama kararına istinaden yapılan incelemede BOTAŞ Askeri Tesisleri’nde JİTEM örgütünce öldürülen 57 kayıp ile ilgili faillerin tespit edilemediği, olayı aydınlatacak iz emare bulunamadığı, bulunursa bilgi verileceğini Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına bildirdi. Her üç ayda bir bu cevaplar benzer şekilde verilmeye devam etmektedir. Bu daimi arama cevapları Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 9 Nisan 2014 ve 2014/939 sayılı karara istinaden verilmektedir.

2014/980 soruşturma numaralı dosyayı incelemek için Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına sunulan talebimiz kabul edilmesine rağmen arşivde ve diğer alanlarda dosya hiçbir şekilde bulunamadı. Bunun üzerine görüşülen savcı dosyada herhangi bir işlemin yapılmadığını, dosyada daimi arama kararı verildiğini ve dosyanın zamanaşımı süresinin dolması beklenerek zamanaşımı bürosuna tevdi edildiğini aktardı. Silopi Cumhuriyet Başsavcılığında bulunan 2014/939 ve 2014/980 numaralı dosyaların her ikisi de zamanaşımı bürosuna tevdii edilmiş ve dosyalarda daimi arama kararları mevcuttur. Haziran 2023 itibariyle bilgiler günceldir.