A.T. ile M.T.’nin, kardeşleri Yusuf Tunç’un kaçırıldığını bildirmek ve akıbetini öğrenmek üzere başvurusu üzerine Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından kişiyi hürriyetinden yoksun kılma suçuna ilişkin 1994/427 numaralı soruşturma başlatıldı. Soruşturma 30 Temmuz 2007 tarihinde 765 sayılı TCK’nın 102/3. Maddesi uyarınca 10 yıllık zamanaşımı süresinin dolduğu gerekçesiyle kovuşturmaya yer olmadığı kararı verilerek sonlandırıldı.

F.T.’nin, vekilleri aracılığıyla 29 Temmuz 2008, 8 Ekim 2008 ve 17 Ekim 2008 tarihlerinde Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına müracaat etmesi üzerine 17 Ekim 2008 tarihinde kendisinin ve M.T.’nin savcılıkça ifadesi alındı. F.T. ifadesinde, eşi Yusuf Tunç’un evinden nasıl alıkonulduğunu anlattıktan sonra, bedeninin Kızıltepe ilçesi Katarlı köyündeki su kuyusunda olduğuna dair duyumlar aldığını belirtti ve bu kuyunun açılmasını talep etti. Bunun üzerine Savcılık 2008/2773 numaralı soruşturması kapsamında su kuyusunun açılmasına karar verdi. Açılan kuyu içinde çok sayıda insan kemiği, bir adet araç lastiği, kıyafetler ve muhtelif materyaller bulundu. Bu süreçte Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığınca Yusuf Tunç da dâhil olmak üzere birçok kayıp yakınından toplanan biyolojik örnekler kuyudan çıkan kemiklerle mukayese edilmek üzere İstanbul Adli Tıp Kurumu Başkanlığına gönderildi. Yapılan inceleme sonucu kuyudan çıkan kemiklerin Yusuf Tunç'a ait olmadığı belirlendi. Bunun üzerine Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığı 24 Şubat 2011 tarihinde kuyuda bulunan kemiklere ilişkin soruşturmaya 2008/2773 numaralı dosya üzerinden, Yusuf Tunç'un kaybedilmesine ilişkin soruşturmaya ise 2011/750 numaralı dosya üzerinden devam etti. 2011/750 numaralı soruşturma, fail tespitine ilişkin herhangi bir sonuca ulaşılmaksızın 19 Aralık 2011 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (TMK 10. Maddesi ile Görevli) yönelik yetkisizlik kararıyla sonlandırıldı. Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (TMK 10. Maddesi ile Görevli) da yetkisizlik kararı vererek dosyayı yine Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. Bu dosya Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığının 2014/1142 numaralı soruşturma numarasına kaydedildi. Daha sonra 1990‘lı yıllarda gerçekleşen zorla kaybetmelerin ve faili meçhul cinayetlerin araştırıldığı 2014/1052 numaralı soruşturma dosyası ile birleştirildi.

Gizli tanık Aydos, 27 Ekim 2008 tarihinde İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığının 2008/1756 numaralı dosya üzerinden yürüttüğü Ergenekon Soruşturması kapsamında verdiği ifadede Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanı Hasan Atilla Uğur’un terörle mücadele adı altında bölgede birçok cinayet, işkence, karanlık faaliyetler gerçekleştirdiğini beyan etti. Bunun üzerine savcılık yetkisizlik kararı vererek dosyayı, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (TMK 10. Maddesi ile Görevli) gönderdi. Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığınca (TMK 10. Maddesi ile Görevli) 2009/3586 numaralı dosya üzerinden başlatılan soruşturma kapsamında 10 Ocak 2013 tarihinde Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına "Gizli tanığın ifadesinde geçen olaylar ile benzeri olaylara ilişkin kapsamlı araştırma yapılması" yönünde talimat yazıldı. Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığınca 2013/464 numaralı dosya üzerinden soruşturmaya başlandı. Daha sonra verilen yetkisizlik kararıyla Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (TMK 10. Maddesi ile Görevli) gönderildi. 7 Mart 2014 tarihinde 6526 sayılı yasa ile özel yetkili mahkemelerin kaldırılmasıyla dosya tekrar Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına gönderilerek 2014/1052 numaralı soruşturma numarasını aldı.

Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığı 2013/464 numaralı soruşturması kapsamında S.T.’yi, Yusuf Tunç’la Derik Jandarma Komutanlığında beraber gözaltında tutulduklarını beyan eden Ş.Ç.’yi, gizli tanık Oğuz’u dinledi ve Tunç ailesinin evinde keşif yaptı. 16 Mayıs 2013 günü yapılan keşifte evlerinin dış cephesinde duvara saplanmış vaziyette bir adet mermi çekirdeği ve iç cephesinde de altı adet deforme olmuş mermi gömlek parçası bulundu. 20 Şubat 2013 tarihinde dinlenen gizli tanık Oğuz ifadesinde "Hasan Atilla Uğur'un kurduğu JİTEM'e bağlı ‘Bıçak Timi’nde görev yapan Ramazan Çetin isimli sahsın Yusuf Tunç'un kaçırılması olayında görev aldığını, hatta çıkan çatışmada bacağından yaralandığını" beyan etti.

Mardin Cumhuriyet Başsavcılığı önceki soruşturmalardaki evrakları da temin ederek Yusuf Tunç'un JİTEM tarafından kaçırılıp öldürüldüğüne dair kuvvetli şüphe içeren delillerin mevcut olduğuna kanaat getirerek 20 Temmuz 2014 tarihinde 2014/295 numaralı iddianameyi düzenledi. İddianamede JİTEM isimli örgütün PKK ile mücadele için yapılandırılmış olduğu, şüpheli Hasan Atilla Uğur, Eşref Hatipoğlu ve Ahmet Boncuk'un örgütün Kızıltepe ve Diyarbakır yöneticileri oldukları, Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanlığı’nda görevli olan Ünal Alkan'ın örgüte üye olduğu, Kızıltepe ilçesinde bu örgüte bağlı olarak geçici köy korucularından ve itirafçılardan oluşan "Bıçak Timi" adı altında bir timin mevcut olduğu belirtildi. “Bıçak Timi”nin üyeleri olarak sayılan diğer isimler ise korucular Abdurrahman Kurğa, Ramazan Çetin, Mehmet Salih Kılıçaslan, Mehmet Emin Kurğa ve İsmet Kandemir.

Hazırlanan iddianame Mardin 2. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi. Ancak mahkemenin talebi üzerine dava, Yargıtay 5. Ceza Dairesi tarafından, mağdur avukatlarının itirazına rağmen güvenlik gerekçesiyle Ankara 5. Ağır Ceza Mahkemesine nakledildi. 3 Mart 2015 tarihli ilk duruşmada sanıklardan emekli Albay Hasan Atilla Uğur ile dönemin Diyarbakır İl Jandarma Komutanı Albay Eşref Hatipoğlu’nun rütbeleri sebebiyle, yargılanmaları için Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu’ndan (HSYK) izin alınması gerektiğine karar verildi. 19 Ekim 2015 tarihinde görülen duruşmada ise HSYK’dan cevap gelmediği gerekçesiyle bir sonraki duruşma 15 Ocak 2016 tarihine ertelendi. Duruşma öncesi HSYK’nın sanıkların “Silahlı örgüt kurmak” ve “Tasarlayarak insan öldürmek” suçlarından yargılandıkları için izin alınmasına gerek olmadığına ve doğrudan kovuşturma yapılabileceğine hükmeden kararı mahkemeye ulaştı ve dava 27 Nisan 2016 tarihli oturumla resmen başladı. 24 Haziran 2016 tarihinde tüm sanıkların duruşmalardan vareste tutulmasına karar verilen davada hiçbir gelişme kaydedilmeden 9 Eylül 2019 tarihinde tüm sanıklar hakkında zamanaşımı, suç unsurlarının oluşmaması ve suçun sabit olmaması gerekçeleriyle beraat kararı verildi. Ankara Bölge Adliye Mahkemesi 19. Ceza Dairesi 14 Temmuz 2021 tarihinde ve beraat ve düşme kararlarının “Hukuka uygun, yasal ve yeterli olarak açıklanan gerekçeye göre verilen hükümde bir isabetsizlik bulunmadığı” gerekçesiyle onanmasına, istinaf başvurusunun esastan reddine karar verdi. Davayla ilgili detaylı bilgi için lütfen bkz. http://failibelli.org/dava/kiziltepe-jitem-davasi/

Davada şüpheli sıfatıyla yargılanan Hasan Atilla Uğur 2007 yılında albay rütbesiyle emekli oldu. Ergenekon Soruşturması kapsamında 1 Temmuz 2008 tarihinde gözaltına alınmış, savcı tarafından mahkemeye sevk edilerek tutuklanmış, özel yetkili mahkemeleri kaldıran, tutukluluğu azami beş yılla sınırlayan yasa değişikliğiyle, hakkında verilmiş ceza hükmü olmasına rağmen Mart 2014'te tahliye edilmişti. Yargıtay’da bozulan karar üzerine yeniden yargılama sonucunda 2019 yılında Ergenekon Davasından beraat etti. Diğer sanık emekli Albay Eşref Hatipoğlu ise emekli Üsteğmen Tünay Yanardağ ile birlikte Lice'de 1993 yılında Jandarma Bölge Komutanı Tuğgeneral Bahtiyar Aydın'ın da aralarında bulunduğu ikisi asker 17 kişinin ölümüyle ilgili 1 Nisan 2015 tarihinde Diyarbakır’da açılan, daha sonra güvenlik gerekçesiyle önce Eskişehir daha sonra İzmir’e taşınan davada tutuksuz yargılanmış; 7 Aralık 2018 tarihli son duruşmada beraat etmişti.