Aydın Esmer’in eve dönmemesi üzerine eşi Kulp İlçe Jandarma Komutanlığına giderek akıbeti hakkında gerekli araştırmanın yapılmasını talep etti. Aydın Esmer'in kuzeni de Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına başvurarak Esmer’in bulunmasını istedi. Bunun üzerine Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı kuzeninin ayrıntılı beyanını alarak soruşturma başlattı. Başsavcılık, Diyarbakır Emniyet Müdürlüğü ile Diyarbakır İl Jandarma Komutanlığına yazı yazarak Esmer'in gözaltında tutulup tutulmadığını sordu. Emniyet ve jandarma tarafından gönderilen cevap yazılarında Esmer'in gözaltına alınmadığı ifade edildi.

Savcılık, Aralık 1999'da soruşturma kapsamında olayın gerçekleştiği bölge olması itibariyle Muş Cumhuriyet Savcılığına yazı göndererek Kızılağaç Jandarma Karakol Komutanlığında görevli rütbeli personelin ayrıntılı ifadesine başvurulmasını istedi. Muş Cumhuriyet Savcılığına 30 Aralık 1999'da tanık sıfatıyla ifade veren Kızılağaç Jandarma Karakol Komutanı V.A., kayıp Aydın Esmer'i ve muhtarı tanımadığını ifade etti. V.A., Aydın Esmer'in kaybolduğunu duyduğunu ancak bununla ilgili kendisine herhangi bir başvuru yapılmadığını iddia etti. Başsavcılık soruşturma ile ilgili olarak Kulp Cumhuriyet Başsavcılığı aracılığıyla Esmer'in eşi ile köy muhtarının ifadelerini aldıktan sonra 26 Ocak 2000'de yetkisizlik kararı verdi ve dosyayı Muş Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi.

Esmer'in bulunamaması üzerine aynı zamanda abisi de 27 Eylül 1999'da, Kulp Cumhuriyet Başsavcılığına giderek kardeşinin akıbeti hakkında bilgi almak istedi. Savcılık dilekçeyi kayda geçirdikten sonra abiyi Muş Cumhuriyet Başsavcılığına yönlendirdi. Muş Cumhuriyet Başsavcılığı, hazırlık soruşturması kapsamında ilk olarak Muş İl Merkez Jandarma Komutanlığı aracılığıyla Kızılağaç Karakol Komutanının ifadesine başvurdu. Daha önceki ifadesinde Aydın Esmer'i tanımadığını belirten V.A., 4 Ekim 1999'da Muş İl Jandarma Komutanlığına gönderdiği beyanında kayıp Esmer'in 15 Eylül 1999'da Kızılağaç kasabasına geldiğini, daha sonra da ölü katıra baktığını, katırın kendisine ait olmadığını söylediğini, ardından da tek başına Kulp'a gitmek üzere yaya olarak Kayalısu köyü üzerinden Şenyayla'ya hareket edeceğini beyan ettiğini, ertesi gün de Kızılağaç'tan ayrıldığını ileri sürdü.

Muş İl Jandarma Komutanlığının beyanı yetersiz bulması üzerine 3 Kasım 1999'da yeni bir yazı yazan V.A., daha önce verdiği ifadelerle çelişen şu ifadeyi verdi: "Aydın Esmer'in kaybolmasından 2-3 gün geçtikten sonra yakınları Kızılağaç kasabası belediye başkanının evine gelerek kayıp şahsın hayatından endişelendiklerini belirtip belediye başkanından yardım istemişler. Belediye başkanının da ısrarı üzerine bana geldiler. Aydın Esmer'in kaybolması ile ilgili bir bilgimin olup olmadığını sordular. Ben de yakın bölgelerinde çıkan çatışmada herhangi bir cesede rastlamadığımı, sadece iki adet silah ele geçirdiğimizi, bu silahları da İl Jandarma Komutanlığına teslim ettiğimizi belirttim."

9 Şubat 2000'de Muş Cumhuriyet Başsavcılığı yetkisizlik kararı vererek dosyayı tekrar Kulp Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. Kulp Cumhuriyet Başsavcılığı da 21 Şubat 2000'de görevsizlik kararı vererek dosyayı Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. Savcılık ise 6 Mart 2000'de daimi arama kararı aldı.

İç hukuktan sonuç alamayan aile davayı AİHM’ye taşıdı. AİHM dosyayı kabul etti ancak 2023 itibariyle henüz karar açıklanmadı.