Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından (2009/972 soruşturma numaralı) iddianame hazırlanmasıyla sonlanan süreç boyunca yapılan savcılık işlemlerine ve dosyada bulunan tutanaklara göre; Abdullah Efelti’nin kaybedilmesinin ardından ailesi 23 Şubat 1995 ve 30 Mart 1995 tarihlerinde Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına şikayette bulundu. Şikayetçiler, yaptıkları araştırma sonucu zorla kaybedilen Efelti’nin Cizre İlçe Jandarma Komutanlığında tutulduğunu öğrendiklerini, uzun süredir serbest bırakılmadığı gibi kendilerine hakkında bilgi de verilmediğini savcılığa bildirdi. Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı 1995/640 hazırlık numarası ile yürüttüğü soruşturmada, verilen detaylı bilgilere ve tanık ifadesine rağmen ancak 24 Mayıs 1995 tarihinde Yankale Sınır Komutanlığındaki iki görevlinin ifadesini aldı ve bundan başka hiçbir işlem yapmadı.

Söz konusu soruşturma sürerken 13 Mayıs 1995 tarihinde Cizre-Nusaybin Karayolu üzerinde Varlık köyü yakınlarında köylülerce yarı gömülü halde kimliği belirsiz bir cenaze bulunması üzerine Cizre Savcılığı konu ile ilgili 1995/239 hazırlık numarası ile soruşturma açtı. Savcılık olay yeri incelemesi ve ölü muayenesi işlemlerini yapıp görgü tanıklarını dinledi. Bu işlemlerin ardından maktul, savcılığın talimatıyla belediye tarafından kimsesizler mezarlığına gömüldü. Maktulün ailesi çevre köylerden bir cenaze bulunduğu duyumunu alarak 30 Mayıs 1995 tarihinde belediyeye başvurdu ancak defin gerçekleştiği için maktulün teşhisi fotoğraflardan yapıldı. Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı Cizre’de yürütülen soruşturmadan haberdar olduktan sonra 9 Ekim 1995 tarihinde yetkisizlik kararı vererek dosyayı Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi ve iki dosya 1995/239 hazırlık numarasında birleştirildi.

Kimlik tespiti dışında hiçbir ilerleme yaşanmayan dosyada “Daimi arama” kararı verilerek faillerin bulunması için suç yeri itibariyle yetkili Cizre Jandarma İlçe Komutanlığıyla aylık rutin yazışmalar başlatıldı. Şikayetçiler cenaze bulunmadan önce yaptıkları şikayetlerde Abdullah Efelti’nin Cizre İlçe Jandarma Komutanlığında tutulduğunu iddia ettikleri halde savcılık bu iddiaları soruşturmadığı gibi şüpheli konumunda olması gereken kişilere soruşturmayı yürüttürdü. Cizre İlçe Jandarma Komutanlığı tarafından her ay rutin olarak cinayet failleri ile ilgili herhangi bir bilgi ve emareye rastlanamadığına dair bilgilendirme yazıları gönderildi. Bilgilendirme yazılarında zaman zaman herhangi bir bilgi ve belgeye dayandırılmadan “İşleniş biçiminden cinayetin PKK terör örgütü tarafından işlenmiş olabileceği düşünülmektedir,” şeklinde ibareler kullanıldı. Bu yazışmalar, soruşturmada hiçbir ilerleme olmadan 15 yıl boyunca kesintisiz olarak sürdü.

Zorla kaybedilenin ailesi, sürüncemede kalan soruşturmadan bir netice alamayınca, 12 Mart 2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına yeniden bir şikayet dilekçesi verip dönemin Cizre İlçe Jandarma Komutanından, ismen şikayetçi oldu. Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 2009/411 hazırlık numarası ile kaydettiği bu şikayetleri 1995/239 hazırlık numaralı eski dosya ile birleştirdi. Bu işlemlerle birlikte dosya yeniden ciddi şekilde soruşturulmaya başlandı; tanıklar dinlenip sanıkların tespiti için fotoğraf teşhisleri yaptırıldı. Soruşturmanın ilerlemesi ile söz konusu dosya ile Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı dosyası arasında irtibat bulunduğu tespit edilerek iki dosya Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının 2009/906 hazırlık numaralı soruşturmasında birleştirildi. Bu soruşturma sonucunda savcılığın düzenlediği iddianame ile (İddianame No: 2009/972) sanıklar Cemal Temizöz, Kamil Atağ, Temer Atağ, Kukel Atağ, Adem Yakin, Hıdır Altuğ, Fırat Altın (Abdülhakim Güven) (Daha sonra kimliği tespit edilen Sanık Burhanettin Kıyak’ın davası da bu dosya ile birleşmiştir) hakkında “Cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak ve bu teşekküle katılarak mensubu olmak, adam öldürmeye azmettirmek, adam öldürmek” suçlamasıyla Diyarbakır 6. Ağır Ceza Mahkemesinde 2009/470 esas numarası ile dava açıldı.

Savcılık, yürüttüğü soruşturmanın sonucunda faillerde birlik olduğunu tespit ettiği 21 maktul ile ilgili dava süreci başlattı. 14 Temmuz 2009 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının hazırladığı iddianamede, 1993-95 yılları arasında görev yapan Cizre İlçe Jandarma Bölük Komutanı, Bedran/Şahin kod adlı Adem Yakin, Ferit kod adlı Fırat Altın ve Tayfun kod adlı Hıdır Altın ile gerçek isimleri tespit edilemeyen uzman çavuşlar Yavuz G., Selim Hoca, Cabbar ve Tuna kod isimlerini kullanan şahıslardan oluşan sivil bir sorgu/infaz timi kurduğu, bu grupla, 21 kişiyi terörle mücadele adı altında işkenceyle sorguladığı, zorla kaybettiği ya da öldürdüğü iddia edildi. Tuna kod isimli şahsın bir trafik kazasında öldüğü ancak diğerlerinin gerçek isimleri belirlenemediği için haklarında kamu davası açılamadığı belirtildi. Sanıklar hakkında “Cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak, örgüt üyesi olmak, cinayete azmettirmek ve cinayet” suçlarından İlçe Jandarma Bölük Komutanı Cemal Temizöz için dokuz, Kamil Atağ ve Adem Yakin için yedi, Fırat Altın (Abdülhakim Güven) için altı, Hıdır Altuğ için üç, Temer Atağ için iki ve Kukel Atağ için bir kez ağırlaştırılmış müebbet cezası istendi. İddianamede Bedran/Şahin kod adlı Adem Yakin ile Ferit kod adlı Fırat Altın (Abdülhakim Güven) Abdulhamit Düdük’ü ateşli silah ile vurmak suretiyle iştirak halinde öldürmek suçu isnat edildi.

2009 yılında sanıklardan Kamil Atağ, Cemal Temizöz, Temer Atağ, Adem Yakin ve Fırat Altın (Abdülhakim Güven) tutuklanarak yargılanmaya başlandı. Mart 2009’dan beri firari olarak aranan Kukel Atağ ise 8 Ocak 2010’da yakalanarak tutuklandı. Dava başladıktan yaklaşık üç yıl sonra, müdahil avukatların çabalarıyla dönemin belgelerindeki imzalardan çapraz karşılaştırma yapılarak kimliği tespit edilen “Yavuz Hoca” ya da “Yavuz Güneş” kod adıyla bilinen Uzman Çavuş Burhanettin Kıyak da 27 Temmuz 2012’de Ankara’da tutuklandı. Bir yılı aşkın bir süre ağırlaştırılmış müebbet hapis istemiyle tutuklu yargılanan Kukel Atağ, 18 Mart 2011’de sağlık sorunları nedeniyle tahliye edildi. 1994 yılında Cizre'de İlçe Jandarma Bölük Komutanının kurduğu ekipte görev aldığı ve Ramazan Uykur'u öldürdüğü iddiasıyla yargılanan Temer Atağ ise suç tarihinde askerde olduğu iddiasıyla 22 Haziran 2012’de tahliye edildi. Kamil Atağ suç vasfı ve delil durumunun değerlendirilmesi sonucu 21 Aralık 2012’de; Hıdır Altuğ ve Fırat Altın (Abdülhakim Güven) 8 Kasım 2013’te, Cemal Temizöz ise 12 Eylül 2014’te tutuklulukta geçirdikleri süre dikkate alınarak tahliye edildi. 23 Mart 2009’da Kayseri İl Jandarma Alay Komutanı iken tutuklanan ve dokuz kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasıyla yargılanan İlçe Jandarma Bölük Komutanı, 2010 yılında Yüksek Askeri Şura tarafından emekliye sevk edildi. Davada en son tutuklanan Burhanettin Kıyak ise, üç yıla yakın tutuklu yargılanmasının ardından 2 Nisan 2015’te adli kontrol şartı ve yurt dışı yasağı konularak tahliye edildi. Güvenlik gerekçesiyle Eskişehir 2. Ağır Ceza Mahkemesine nakledilen davada Kasım 2015’te delil yetersizliği nedeniyle tüm sanıklar hakkında beraat kararı verildi.

Beraat kararına karşı yapılan temyiz başvurusu üzerine Yargıtay 1. Ceza Dairesi, 25 Kasım 2021 tarihinde ikiye karşı üç oyla beraat kararlarını onadı. Bu karar sonrasında Anayasa Mahkemesine yapılan bireysel başvurular halen derdest.