Zorla kaybedilen Ahmet Şen'in ailesinin 2009 yılında yeniden başvurusuyla Cizre Cumhuriyet Başsavcılığınca açılan soruşturma sonrasında, 1993-1998 yılları arasında Şırnak’ın Güçlükonak ilçesinde şüpheli B.A. ve kimliği tespit edilemeyen şahıslar tarafından öldürüldüğü iddia edilen Ömer Savun, Mehmet Sait Şen, Beşir Başkak, Ömer Çetin, Fikri Şen, İlhan İbak, Abdullah Güler, Mehmet Emin Özalp, Ahmet Özer, Mehmet Toru, Ahmet Güler, Ahmet Şen, Asiye Baykara, Feyzi İlhan, Bahri Esenboğa, Resul Erdoğan, Fettah Erden, Abdulhalim Baykara, Emin Kaya ve Ahmet Özdemir’e ilişkin hazırlanan fezleke, Mart 2012 tarihinde CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildi.

Haziran 2023 yılında Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığında Ahmet Şen’in zorla kaybedilmesine ilişkin yapılan incelemede Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığında (TMK 10. Maddesi ile Görevli) 2012/1082 esas numaralı soruşturmanın mevcut olduğu görüldü. Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (TMK 10. Maddesi ile Görevli), 2012/1082 esas numaralı dosyayı yetkisizlikle kapatarak (Karar no 2014/4423 Kapanış Tarihi 07.03.2014) Şırnak Cumhuriyet Başsavcılığına 2014/816 esas numarasına göndermiştir.

Şırnak Cumhuriyet Başsavcılığında yapılan sorgulamada 2014/816 numaralı dosyanın Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına yetkisizlikle gönderildiği görülmüş, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında 2014/1872 esas numarasına kaydedildiği bilgisi alınmıştır.

Cizre Cumhuriyet Başsavcılığındaki sorgulamada ise 2014/1872 numaralı dosyada birçok maktül bulunmasına rağmen bu dosyadan çoğu dosyanın ayrılarak farklı esaslara kaydedilmiş olduğu görüldü. Ahmet Şen adlı maktülün dosyası da Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 2017/1904 esas numarasına kaydedilmiştir. (Karar no: 2017/162 tarih: 01.04.2017) Dosya Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında hala görülmektedir.

Ahmet Şen’in dosyası müşteki M.E.Ş.’nin tercüman aracılığı ile savcılığa 2009/430 numaralı dosyasında verdiği ifadeler etrafında şekillenmektedir. 2023 itibariyle Ahmet Şen’in kaybedilmesi olayı 2017/1904 numaralı dosyada soruşturulmaktadır. 3 Nisan 2017’de Güçlükonak Jandarma Komutanlığından tanıklar M.K., G.K. ve Korucubaşı A.K.’nin kimlik bilgileri ve 1 Ağustos 2017’de Güçlükonak Jandarma Komutanlığından o dönem görevli askeri personelin ve güvenlik köy korucularının kimlik bilgileri talep edilmiştir.

18 Ağustos 2017’de Ergani Cumhuriyet Başsavcılığı M.K.’nin ifadesini almıştır. M.K. ifadesinde özetle: “Korucular ben, Ahmet Şen ve G.K.’yı karakola çağırdılar. Biz çıktık ama Ahmet Şen karakolda kaldı, ne olduğunu bilmiyorum,” demiştir. 18 Ekim 2017’de Eruh Cumhuriyet Başsavcılığında A.K. ifadesi alınmıştır. İfadesinde özetle: “İlk defa duydum. Ahmet Şen ile ilgili bir bilgim yok,” demiştir.

Güçlükonak Jandarma Komutanlığından o dönem görevli askeri personelin ve güvenlik köy korucularının kimlik bilgileri gönderilmiştir. Ancak talep edilen S.U. isimli kişinin Milli Savunma Bakanlığı Kara Kuvvetleri bünyesinde olması nedeniyle bilgilerini alamadıklarını belirtmiştir. Sonrasında Savcılık Milli Savunma Bakanlığı ile yazışmış, S.U.’nun bilgileri gönderilmiştir.

15 kasım 2017 Siirt Cumhuriyet Başsavcılığı G.K. ifadesini almıştır. G.K. ifadesinde özetle; Ahmet Şen’in PKK örgütüne yardımcı olduğunu askerler gelince PKK militanlarının kaçtığını onun ise kaçamadığını askerlere teslim olduğunu askerlerin onu delil olmadığı için bıraktığını sonrasındaki bir gün askerlerin M.K.y’i, Ahmet Şen ve kendisini çağırdığını, M.K. ve kendisinin karakoldan çıktığını ancak Ahmet Şen’in orada kaldığını, ve sonra haber alamadıklarını belirtmiştir.

14 Ağustos 2020’de Emekli Korgeneral S.U.’nun ifadesi alınmıştır. S.U. ifadesinde özetle: “Olayla ilgili bilgisinin olmadığını, şahısları tanımadığını” belirtmiştir. 2022 yılının son aylarında Görevli askerlerin ve Korucuların ifadelerine başvurulmuştur. Genel olarak tanımadıklarını, olayı bilmediklerini belirtmişlerdir. 15 Şubat 2023 tarihinde faillerin tespit edilmesi için Güçlükonak Jandarma Komutanlığına müzekkere yazılmıştır. 20 Şubat 2023 tarihinde Güçlükonak Jandarma Komutanlığı herhangi bir bilgi ve görgü olmadığını yazmıştır. 2 Mayıs 2023 tarihinde faillerin tespit edilmesi için Güçlükonak Jandarma Komutanlığına tekrar müzekkere yazılmıştır. 2017/1904 numaralı dosyada bu haliyle soruşturma devam etmektedir. Haziran 2023 itibariyle bilgiler günceldir.