Radikal gazetesinde 10 Nisan 2013 ve 19 Ağustos 2015’te yayınlanan haberlerde ve faili meçhul cinayetleri konu alan “Ölü mü Denir Şimdi Onlara” isimli kitapta yer alan bilgilere göre; Mehmet Zeki Yılmaz 1 Temmuz 1963'te Van'ın Başkale ilçesine bağlı Belencik köyünde doğdu. 14 yaşındayken ailesiyle Hakkâri’nin Yüksekova ilçesine yerleşti. 1980 yılı Mayıs ayında evlendi. Askerliğini bitirdikten sonra hayvan tüccarlığı yaptı. Daha sonra bir bakkal dükkânı işletmeye başladı. Yedi çocuğu vardı. Bir çocuğu Mehmet Zeki Yılmaz kaybedildikten sonra dünyaya geldi.

9 Şubat 1994’te Mehmet Zeki Yılmaz'ın kaldığı ev güvenlik güçlerince basıldı ve gözaltına alınarak Yüksekova Karakoluna götürüldü. Bir gün sonra serbest bırakılırken “Hareketlerine dikkat et,” denilerek uyarıldı. 22 Şubat 1994 Salı günü sabahı Yüksekova-Şemdinli yolu üzerindeki bakkal dükkânını açmak üzere evden çıktı. Dükkânını açtıktan belli bir süre sonra krem renkli bir minibüsten inen silahlı ve kar maskeli üç kişi Mehmet Zeki Yılmaz’ı zorla arabaya bindirip uzaklaştı. Mehmet Zeki Yılmaz’ın dükkânından kaçırıldığını öğrenen kardeşleri önce karakola giderek bilgi almaya çalıştı. Buradan yanıt alamayınca tabura; üçüncü gün de Yüksekova Cumhuriyet Savcılığına başvurdular. Ancak herhangi bir bilgi edinemediler. Savcılıktan çıkarken ailenin yanına gelen biri Mehmet Zeki Yılmaz’ın ellerinde olduğunu, taburda olduğunu, isterlerse ceketini ve tesbihini onlara verebileceğini söyledi. Aile o kişiye inanmak istemedi ve tam o sırada Yüksekova çöplüğünde bir beden görüldüğüne dair haber geldi. 26 Şubat 1994’te Dilektaşı köyüne yakın yerdeki bir dere yatağında Mehmet Zeki Yılmaz’ın bedenine ulaşıldı. Ağzı bantlanmış, dişleri sökülmüş, kafatası parçalanmış ve işkence edilmiş bedenine onlarca mermi sıkılmıştı.

Kardeşi gördüğü ağır işkence nedeniyle Mehmet Zeki Yılmaz’ın bedenini tanıyamadı; teşhisi gece yatarken giydiği pijaması ve çoraplarından yapabildi. Doktorlar, Yüksekova Devlet Hastanesi morguna getirilen Mehmet Zeki Yılmaz’ın işkence ile öldürüldüğünü söyledi ancak morgda bulunan savcı "İşkence falan yok, bir daha bundan söz etmeyin," diyerek doktorları azarladı; aileye olayın üstüne gitmeleri halinde kendilerinin de canının yanacağı tehdidinde bulundu ve Mehmet Zeki Yılmaz'ın bedenini ancak "Sessiz-sedasız" gömülmesi karşılığında ailesine teslim etti.

O dönem Mehmet Zeki Yılmaz’ın iki erkek kardeşi de gözaltına alındı ve işkence gördü. Re’sen açılan soruşturmada herhangi bir işlem yapılmadan kısa sürede daimi arama kararı verildi. 1994 yılından 2003 yılına kadar dosyayla ilgili yapılan tek işlem, Adalet bakanına bir mektup yazarak adalet talebini ileten Mehmet Zeki Yılmaz’ın eşi hakkında "Terör örgütü propagandası" yapmak iddiasıyla soruşturma başlatılması oldu.

Yılmaz ailesi faillerinin bulunması için 2004 yılında Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığına suç duyurusunda bulundu ancak Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığı 25 Şubat 2009’da zamanaşımının bittiğini savunarak 23 Mart 2009’da dosyada kovuşturmaya yer olmadığına hükmetti. Yılmaz ailesi daha sonra kendi imkânları ile görgü tanıklarına ulaştı ve ifadelerini kayıt altına aldı. Aynı zamanda Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığına başvurarak otopsi raporuna eklenen ve işkenceyi belgeleyen fotoğraflara ulaştı. Zamanaşımı kararının ardından soruşturmanın yeniden açılması için 25 Şubat 2013'te yaptıkları başvuruyu inceleyen Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığı talebi haklı bularak 5 Mart 2013'te dosyayı Terörle Mücadele Kanunu’nun 10. Maddesi ile görevlendirilmiş Van Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi.

Mehmet Zeki Yılmaz’ın oğlu, dönemin tanıklarını bulmak için Van, Başkale ve Yüksekova’yı gezdi. Tanıkları bulup anlatımlarını kameraya kaydetti. Ardından avukat aracılığıyla, kovuşturmaya yer olmadığına dair karara 25 Şubat 2013’te itiraz etti. Avukat, eski TCK’da “Canavarca hisle veya işkence yoluyla öldürme” fiilinde zamanaşımı 20 yıl iken bu kararın 15 yılda alındığını hatırlattı. Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığı başvuruyu haklı bularak, kararı kaldırdı. Soruşturmayı yeniden açan savcılık, dosyayı Van Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. Birden çok tanık ifadesi savcılığa sunulduğu halde savcılık, 28 Şubat 2014’te yeniden kovuşturmaya yer olmadığına karar verdi. Van 2. Sulh Ceza Mahkemesi de 8 Eylül 2014’te itirazı reddedince karar kesinleşti.

Bunun üzerine aile Van 1. İdare Mahkemesine başvurarak maddi ve manevi tazminat talebinde bulundu. 8 Mayıs 2017’de mahkeme “İşlemlerdeki kusurlar, elem ve ıstırabın daha da artmasına ya da sürekli hale gelmesine sebep olacağı gibi, adalete güvenin azalmasına ve yaşam hakkını garanti eden devlete güvenin sarsılmasına neden olacaktır,” tespitini yaparak Yılmaz ailesine tazminat ödenmesine karar verdi.