AİHM’nin 2 Kasım 2004 tarihli kararında, Midyat Cumhuriyet Başsavcılığının hazırladığı 2014/82 numaralı iddianamede ve çeşitli basın organlarında yayınlanan haberlerde yer alan bilgilere göre; 29 Ekim 1995 günü iki öğretmenin ve Amara köyünün baş korucusunun oğlunun PKK tarafından kaçırılması üzerine Dargeçit genelinde gözaltı operasyonları başladı. Aynı gün sabaha doğru 03.00 sularında Doğan ailesinin evini panzerlerle aralarında asker, özel harekat timleri, korucu ve sivil giyimli insanların olduğu 60-70 kişilik bir ekip bastı ve 14 yaşındaki Seyhan Doğan'ı apar topar kelepçeleyerek gözaltına aldı. Kardeşinin gözaltına alınmasını engellemeye çalışan ablası kafasına yıllarca tedavi olmasını gerektirecek şiddette dipçik darbesi aldı. Aynı gece ve takip eden birkaç gün içinde Seyhan Doğan'ın eniştesi Abdurrahman Coşkun (21), dayısının oğlu Mehmet Emin Aslan (19), Abdurrahman Olcay (20), Nedim Akyön (16), Hikmet Kaya (24) ve Süleyman Seyhan (57) da evlerinden gözaltına alındı. O gece Davut Altunkaynak'ı (13) da almak için evlerini basan askerler kendisi evde olmadığı için annesini gözaltına aldı. Annesine Davut Altunkaynak'un yerini söyletmek için tecavüz tehdidinde bulunan askerler en sonunda sadece sorgulayıp bırakacaklarını söyleyerek anneyi ikna etti ve dayısında kalan Davut Altunkaynak'ı da gözaltına alarak annesinin gözleri önünde Filistin askısında işkenceye aldılar. Birkaç gün içinde gözaltına alınan ikisi lise öğrencisi, üçü çocuk sekiz kişiden bir daha haber alınamadı. İçlerinden sadece askerlerce salıverildiği ve dağa gittiği iddia edilen Süleyman Seyhan'ın cenazesi 6 Mart 1996'da Dargeçit Komutanlığında görevli Uzman Çavuş Bilal Batırır'ın yerini ailesine söylemesi ile bir kuyudan elleri arkasından bağlı, kafası koparılmış ve yanmış halde bulundu. Bu olaydan sonra Bilal Batırır da zorla kaybedildi. Bilal Batırır’ın eşi, kocasının şahit olduğu insanlık dışı olaylara dayanamadığı için vicdan azabı çektiğini, kendisini en son tabura girerken gördüğünü söylese de Uzman Çavuş Bilal Batırır'ın PKK tarafından kaçırıldığı iddia edildi. O dönemde Radikal gazetesine yansıyan olaylar üzerine ilçeye gelen ulusal televizyon kanallarının hiçbiri haber yapmadı; 1996'da Bilal Batırır'ın eşinin yaptığı savcılık başvurusunda açılan soruşturmada hiçbir ilerleme kaydedilmedi.

İlk gözaltıların başladığı 29 Ekim gününün ertesinde gelen haber üzerine Seyhan Doğan'ın kimliğini babası tabura götürdü. Seyhan Doğan gözaltında olduğu için ertesi sabah çobanlığa 11 yaşındaki küçük kardeşi Hazni Doğan gitti. Köyün çıkışındaki taburun karşısındaki yolu kesen ve bütün çobanları toplayan askerler, Hazni Doğan’a adını sorduktan sonra koşarak yanına geldiler, 25-30 çobanın gözleri önünde Hazni Doğan’ı dövmeye başladılar ve sonra da zorla panzere soktular. Panzerde abisi Seyhan Doğan da vardı. Askerler ikisini de döverek Dargeçit Jandarma Taburuna götürdü ve gözlerini bağladı. İşkence ve çığlık sesleriyle geçen bir süreden sonra Hazni Doğan’ın gözlerini açtılar; çırılçıplak soyduktan sonra Filistin askısına almak üzere başka bir hücreye götürdüler. Hazni Doğan burada abisi Seyhan Doğan'ın ve Abdurrahman Olcay'ın da Filistin askısına alındığına şahit oldu; kendisini göremese de Abdurrahman Coşkun'un çığlıklarını duydu. Bir süre sonra askıdan indirilen iki kardeş bir gün boyunca tuvalette tutularak çeşitli dayak, işkence ve tacizlere maruz bırakıldı. Yan tuvalette tutulan Süleyman Seyhan'a neden bıyık bıraktığı, oğlunu neden okula göndermediği gibi sorular sorulduğunu ve ağır bir şekilde dövüldüğünü duydular.

Dargeçit Jandarma Komutanı Mehmet Tire, Hazni Doğan’a okula gidip gitmediği ve İslam'ın kaç şartı olduğu gibi sorular sorduktan sonra birkaç tokat attı ve yanlarından ayrıldı. Başka bir hücreye alınan kardeşlerin yeniden gözleri bağlandı. Hazni Doğan bir süre sonra dışarı çıkartıldı ve bir alay askerin havaya ve yere ateş ederek korkutmaya çalıştığı bir ortamda sorguya çekildi, sonra da sabaha karşı 04.00 sularında nizamiyenin kapısına bırakıldı. Dört gün işkence gördükten sonra yürüyerek eve giden Hazni Doğan, annesini bahçede beklerken buldu. Yaşadıklarını anlatınca annesi hemen Seyhan Doğan'ı almak üzere jandarma komutanlığının yolunu tuttu ama Seyhan Doğan'ı serbest bıraktıkları, dağa gitmiş olabileceği cevabını aldı. Anne Doğan, Hazni Doğan'ın daha yeni bırakıldığını ve eve geldiğini, Seyhan Doğan'ın halen içeride olduğunu bildiğini söylediyse de farklı bir cevap alamadı. Bunun üzerine Dargeçit Cumhuriyet Savcılığına dilekçe veren anne Doğan'a önce Seyhan Doğan'ın jandarma taburunda olduğu, daha sonra Mardin'e sevk edildiği, sonra da savcılığa başka bir bilgi verilmediği söylendi. Dargeçit Cumhuriyet Savcılığından yanıt alamayan anne Doğan Midyat Cumhuriyet Savcılığına da dilekçe verdi ve Dargeçit'e dönüşünde gözaltına alınarak iki gün tutuldu. Anne Doğan gözaltından çıkar çıkmaz önce Mardin, oradan da Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılıklarına dilekçe verdi. Diyarbakır'da Özgür Gündem gazetesine ve Med TV'ye yaşadıklarını anlatarak oğlunu aradığını, devletten davacı olduğunu söyledi. Röportajların hemen ardından anne Doğan da zorla kaybedilmek istendi. Ailesi 20 günden fazla bir süre kendisinden haber alamadı. Kendisi de gözaltında olan dönemin DYP'li Mardin Belediye Başkanı Abdülkadir Tutaşı, anne Doğan'ın salıverilmesinde rol aldı. 20 günden fazla bir süre boyunca gözaltında olduğu inkar edilen anne Doğan, Mardin Alay Komutanlığının altında soğukta bekletilmişti. Gördüğü işkencelerin boyutlarını hiçbir zaman anlatmasa da gözaltından çıktıktan sonra başlayan hastalığı çok ağır işkencelere maruz kaldığının kanıtıydı. Doğan ailesi anne Doğan'ın da kaybedilmeye çalışılmasından sonra İstanbul'a taşındı ve anne Doğan Cumartesi İnsanları’na katıldı. Geçirdiği ameliyatın ardından 90 gün hastanede yoğun bakımda kaldıktan sonra 31 Ekim 2000'de yaşamını yitirdi. Bu tarihten sonra baba Ramazan Doğan Cumartesi İnsanları eylemlerine katılmaya başladı. O da korucu olmayı reddettiği için 1993'te komalık olana kadar işkence görmüş, gördüğü ağır işkenceler sonucu ellerini kullanamaz hale gelmişti. Ağustos 2010'da da baba Doğan geçirdiği kalp krizi sonucu hayatını kaybetti. Ailenin Dargeçit, Mardin ve Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılıklarına verdiği şikayet dilekçelerine istinaden 2009 yılına kadar herhangi bir soruşturma yürütülmedi. Sadece 1996'da işkence görmüş ve yakılmış bedeni bir kuyuda bulunan Süleyman Seyhan'ın ailesinin AİHM'ye taşıdığı başvuru kabul edilerek, yaşam hakkının usul yönünden ihlal edilmesi ve soruşturmanın etkin bir şekilde yürütülmemesi gerekçesiyle Türkiye aleyhine sonuçlandı.

Doğan ailesinin ulaştığı emekli bir korucu, adı gizli kalmak koşuluyla, o dönemde askerlerin beş-altı bedeni boşaltılmış ve güvenlik nedeniyle sivil girişe izin verilmeyen Tiruva (Bağözü) köyünde kepçeyle açtıkları büyük bir çukura gömdüklerine şahit olduğunu anlattı. Bunun üzerine ailelerin yeniden başvurularıyla soruşturma genişletildi ve sekiz kişinin dönemin Dargeçit Jandarma Komutanı Mehmet Tire ile Jandarma Komando Tabur Komutanı Hurşit İmren’in emriyle öldürüldükleri ve Bağözü köyü yakınlarına gömüldüklerinin belirtildiği bir fezleke hazırlanarak dosya Diyarbakır Özel Yetkili Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildi. Zorla kaybedilen kardeşi Seyhan Doğan ve diğer yedi kişiyle aynı zamanda gözaltına alınarak dört gün boyunca işkence gören Hazni Doğan Diyarbakır Özel Yetkili Cumhuriyet Başsavcılığında ifade verdi. 2009 yılında başlatılan soruşturma 2012'de kazılarla devam etti. Savcılık gözetiminde ve adli tıp uzmanları, avukatlar ve İnsan Hakları Derneği Mardin Şubesi üyelerinin katılımıyla yapılan ilk kazıdan bir sonuç alınamayınca aileler ikna olmayarak kendileri kuyuları açtı ve yanmış odunlar, insan kemikleri ve sağlam kalmış yeşil çizgili bir kazağa ulaştı. Savcılığa teslim edilen kemikler üzerine ilki 17 Şubat 2012'de olmak üzere savcılık gözetiminde dört gün süreyle yapılan kazılarda 11 kafatası ve çok sayıda insan kemiğine ulaşıldı. Bulunan kemiklerden bazılarının Mehmet Emin Aslan’a ait olduğu tespit edildi ve cenazesi ailesine teslim edildi. Temmuz 2013'te diğer kemiklerden bir kısmının ise Seyhan Doğan’a ait olduğu yönünde bilirkişi raporu düzenlendi. Doğan ailesi avukatları aracılığıyla kemiklerin kendilerine teslimini talep etti. Seyhan Doğan'ın kemikleri, 18 yıl aradan sonra, 18 Eylül 2013'te anne ve babasının yanına gömüldü. Bulunan kemiklerden bazılarının ise Abdurrahman Coşkun’a ait olduğu 4 Ocak 2014'te adli tıp raporu ile kesinleşti. Coşkun’un kemikleri 14 Mart 2014’te ailesine teslim edilerek defnedildi. Haziran 2013’te Kızıltepe İlçesi Tilzerin (Aysun) köyünde foseptik çukurunda yapılan kazılarda erişilen kemiklerin ise Abdurrahman Olcay’a ait olduğu kesinleşti. Olcay’ın kemikleri, 23 Kasım 2014’te ailesine teslim edilerek Batman’da defnedildi. Daha sonra yapılan kazılarda bulunan kemiklerin Nedim Akyön ve Davut Altınkaynak'a ait olduğu ise 2 Mayıs 2016 tarihinde kesinleşti.

25 Aralık 2014’te, Dargeçit Cumhuriyet Savcılığı tarafından dönemin komutan ile rütbeli askerleri olan beş kişi hakkında yürütülen 2014/564 sayılı soruşturma sonucunda dava açıldı ancak soruşturma dosyasında şüpheli sıfatıyla adları geçen çoğu korucu 16 kişi için ise kovuşturmaya yer olmadığı kararı verildi. Midyat Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edilen ilk iddianamede, dönemin Mardin Jandarma Komando Tabur Komutanı Hurşit İmren, Dargeçit İlçe Jandarma Komutanı Mehmet Tire, Dargeçit Merkez Jandarma Karakol Komutanı Mahmut Yılmaz, Karakol Komutan Yardımcısı Haydar Topçam ve Uzman Çavuş Kerim Şahin hakkında taammüden öldürme suçundan müebbet hapis cezası istendi. Hikmet Kaya, müdahil avukatların itirazlarına rağmen davaya dahil edilmedi.