Mardin Cumhuriyet Başsavcılığı, 2014/295 sayılı iddianamesi ve diğer kaynaklara göre, Menduh Demir, 1976 yılında Mardin’in Şemrex (Mazıdağ) ilçesine bağlı Çema Reşan (Yücebağ) köyünde doğdu. İlkokul mezunuydu ve köyünde çiftçilik ve hayvancılık yaparak geçimini sağlıyordu. 11 Mayıs 1995 tarihinde köyünün yakınında bulunan Derine (Kocakent) köyü çevresinde askerler ve çevre köylerden korucular tarafından kapsamlı bir operasyon başlatılmıştı. Menduh Demir hayvanlarını otlatmak için 13 Mayıs 1995 günü sabah saatlerinde evinden çıktı. Aradan birkaç saat geçtikten sonra gittiği yönde silah sesleri duyuldu. Menduh Demir’den bir daha haber alınamadı.

Menduh eve dönmeyince ailesi onu aramaya başladı. Başvurdukları Kızıltepe Cumhuriyet Savcılığı baba Mehmet Demir’e tutulan resmi tutanakta çatışmada iki örgüt militanının öldüğü ve militanlardan birinin adının Menduh Demir olarak yazıldığı bilgisini verdi. Baba Mehmet Demir'e gösterilen parçalanmış bir cenaze fotoğrafından oğlunu teşhis etmesi istendi. Teşhiste bulunamayan babaya cenazenin gömüldüğü yere ilişkin de bilgi verilmedi. Olaydan yaklaşık iki ay sonra da görgü tanıkları Menduh’un, Şeyhmus Kaban adlı başka bir kişi ile birlikte Kızıltepe Belediyesi Kimsesizler Mezarlığı’na gömüldüğü bilgisini verdi. Aile 18 yıl boyunca Menduh Demir’in gömülü olduğunu düşündükleri bu mezarı ziyaret etti.

Demir ailesi, mezarın açılıp DNA incelemesi yapılması için savcılığa birkaç kez başvuruda bulundu ancak talep sürekli reddedildi. Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığının, o dönemde bölgede yaşanan faili meçhullere ilişkin soruşturma başlattığı bilgisini öğrenen aile, 2013 yılı içinde İnsan Hakları Derneği Mardin Şubesi aracılığıyla savcılığa yeniden başvurarak içinde çocuklarının olabileceği ihtimali ile sahiplendikleri mezarın açılmasını talep etti. Savcılık, 26 Mart 2013'te mezarı açtırdı. Kemikler alınarak DNA incelemesi için İstanbul Adli Tıp Kurumuna gönderildi. Adli Tıp Kurumu, kemiklerin Menduh Demir ve Şeyhmus Kaban’a ait olduğunu tespit etti. Bu rapor üzerine kemikler savcılıkça aileye teslim edildi. Demir ve Kaban aileleri bir cenaze töreni düzenleyerek 11 Eylül 2013'te oğullarını bir kez daha toprağa verdi.

Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığının 2013 yılında başlattığı soruşturma kapsamında olay yerinde olduklarını söyleyen iki korucu, Şeyhmus Kaban ve Menduh Demir’in Diyarbakır İl Jandarma Komutanı Eşref Hatipoğlu ve Çınar Jandarma Komutanlığından bir üsteğmen tarafından bir helikopterle götürüldüğünü gördüklerine dair Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına ifade verdi. Savcılığın Temmuz 2013'te hazırladığı fezlekeye de yansıyan ifadelerinde görgü tanığı korucu B.O. olayı şöyle anlattı: "1994’ten beri bu köyde korucubaşıyım. 1995 yılı Mayıs ayında askerle birlikte Mazıdağı ilçesi Yetkinler Köyü kırsalında operasyon yaptık. Çıkan çatışmada bir PKK'lı öldü, biri de yaralandı. Bu esnada dağdan biri ‘Ben Mehmet oğlu Menduh, Yücabağlıyım,’ diye bizim tarafa bağırdı. Şahsın üstünde kısa kollu tişört, beyaz ayakkabı ve kot pantolon vardı. PKK’lılara benzemiyordu. Şahıs yanımıza gelince kimliğini aldım. 'Burada ne yapıyorsun,' diye sordum. Bana PKK’lıların kendisini teslim aldığını, tam bu sırada çatışma çıktığını söyledi. Bu esnada Çınar Karabudak Karakol Komutanı Feridun isimli astsubay bana ‘Bu çocuğu saklayalım, Eşref Albay gelirse buna da acımaz,’ dedi. Bu çocuğu meşelerin arasına sakladık. Diyarbakır İl Jandarma Komutanı Eşref Hatipoğlu gelince yaralı PKK’lıyı sorguladı. Yaralı PKK’lı ona yanlarında bir de sivil vatandaş olduğunu söyledi. Eşref Albay bunu duyunca bize kızdı ve çocuğu istedi. Biz de çocuğu getirdik. Sonrasında Eşref Albay, bir üsteğmen, yaralı PKK’lı ve Menduh helikoptere binip uzaklaştılar. Bu saydıklarım dışında helikopterde iki de pilot vardı. Ben daha sonra üsteğmene Menduh’u sorduğumda bana 'Hiç sorma, Menduh ve yaralı PKK’lı helikopterden aşağı atıldı,' dedi."

27 Ekim 2008 tarihinde İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığının 2008/1756 numaralı dosya üzerinden yürüttüğü, kamuoyunda Ergenekon Soruşturması olarak anılan soruşturma kapsamında gizli tanık “Aydos” verdiği ifadede "Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanı Hasan Atilla Uğur’un terörle mücadele adı altında bölgede birçok cinayet, işkence, karanlık faaliyetler gerçekleştirdiğini" beyan etti. Bunun üzerine kapsamlı bir soruşturma başlatan Mardin Cumhuriyet Başsavcılığı delilleri değerlendirerek, 20 Temmuz 2014 tarihinde 1992 ile 1996 yılları arasında Mardin’in Kızıltepe ilçesinde zorla kaybedilen ve yasa dışı keyfi infaz edilen 22 kişiye ve köy yakmalara ve boşaltmalara ilişkin iddianame düzenledi. İddianamede bu eylemlerin “Sistematik” bir şekilde JİTEM faaliyeti olduğu, bu yapının da devlet bağlantısı bulunduğu vurgulandı. Şüpheli Hasan Atilla Uğur, Eşref Hatipoğlu ve Ahmet Boncuk’un örgütün Kızıltepe ve Diyarbakır yöneticileri oldukları, dönem itibariyle Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanlığında görevli olan Ünal Alkan'ın JİTEM’e üye olduğu, Kızıltepe’de bu örgüte bağlı olarak geçici köy korucularından ve itirafçılardan oluşan "Bıçak Timi" adı altında bir timin mevcut olduğu, bu timin korucular Abdurrahman Kurğa, Ramazan Çetin, Mehmet Salih Kılınçaslan, Mehmet Emin Kurğa ve İsmet Kandemir ile asker olan Ünal Alkan'dan oluştuğu, Bıçak Timi'nin 1992 ile 1996 yılları arasında faaliyet gösterdiği belirtildi.

İddianame Mardin 2. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi, ancak mahkeme gördüğü ilk duruşmada nakil kararı verilmesini talep etti. Bunun üzerine Yargıtay 5. Ceza Dairesi tarafından “Güvenlik gerekçesiyle” davanın Ankara’ya nakledilmesine karar verildi. Dava Ankara 5. Ağır Ceza Mahkemesinde görülmeye başlandı. 3 Mart 2015 tarihli ilk duruşmada sanıklardan emekli Albay Hasan Atilla Uğur ile dönemin Diyarbakır İl Jandarma Komutanı Albay Eşref Hatipoğlu’nun rütbeleri sebebiyle, yargılanmaları için Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu’ndan (HSYK) izin alınması gerektiğine karar verildi. 15 Ocak 2016 tarihli duruşma öncesinde HSYK’nın sanıkların “Silahlı örgüt kurmak” ve “Tasarlayarak insan öldürmek” suçlarından yargılandıkları için izin alınmasına gerek olmadığına ve doğrudan kovuşturma yapılabileceğine hükmeden kararı mahkemeye ulaştı. 24 Haziran 2016 tarihinde tüm sanıkların duruşmalardan vareste tutulmasına karar verilen davada hiçbir gelişme kaydedilmeden 9 Eylül 2019 tarihinde tüm sanıklar hakkında zamanaşımı, suç unsurlarının oluşmaması ve suçun sabit olmaması gerekçeleriyle beraat kararı verildi.