Cemil Kırbayır, daha sonra Ardahan’a bağlanan Kars’ın Göle ilçesinde Halkın Kurtuluşu, Devrimci Gençlik gibi derneklerle birlikte Göl-Der’i kurdu. Dernek köy halkına her konuda yardımcı oluyordu. 12 Eylül 1980’i 13 Eylül’e bağlayan gece halasının evini askerler bastı; Cemil Kırbayır’ı oradan alıp Askeri Gözetim Evine, 247. Piyade Alayına götürdüler. Bir hafta sonra Kars’a 9. Kolordu Komutanlığına bağlı Kars Gözetim Evine götürüldü.

7 Ekim’e kadar ailesi her hafta Cemil Kırbayır’ı görebilmek için Kars Gözetim Evine gitti; fakat hiç göremedi. Sadece askerlerle temiz çamaşır gönderdiler ve yıkanması gereken çamaşırları aldılar. 8 Ekim'de babası, büyük oğlu Mikail Kırbayır’ın kaymakamlıktaki iş yerine giderek “Cemil firar etmiş,” dedi.

Mikail Kırbayır, Cemil’in oradan kaçabilmesinin mümkün olmadığını, bu nedenle öldürülmüş olabileceğini düşündü. Bunun üzerine önce Göle Alay Komutanlığına, oradan da Kars’a gitti. Mikail Kırbayır’a Cemil’in Kars’ta olmadığı, siyasi şube tarafından alındığı söylendi. Kırbayır bütün siyasi şubeleri dolaştı ve hepsinden Cemil’in orada olmadığı cevabını aldı. Tekrar Kars Gözetim Evine döndü; oradaki nöbetçi kendisine bir liste gösterdi. Listede Cemil Kırbayır, Ç.A., M.A. ve C.K. isimleri bulunuyordu. Nöbetçi “Bunları polis almış, götürmüş, üçü geri gelmiş,” dedi. Listede Cemil Kırbayır’ın isminin karşısında kırmızı kalemle büyük harflerle “getirilmedi” yazıyordu.

Bu sırada Mikail Kırbayır Göle Kaymakamlığındaki görevinden alınarak Konya Karaman’a tayin edildi. Aynı gün sivil polisler kontrolünde Konya’ya gitti. Cemil Kırbayır’ın babası 1981 yılında Kenan Evren’e, Barolar Birliğine ve Kolordu Komutanlığına dilekçe verdi. Gelen yanıt “sorgulama esnasında firar etmiştir” oldu.

2010 yılında Başbakan Recep Tayyip Erdoğan'ın Cumartesi Anneleri ile yaptığı görüşmenin ardından (görüşmede Cemil Kırbayır'ın annesi Berfo Kırbayır da bulundu) TBMM İnsan Hakları Komisyonu bünyesinde özel bir komisyon kuruldu. Komisyon Cemil Kırbayır'ın zorla kaybedilmesi olayını da araştırdı. Cemil ile birlikte gözaltında bulunan 4 kişi, ona uygulanan korkunç işkenceler ile ilgili olarak komisyonda tanıklık yaptı. Komisyon raporunda Cemil Kırbayır'ın firar etmesinin mümkün olmadığı, sorgulamalar sırasında işkence ile öldürüldüğü sonucuna varıldı ve suç duyurusunda bulunulması kararlaştırıldı.

Komisyon raporunun ardından Kars Cumhuriyet Başsavcılığı 2011 yılında 2011/899 esas numarası ile soruşturma açtı. Soruşturma kapsamında müşteki olarak Mikail Kırbayır'ın ifadesi alındı. Dosyada şüpheli olarak ifadesi alınan devlet memurları ise şöyle (parantez içerisinde zorla kaybedilmenin gerçekleştiği dönemdeki görevleri belirtilmiştir): Kureyşin Tepedelen (polis memuru), Mehmet Haytan (Kars Emniyet Müdürlüğü Siyasi Şube Şefi), Ali Aykut Demirden (Kars İl Emniyet Müdürü), Recep Çaycıoğlu (dönemin Kars Emniyeti Şube Müdürü), Burhanettin Özdemir (Cemil Kırbayır'ın kaybolmasından 2 ay sonra göreve gelen Kars Emniyet Müdürü ), Seyfi Kesici (Kars İli Siyasi Şube Müdürü Vekili-Komiser ), Zeki Tuçkollu (MİT memur), Mehmet Aktaş (1. Şube Toplum Polisi), Selçuk Akyıldız (Siyasi Şube Polis Memuru/Katip), Mehmet Ali Akın (polis memuru), Engin Yenilmez (MİT Kars İl Müdürü).

Dosya kapsamında ilgili dönemde sorgu merkezinde temizlikçi, bekçi gibi görevlerde çalışan kişilerin tanıklığına başvuruldu; ancak işkenceye tanıklık eden dört kişinin ifadesine başvurulmadı. Dosya halen soruşturma aşamasında ancak henüz hiçbir şüpheli hakkında dava açılmadı.