26 Mart 1994 tarihinde gözaltına alındıktan beş gün sonra, 30 Mart’ta işkence edilmiş ve kafasından iki kurşunla vurulmuş şekilde bulunan Mehmet Şen’in gözaltına alındığı inkar edilerek soruşturmada herhangi bir ilerleme kaydedilmeyince, eşi 4 Nisan 1994’te AİHM’ye başvurdu. Mahkeme, 30 Haziran 2004 tarihinde, AİHS’nin yaşam hakkını güvence altına alan 2. Maddesinin usul yönünden ve etkili başvuru hakkını düzenleyen 13. Maddesinin ihlal edildiğine karar verdi ve devleti Şen ailesine tazminat ödemeye mahkum etti.

İtirafçı ve eski JİTEM elemanı Abdulkadir Aygan’ın 2004 yılında basına yansıyan beyanlarına göre Mehmet Şen; Nizip Emniyet Müdürlüğü Terörle Mücadele Şubesinde görevli iki polisin işbirliği sonucu Yeşil kod M.Y. adlı kişi tarafından 26 Mart 1994'te kaçırıldı. Tırnakları çekilen, parmakları ezilen ve vücudunun çeşitli yerlerine işkence edilen Şen'in cenazesi birkaç gün sonra Antep'te bir çukura atılmış olarak bulundu. Ajandasındaki Şen ile ilgili istihbarat raporunu da JİTEM'in haftalık istihbarat toplantısından aldığını belirten Aygan, bilgilerin bu toplantıda ortaklaştırıldığını söyledi. Raporda, Mehmet Şen'in eski TSİP üyesi olduğu, Necip kod adını kullandığı, yerel seçimlerde önce DEP'ten aday olduğu, DEP'in seçimlerden çekilmesi üzerine bağımsız adaylığını koyduğu bilgisine yer veriliyordu. Belli bir sistematiğe sahip olan istihbarat raporunda Mehmet Şen'in eşkali, "Uzun boylu, esmer, kır saçlı, normal yapılı” olarak belirtilmiş, 13 Mart 1994'te Birecik'e gittiği, güvenlik kuvvetleriyle tartışmaktan çekinmediği notu da düşülmüş ve "Faili meçhul olayları Devlete mal etmeye çalışan bir tiptir. Kendisine aşırı güvenir," bilgisi yer alıyordu.

Ergenekon Davası dava dosyaları ve iddianamelerinde dönemin Şırnak Alay Komutanına ait bir ölüm listesinde Mehmet Şen'in de ismi geçmekteydi. Halen Diyarbakır’da devam etmekte olan ve sanıkları arasında Yeşil kod adlı M.Y., Musa Anter cinayeti zanlısı Abdulkadir Aygan ile rütbeli askerler ve güvenlik güçleriyle çalışan sivil memurlar da bulunan JİTEM Ana Davasında, sanıkların 1991-96 yılları arasında kaçırıp sorguladıktan sonra öldürdükleri öne sürülen 26 kişiden birisi de Mehmet Şen’dir.

Diyarbakır Başsavcılığı, JİTEM hakkında açtığı ilk davanın iddianamesinde, uzun yıllar varlığı tartışma konusu olan yapılanma için, “Sözde devlet adına ancak, yasadışı yollarla birçok adam öldürme, adam kaldırma ve terör örgütü PKK yandaşı olduklarına inandıkları veya sandıkları kişiler aleyhine ve kendi çıkarlarına gasp eylemleri yapan çete” tanımı yaptı. Açılan ilk dava, daha sonra açılan bir başka davayla birleştirildi ve beş kez askeri mahkeme ile sivil mahkeme arasında gidip geldi. Hem askeri hem de sivil mahkemenin yargılamayı yapmaya yetkili olmadıkları yönündeki açıklamaları nedeniyle çözülemeyen yetki krizi Yargıtay’a taşındı ve Yargıtay’ın kararıyla dosya sivil mahkemeye, Diyarbakır 6. Ağır Ceza Mahkemesine gönderildi. Bu davanın da daha önce Musa Anter’in öldürülmesiyle ilgili açılan davayla birleştirilmesi talep edildi.

Bu davayla ilgili yargılama sürerken, unutulmuş bir dosya da gün yüzüne çıktı. Diyarbakır Başsavcılığı, 2006’da, JİTEM elemanı, itirafçı Abdülkadir Aygan’ın itiraflarıyla kaleme alınan bir kitapla ilgili soruşturma başlattı. Kitapla ilgili yapılan inceleme sonunda, JİTEM’in 26 ayrı infazının kitapta açıkça anlatıldığı sonucuna varıldı. Bir kısmı devam eden davada da geçen mağdurların bir bölümünün isimleri şöyle: Mehmet Salih Dönen, Zahid Turan, Vedat Aydın, Talat Akyıldız, Harbi Arman, Musa Anter, Hasan Kaya, Metin Can, Mehmet Şen, Necati Aydın, Ramazan Keskin, Mehmet Aydın, Murat Aslan, İdris Yıldırım, Servet Aslan, Edip Aksoy, Mehmet Sıddık Etyemez, Ahmet Ceylan, Şahabettin Latifeci, Abdulkadir Çelikbilek, İhsan Baran, Fehti Yıldırım, Abdulkerim Zuğurli, Zana Zuğurli, İzzettin Acet, Mehmet Emin Kaynar. Ancak, bu isimlerle ilgili harekete geçileceği aşamada Diyarbakır Savcılığı dosyayla ilgili görevsizlik kararı verdi. Kararda, askeri yapılanma içinde bulunan JİTEM ve asker şüphelilerle ilgili soruşturma yapma yetkisinin Diyarbakır 7. Kolordu Komutanlığı Askeri Savcılığında olduğu belirtildi. 2006’da yaşanan bu gelişmelerden sonra dosya ile ilgili işlem yapılmadı. Ancak, yedi yıl sonra, 2014 yılı başında, askeri savcılıktan, görevsizlik kararı geldi ve dosya bu kez Terörle Mücadele Kanunu (TMK) sorumlu sivil savcılığa gönderildi.

Kararda, suç örgütünün eylemleri, “Suç işlemek amacıyla örgüt kurmak, kurulan örgüte üye olup adam kaçırmak, öldürmek, ülke birliğini ve bütünlüğünü bozmak” şeklinde sıralandı ve sanıkların işledikleri suçun askeri suç kapsamında olmadığı belirtilerek, her ne kadar 353 sayılı Askeri Mahkemeler Kuruluşu ve Yargılama Usulü Kanunu’nun 10. Maddesi gereğince şüpheliler içinde asker kişiler olsa dahi, işledikleri suçların askeri suçlar kapsamında olmadığı belirtildi. 353 sayılı Kanun’un 9. Maddesine göre askeri mahkemelerin, asker kişilerin ancak askerlik hizmet ve görevleri ile ilgili işledikleri suçlara bakmakla yükümlü oldukları, ancak dosyada yazılı suçların çete, adam öldürme ve suç örgütü olduğunu, bununla ilgili soruşturma yapma yetkisinin ise adli makamlara ait olduğu ifade edildi. Yeniden gönderilen dosyada, 2006 yılından bu yana herhangi bir işlem yapılmadı.

Merkezimizde Mehmet Şen’in zorla kaybedilmesine ilişkin açılan soruşturmanın güncel statüsüne ilişkin bilgi bulunmamaktadır.