2008 yılında gazeteci Faruk Arslan’ın kaleme aldığı ‘’Karakutu: Ergenekonun Karanlık İsmi Tuncay Güney’’ isimli kitapta 1990’lı yılların faili meçhul ve zorla kaybetme vakalarıyla ilgili yer alan beyanlar üzerine Şırnak Barosu, 1 Aralık 2008 tarihinde Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına başvuruda bulundu. Başvuru sonucunda Silopi Cumhuriyet Başsavcılığınca 2008/3151 sayılı soruşturma başlatıldı. İddiaya konu eylemlerin soruşturulması yetki ve görevinin Özel Yetkili Cumhuriyet Başsavcılığına ait olması sebebiyle soruşturmanın Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından verilecek talimatlar yoluyla Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından yürütülmesine karar verildi. Soruşturma kapsamında kazılar yapılacağı haberlerinin çıkması üzerine 54 kişinin kaybedildiği veya öldürüldüğü iddiası ile 57 kişi tarafından başvuru yapıldı. Ali Müldür’ün babası, 2009 yılında Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına verdiği ifadede BOTAŞ kuyularında ve Başverimli Kimsesizler Mezarlığı’nda kazı yapılmasını talep etti.

Soruşturmaya dayanak oluşturan iddialar doğrultusunda 2009 yılının Mart ayında BOTAŞ Askeri Tesisleri’nde, Aslan tesislerinde (eski adıyla Sinan Lokantası) yapılan kazılarda kemik ve giysi parçalarına ulaşıldı. Adli Tıp Kurumu tarafından düzenlenen raporda, çıkarılan tüm kemiklerin hayvan kemiği olduğu; kumaş parçalarının ise DNA incelemesine cevap vermediği belirtildi. Kemiklerin bulunduğu yerler arasında, 11 Haziran 1994 tarihinde Mehmet Güngör’ün bedeninin, 12 Haziran 1994 tarihinde ise kimliği tespit edilemeyen üç adet bedenin çıkarıldığı kuyu da bulunmaktadır.

Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığından aldığı talimatlarla yürüttüğü araştırmaları sonucu hazırladığı fezlekeyi 23 Haziran 2009 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. Dosya 2009/2117 soruşturma sayısıyla yürütülmeye başlandı. 6 Mart 2014 tarihinde Resmi Gazetede kabul edilerek yasalaşan 6526 Sayılı Kanun ile TMK 10. maddesi ile görevli cumhuriyet başsavcılıklarının görevlerine son verilmesi üzerine Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı, 20 Mart 2014 tarihinde 2014/10160 sayılı yetkisizlik kararı verdi. Dosya Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına yollandı ve 2014/939 soruşturma numarasıyla takip edilmeye başlandı.

Haziran 2023 yılında Silopi Cumhuriyet Başsavcılığında yapılan incelemede 2014/939 numaralı dosyada mevcut haliyle yalnızca Yusuf Kalenderoğlu, Mehmet Dansık ve Ahmet Dansık olduğu görüldü. Bunun dışındaki kişilerin zorla kaybedilmesine ilişkin soruşturma 2014/980 numaralı dosya üzerinden yürütülüyor görülüyor. Silopi Cumhuriyet Başsavcılığında 2014/939 numaralı dosyada daimi arama kararı alınmış ve dosya zamanaşımı bürosuna gönderilmiştir. 19 Haziran 2018’de Silopi İlçe Jandarma Komutanlığı 23507909-0410-8514 sayı numaralı araştırma tutanağı ile daimi arama kararına istinaden yapılan incelemede BOTAŞ Askeri Tesisleri’nde JİTEM örgütünce öldürülen 57 kayıp ile ilgili faillerin tespit edilemediği, olayı aydınlatacak iz emare bulunamadığı, bulunursa bilgi verileceğini Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına bildirdi. Her üç ayda bir bu cevaplar benzer şekilde verilmeye devam ediyor. Bu daimi arama cevapları Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 9 Nisan 2014 tarih 2014/939 sayılı karara istinaden veriliyor. Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına 2014/980 soruşturma numaralı dosyanın incelenmesi için sunulan talebin kabul edilmesine rağmen arşivde ve diğer alanlarda dosya hiçbir şekilde bulunamadı. Bunun üzerine savcı ile görüşüldü, dosyada herhangi bir işlemin yapılmadığı, daimi arama kararı verildiği ve zamanaşımı süresinin dolması beklenerek zamanaşımı bürosuna tevdi edildiği öğrenildi. Bu haliyle Silopi Cumhuriyet Başsavcılığında bulunan 2014/939 ve 2014/980 numaralı dosyaların ikisi de zamanaşımı bürosuna tevdii edilmiş ve dosyalarda daimi arama kararları mevcuttur. Haziran 2023 itibariyle bilgiler günceldir.