YAKAY-DER kayıtlarına ve Anayasa Mahkemesinin 21 Nisan 2016 tarihli kararına göre Ayten Öztürk’ün babası 1992 yılında Tunceli’de İl Özel İdaresinde devlet memuru olarak çalışmaktaydı. 1992 yılının mayıs ayında bir gün, İl Jandarma Alay Komutanı MS.Y. kendisini makamına çağırdı. Öztürk’ün babası durumu aktardığı Vali Muavininden izin istedi ancak Karaçöl iş yoğunluğu nedeniyle gitmemesini söyledi. Ancak iki-üç gün sonra alay komutanı kendisini yeniden çağırınca bu sefer izin alarak görüşmeye gitti. Alay komutanı çocuklarını da alarak yeniden gelmesini istedi. Öztürk’ün babası bir pazar günü üç kızını da yanına alarak yeniden Jandarma Alay Komutanlığına gitti.

Kızları Alay Komutanının Mahmut Bey diye tanıttığı bir kişi tarafından yanından alınarak sorgulandı, daha sonra hep beraber komutanlıktan ayrıldılar. Bu tarihten yaklaşık iki buçuk ay sonra, 28 Temmuz 1992 tarihinde, Ayten Öztürk’ün çalıştığı Tungaş Gıda A.Ş.’den babasına telefon edildi ve kızının işe gitmediği bildirildi. Görgü tanıkları Ayten Öztürk’ü üç kişiyle beraber beyaz bir araçta giderken gördüklerini söylediler. Kızından daha sonra haber alamayan baba, polise ve savcılığa başvurdu ancak herhangi bir bilgi edinemedi.

8 Ağustos 1992’de Elazığ Devlet Hastanesinden gelen bir telefonla kimliği belirsiz bir kadın cesedi bulunduğu Öztürk ailesine bildirildi. Ayten Öztürk’ü bir çoban Elazığ Karşıyaka Kartaltepe mevkiinde yarı gömülü olarak bulmuştu; işkenceden tanınamayacak hale gelmiş bedeninin çeşitli yerleri kesilmiş, yüzülmüş, bazı organları vücudundan ayrılmıştı. Ancak işkence otopsi raporunda yer almadı; detaylı otopsiye ihtiyaç duymayan doktorlar bedendeki bozulmaların gömülü kalmayla ilişkili olduğunu yazmışlardı. Açılan soruşturma adli bir olay olarak ele alındığı için hızla kapatıldı. Öztürk’ün babası daha sonra otopsiyi yapan doktorlar ve raporu imzalayan savcı hakkında suç duyurusunda bulundu.

Olaydan birkaç ay sonra, 21 Şubat 1993’te gazeteci Soner Yalçın, Öztürk’ün babasını arayarak kendi yaptığı araştırmalar sonucunda Jandarma Komutanı C.E.’den kızı Ayten Öztürk’ün Yeşil kod adlı M.Y. tarafından kaçırılarak öldürüldüğünü öğrendiğini söyledi. Ayten Öztürk’ün kaçırılması ve ardından öldürülmesi, yıllar sonra 2012’de Abdülkadir Aygan’ın itiraflarında da yer aldı.

Öztürk’ün babası, 13 Aralık 2011 tarihinde TBMM İnsan Hakları İnceleme Komisyonuna çağrıldı. Verdiği ifade kamuoyunda da geniş yer buldu ve İnsan Hakları Komisyonu Başkanı Ayhan Sefer Üstün, Aralık ayında Elazığ ve Tunceli Cumhuriyet Savcılıklarına suç duyurusunda bulundu. Suç duyurusu üzerine harekete geçen Elazığ Cumhuriyet Savcılığı dosyayı yeniden açtı. O dönemde görev yapan kamu görevlilerinin isimleri ilgili kurumlardan istendi. Cinayetin örgütlü suçlar kapsamında olduğuna kanaat getirilmesi üzerine dosya Malatya Özel Yetkili Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildi. Savcılık, ayrıca Yeşil kod adlı M.Y.'nin isminin karıştığı tüm olayların dosyalarını da ilgili yerlerden talep etti.

CMK 250. Maddesinde belirtilen suçlara bakmakla yetkili Malatya 3. Ağır Ceza Mahkemesinde açılan dava kapsamında 13 Haziran 2012’de Karaburun Cumhuriyet Başsavcılığında tanık olarak ifadesi alınan H.O., 1992 yılında Uşak İl Jandarma Komutanlığında sorgu amiri olarak görev yaptığını, 1 Temmuz 1993’te Malatya İl Jandarma Komutanlığı Sorgu Amirliğine tayin olduğunu, daha sonra da görevi gereği Tunceli, Elazığ, Bingöl ve Diyarbakır’da bulunan istihbaratçılarla diyalog halinde olduğunu aktardıktan sonra o dönemde Yeşil kod adlı M.Y., B. kod adlı Y.G. ve itirafçı M.M.’nin bir ekip oluşturarak bölgede örgüt üyesi süsü verdikleri pek çok sivili infaz ettiklerini bizzat duyduğunu aktardı. 1993 yılında Elazığ JİTEM Komutanı Yüzbaşı Z.’nin kendisine Ayten Öztürk’ün M.Y. tarafından Mazgirt’ten kaçırıldığını, bu sırada yanında itirafçı M.M.’nin de olduğunu, daha sonra Ayten Öztürk’ü Diyarbakır JİTEM’e götürdüklerini ve burada üç gün boyunca işkence yaptıktan sonra infaz edildiğini anlattığını aktardı. Olayı kendisine Abdülkadir Aygan’ın da doğruladığını, bu olayla ilgili kayıtların o dönemde Malatya İl Jandarma Komutanlığında tutulduğunu ancak kendisi 1996 yılında ayrıldığı için kayıtların hala durup durmadığını bilmediğini ekledi.

Dava kapsamında 28 Mart 2012 tarihinde dönemin Tunceli İl Jandarma Alay Komutanı M.S.Y.’nin ifadesi de Büyükçekmece Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından şüpheli sıfatıyla alındı. Mahkeme 31 Mayıs 2012 tarihinde Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım için yoklukta tutuklama müzekkeresi düzenlenmesine karar verdi. Ayrıca Tabipler Birliği Merkez Konseyi, Ayten Öztürk’ün 8 Ağustos 1992’de görevli doktorlar tarafından gerçekleştirilen harici otopsisinde kesin olmayan bulguların kesinmiş gibi belirtilerek klasik otopsiye gerek görülmediğini, işkence bulgularının görmezden gelinerek mesleki bilgi ve becerilerin gerçeğin ortaya çıkartılması için kullanılmadığı iddialarını göz önüne alarak adı geçen iki doktor hakkında ön inceleme başlattı. Sadece ölü muayene tutanağını inceleyerek ve söz konusu iki doktorun üzerlerine atılı suç isnadını reddeden ifadelerine bakarak bir inceleme yürüten Elazığ Tabip Odası Yönetim Kurulu üyesi ön incelemeci doktorun suç vasfını ortaya koyacak delil yoktur raporu üzerine iki doktor da ceza almadı.

Öztürk ailesi açılan davada herhangi bir ilerleme olmayınca 21 Ekim 2013 tarihinde Anayasa Mahkemesine başvurdu. Mahkeme, 21 Nisan 2016’da Anayasa'nın yaşam hakkının düzenlendiği 17. maddesinin usul boyutunun ihlal edildiğine, ihlalin sonuçlarının ortadan kaldırılması için kararın bir örneğinin Elazığ Cumhuriyet Başsavcılığına gönderilmesine ve aileye 50 bin TL manevi tazminat ödenmesine hükmetti.