1994 yılında itirafçılar tarafından gözaltına alındıktan sonra kendisinden haber alınamayan Mehmet Acar’ın kaybedilmesine ilişkin dava dosyasına göre; 16 Aralık 2008 tarihinde gazeteci Faruk Arslan’ın yazdığı “Ergenekon’un karanlık ismi Tuncay Güney” adlı kitapta, Tuncay Güney’in 1990’lı yıllarda öldürülen pek çok kişinin asitle yakıldıktan sonra Şırnak’ın Silopi ilçesindeki BOTAŞ Askeri Tesisleri ve Cizre-Silopi arasındaki açılan kuyulara gömüldüğü iddiaları için Şırnak Barosu Başkanının yaptığı suç duyurusunu dikkate alan Şırnak Cumhuriyet Başsavcılığı, kuyuların açılmasına karar verdi.

26 Ocak 2009 tarihinde Mehmet Acar’ın kardeşi, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına verdiği ifadede B. kod adlı kişinin, kardeşinin kaçırılmasıyla ilgisinin bulunduğunu ve kendisinden şikayetçi olduğunu söyledi. 27 Ocak 2009 tarihinde Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına ifade veren Mehmet Acar’ın kardeşi, Silopi’deki BOTAŞ Kuyuları, Sinan Lokantası kuyusu, kimsesizler mezarlığı ve Görümlü Karakolu etrafındaki kuyuların açılıp kardeşinin bedeninin bulunmasını talep etti.

11 Mart 2009 tarihinde İstanbul Cumhuriyet Başsavcısına bir ihbar mektubu gönderildi. İhbarı yapan kişi bölgede uzun yıllar uzman çavuş olarak görev yaptığını ve Ergenekon örgütü tarafından gerçekleştirilen birçok eyleme tanıklık ettiğini, BOTAŞ Lojmanları civarında kayıp bedenleri aramak amacıyla yapılan kazıların yanlış yerde yapıldığını, asıl yerin lojmanlara yakın voleybol sahası olduğunu belirtti. 12 Mart 2009 tarihinde İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdiği yazıda Silopi ve civarındaki kayıp kişilerle ilgili mevcut dosyalar, orada görev yapmış askerlerin isimleri ve görev yaptığı yıllar hakkında bilgi talep edip Ergenekon Davası’nda şüpheli olan Tuncay Güney’in beyanlarına uygun olarak kazıların yapılmasını istedi.

25 Mart 2009 tarihinde Silopi ve Kuştepe’de yapılan kazılar neticesinde insan kemiklerinin bulunduğunun duyulmasıyla birlikte birçok kayıp yakını gibi Mehmet Acar’ın kardeşi de Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına suç duyurusunda bulundu. Abisinin olay günü H. ve B. tarafından ifadesi alınacak denilerek bir araca bindirilip götürüldüğünü ve kendisinden bir daha haber alamadıklarını anlattı. Şikayetçi, abisinin kaybolmasının ardından ilçe jandarma komutanlığına gidip akıbetini öğrenmek istediklerini ancak gözaltında olduğunun kabul edilmediğini ve kendilerine abisini aramamaları yönünde telkinlerde bulunulduğunu anlattı. İlçe jandarma komutanından ve H. kod adlı itirafçıdan şikayetçi olduklarını beyan ederek bölgede çıkan insan kemikleri için kendileri ile DNA eşleştirilmesi yapılmasını talep etti. Savcılık şikayetçinin tanıklarını da dinledi.

14 Nisan 2009 tarihinde, Mehmet Acar’ın abisi tanık sıfatıyla ifade verdi.

4 Mayıs 2009 tarihinde İstanbul Adli Tıp Kurumunun hazırladığı raporda, kazılarda bulunan kemik parçaları üzerine yapılan inceleme sonucunda, örneklerin içerisinde yer alan kemiklerin insan kemiği olmadığı ve bulunan bez parçalarının deforme olması nedeniyle DNA testine cevap vermediği belirtildi.

26 Mayıs 2009 tarihinde korucubaşının oğlu tanık sıfatıyla ifade verdi. İfadesinde yalnızca B. kod isimli şahsı tanıdığını ve itirafçı olarak jandarmada çalıştığını bildiğini söyledi.

16 Mart 2012 tarihinde 2013/41 numarası ile düzenlenen fezleke soruşturma dosyası (2009/430) ile beraber TMK’nın 10. Maddesi ile görevli Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildi. Dosya burada 2013/466 numarası ile kayıt edildi.

Aynı dönemde "Tükenmez Kalem" kod adıyla savcılığa ifade veren H. adlı itirafçının kendisinin de içinde olduğu bir ekipçe işlenen birçok kayıp ve faili meçhul olayla ilgili verdiği ifadelerde Mehmet Acar'ın ikinci kez B. kod adlı itirafçı tarafından köyden alındığını; kendisi ve Y. kod adlı itirafçı ile birlikte Nusaybin yolunun beşinci veya altıncı kilometresinde terk edilmiş bir lokantaya götürülerek infaz edildiğini anlattı. Bunun üzerine savcılık, gizli tanığın beyanlarının şikayetçi ve tanık beyanları ile örtüştüğünü tespit etti.

Mehmet Acar’ın öldürülmesi ilçe jandarma komutanına açılan davanın iddianamesine delil olarak girdi, ancak 20 maktul ile ilgili olarak yargılanan sanıklar ayrıca Mehmet Acar’ın öldürülmesi ile ilgili olarak suçlanmadı. 5 Kasım 2015’te görülen son duruşmada, dava kapsamında yargılanan tüm sanıklar hakkında delil yetersizliğinden beraat kararı verildi. Yargıtay beraat kararlarını onadı.

20 Mart 2014 tarihinde 6526 sayılı yasanın 19. maddesi ile TMK 10. Maddesi ile görevli özel yetkili cumhuriyet başsavcılıklarının görevlerine son verildi. Bu nedenle Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (TMK 10. Maddesi ile Görevli) 2014/10089 karar numarası ile yetkisizlik kararı verdiği Mehmet Acar’ın da dahil olduğu soruşturma dosyasını gereğinin yapılması için Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi.

14 Mayıs 2015 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı Cizre Emniyet Müdürlüğüne yazdığı yazıda Mehmet Acar’ın yaşayıp yaşamadığı ve mağdurun kaybolması ile ilgili herhangi bir kamu davası açılıp açılmadığının tespit edilmesini istedi.

8 Haziran 2015 tarihinde Cizre İlçe Emniyet Müdürlüğü, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına yazdığı yazıda Mehmet Acar’ın kaybolması ve yaşayıp yaşamadığına ilişkin yapılan araştırmada bakılan arşiv kayıtlarında herhangi bir bilgi veya belgeye rastlanılmadığını belirtti.

Haziran 2023 yılında Cizre Cumhuriyet Başsavcılığında yapılan araştırma neticesinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığındaki 2014/1859 soruşturma numaralı toplu dosyanın 40’a yakın klasörden oluştuğu görüldü. Savcılık arşivinden getirilen klasörlere bakıldığında ise son yıllarda yapılan işlemlere dair fiziki çıktıların dosyalara aktarılmadığı ve en son yapılan işlemlerin 2013-2014 yıllarında olduğu görüldü. Bu nedenle dosyanın fiziken incelemesi sonucunda alınan veriler eski işlemlere dair olmakla beraber yeni olduğu söylenen klasörlerde ise 2019 yılına ait bir evraktan sonra tüm klasör tekrar 2013 yılına ait durumdadır. Savcılık tarafından belgelerin UYAP üzerinden kontrolü talebimiz kabul edilmesi üzerine en son eklenen evrak ve işlemlere UYAP üzerinden bakıldığında dosyada var olan maktul ve müştekilerin öğrenilmesi amacıyla sunulan talep sonucunda dosyadaki maktullerin Abdülhakim Tanrıverdi, Abdullah Düşkün, Abdurrahman Güzel, Abdurrahman Yılmaz, Ahmet Berek, Ali Karagöz, Emin Savgat, Emin Karatay, Hediye Erbil, İhsan Arslan, Mahfuze Sezgin, Mehdiye Budak, Mehmet Elçi, Mehmet Turay, Mehmet Acar, Mehmet Sezgin, Mustafa Aydın, Mümine Yanık, Rabia Tanrikulu, Selami Çiçek, Yusuf Şahin olduğu; mağdurların ise Abdulvahap Timurtaş, Abdurrahman Bilik, Ahmet Bulmuş, Enver Akın, Hasan Baykura, İlhan Bilir, Kemal Mübariz, Nadir Nayci, Ömer Sulmaz, Ramazan Bilir olduğu görülüyor.

Mehmet Acar’ın maktul sıfatı ile kayıtlı olduğu dosyada, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı Hazırlık Bürosu 29 Haziran 2022 tarihinde 2014/1859 soruşturma dosyası üzerinden Cizre İlçe Emniyet Müdürlüğü Asayiş Büro Amirliğine “Herhangi bir şüpheli tespit edilip edilmediği, edildi ise yapılan işlemler, şikayet olup olmadığı olmuşsa yapılan işlemlerin,” araştırılması için müzekkere yazdı. Bu araştırma işlemleri için maktül yakınları ile görüşülmesi ve yardım alınması istendi. Savcılıktan edinilen bilgilere göre dosyada henüz bir daimi arama kararı ya da bir ayırma kararı bulunmamaktadır.

Dosyada en son 25 Ocak 2022 tarihinde Abdulhamit Düdük’ün öldürülmesi olayında elde edilen suç eşyalarının Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildiği bilgisi Eskişehir 2. Ağır Ceza Mahkemesi 2015/47 dosyasınca bildirilmiştir. Haziran 2023 itibariyle bilgiler günceldir.