1990'lı yıllarda Diyarbakır ve çevresinde, aralarında Harbi Arman’ın da bulunduğu sekiz kişinin (Harbi Arman, Lokman Zuğurli, Zana Zuğurli, Servet Aslan, Şahabettin Latifeci, Ahmet Ceylan, Mehmet Sıddık Etyemez ve Abdülkadir Çelikbilek) benzer bir şekilde kaçırılarak öldürülmesi ile ilgili başlatılan soruşturmalarda, aralarında Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım, Abdulkadir Aygan ve Albay Abdülkerim Kırca’nın da bulunduğu 8 sekiz kişi olaylardan sorumlu tutuldu. 1990’lı yıllarda başlatılan hazırlık soruşturmaları ancak 2005'te sona erdi ve Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı sekiz dosyayı birleştirerek dava açtı. Diyarbakır Ağır Ceza Mahkemesi Savcısı, 28 Şubat 2005’te bu sekiz kişi hakkında “Cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak, işkence yapmak ve taammüden adam öldürmek” suçlarından ömür boyu hapis istedi. Emekli Binbaşı Abdülkerim Kırca, halen görev yapmakta olan Jandarma Uzman Çavuş Yüksel Uğur, JİTEM mensubu itirafçılar Abdulkadir Aygan, Muhsin Gül, Fethi Çetin, Kemal Emlük ve eşi Saniye Emlük ile Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım sanıklar arasında yer aldı. Ancak sadece bir gün sonra savcıya soruşturmadan el çektirildi. O sırada soruşturmakta olduğu diğer faili meçhul davalar da elinden alındı. Sekiz sanıktan üçü hakkında asker kökenli oldukları gerekçesiyle görevsizlik kararı verildi ve dosyaları Diyarbakır 7. Kolordu Komutanlığı Askeri Savcılığına aktarıldı. Diğer beş sanık hakkında da, geçmiş aflardan faydalanabilecekleri gerekçesiyle tutuklama talebi kaldırıldı. Türkiye'nin “Yeşil” kod adı ile tanıdığı Yıldırım'ın bölgede, "Ahmet Yeşil-Mehmet Kırmızı" olarak da tanındığının vurgulandığı iddianamede, emekli Binbaşı Abdülkerim Kırca'nın çetenin yöneticisi olduğu, eylemlerde başrolü Abdülkadir Aygan'ın oynadığı ifade edildi.

Açılan ilk dava, Mayıs 2010’da daha sonra açılan bir başka davayla birleştirildi ve beş kez askeri mahkeme ile sivil mahkeme arasında gidip geldi. Hem askeri hem de sivil mahkemenin yargılamayı yapmaya yetkili olmadıkları yönündeki açıklamaları nedeniyle çözülemeyen yetki krizi Yargıtay’a taşındı ve Yargıtay’ın kararıyla dosya sivil mahkemeye, Diyarbakır 6. Ağır Ceza Mahkemesine gönderildi. 2014’e kadar hiçbir işlem yapılmadan mahkemeler arasında dolaşan dosya, Mart 2014’te çıkan yasayla özel yetkili mahkemelerin kapatılmasının ardından, Diyarbakır 1. Ağır Ceza Mahkemesine gönderildi. 18 Eylül 2014 tarihli duruşmada ise bu davanın da daha önce Musa Anter’in öldürülmesiyle ilgili açılan davayla birleştirilmesi talep edildi. Birleştirilen dosyalar sonunda “Cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak, bir suçu söyletmek için işkence yapmak, taammüden adam öldürmek” suçlamalarından yargılanan 16 sanık hakkında ağırlaştırılmış müebbet hapis ile 15 yıl ağır hapis cezası arasında değişen cezalar talep edildi. Korucu , itirafçı ve güvenlik güçleri ile çalışan sivil memurlardan oluşan bu sanıkların isimleri: “Yeşil” kod adlı Mahmut Yıldırım, Abdulkadir Aygan (Aziz Turan), Muhsin Gül, Fethi Çetin (Fırat Can Eren), Faysal Şanlı, Hüseyin Tilki(Hüseyin Eren), Hayrettin Toka, Ali Ozansoy (Ahmet Turan Altaylı), Adil Timurtaş, Recep Tiril (Recep Erkal), Kemal Emlük (Erhan Berrak), Saniye Emlük (Emel Berrak), İbrahim Babat (Hacı Hasan), Mehmet Zahit Karadeniz, Lokman Gündüz. Maktüller ise Abdurrahman Lokman Zuğurli, Hasan Caner, Hasan Utanç, Tahsin Sevim, Mehmet Mehdi Kaydu, Mehmet Sıddık Etyemez, Abdulkadir Çelikbilek, Lokman Zuğurli, Harbi Arman, Servet Arslan, Mehmet Emin Şahabettin Latifeci, Zana Zuğurli, Mehmet Ali Ahmet Ceylan.

1998 yılında bir operasyonda yaralanarak sakat kalan ve malulen emekliye ayrılan Abdülkerim Kırca’ya Aralık 2004'te dönemin Cumhurbaşkanı Ahmet Necdet Sezer tarafından "Devlet Övünç Madalyası" verildi. JİTEM itirafçısı Abdulkadir Aygan, 2009 Ocak ayında Star gazetesine verdiği röportajda Abdülkerim Kırca’nın emriyle gerçekleştiğini söylediği pek çok cinayeti tek tek sıraladı. Bu röportajdan birkaç gün sonra Abdülkerim Kırca intihar etti ve ölmesi nedeniyle sanıklar arasından çıkartıldı. Diğer sanıkların tamamı tutuksuz yargılanıyor. Sadece İsveç’te bulunan Abdulkadir Aygan hakkında gıyabi tutuklama kararı verildi.