17 Temmuz 1994 günü Gürsu köyü ile Sarıtarla mezrası arasında dere içinde ölü bir şahıs bulunduğu bildirimi üzerine Cizre Cumhuriyet Başsavcılığınca olay yerine gidilerek olay yeri tespit tutanağı düzenlendi. Tutanakta, henüz bir araştırma yapılmadan, Abdulhamit Düdük’ün “Muhtemelen PKK tarafından öldürülmüş olduğu” görüşü belirtildi. Aynı tarihte ölü muayene ve otopsi tutanağı düzenlendi. Ancak klasik otopsi yapılmasına gerek duyulmadı.

Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, 27 Temmuz 1994 tarihinde, Düdük’ün PKK tarafından öldürüldüğü kanısıyla görevsizlik kararı vererek dosyayı Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi (Karar No: 1994/201). Abdülhamit Düdük’ün kardeşi, 1994 yılı içerisinde, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı ve Mardin Cumhuriyet Başsavcılığına birkaç kez verdiği dilekçelerinde, olayın sorumluları olarak B. ve H. kod adlı itirafçıları gösteriyor, görgü tanıklarının korkularından ifade veremediklerini ve yaptıkları başvurulardan sonuç alamadıklarını söylüyordu. Savcılık, tanıklar İ.E. , H.A. ve N.D.’nin ifadesine başvurdu. N.D., failler hakkında gereğinin yapılmasını talep ederken görgü tanıkları, H. ve B. kod adlı itirafçıları tanımadıklarını söyledi. Cizre İlçe Jandarma Komutanlığının da başvurduğu görgü tanığı İ.E. ve diğer tanıklar A.G. ile A.B., fail oldukları iddia edilen H. ve B. kod adlı itirafçıları tanımadıklarını beyan etti. Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı, Cizre İlçe Jandarma Bölük Komutanlığına yazı yazarak, Abdulhamit Düdük ile ilgili tutanakları istedi. Komutanlık, Abdulhamit Düdük’ün aracının durdurulduğu, yapılan arama işlemi neticesinde üzerinde yüklü miktarda paraya rastlandığı, bunun üzerine İlçe Jandarma Komutanlığı merkezine davet edildiği, üzerinde yüklü miktarda para taşımaması konusunda tembihlendikten sonra tutanak tutulmaksızın serbest bırakıldığı cevabını verdi.

Aynı yıl, Mardin Cumhuriyet Başsavcılığında H.Ç., H.Ç., F.E. ve S.Ö. hakkında Abdulhamit Düdük’ü gasp etme suçundan soruşturma yürütülüyordu. Abdulhamit Düdük’ün kardeşi, savcılığa dilekçe yazarak bu kişilerin öldürme olayından da sorumlu olabilecekleri iddiasıyla soruşturmanın genişletilmesini talep etti. Savcılığın sanık sıfatıyla ifadesini aldığı bu kişiler, yolda jandarmalar tarafından yakalanarak karakola getirildiklerini, Abdulhamit Düdük’ü tanımadıklarını ve öldürme olayıyla ilgili hiçbir bilgileri olmadığını söyledi. Bunun üzerine, 17 Ocak 1995 tarihinde görevsizlik kararı verilerek dosya suçun işlendiği yer olması nedeniyle Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildi (Karar No: 1995/6). 7 Şubat 1995 tarihinde Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 1994/5023 hazırlık sayılı Abdulhamit Düdük’ün öldürülmesi olayının araştırıldığı dosya ile 1995/534 hazırlık sayılı F.E., S.Ö., H.Ç. ve H.Ç.’nin gasp suçu işlemesi hakkındaki soruşturma dosyası birleştirilerek soruşturmaya 1994/5023 numaralı dosya üzerinden devam edilmesine karar verildi (Karar No: 1995/32).

Uzunca bir süre işlem yapılmayan soruşturma, 2009 yılında, gizli tanıkların yaptığı açıklamalar üzerine, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili), Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı (Soruşturma No: 2009/430) ile birlikte yürüttüğü 2009/906 hazırlık numaralı soruşturmanın başlatılmasıyla hareket kazandı. Bu gelişme, adaletin tesis edileceği umudu taşıyan yüzlerce ailenin Şırnak Barosu aracılığıyla ve gönüllü avukatların destekleriyle kendi kayıplarının da akıbetlerini öğrenebilmek amacıyla savcılıklara yeniden başvuru yapmasına yol açtı. Abdulhamit Düdük ile ilgili soruşturma evrakları da delil olarak 2009/430 soruşturma numaralı dosyaya sunuldu.

11 Haziran 2009 tarihinde, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili), devletin birliğini ve ülke bütünlüğünü bozma suçu isnat edilen şüpheliler Adem Yakin (Bedran- Şahin), Fırat Altın (Abdülhakim Güven) hakkındaki dosya ile yine aynı suçtan şüpheli F.E., S.Ö., H.Ç. ve H.Ç. hakkındaki dosyayı ayırarak, soruşturmaya, Fırat Altın ve Adem Yakin hakkında 2009/2050, diğerleri hakkında 1994/5023 numaralı dosya üzerinden devam etmeye karar verdi. Aynı tarihte, Fırat Altın ve Adem Yakin hakkında devletin birliğini ve ülke bütünlüğünü bozma suçundan dolayı yürütülen 2009/906 numaralı soruşturma dosyası ile 2009/2050 numaralı soruşturma dosyası birleştirilerek, soruşturmaya 2009/906 numaralı dosya üzerinden devam edilmesine karar verildi. Bu soruşturma kapsamında savcılık tarafından ifadesine başvurulan N.D., bunca yıl olayla ilgili yapmış oldukları araştırmaların Cizre İlçe Jandarma Komutanlığına varınca tıkandığını beyan etti.

Savcılık, yürüttüğü soruşturmanın sonucunda faillerde birlik olduğunu tespit ettiği 21 maktul ile ilgili dava süreci başlattı. 14 Temmuz 2009 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının hazırladığı iddianamede, 1993-95 yılları arasında görev yapan Cizre İlçe Jandarma Bölük Komutanı, Bedran/Şahin kod adlı Adem Yakin, Ferit kod adlı Fırat Altın ve Tayfun kod adlı Hıdır Altın ile gerçek isimleri tespit edilemeyen uzman çavuşlar Yavuz G., Selim Hoca, Cabbar ve Tuna kod isimlerini kullanan şahıslardan oluşan sivil bir sorgu/infaz timi kurduğu, bu grupla, 21 kişiyi terörle mücadele adı altında işkenceyle sorguladığı, zorla kaybettiği ya da öldürdüğü iddia edildi. Tuna kod isimli şahsın bir trafik kazasında öldüğü ancak diğerlerinin gerçek isimleri belirlenemediği için haklarında kamu davası açılamadığı belirtildi. Sanıklar hakkında “Cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak, örgüt üyesi olmak, cinayete azmettirmek ve cinayet” suçlarından İlçe Jandarma Bölük Komutanı Cemal Temizöz için dokuz, Kamil Atağ ve Adem Yakin için yedi, Fırat Altın (Abdülhakim Güven) için altı, Hıdır Altuğ için üç, Temer Atağ için iki ve Kukel Atağ için bir kez ağırlaştırılmış müebbet cezası istendi. İddianamede Bedran/Şahin kod adlı Adem Yakin ile Ferit kod adlı Fırat Altın (Abdülhakim Güven) Abdulhamit Düdük’ü ateşli silah ile vurmak suretiyle iştirak halinde öldürmek suçu isnat edildi.

2009 yılında sanıklardan Kamil Atağ, Cemal Temizöz, Temer Atağ, Adem Yakin ve Fırat Altın (Abdülhakim Güven) tutuklanarak yargılanmaya başlandı. Mart 2009’dan beri firari olarak aranan Kukel Atağ ise 8 Ocak 2010’da yakalanarak tutuklandı. Dava başladıktan yaklaşık üç yıl sonra, müdahil avukatların çabalarıyla dönemin belgelerindeki imzalardan çapraz karşılaştırma yapılarak kimliği tespit edilen “Yavuz Hoca” ya da “Yavuz Güneş” kod adıyla bilinen Uzman Çavuş Burhanettin Kıyak da 27 Temmuz 2012’de Ankara’da tutuklandı. Bir yılı aşkın bir süre ağırlaştırılmış müebbet hapis istemiyle tutuklu yargılanan Kukel Atağ, 18 Mart 2011’de sağlık sorunları nedeniyle tahliye edildi. 1994 yılında Cizre'de İlçe Jandarma Bölük Komutanının kurduğu ekipte görev aldığı ve Ramazan Uykur'u öldürdüğü iddiasıyla yargılanan Temer Atağ ise suç tarihinde askerde olduğu iddiasıyla 22 Haziran 2012’de tahliye edildi. Kamil Atağ suç vasfı ve delil durumunun değerlendirilmesi sonucu 21 Aralık 2012’de; Hıdır Altuğ ve Fırat Altın (Abdülhakim Güven) 8 Kasım 2013’te, Cemal Temizöz ise 12 Eylül 2014’te tutuklulukta geçirdikleri süre dikkate alınarak tahliye edildi. 23 Mart 2009’da Kayseri İl Jandarma Alay Komutanı iken tutuklanan ve dokuz kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasıyla yargılanan İlçe Jandarma Bölük Komutanı, 2010 yılında Yüksek Askeri Şura tarafından emekliye sevk edildi. Davada en son tutuklanan Burhanettin Kıyak ise, üç yıla yakın tutuklu yargılanmasının ardından 2 Nisan 2015’te adli kontrol şartı ve yurt dışı yasağı konularak tahliye edildi. Güvenlik gerekçesiyle Eskişehir 2. Ağır Ceza Mahkemesine nakledilen davada Kasım 2015’te delil yetersizliği nedeniyle tüm sanıklar hakkında beraat kararı verildi.

Beraat kararına karşı yapılan temyiz başvurusu üzerine Yargıtay 1. Ceza Dairesi, 25 Kasım 2021 tarihinde ikiye karşı üç oyla beraat kararlarını onadı. Bu karar sonrasında Anayasa Mahkemesine yapılan bireysel başvurular halen derdest.