Mehdi Akdeniz’in annesi, sözlü ve yazılı olarak Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesine birçok başvuruda bulunarak oğlu hakkında bilgi almaya çalıştı ancak gözaltında olduğu inkar edildi. 28 Şubat 1994 tarihinde tutulmuş olan ve Kulp Jandarma Karakolundan üç jandarma yetkilisi ile dört jandarma erinin imzaladıkları bir gözaltı kaydına göre, söz konusu altı kişiden Mehdi Akdeniz dışındakiler jandarma tarafından düzenlenen bir operasyonla yakalandı. Ayrıca rapora göre, beşinin vücudunda da kaçma teşebbüsü ve güç kullanımı sonucu oluşmuş birçok yara izi bulunmaktaydı. 11 Mayıs 1994 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına vermiş olduğu dilekçesinde anne Akdeniz, oğlunun akıbetine dair kendisine bilgi verilmesini istedi. Annenin 11 Mayıs 1994 tarihinde vermiş olduğu dilekçeye ilişkin Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcısı tarafından el yazısı ile yazılmış olan bir nota göre, oğlunun ismine gözaltı kayıtlarında rastlanmadı.

6 Ocak 1995 tarihinde Kulp Cumhuriyet Savcılığı, Kulp Bölge Jandarma Karakolu komutanından anneyi, Mehdi Akdeniz ile birlikte gözaltına alındığı iddia edilen beş kişi ile beraber savcılığa çağırmasını istedi. Cumhuriyet savcısı ayrıca, annenin köyünde yaşamakta olan iki kişinin de çağrılmasını talep etti. Aynı talep 26 Temmuz 1995 tarihinde tekrarlandı.

27 Ağustos 1995 tarihinde iki jandarma askeri tarafından hazırlanan ve Kulp Cumhuriyet Savcılığına gönderilen bir raporda, Kulp Cumhuriyet Savcısının 26 Temmuz 1995 tarihli mektubunda değindiği kişilerin, olaylardan üç yıl önce köylerini terk ederek bilinmeyen bir yere gittiği iddia edildi. Cumhuriyet savcıları ve jandarmalar arasında, savcıların anne Akdeniz ve diğer yedi kişiyi bulmak amacıyla yaptığı başarısız girişimleri ortaya koyan benzer yazışmalar, Mehdi Akdeniz ile aynı zamanda gözaltına alındığı iddia edilen altı kişiden birinin yerinin tespit edildiği 1996 senesi Haziran ayına kadar devam etti. 13 Haziran 1996 tarihinde Kulp Cumhuriyet Savcısı tarafından alınan bir ifadeye göre, bu kişi 1994 senesi Şubat ayında bir grup askerin köye geldiğini ve köylüleri köyün dışında topladığını belirtti. Daha sonra askerler, köydeki evleri ateşe verdiler. Kendisi, oğlu, Mehdi Akdeniz ve diğer üç kişi kötü muameleye maruz bırakıldı. Daha sonra gece boyu tutuldukları Sivrice Jandarma Karakoluna götürüldüler. Ertesi sabah, dört gün boyunca gözaltında tutuldukları, gözlerinin bağlandığı, dövüldükleri ve sorguya çekildikleri Kulp Komando Tugayına götürüldüler. Söz konusu dört günün sonunda, Mehdi Akdeniz dışındakiler Kulp Merkez Jandarma Karakoluna getirildiler ve Mehdi Akdeniz’i bir daha göremediler. 15 gün daha gözaltında tutulduktan sonra gözaltı sürelerinin bitiminde F.A. dışında herkes serbest bırakıldı. 20 Haziran 1996 tarihinde Kulp Cumhuriyet savcısı, Mehdi Akdeniz ile birlikte gözaltına alınan altı kişiden birinin daha ifadesini aldı. Diğer ifadelere benzer bir ifade veren bu kişi, Mehdi Akdeniz’in 1994 senesi Şubat ayında askerlerle birlikte köye gelen itirafçı tarafından teşhis edilmiş olduğunu ekledi. Kulp Cumhuriyet Savcısı, 15 Ağustos 1996 tarihinde anne Akdeniz’in ifadesini aldı. Anne daha önceki ifadelerini tekrarlayarak oğlunun akıbetini öğrenmek istediğini yineledi.

19 Ağustos 1996 tarihinde Kulp Cumhuriyet Savcısı tarafından alınan ifadeler Diyarbakır Cumhuriyet Savcılığına gönderildi. Kulp Cumhuriyet Savcısı ayrıca geri kalan iki kişiyi bulma çalışmalarının devam edeceğini belirtti. Biri, 16 Eylül 1996 tarihinde Kulp Cumhuriyet Savcısı tarafından sorgulandı ve önceki dört ifadeye benzer bir ifade verdi.

5 Aralık 1996 tarihinde Kulp Cumhuriyet Savcısı, Kulp Bölge Jandarma Karakoluna bir mektup gönderdi ve 1994 senesi Şubat ayında Karaorman köyünde bir operasyon düzenlenip düzenlenmediğini sordu. 27 Aralık 1996 tarihinde Kulp Bölge Jandarma Karakolu komutan yardımcısı, karakoldaki kayıtlara göre 1994 senesi Şubat ayında Karaorman veya Sesveren köyünde hiçbir operasyon düzenlenmemiş olduğunu belirten yazılı bir cevap gönderdi. Aynı gün Kulp Cumhuriyet Savcısı, Mehdi Akdeniz ile gözaltına alınmış olduğu iddia edilen beşinci kişinin de ifadesini aldı. Bu kişi de, anne Akdeniz ve Mehdi Akdeniz ile gözaltına alınmış oldukları iddia edilen diğer dört kişi tarafından verilen ifadeleri doğruladı. 14 Ocak 1998 tarihinde Kulp Cumhuriyet Savcısı, Kulp ve Silvan Bölge Jandarma Karakollarından, Diyarbakır Jandarma Karakoluna ve Diyarbakır Polis Karakolundan savcılığa, 20 Şubat 1994 ve 10 Ocak 1995 tarihleri arasında sırasıyla karakollarında gözaltına alınan kişilerin isimlerini gösteren gözaltı kayıtlarını göndermelerini istedi.

24 Ocak 1998 tarihinde Kulp Bölge Jandarma Karakolu komutanı, Kulp Savcılığına 20 Şubat 1994 ve 10 Ocak 1995 tarihleri arasında gözaltına alınan kişilerin isimlerini gönderdi. Söz konusu mektuba göre, ifade veren beş kişi 28 Şubat 1994 tarihinde PKK ile işbirliği yaptıklarından şüphelenildiği için gözaltına alınmışlardı. 2 Şubat 1998 tarihinde Kulp Cumhuriyet Savcısı, Diyarbakır Cumhuriyet Savcısına bu kişiden alınan ifadelerin, anne Akdeniz'in iddialarını doğruladığını bildirdi. Jandarmalardan, Mehdi Akdeniz'in gerçekten kendileri tarafından gözaltına alınıp alınmadığına dair bilgi almak istedi.

16 Şubat 1998 tarihinde Kulp Cumhuriyet Savcısı, bir kişinin daha ifadesini aldı. Bu kişi daha önce, Kulp yakınlarındaki Yayık köyünde yaşamakta olduğunu belirtti; 1994 senesi Ramazan ayında Silvan’da kendisi ve bir grup arkadaşının askerler tarafından gözaltına alındıklarını ancak kendisinin Mehdi Akdeniz’i tanımadığını belirtti. Kulp Cumhuriyet savcısının 14 Ocak 1998 tarihli mektubuna, 24 Şubat 1998 tarihinde verdiği yanıtta Diyarbakır Polis Karakolu şefi, Mehdi Akdeniz’in polis tarafından gözaltına alınmış olmadığını belirtti. Ayrıca 24 Şubat 1998 tarihinde müdürlük, Diyarbakır Savcılığına Mehdi Akdeniz ile birlikte gözaltına alınmış olduklarını iddia eden kişiler tarafından verilen ifadelerin içeriklerinin doğruluğunu kontrol etmesini istedi. Söz konusu mektup aynı gün Kulp Cumhuriyet Savcısına gönderildi. 25 Şubat 1998 tarihinde Kulp Cumhuriyet Savcısı, Kulp Bölge Jandarma Karakolu komutanının dikkatini, almış olduğu formda 28 Şubat 1998 tarihinde gözaltına alınmış olan beş kişinin serbest bırakılma tarihlerinin yer almadığına çekti. Cumhuriyet savcısı komutandan, karakolunda söz konusu şahıslara ilişkin ne tür işlemler yapıldığına ilişkin bilgi vermesini istedi. 24 Şubat 1994 ve 21 Mart 1994 tarihleri arasında Diyarbakır Jandarma Komutanlığında alıkonulan kişilerin isimlerinin olduğu birtakım gözaltı kayıtlarına göre, söz konusu beş kişi 5 Mart 1994’ten, mahkemenin beraatlarina karar verdiği 8 Mart 1994'e kadar orada alıkondu. 16 Mart 1998’de, Diyarbakır Savcısı, 1994 Şubatında tutuklanmalarının ardından üç kişinin aleyhinde yapılan cezai takibatla ilgili olarak bazı belgeleri müdürlüğe yolladı. Bu belgelere göre, bu üç kişi yargılanmış ve terör örgütüne yardım ve yataklık etme suçundan beraat etmişlerdi.

25 Mart 1998’de, Kulp Savcısı, bir kez daha Kulp Jandarma Komutanlığından Karaorman köyünde 20 Şubat 1994’ten beri tutuklu bulunan kişilerin isimlerini istedi. 11 Nisan 1998’de, Sivrice Jandarma Karakolu Komutanı, bir raporda 20 Şubat 1994’te Karaorman köyünde karakolundaki askerler tarafından hiçbir operasyonun gerçekleştirilmediğini ifade etti. Söz konusu olayların olduğu sırada Karaorman köyünün muhtarı, 15 Nisan 1998’de Kulp Savcısı tarafından sorgulandı. Muhtar, 20 Şubat 1994’te iki askerin içeri girip oradakilerden camiden ayrılmalarını istedikleri sırada, Karaorman köy camiinde dua etmekte olduğunu belirtti. Muhtar daha sonra, köyün askerler tarafından kuşatıldığını ve köylülerin köy dışında toplandığını belirtti. Askerlerin komutanının kendisini yanına çağırarak bazı köylülerin gerillaya erzak temin ederek yardımda bulundukları yönünde istihbarat aldıklarını; hangi köylülerin yardımda bulunduğunu kendisine söylemesini istediğini anlattı. Muhtar bilmediğini söyleyince, askerler onu uzağa götürüp dövdüler. Askerlerin arasında, yüzü kapalı olan bir de itirafçı bulunmaktaydı. İtirafçı hiçbir şey söylemedi, ancak altı kişiyi işaret etti. Altı kişi uzağa götürüldü ve Mehdi Akdeniz hariç diğerleri bir süre sonra serbest bırakıldı. 29 Nisan 1998’de, bir kişi daha savcı tarafından soruşturma kapsamında sorgulandı. Bu kişi verdiği ifadede, Mehdi Akdeniz’in yaşadığı Sesveren köyünün yanındaki Yayık köyünde oturduğunu, 1994 Şubatında tutuklandığını ve Mehdi Akdeniz’i gördüğü Silvan’daki tutuklu evine götürüldüğünü belirtti. Kendisinin ve diğer tutukluların Diyarbakır’da hakim önüne çıkarıldığını ama Mehdi Akdeniz’i bir daha görmediğini ifade etti. 22 Mayıs 1998 tarihinde Kulp Savcısı, Silvan Savcısından birkaç görgü tanığının iddia ettiği gibi Mehdi Akdeniz’in orada tutuklu kalıp kalmadığını doğrulamak için Silvan Jandarma Komutanlığı ile iletişime geçmesini istedi. 13 Haziran 1998’de, Silvan Jandarma Komutanlığı Komutanı, gözaltı kayıtlarına göre, 1994 Şubatında Mehdi Akdeniz’in komutanlıkta alıkonulmadığını Silvan Savcısına bildirdi. 29 Haziran 1998’de, Diyarbakır Jandarma Komutanlığı Komutan Yardımcısı Kulp Savcısına 1994 Şubatında Karaorman köyünde operasyon gerçekleştirilmediğini belirtti.

18 Ağustos 1994 tarihinde anne Akdeniz AİHM’ye başvurdu. 31 Mayıs 2005 tarihli kararında AİHM, Mehdi Akdeniz’in ölüm karinesinin gerçekleştiğine karar vererek, ölümünden devletin sorumlu olduğuna hükmetti, zorla kaybedilmesi ile ilgili olarak AİHS’nin yaşam hakkını düzenleyen 2. Maddesinin esastan ve usulden ihlal edildiğine karar verdi. AİHM ayrıca, Mehdi Akdeniz’in yakalanırken ve gözaltında iken maruz kaldığı muamelenin Sözleşme'nin 3. Maddesini ihlal ettiğine karar verdi. AİHM, Mehdi Akdeniz’in zorla kaybedilmesinin, özgürlük ve güvenlik hakkını düzenleyen sözleşmenin 5. Maddesini ve etkili başvuru hakkını düzenleyen 13. Maddesini de ihlal ettiğine karar verdi.