29 Haziran 2004 tarihinde Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığınca hazırlanan 2004/956 sayılı soruşturma dosyası hakkında 2004/29 sayılı görevsizlik kararı verilerek, dosya Van Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildi. Van Devlet Güvenlik Mahkemesi" Cumhuriyet Başsavcılığı, dosyayı 10 Ağustos 2004 tarihinde 2004/151 sayılı görevsizlik kararı ile Van Askeri Savcılığına gönderdi.

Dosya, 12 Ağustos 2004 tarihinde, soruşturma emri verilmesi için Van Jandarma Asayiş Kolordu Komutanlığına gönderildi. 10 Şubat 2010 tarihinde verilen cevabi yazıda istenen soruşturma dosyasının arşivde araştırılması sonucu, yıl sonu arşiv işlemleri faaliyeti nedeniyle imha edildiği belirtildi.

17 Aralık 2008 tarihinde, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığının (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) talimatı ile Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığınca tanık olarak dinlenen M.S., koyunlarına bakmaya giden Nezir Tekçi’ye yolda eşlik ettiğini, konakladıkları köye gelen askerlerin yaptıkları kimlik kontrolü ve arama sonucunda Nezir Tekçi’yi yanlarına aldığını, o tarihten sonra kendisinden haber alamadığını, yaşayıp yaşamadığını bilmediğini beyan etti.

18 Aralık 2008 tarihinde, Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığınca ifadesine başvurulan tanık C.K., beraber koyun otlatırken Dişli Köyü Karakolunun bulunduğu taraftan açılan ateşle iki bacağından yaralanan akrabalarını hastaneye götürecek bir araç bulmak umuduyla oğulları, kardeşi ve babası ile beraber karakola götürdüklerini, ancak terörist oldukları gerekçesiyle karakol yakınına kurulan çadırlarda alıkonulduklarını, burada elleri arkasından kelepçe ile bağlı olan Nezir Tekçi’yi gördüğünü, o tarihten sonra kendisinden bir daha haber alamadığını beyan etti.

19 Aralık 2008 tarihinde, İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığının (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) talimatı ile Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığınca tanık olarak dinlenen N.D., koyunlara bakmaya giden Nezir Tekçi ve arkadaşını bir akşam evinde misafir ettiğini, şafak vakti köye askerlerin gelerek herkesi gözaltına aldığını, bir gece sonra Nezir Tekçi hariç herkesin serbest bırakıldığını, olaydan dört-beş gün sonra köyde gördüğü askerlere Nezir Tekçi’yi sorduğunu ve yanındaki kişi ile beraber öldürüldüğü cevabını aldığını beyan etti. Ayrıca, olay tarihinde kendilerini gözaltına alan askerler arasında Ali Osman adlı bir yüzbaşının ve adını bilmediği bir kurmay albayın bulunduğunu, kurmay albayın kendilerinden zorla silah istediğini, mecbur kaldıkları için kendi paralarıyla kaçak yollardan silah temin ettiklerini, Ali Osman adlı yüzbaşının da olay tarihinden birkaç gün sonra köye gelerek kalaşnikof getirmeleri durumunda kendilerini kurtarabileceklerini söylediğini de ifade etti.

13 Ağustos 2009 tarihinde, Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığınca ifadesi alınan Y.Ş., 1995 yılında askerlik görevini yapmaktayken görevlendirilerek Yüksekova’ya gönderildiğini, burada görev yaptığı bölükten başka bir bölüğün Nezir Tekçi adında bir şahsı yakaladığını, dağa düzenledikleri operasyonda PKK kamplarının ve silahlarının yerini göstermesi için bu şahsı yanlarında götürdüklerini, Nezir Tekçi’nin bu konuda bir şey bilmediğini söylemesi üzerine operasyonda görevli askerlerden Yüzbaşı Ali Osman Akın’ın Nezir Tekçi’yi öldürmekle tehdit ettiğini, sonrasında operasyonda görevli askerlere hangilerinin Kürt olduğunu sorduğunu, el kaldıran yaklaşık 20 kişiden Nezir Tekçi’ye ateş etmelerini istediğini, kimse ateş etmeyince bu işi yapmaya gönüllü olan Teğmen Kemal Alkan’ın Ali Osman Akın’ın izniyle iki el ateş ederek Nezir Tekçi’yi vurduğunu, bu sırada yine Ali Osman Akın’ın emriyle herkesin Nezir Tekçi’ye doğru ateş ettiğini, sonrasında bedenin mayın ile patlatıldığını ve Teğmen Kemal Alkan’ın Nezir Tekçi’nin gövdesinden kopmuş başını saçlarından tutarak görevli askerlere gösterdiğini anlattı.

2 Nisan 2010 tarihinde Halit Tekçi, Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığına dilekçe yazarak, oğlu Nezir Tekçi’nin öldürülmesi olayıyla ilgili H.A.’nın tanık olarak dinlenmesi talep etti.

29 Nisan 2010 tarihinde Yüksekova Cumhuriyet Başsavcılığının talimatıyla Malatya Cumhuriyet Başsavcılığınca tanık olarak dinlenen H.A., 1995 yılında Yüksekova'da askerlik yapmakta olduğunu, Nezir Tekçi’nin askerler tarafından yakalandığını duyduğunu, ardından terkedilmiş eski bir karakola getirildiğinde orada bulunduğunu beyan etti. H.A.'nın ifadelerine göre Nezir Tekçi terkedilmiş eski karakolda Yüzbaşı Ali Osman tarafından sorguya çekildi. Kendisine PKK sığınaklarının ve mühimmatlarının nerede gizlendiği soruldu. Nezir Tekçi’nin PKK ile bir bağlantısı bulunmadığını söylemesi üzerine, Yüzbaşı Ali Osman’ın emriyle 70 kişilik bir asker grubu Nezir Tekçi’yi bir tepeye çıkardı. H.A., bu grupta bulunmadığını, ancak Nezir Tekçi’nin askerler tarafından kurşuna dizildiğini ve bomba patlatılarak parçalandığını olay yerine giden asker arkadaşlarından duyduğunu ifade etti. Arkadaşlarının anlattıklarına göre, ilk ateş Yüzbaşı Ali Osman’ın emriyle bir subay tarafından açıldı, sonrasında diğer askerlerin hepsi ateş etti ve bomba patlatılarak beden parçalandı.

11 Mart 2011 tarihinde, TBMM İnsan Hakları İnceleme Komisyonu tarafından Halit Tekçi’nin komisyona yaptığı başvuru ile ilgili, konu yargıya intikal ettiğinden dolayı Anayasa’nın mahkemelerin bağımsızlığını düzenleyen hükmü ve Dilekçe Hakkının Kullanılmasına Dair Kanun’un "Yargı mercilerinin görevine giren konularla ilgili olanlar incelenmez" hükmü gerekçe gösterilerek, komisyon tarafından yapılacak bir işlemin bulunmadığı beyan edildi.

24 Mart 2011 tarihinde Başbakanlığa bağlı İnsan Hakları Başkanlığı, Halit Tekçi’ye Başkanlığa yaptığı başvuruyu kayda aldıklarını bildirdi. 28 Mart 2011 tarihinde, Adalet Bakanlığına bağlı Ceza İşleri Genel Müdürlüğü, Hakkari Cumhuriyet Başsavcılığına yazı yazarak, Halit Tekçi’ye başvuru dilekçesinin işleme konulduğunun tebliğ edilmesini ve dileği konusunu açıklamak için yapılan işlemlerin müdürlüğe bildirilmesini talep etti. Hakkari Cumhuriyet Başsavcılığı, 15 Nisan 2011’de Halit Tekçi’ye başvuru dilekçesinin işleme konulduğunu tebliğ etti. 8 Haziran 2011’de ise, şüpheli Ali Osman Akın hakkında Hakkari Ağır Ceza Mahkemesinde kamu davası açıldığını, yargı yetkisi ve takdir hakkına ilişkin hususlarda bakanlıkça yapılacak bir işlem bulunmadığını bildirdi.

Hakkari Cumhuriyet Başsavcılığınca 4 Mayıs 2011 tarihinde şüpheli Ali Osman Akın’ın cezalandırılması talebiyle iddianame düzenlenerek Hakkari Ağır Ceza Mahkemesine gönderildi. İddianameye göre, incelenen soruşturma evrakında ifadesi bulunan müşteki Halil Tekçi, diğer tanıklarla aynı doğrultuda beyanlarda bulundu. Şüpheli Ali Osman Akın ise ifadesinde, iddia edildiği gibi Nezir Tekçi adında sivil bir şahsın yakalanmadığını, tarafından sorgulanmadığını, kurşuna dizilerek öldürülmediğini, olayın tamamen hayali ve iftira olduğunu beyan etti.

Halit Tekçi, 14 Kasım 2011 tarihinde Hakkari Cumhuriyet Başsavcılığına dilekçe yazarak, olay hakkında detaylı bilgi sahibi olduklarını iddia ettiği F.E., K.K. ve S.S.'nin tanık sıfatıyla dinlenmesini talep etti.

22 Aralık 2011 tarihinde, Hakkari Ağır Ceza Mahkemesinde görülen duruşmada Yargıtay 5. Ceza Dairesinin davanın güvenlik gerekçesiyle Eskişehir’e nakledilmesine ilişkin 2011/23460 sayılı kararına dayanarak mahkemenin yetkisizliğine karar verildi ve dava dosyası Eskişehir Ağır Ceza Mahkemesine gönderildi. Aynı gün, Halit Tekçi, söz konusu karar ile beraber dava süresinin uzayacağını, tanık ve delillerini Eskişehir’de bir mahkemeye sunmasının imkansızlaştırıldığını, yaşadığı şehirden çok uzak olması sebebiyle kendisinin Eskişehir’de duruşmaya katılma olanağı bulunmadığını, tüm bunların davanın gidişatını ciddi anlamda etkileyeceğini ve mağduriyetine sebep olacağını belirttiği itiraz dilekçesini Hakkari Ağır Ceza Mahkemesine sundu. Halit Tekçi, 15 Aralık 2011 tarihinde, aynı itirazları barındıran ikinci bir dilekçeyi Adalet Bakanlığına da sundu.

21 Aralık 2011 tarihinde, Eskişehir Ağır Ceza Mahkemesince tanık dinlenmesi, adres tespit edilmesi, müzekkere yazılması gibi talimatlar verilerek duruşma 29 Mart 2012’ye ertelendi.

2 Ocak 2012 tarihinde Halit Tekçi tarafından Hakkari Cumhuriyet Başsavcılığına dilekçe yazılarak görgü tanıklarının ifadelerine başvurmaksızın duruşmanın yapılacağı mahkemenin Eskişehir’e intikal ettirilmesi hakkında tarafına bilgi verilmesi talep edildi.

Halit Tekçi, 3 Ocak 2012’de Hakkari Ağır Ceza Mahkemesi Başkanlığına yazdığı dilekçesinde Eskişehir’e gidip gelerek davasını takip edebileceği ve avukat tutabileceği maddi durumu olmadığını belirterek, kendisine avukat atanmasını talep etti. Ayrıca, daha önce de dinlenmeleri talebinde bulunduğu E.S., K.K. ve F.E.’nin ifadelerinin Yüksekova’da alınmasını istedi.

23 Ocak 2012 günü Yüksekova 2. Asliye Ceza Mahkemesinde görülen duruşmada dinlenen tanıklar Y.Ş., M.S., C.K, N.D. daha önceden savcılıkta alınan ifadelerini kabul etti. İlk defa ifade veren tanıklar E.S., F.E. ve K.K. ise Nezir Tekçi’nin ölümü olayı ile ilgili diğer tanıklarla aynı yönde anlatımlarda bulundu. Asker olan tanıkların tamamı ölüm emrini verenin Yüzbaşı Ali Osman Akın olduğunu belirtti.

29 Mart 2012 günü, Eskişehir 1. Ağır Ceza Mahkemesinde görülen duruşmada, sanık Ali Osman Akın savunmasında hakkındaki tüm iddiaları reddetti. Sanık Kemal Alkan ise, söz konusu olay ile ilgili hiçbir bilgisi olmadığına dair savunma yaptı. Sanık vekili, örgüt içi infazların silahlı kuvvetlerin üzerine yıkıldığı, olayın bir senaryo olduğu savunmasında bulundu.

Eskişehir 1. Ağır Ceza Mahkemesinde 12 Haziran 2012 tarihinde görülen duruşmada dinlenen tanık İ.A.Ş., 1995 yılında Çanakkale’de askerlik görevini yapmaktayken Yüksekova’da görevlendirildiğini, burada 2. bölükte görev yaptığını, Ali Osman Akın ve Kemal Alkan isimlerini ilk kez duyduğunu, söz konusu olayı hatırlamadığını, kendi bölük ve tabur komutanın isimlerini de tam olarak hatırlamadığını, bölük komutanının ismini Nafi olarak hatırladığını beyan etti.

4 Ekim 2012 tarihinde Eskişehir 1. Ağır Ceza Mahkemesinde görülen duruşmada tekrar ifadesine başvurulan Halit Tekçi, oğlu Nezir Tekçi’nin kaybolmasından sonraki 15-20 gün içinde askerlerle yaptığı görüşmelerden oğlunun öldüğünü öğrendiğini beyan etti. Daha önceden tanıklık yapmış olan askerler ile aynı doğrultuda olayın gerçekleşme biçimini anlattı. Bunun yanında, olayın akıbetini öğrenmek için yaptığı görüşmeler sırasında Selim isimli bir şahsın kendisine oğlunun ve başkalarının gözaltına alındığını ve 1000 Mark karşılığında oğluna işkence yapmayacaklarını söylemesi üzerine şahsa istediği parayı verdiğini ifade etti. Aynı duruşmada, olay yerinde tanıklar ile beraber keşif yapılması talebi, mahkeme tarafından dosyaya yenilik katmayacağı gerekçesiyle reddedildi.

Eskişehir 1. Ağır Ceza Mahkemesinde 18 Aralık 2012 tarihinde görülen duruşmada, tekrar ifadesine başvurulan H.A. daha önceki ifadelerine ek olarak olayı öğrendiği arkadaşı M.T.’nin ismini verdi. Halit Tekçi’nin vekillerinin davanın yeniden Yüksekova’ya nakledilmesi talebi mahkeme tarafından yasal olanak bulunmadığı gerekçesiyle reddedildi. Mahkeme, sanıkların tutuklanmasına yönelik talebi ise mevcut delil durumunu, sanıkların sabit ikamet sahibi oluşlarını ve dosyanın geçirdiği aşamaları gerekçe göstererek reddetti.

5 Mart 2013 tarihinde Eskişehir 1. Ağır Ceza Mahkemesinde görülen duruşmada tekrar ifadesine başvurulan tanık Y.Ş., daha önce verdiği ifadesini tekrarladı. Müşteki vekilleri tarafından Ali Osman Akın’ın Y.Ş.’ye yönelik tazminat davası açtığı belirtildi. İnsan Hakları Derneği, Özgür Hukukçular Derneği ve Çağdaş Hukukçular Derneğinin davaya katılma talepleri konusunda gelecek duruşmada karar verilmesine karar verildi. Sanıkların tutuklanmalarına yönelik talep, sanıkların bugüne kadar kaçma teşebbüslerinin bulunmaması ve delilleri karartma ihtimalleri söz konusu olmaması gerekçesiyle mahkemece reddedildi. Mahkeme, yeniden yapılan keşif talebini bu sefer kabul ederek Yüksekova Yukarı Ölçek mezrasında insan kemiği ve diğer delillerin araştırmasının yapılmasına karar verdi. Duruşmada Halit Tekçi, Ali Osman Akın’ın N.D.’den her biri 500 lira değerinde 10 adet kalaşnikof aldıktan sonra, devlet yetkililerine “Öldürdüğü teröristlerin silahları” olarak gösterip yüzbaşılıktan binbaşılığa terfi ettiğini söyledi.

Bu sırada AİHM, 10 Aralık 2013 tarihinde, Nezir Tekçi ile ilgili olayda, Türkiye Cumhuriyeti Devletinin AİHS’nin yaşam hakkını düzenleyen 2. Maddesini usul ve esastan ihlal ettiğine karar vererek tazminata hükmetti. Ayrıca, Ali Osman Akıncı tarafından olaya 3 Şubat 2010 tarihli nüshasında yer veren Taraf gazetesine karşı da tazminat davası açıldı.

Bütün bu gelişmelere ve AİHM kararına rağmen savcılık makamı esas hakkındaki mütalaasında şüpheden uzak ve kanaat uyandırıcı delil elde edilmediği gerekçesiyle sanıkların beraatlarına karar verilmesini talep etti. 11 Eylül 2015 tarihinde görülen karar duruşmasında mahkeme heyeti sanıklara isnat edilen suçun sabit görülmemesi nedeniyle emekli Albay Ali Osman Akın ve Yarbay Kemal Alkan’ın oy birliğiyle beraatlarına karar verdi.

Yargıtaya intikal eden dosyada 1. Ceza Dairesi, 27 Mart 2018 tarihinde beraat kararlarını onadı.

Anayasa Mahkemesi 21 Mart 2023 günü Tekçi ailesi vekillerinin Anayasaya aykırılık iddiaları nedeniyle yaptıkları başvurulara dair kararını resmi gazetede yayınladı. Anayasa Mahkemesi kararına göre, AİHM kararındaki eksikliklerin giderilmemiş olması, yargılama için önemli olan M.E.Y. isimli kişinin tanıklık beyanına başvurulmamış olması, bölgede bulunan diğer askeri birliklerin tespit edilip bunlara mensup askerlerin tanıklık beyanının alınmaması, keşif mahallinde bulunan bez parçası üzerinde Nezir'e ait olup olmadığının tespiti için adli inceleme yapılmaması, olay bölgesinde görev yapan askerlere ait silahların keşif mahallinde bulunan boş kovanlar ile eşleşmesinin yapılmamış olması, dinlenen tanıklardan olayı gördüğünün söyleyenlere Nezir'in nereye gömüldüğünün sorulmaması yargılamanın etkililiğine zarar vermiştir. Bu nedenlerle Anayasanın yaşam hakkını düzenleyen 17. Maddesinin usul boyutunun ihlal edildiğine karar verilerek, karar yeniden yargılama için Eskişehir 1. Ağır Ceza Mahkemesine gönderildi.

AYM kararı sonrası açılan 2023/283 Esas sayılı yeni davanın ilk duruşması 17 Temmuz 2023 günü görüldü. Sanıkların ve avukatlarının savunması alındı. Tekçi Ailesi avukatları ise davanın zamanaşımına sürüklendiğini, bu nedenle AYM'nin tespit ettiği eksikliklerin derhal giderilmesi gerektiğini belirtti ve duruşma günlerinin de gerekirse aylık periyotlarla yapılması gerektiğini bildirdi. Duruşma sonunda sanıkların tutuklanması talepleri reddedildi, sanıklara yurtdışına çıkış adli kontrolünün uygulanmasına karar verildi. Ayrıca sanıkların duruşmadan vareste(bağışık) tutulma talepleri kabul edildi.

9 Ekim 2023 günü görülen ikinci duruşmada, Nezir Tekçi'nin kardeşi Lokman Tekçi davaya katılan olarak kabul edildi. Sanık avukatları ise Lokman Tekçi'nin olaya dair beyanlarını dikkate ve ciddiye alınmayacak ifadeler olarak değerlendirdi. AYM kararında bir eksiklik olarak tespit edilen olay günü kullanılan silahlara dair araştırmaya dair Genelkurmay Harekat Başkanlığı ve Genelkurmay Lojistik Başkanlığı'ndan gelen yazılarda herhangi bir bilgi ve belgeye rastlanılmadığı ve Genelkurmay Başkanlığı Hukuk Hizmetleri Başkanlığınca verilen cevabi yazıda bahsi geçen birliklerden başka askeri birliklerin anılan bölgede görev yaptıklarına dair herhangi bir bilgi ve belgeye rastlanmadığına dair gelen cevaplar ile yetinilerek ilk celse kurulan ara karardan vazgeçilmesine ve sanıklar hakkında uygulanan adli kontrol hükümlerinin devamına karar verildi.

25 Aralık 2023 tarihinde görülen duruşmada tanıkların dinlenmesine ilişkin işlemlerin devamına karar verildi. 8 Mart 2024 günü görülen duruşmada ise Tekçi ailesi vekillerinden Av. Ramazan Demir davaya, olayın arka planına, zorla kaybetme suçunun hukuki niteliğine, uluslararası düzenlemelere, insanlığa karşı suç tanımına ve bu davada zamanaşımı hükümlerinin neden uygulanmaması gerektiğine dair ayrıntılı beyanda bulundu. İnsanlığa karşı suçları düzenleyen TCK 77. Madde uyarınca ek savunma alınması talebinin daha sonra değerlendirilmesine karar verildi.

28 Haziran 2024 tarihinde gerçekleşen duruşmada tanık işlemlerinin devam etmesine ve sanıkların duruşmada hazır edilmesi taleplerinin reddine karar verildi.

11 Ekim 2024 tarihli duruşmada Tekçi ailesinin vekili tanıkların dinlenmesi işlemlerinden vazgeçilmesini ve zamanaşımı riskinden dolayı davanın karar sürecinin hızlandırılmasını talep etti. 27 Aralık 2024 tarihinde görülen duruşmada ise bu talep yinelendi.

10 Ocak 2025 tarihinde görülen duruşma katılan vekillerinin mazeretleri nedeniyle nihai karar verilmek üzere bir hafta ertelendi.

17 Ocak 2025 tarihinde "Sanıkların beraatine dair hükmün onaylanmasına” adli kontrol tedbirlerinin kaldırılmasına karar verildi. Tekçi ailesi vekilleri kararı temyiz etti. Yargıtay incelemesi devam ediyor.