Van Cumhuriyet Başsavcılığı (TMK’nın 10. Maddesi ile Görevli) tarafından düzenlenen iddianamede yer alan bilgilere göre; 6 Kasım 1993 tarihinde Muş’ta bulunan Yenikent Göçmen Evleri civarındaki su kanalı yakınında Mahmut Acar, Ali Can Öner, Yakup Tetik ve Mehmet Emin Bingöl’ün cenazelerinin bulunması üzerine Muş Cumhuriyet Başsavcılığı soruşturmaya başlayarak, olay yeri tespit ve otopsi tutanağı düzenledi. Ancak klasik otopsi yapılmadı. Cenazeleri gören Mahmut Acar’ın yeğeni Savcılığa verdiği ifadesinde bedenler üzerinde ağır işkence izleri bulunduğunu belirtmesine rağmen otopsi tutanağında bu bilgiye yer verilmedi. Olay yerinde 41 adet kaleşnikof marka tüfeğe ait merminin boş kovanları bulundu. Muş Cumhuriyet Başsavcılığının 11 Temmuz 1994, 26 Mart 2013 ve 18 Haziran 2013 tarihlerinde yaptığı talepler üzerine, boş kovanların emniyet ve jandarma kriminal laboratuvarlarında incelenmesi sonucu iki ayrı silahtan atıldığı ve silahların başkaca herhangi bir olayda kullanılmamış olduğu tespit edildi.

Muş Cumhuriyet Başsavcılığı, Muş İl Merkez Jandarma Komutanlığından nezarethane kayıtlarını talep etti; ancak kayıtların 10 yıl süreyle saklandıktan sonra imhasını öngören kanun uyarınca imha edildikleri yanıtını aldı.

Maktullerle birlikte gözaltına alınan köylülerden dördünün ve Mahmut Acar’ın yeğeninin ifadesine başvuruldu. Aynı yönde verilen ifadelere göre Kızılağaç Jandarma Komutanlığı tarafından gözaltına alınan 54 kişi ağır işkenceye maruz bırakıldıktan sonra emniyet müdürlüğüne sevk edilip serbest bırakılırken; Mahmut Acar, Ali Can Öner, Yakup Tetik ve Mehmet Emin Bingöl serbest bırakılmamıştı. Jandarma görevlileri tarafından öldürüldüklerini düşünmesine rağmen dönemdeki korku ortamı sebebiyle kimse şikâyetçi olmamıştı.

Van Cumhuriyet Başsavcılığı (TMK’nın 10. Maddesi ile Görevli) 5 Kasım 2013 tarihinde düzenlediği 2013/454 numaralı iddianamede Naim Kurt’u tek şüpheli olarak gösterdi. Kurt’a 765 sayılı TCK’nın birden fazla kişiyi aynı sebepten öldürmek, halkı isyana ve birbirini öldürmeye teşvik ve suç işlemek üzere örgüt kurmak suçları isnat edildi. İddianame Van Ağır Ceza Mahkemesine (TMK’nın 10. Maddesi ile Görevli) gönderildi.

Van Ağır Ceza Mahkemesinde (TMK’nın 10. Maddesi ile Görevli) açılan dava, 6526 sayılı "Terörle Mücadele Kanunu ve Ceza Muhakemesi Kanunu ile Bazı Kanunlarda Değişiklik Yapılmasına Dair Kanunu" ile TMK 10. Maddesi uyarınca kurulan ve kamuoyunda "Özel Yetkili Mahkemeler" olarak bilinen ağır ceza mahkemelerinin kaldırılması sonucu, suç yerinde bulunan yerel mahkeme olan Muş Ağır Ceza Mahkemesinde devam edildi. Dava görülürken Mehmet Emin Bingöl’ün oğlu, babasının 13 gün gözaltında kaldığı süre içerisinde dönemin milletvekilleri, belediye başkanları aracılığıyla üst düzey yetkililere ulaşarak “Sağ salim teslim edilecek,” sözü aldıkları halde öldürüldüğünü belirterek, “Eğer ki barış sağlanacaksa, bu ölümler aydınlatılmalı, bizler kimi affedeceğimizi bilmek istiyoruz,” dedi. Davanın avukatı ve Muş Barosu Başkanı Feridun Taş, bu üst düzey yetkililerin tanık olarak dinlenmesi talebinde bulundu, ancak bu talebi reddedildi.

Bunun yanı sıra sanık Naim Kurt ile tanıkların yüzleştirilmesi talebi reddedildi. Tanık S.A. adresi tespit edilemediği gerekçesiyle dinlenmedi ve 28 Kasım 2014 tarihinde Muş Ağır Ceza Mahkemesinde görülen duruşmada adreslerinin araştırılmasının duruşmayı uzatacağı ve dosyaya bir katkı sunmayacağı söylendi. Ayrıca S.A. ve dönemin Muş Valisi hakkında soruşturma başlatılması talebi de reddedildi.

Aynı tarihli duruşmada, esas hakkında mütalaasını veren Cumhuriyet Savcısı, Naim Kurt’un suç tarihinde Jandarma Alay Komutanı olduğunun tam olarak tespit edilemediği, cezalandırılması için kesin delillerin bulunmadığını söyledi ve beraatini talep etti. Mütalaaya itiraz eden kayıp yakınları yüzleştirme taleplerini tekrar etti, ancak talep kabul edilmedi.

Mahkeme, Naim Kurt’un bölgede JİTEM sorumlusu olduğuna dair Ergenekon Soruşturması kapsamında verdiği beyanlarını, aynı soruşturmada eski JİTEM komutanı Arif Doğan’ın evinde bulunan üzerinde isimlerinin yazılı olduğu belgeyi de değerlendirdi. Ancak JİTEM olarak isimlendirilen oluşumun askeri kaynaklarca doğrulanmadığına ve Naim Kurt’un Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım ile birlikte hareket ettiği iddiaları ve meydana gelen olayla irtibatlandırılamadığına kanaat getirdi.

22 Aralık 2014 tarihli karar duruşmasında mahkeme, eylemlerin jandarma görevlileri tarafından gerçekleştirildiğini ve Naim Kurt’un JİTEM’le birlikte hareket ettiğini ortaya koyacak yeterli delil bulunmadığını belirtti. Naim Kurt’un delil yetersizliği nedeniyle beraatine karar verildi. Avukat Taş, 20 yıllık soruşturma boyunca hiçbir işlem yapılmadığını, sadece dosyadaki tanık beyanlarına göre iddianame yazıldığını belirterek “Soruşturma zayıftı. Hiçbir araştırma yapılmamış. Bizim zaten, tetiği K.’nın çektiği yönünde bir iddiamız yoktu. Dört kişi 13 gün gözaltında işkence gördü. Alay komutanı veya yardımcısının izni ve iştiraki olmadan infaz edilmeleri mümkün değildir. Bu nedenle alay komutanı, yardımcısı ve hatta valinin de sorumlu olduğunu söyledik,” dedi. Yargıtaya taşınan dosyada Yargıtay beraat kararını onadı.