2008 yılında gazeteci Faruk Arslan’ın kaleme aldığı ‘’Karakutu: Ergenekonun Karanlık İsmi Tuncay Güney’’ isimli kitap yayımlandı. Kitapta Tuncay Güney’in, 1990’lı yıllarda JİTEM tarafıdan öldürülen birçok kişinin bedeninin asitle yakılarak Silopi BOTAŞ Askeri Tesisleri’ne gömülmüş olduğu beyanı bulunmaktaydı. Bu beyanlar üzerine Şırnak Barosu Başkanı, 1 Aralık 2008 tarihinde Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına başvuruda bulundu. Başvuru sonucunda Silopi Cumhuriyet Başsavcılığınca 2008/3151 sayılı soruşturma başlatıldı. İddiaya konu eylemlerin soruşturulması yetki ve görevinin özel yetkili cumhuriyet başsavcılığına ait olması sebebiyle soruşturmanın Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından verilecek talimatlar yoluyla Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından yürütülmesine karar verildi. Soruşturma kapsamında, 54 kişinin kaybedildiği veya öldürüldüğü iddiası ile 57 kişi tarafından başvuru yapıldı. Başvuranlar arasında bulunan Osman Kayar’ın oğlu 27 Ocak 2009 tarihinde ifade verdi.

Soruşturmaya dayanak oluşturan iddialar doğrultusunda 2009 yılının Mart ayında BOTAŞ Askeri Tesisleri’nde, eski adıyla Sinan Lokantası’nda yapılan kazılarda kemik ve giysi parçalarına ulaşıldı. Adli Tıp Kurumu tarafından düzenlenen raporda, çıkarılan tüm kemiklerin hayvan kemiği olduğu; kumaş parçalarının ise DNA incelemesine cevap vermediği belirtildi. Kemiklerin bulunduğu yerler arasında, 11 Haziran 1994 tarihinde Mehmet Güngör’ün bedeninin, 12 Haziran 1994 tarihinde ise kimliği tespit edilemeyen üç kişiye ait bedenlerin çıkarıldığı kuyu da bulunmaktadır.

Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığından aldığı talimatlarla yürüttüğü araştırmaları sonucu hazırladığı fezlekeyi 23 Haziran 2009 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. Dosya Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 2009/2117 soruşturma sayısıyla yürütülmeye başlandı. 6 Mart 2014 tarihinde Resmi Gazete’de kabul edilerek yasalaşan 6526 Sayılı Kanun ile TMK 10. madde ile görevli cumhuriyet başsavcılıklarının görevlerine son verilmesi üzerine Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı, 20 Mart 2014 tarihinde 2014/10160 sayılı yetkisizlik kararı verdi. Dosya Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına yollandı ve 2014/939 soruşturma numarasıyla takip edilmeye başlandı.

Osman Kayar’ın oğlu 12 Mayıs 2014 tarihinde Silopi Cumhuriyet Başsavcılığında verdiği ikinci ifadesinde, olayın gerçekleştiği tarihte Ortaköy Jandarma Karakol Komutanı olan başçavuşun şüpheli sıfatıyla dinlenmesini talep etti. 13 Mayıs 2014 tarihinde, olay günü Osman Kayar ile Ortaköy Jandarma Karakoluna giden H.Ö.’nün tanık olarak ifadesi alındı. H.Ö. ifadesinde, karakol komutanı başçavuşun kendisini arayarak Osman Kayar ve kardeşinin sayım belgelerinin kaybedildiğini, karakola gelmeleri gerektiğini söylediğini beyan etti. İfadeye göre, H.Ö. ve köy muhtarı M.B. Osman Kayar’ı karakol komutanlığına götürdü. Başçavuş, Kayar’ın kardeşini getirmeleri için ikisini geri gönderdi. Döndüklerinde Osman Kayar yoktu, gitmiş olduğu söylendi.

15 Mayıs 2014 tarihinde Eskişehir Çifteler Cumhuriyet Başsavcılığında talimat ile karakol komutanı olan başçavuşun olay tarihinde yardımcılığını yapan askerin şüpheli sıfatıyla ifadesi alındı. İfadesinde, karakola çağırma olayını hatırlamadığını ve iddiaları kabul etmediğini belirtti.

Haziran 2023 yılında Silopi Cumhuriyet Başsavcılığında yapılan incelemede, son verilerde Osman Kayar’ın kayıtlı göründüğü 2014/939 dosyasında mevcut haliyle yalnızca Yusuf Kalenderoğlu, Mehmet Dansık ve Ahmet Dansık olduğu görüldü. Bunun dışındaki kişilerin zorla kaybedilmesine ilişkin soruşturma 2014/980 dosyasında görülmektedir.

Silopi Cumhuriyet Başsavcılığında 2014/939 numaralı dosyada daimi arama kararı alınarak dosya zamanaşımı bürosuna gönderildi. 19 Haziran 2018’de Silopi İlçe Jandarma Komutanlığı 23507909-0410-8514 sayı numaralı araştırma tutanağı ile daimi arama kararına istinaden yapılan incelemede BOTAŞ Askeri Tesisleri’nde JİTEM örgütünce öldürülen 57 kayıp ile ilgili faillerin tespit edilemediği, olayı aydınlatacak iz emare bulunamadığı, bulunursa bilgi verileceğini Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına bildirmiştir. Her üç ayda bir bu cevaplar benzer şekilde verilmeye devam etmektedir. Bu daimi arama cevapları Silopi Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 9 Nisan 2014 tarihli ve 2014/939 sayılı karara istinaden verilmektedir.

2014/980 soruşturma numaralı dosyayı incelemek için Silopi Cumhuriyet Başsavcılığına sunulan inceleme talebimiz kabul edilmesine rağmen arşivde ve diğer alanlarda dosya hiçbir şekilde bulunamadı. Bunun üzerine görüşülen savcı dosyada herhangi bir işlemin yapılmadığını, daimi arama kararı verildiğini ve dosyanın zamanaşımı süresinin dolması beklenerek zamanaşımı bürosuna tevdi edildiğini aktardı. Silopi Cumhuriyet Başsavcılığında bulunan 2014/939 ve 2014/980 numaralı dosyaların her ikisi de zamanaşımı bürosuna tevdii edilmiş ve dosyalarda daimi arama kararları mevcuttur. Haziran 2023 itibariyle bilgiler günceldir.