Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından hazırlanan iddianameye, YAKAY-DER kayıtlarına ve Cumhuriyet gazetesinde 2010 ve 2015 yıllarında yayınlanan haberlere göre; Mustafa Aydın ve ailesi 1994 yılında Şırnak'ın Bozalan köyüne bağlı Serav mezrasında yaşıyordu. Aynı yıl içinde yaşanan çatışmalar nedeniyle Serav mezrasını terk ederek aynı köye bağlı Saduvan mezrası civarında kurdukları çadırda kalmaya başladılar. Ağustos 1994'te mezraya gelen Cizre Jandarma Komutanı C.T. ve beraberindeki jandarmalar Mustafa Aydın'ı ve amcasının oğlunu gözaltına aldı. Bu olaya tanık olan aile bireylerine neden gözaltına alındıkları ya da nereye götürüldükleri hakkında herhangi bir bilgi verilmedi.

Mehmet İlbasan ise ailesiyle Şırnak'ın İdil ilçesinde ikamet etmekteydi ve çobanlık yapmaktaydı. Aynı yıl içinde askere gideceği için hayvanlarını Cizre'de oturan Keçan Ömeran aşiretinden Mehmet adlı şahsa satmış, ancak parasını alamamıştı. Mehmet İlbasan birkaç kez aramasına rağmen ödemeyi yapmayan Mehmet adlı kişi bir gün Mehmet İlbasan'ı aradı ve parayı ödeyeceğini, Cizre'ye gelmesini söyledi. Aynı gün Cizre'ye gitmek üzere yola çıkan Mehmet İlbasan'dan bir daha haber alınamadı.

Gözaltına alınan Mustafa Aydın’dan ve amcasının oğlundan herhangi bir haber alamayan Aydın ailesi kendi imkânları ile yakınlarının akıbetleri hakkında bilgi edinmeye çalıştı. Operasyon bölgesindeki askerlere su ve yiyecek taşıyan köylülerden, Mustafa Aydın'ın ve kuzeninin, Dideran Aşiretinden Mehmet İlbasan ile birlikte, daha sonra Hisar Jandarma Taburunun inşa edildiği operasyon bölgesinde bir ağaca bağlı şekilde tutulduklarını, özellikle Mustafa Aydın'ın yoğun işkence gördüğünü öğrendiler. Birkaç gün sonra korucubaşı A.Ö., Mustafa Aydın'ın cenazesini Havuzlu köyüne getirdi ve ailesine teslim etti. Mustafa Aydın'ın bedeninde ağır işkence izleri, bacaklarında ve ayaklarında yanıklar vardı.

Mustafa Aydın ailesi tarafından defnedildikten bir gün sonra kuzeni sağ olarak geri döndü; onun vücudunda da ağır işkence izleri vardı. Yakınlarına daha önce Mustafa Aydın ve Mehmet İlbasan’ın başına gelenler hakkında anlatılanları doğrulayan bilgiler verdi; kendilerine Cizre ilçe jandarma komutanının emriyle Bedran ve Tayfun kod adlı itirafçıların işkence yaptığını belirtti. Aydın ailesi korktukları için resmi makamlara 2009 yılına kadar herhangi bir başvuruda bulunmadı. Mustafa Aydın'ı kendi imkânlarıyla gömdükten sonra nüfus müdürlüğüne öldüğünü bildirdiler. Hakim Aydın'ın Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına ifade verdiği gün tanık olarak belirttiği, aileye Aydın ve İlbasan’ın başına gelenleri anlatan iki köylünün de ifadesi alındı ve 2009/442 numaralı soruşturma dosyasına eklendi. Tanık olarak dinlenen köylüler ifadelerinde, Mustafa Aydın ve kuzeninin nerede tutulduklarını köyün ileri gelenlerinden olan A.Ö. adlı korucubaşından öğrendiklerini; olay yerine gittiklerini ancak çok yaklaşamadıklarını; Mustafa Aydın'ın elleri arkadan bağlı şekilde bir ağaca bağlı tutulduğunu, Bedran kod adlı A.Y. ve Tayfun kod adıyla bilinen biri tarafından sopalarla dövüldüğünü, Cizre ilçe jandarma komutanının da 20-30 adım mesafeden olayları izlediğini gördüğünü aktardı. Komutanın kendilerini görmesi üzerine askerlerin kendilerine doğru yöneldiğini ve hemen oradan uzaklaştıklarını belirttiler.

Mehmet İlbasan’ın kaybedilmesinden bir gün sonra babası Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına başvurarak durumu bildirdi. Daha sonra da tanık köylüler tarafından kendilerine olayı anlatan kişi olarak işaret edilen korucubaşı A.Ö.’den oğluyla ilgili bilgi almak istedi ve oğlunun Mustafa Aydın ile birlikte daha sonra Hisar Jandarma Taburunun inşa edildiği operasyon bölgesinde bir ağaca bağlı şekilde tutulduğunu ve işkence gördüğünü öğrendi.

Mehmet İlbasan’ın eşi olay sonrası Cizre'deki tanıdıklarından kocasının alacak verecek meselesi olan Mehmet adlı kişi tarafından, ödeme yapacağını söyleyerek evine davet edildiğini ancak ödeme yapmayıp onu devlet güçlerine ihbar ettiğini öğrendi. Eşi daha sonra askerler tarafından buradan alınıp Cudi Dağı’na götürülmüştü. Bu olaydan bir ay sonra korucu olan Suphi isminde bir şahıs, eşine gelerek Mehmet İlbasan’ın Cizre Jandarma Komutanının elinde olduğunu, kendisine talep ettiği kadar para verilirse getirebileceğini söyledi. Mehmet İlbasan’ın eşi, bu şahsa iki koyun ve biraz para verdiklerini ancak bu şahıstan da bir daha haber alamadıklarını; daha sonra yardım istedikleri korucubaşı A.Ö.’den, kocasının Cizre Jandarma Komutanı tarafından Hisar Taburunun bulunduğu yerde tutulduğunu ve Mustafa Aydın ile birlikte işkence gördükten sonra öldürüldüğünü duyduklarını belirtti. Aileler ilçe jandarma komutanından ve borcunu ödeme vaadiyle Mehmet İlbasan’ı kaybolduğu gün yanına çağıran, Mehmet adlı kişiden şikâyetçi olduğunu belirtti.

Mart 2009'da Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının başlattığı soruşturma kapsamında Cizre'nin Kuştepe köyünde yapılan kazıda insan kemiklerine rastlandı. Ardından iki gizli tanığın ifadelerinin şikâyetçi ve tanıkların ifadeleriyle örtüşmesi üzerine hazırlanan iddianamede gizli tanığın Aydın ve İlbasan'ın zorla kaybedilmesine ilişkin verdiği bilgiler de yer aldı. Buna göre 1994 yılı yaz aylarında Mustafa Aydın, kuzeni ve Mehmet İlbasan gözaltına alındı ve daha sonra Hisar Taburu olarak kullanılan yere götürüldüler. Olay yerinde Cizre Jandarma Komutanı, K.A., A.Ö., A.A. ile başka korucular, askerler ve itirafçılar A.G. ile A.Y. de vardı. Gizli tanık ifadesinde özellikle Mustafa Aydın'ın işkence gördüğüne bir süre sonra olay yerinden gönderildiğine ve Mehmet İlbasan'ın ölü bir halde kenarda yattığına tanık olduğunu aktardı. Mustafa Aydın'ın ilçe jandarma komutanının talimatıyla A.Y. ve A.G. tarafından infaz edildiğini, tabancayla bir el komutanın da ateş ettiğini gördüğünü, ancak kurşunun isabet edip etmediğini bilmediğini, infazı A.Y.’nin gerçekleştirdiğini belirtti. Mustafa Aydın'ın cenazesinin ailesine teslim edilmesi talimatının yine komutan tarafından A.Ö.’ye verildiğini de ekledi. Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 7 Nisan 2009'da Mustafa Aydın'ın öldürülmesine ilişkin başlattığı 2009/442 soruşturma numaralı dosyayı 2009/430 numaralı dosya ile birleştirme kararı aldı ve Mustafa Aydın, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının yürüttüğü soruşturma kapsamına alındı. İddianamede Mustafa Aydın’ın Mehmet İlbasan ile birlikte kaybedilmesine ilişkin bilgiler ve ifadeler yer alsa da cenazesine ulaşılamayan Mehmet İlbasan davaya dahil edilmedi.