AİHM’nin 26 Eylül 2007 tarihli kararında yer alan bilgilere göre; 17 Ocak 1996 tarihinde Yüksekova-Van karayolunda yapılan bir kontrol sırasında Abdullah Canan’ın arabası Binbaşı M.E.Y.’nin başında olduğu tabur komutanlığı askerleri tarafından durduruldu. Abdullah Canan askerler tarafından gözaltına alındı.

Olaydan iki gün sonra, 19 Ocak 1996'da Abdullah Canan'ın kardeşi, Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığına başvurarak Canan’dan haber alamadıkları için endişeli olduklarını bildirdi. Savcılık, Abdullah Canan'ın eşinin ifadesine başvurdu. 24 Ocak 1996 tarihinde, Abdullah Canan’a ait özel aracın Başkale-Van Karayolu üzerinde yol kenarındaki uçurumda bulunması üzerine keşif tutanağı düzenlendi. 12 Şubat 1996 tarihinde Abdullah Canan’ın eşi, oğlu ve kardeşi Yüksekova Cumhuriyet Savcılığına tekrar başvurarak görgü tanıklarının korkudan ifade ver(e)mediklerini belirttiler. Ayrıca, 1995 yılının Kasım ayında M.E.Y. komutasındaki askeri birlik tarafından köylerine düzenlenen operasyon (bu operasyon sırasında köyden Şemsettin Yurdakul, Miktad Özeken ve Münür Sarıtaş zorla kaybedilmişti) ile ilgili hakkında şikayet ve suç duyurusunda bulundukları ME.Y.’nin tuttuğu kin yüzünden Abdullah Canan’ı gözaltına almış olduğunu ifade ederek, soruşturmanın bu yönde derinleştirilmesini talep ettiler. Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığı Çavuş Ö.T., Onbaşı S.A., Uzman Çavuş F.P., Çavuş A.Ş., Astsubay M.T. ve Yüzbaşı B.Y.’nin ifadelerine başvurdu. Askerler, hiçbir sivil araç aramadıklarını söylerken; Yüzbaşı B.Y. aksi yönde verdiği ifadesinde sivil araçların da arama işlemine tabi tutulduğunu, ancak iddia edildiği gibi kimsenin gözaltına alınmadığını iddia etti.

21 Şubat 1996 tarihinde Yüksekova-Esendere Karayolu Güldalı Köyü Fidanlık Mevkiinde bulunan menfezin içinde Abdullah Canan’ın cansız bedeninin bulunması üzerine, savcılık tarafından olay yerine gelerek, olay yeri görgü ve tespit tutanağı ile ölü muayenesi ve otopsi tutanağı tanzim edildi. Ancak, klasik otopsi yapılmasına gerek görülmedi. Abdullah Canan'ın elleri arkadan bağlanmıştı; bedeninde ağır işkence izleri vardı ve yedi kurşun deliği saptandı.

26 Şubat 1996 tarihinde Canan ailesi Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığına yeniden başvurarak Abdullah Canan’ın öldürülmesinden sorumlu olduğu gerekçesiyle Binbaşı M.E.Y. aleyhine suç duyurusunda bulundu. Olayla ilgili Yüksekova 1. Dağ ve Komando Tabur Komutanlığı tarafından Astsubay Çavuş S. A., Er M.G., Uzman Çavuş S.K., Uzman Çavuş A.K., Uzman Çavuş F.P., 1. Kademe Uzman Çavuş C.Ç. ve Astsubay Çavuş M.A.’nın ifadeleri alındı. S.A. ve M.A. olay tarihinde izinli olduklarını ifade ederken; M.G., S. K., A.K., F.P. ve C.Ç., olay tarihinde yapılan aramada herhangi bir sivil aracın aranmadığını ve hiçbir sivil şahsın gözaltına alınmadığını söyledi. 25 Mart 1996 tarihinde, Van Askeri Savcılığı, Karlı (Befircan) köyüne düzenlenen operasyonun soruşturulduğu 1996/128 esas numaralı dosya ile Abdullah Canan’ın kaybedilmesinin soruşturulduğu 1996/590 esas numaralı dosyayı 1996/128 numaralı dosya üzerinde birleştirdi. 28 Mayıs 1996 tarihinde Van Askeri Savcılığı 1996/128 esas numaralı soruşturma hakkında, suçun askeri bir suç olarak nitelendirilemeyeceği gerekçesiyle görevsizlik kararı vererek dosyayı Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi (Karar No:1996/14). Bilinmeyen bir tarihte itirafçı K.B., Binbaşı M.E.Y. ve Teğmen N.Y. hakkında Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Savcılığında soruşturma açıldı. Bu kişiler, Abdullah Canan ve diğer üç kişiyi tasarlayarak öldürmekle suçlandı.

Abdullah Canan’ın oğlu, 27 Eylül 1996 tarihinde Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığına yazdığı dilekçesinde, K.B. adlı itirafçının Abdullah Canan’ı bırakmak için kendilerinden fidye istediğini belirtti. 1 Ekim 1996 tarihinde, Hakkari Emniyet Müdürlüğü Özel Harekat Şube Müdürlüğünde polis memuru olarak görev yapan A.B., Y.A.A. ve F.Ö.’nün sanık sıfatıyla ifadeleerine başvuruldu. Sanıklar, Abdullah Canan ve M.E.Y.’yi şahsen tanımadıklarını ve olayla ilgileri bulunmadığını ifade etti. Canan’ın kardeşi, Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına dilekçe yazarak, Binbaşı M.E.Y.’nin kimsenin kendisinden para tahsil edecek gücü olmadığını, devletin de mahkemenin de kendisi olduğunu söyleyerek Karlı köyüne düzenlenen operasyonla ilgili davadan vazgeçmeleri için Abdullah Canan’ı ve akrabalarını tehdit ettiğini belirtti. Ayrıca, Abdullah Canan’ın serbest bırakılması için K.B.’ye para verdiğini, bu kişinin tetikçi olduğunu ve haraç almak için telefon ettiği birçok kişiye Abdullah Canan’ı nasıl öldürdüğünü anlatarak gözdağı verdiğini anlattı. Canan’ın erkek kardeşini K.B. ile tanıştıran tanık Y.E. ifadesinde, yapılan para alışverişinden haberdar olmadığını söyledi. Canan’ın oğlu ise, Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına verdiği ifadesinde Astsubay B.A. ve Yüzbaşı M.’ye de para verildiğini beyan etti. K.B., 25 Şubat 1997 tarihinde verdiği ifadesinde, Canan’ın erkek kardeşinden ve tanık Y.E.’den para aldığını ve Binbaşı M.E.Y.’nin talimatıyla Abdullah Canan’ı arabaya bindirip bir manga asker ile Yüksekova-Esendere karayolu üzerinde bulunan bir köprüye götürdüklerini, burada Yüzbaşı N.Y’nin ateş ederek Abdullah Canan’ı öldürdüğünü itiraf etti. Savcılığa ifade veren tanıklar Y.Ç., S.E. ve N.Ö., olay günü olan 17 Ocak 1996 tarihinde özel araçlarıyla yolculuk halindeyken diğer tüm araçlar gibi Yeniköprü’de güvenlik kuvvetlerince yapılan arama işlemine tabi tutulduklarını beyan etti. Talimatla dinlenen tanık E.K., askerlik görevi sırasında yaşadıkları nedeniyle ruhsal durumunun hala bozuk olduğunu, görev yaptığı taburda sivil şahısların sorgulamaya tabi tutulduğunu gördüğünü, ancak isimlerini bilmediği için Abdullah Canan’dan haberdar olmadığını söyledi. Soruşturmada 14 Nisan 1997 tarihinde Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından ek görevsizlik kararı verilerek, dosya Hakkari Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildi (Karar No: 1997/114). Hakkari Cumhuriyet Başsavcılığı, 13 Haziran 1997 tarihinde, sanıklar M.E.Y., N.Y. ve K.B. hakkında kasten adam öldürmek, bir suçun delillerini yok etmek gayesiyle birden fazla adam öldürmek ve suça azmettirmek suçlarından Hakkari Ağır Ceza Mahkemesinde dava açtı (İddianame No: 1997/26). Müşteki avukatları, Hakkari Ağır Ceza Mahkemesine yazdıkları dilekçeyle, kamuoyunda “Yüksekova Çetesi” ya da “Üniformalı Çete” olarak anılan sanıklar hakkında Diyarbakır ve Van Devlet Güvenlik Mahkemelerinde açılmış davaların birleştirilmesini talep etti. Ayrıca, eylemlerinin adi bir adam öldürme suçu olarak vasıflandırılamayacağını belirtti. 1997 yılında, olay tarihinde Yüksekova Dağ ve Komando Tabur Komutanlığında askerlik görevini yapmakta olan M.A., T.K., E.U., V.G., N.Y., N.R., H.S., Hakkari Ağır Ceza Mahkemesinin talimatıyla bulundukları yer mahkemelerinde tanık olarak dinlendi. Tanıklar, görev süreleri boyunca herhangi bir yasadışı uygulama veya olaya şahitlik etmediklerini beyan etti. Aynı yıl, talimatla dinlenen sanık M.E.Y. ve N.Y., haklarındaki suçlamaları reddetti. Yüzbaşı N.Y. hakkında suç işlediğine dair deliller olmasına ve tutuksuz olması durumunda delilleri karartabileceği, tanıkları yönlendirebileceği ihtimaline rağmen mahkemece tutuklanmasına gerek duyulmadı. Mahkeme, 1995 yılında Yüksekova’da geçici görev yapan savcı A.K. ve hakim L.B.'nin de ifadesine başvurdu. A.K., kayıplar hakkında yürüttüğü soruşturmada tüm güvenlik birimlerinin iştirak etmesine rağmen, sadece dağ komando taburunun sessiz kaldığını, bunun üzerine görüştüğü komutan yardımcısı M.E.Y.’nin “Bu konuda cevap vermeye mecbur değiliz,” yanıtıyla karşılaştığını ve görev süresi içinde herhangi bir sonuç elde edemediğini anlattı. L.B., Karlı (Befircan) köyüne düzenlenen operasyon sonrası yaptığı zarar tespiti ile ilgili M.E.Y.’nin kendisine sorular sorarak, köylülerin durumu abarttığını söylediğini belirtti. 31 Ekim 1997 tarihinde görülen duruşmada, Hakkari Ağır Ceza Mahkemesi, Memurun Muhakemesi Hakkında Kanun uyarınca sanıklar M.E.Y. ve N.Y. hakkında yargılama izni alabilmek için dava dosyasını İlçe İdare Kuruluna gönderdi. Aynı oturumda, tutuklu olan M.E.Y. tahliye edildi. Karar hakkında, 31 Ekim 1997 ve 3 Kasım 1997 tarihlerinde Van Ağır Ceza Mahkemesine itiraz edildi. Ayrıca, mahkeme üyeleri hakkında Adalet Bakanlığı ve HSYK’ya şikayette bulunuldu. Yüksekova İlçe İdare Kurulu, sanıkların yargılanmalarına izin vermedi; ancak karar Van Bölge İdare Mahkemesi tarafından bozulunca yargılamaya devam edildi. 1998 yılında, Albay K.O., mahkemeyi, dönemin Yüksekova kaymakamından, K.B.’nin ifadelerinin Albay E.A. ve Yarbay H.Ç. tarafından çalınarak saklandığını öğrendiği konusunda bilgilendirdi. Ayrıca, 1996 yılının Şubat ayı başlarında Abdullah Canan’ı komutanlıkta başı sarılı vaziyette revirde otururken gördüğünü ve aynı yılın Temmuz ayında Şırnak’a sürüldüğünü aktardı. Hakkari Ağır Ceza Mahkemesi, 12 Kasım 1999 tarihinde, sanık K.B., N.Y. ve M.E.Y.’nin beraatına karar verdi. Ayrıca, M.E.Y. hakkında hürriyeti tahdit ve K.B. hakkında iftira suçundan suç duyurusunda bulunuldu. 2 Nisan 2001 tarihinde, Yargıtay 1. Ceza Dairesi, beraat kararını onadı (Karar No: 2001/1226). Abdullah Canan’ın oğlu, 1997 yılında konuyu Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi’ne taşıdı (Başvuru No: 39436/98). 26 Haziran 2007 tarihinde, Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi tarafından, Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi’nin yaşam hakkını düzenleyen 2. maddesinin hem esas hem de usul yönünden; işkence, insanlık dışı veya aşağılayıcı muamele yasağını düzenleyen 3. maddesinin esas yönünden ihlal edildiğine karar verilerek, Türkiye Cumhuriyeti Devleti tazminat ödemeye mahkum edildi.