29 Aralık 1994 tarihinde B.Ö.’nün kendilerini asker olarak tanıtan dört silahlı kişinin abisi Hıdır Öztürk’ü götürdüğünü bildirmesi üzerine olayla ilgili soruşturma başlatan Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığı 1995/143 numaralı soruşturması kapsamında müşteki sıfatıyla C.Ö. ve B.Ö.’nün ifadelerine başvurdu. İfadelerde olay anlatımı yapılarak, Hıdır Öztürk’ün bulunması talep edildi.

30 Aralık 1994 tarihinde, Alibeyköyü yolunda Hıdır Öztürk’ün cenazesini bulan köylüler tarafından yapılan ihbar üzerine olay yerine giden Derik Soğukkuyu Karakol Komutanlığı görevlilerince olay yeri tespit tutanağı düzenlendi. Tutanağa göre olay yerinde bir adet boş mermi kovanı bulunuyordu. Tutanakta Hıdır Öztürk’ün “Başka bir yerde öldürüldükten sonra getirilip buraya atıldığı, [bedenin] yanındaki iki ayrı kişiye ait olan ayak izlerinin de bunu gösterdiği ve boş kovanın da sonradan [bedenin] yanına bırakıldığının anlaşıldığı” belirtildi. Aynı tarihte Derik Cumhuriyet Başsavcılığınca 1994/306 numaralı soruşturma başlatılarak, otopsi tutanağı düzenlendi, klasik otopsi yapılmasına gerek görülmedi. Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığı bir kez daha B.Ö.’yü dinledikten sonra 21 Şubat 1995 tarihinde görevsizlik kararı vererek dosyayı Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi.

Derik Cumhuriyet Başsavcılığı 1994/306 numaralı soruşturma kapsamında müşteki sıfatıyla Hıdır Öztürk’ün annesi A.Ö. ve eşi H.Ö.’nün ve tanık sıfatıyla C.A., V.Ö. ve Ş.Ö.’nün ifadelerine başvurdu. 28 Aralık 1995 tarihinde görevsizlik kararı vererek, dosyayı 1995/62 numaralı fezleke ile Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi.

1994/306 ve 1995/143 numaralı soruşturmalar Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Başsavcılığının 1995/1147 numaralı soruşturma dosyasında birleştirildi. Dosyada Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Başsavcılığı tarafından 14 Aralık 2007 tarihinde daimi arama kararı verildi.

30 Mayıs 2001 tarihinde Diyarbakır Kriminal Polis Laboratuvarı Müdürlüğünün 2001/2002 numaralı ekspertiz raporunda olay yerinde bulunan boş kovanın “Silahı tespit edilemeyen olaylar arşivinde kayıtlı bulunan” diğerleriyle herhangi bir irtibatı olmadığı belirtildi.

27 Ekim 2008 tarihinde İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığının 2008/1756 numaralı dosya üzerinden yürüttüğü kamuoyunda Ergenekon Soruşturması olarak bilinen soruşturma kapsamında gizli tanık “Aydos”, İstanbul Terörle Mücadele Şube Müdürlüğünde verdiği ifadesinde “Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanı Hasan Atilla Uğur’un terörle mücadele adı altında bölgede birçok cinayet, işkence, karanlık faaliyetler gerçekleştirdiğini" beyan etti. Bunun üzerine savcılık dosyayı ayırarak Hasan Atilla Uğur ile diğer şüpheliler hakkında gerekli adli işlemlerin yapılması için Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (TMK 10. Maddesi ile Görevli) yönelik yetkisizlik kararı verdi.

Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (TMK 10. Maddesi ile Görevli) işlemlere 2009/3586 numaralı soruşturma üzerinden devam etti. Bu kapsamda savcılık tarafından 10 Ocak 2013 tarihinde Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına hitaben "Gizli tanığın ifadesinde geçen olaylar ile benzeri olaylara ilişkin kapsamlı araştırma yapılması" talimatı yazıldı.

6 Şubat 2013 tarihinde Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına sunulan dilekçede Hıdır Öztürk’ün bölgede görev yapan kamu görevlileri tarafından zorla kaybedildiği ihtimalinin çok yüksek olduğu belirtilerek, olayın aydınlatılması talep edildi.

Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığı olayların talimat bürosu üzerinden araştırılamayacak kadar geniş kapsamlı olduğunu belirterek, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının uygun bulmasıyla, 13 Şubat 2013 tarihinde 2013/464 numaralı dosya üzerinden soruşturmaya başladı. Bu dosya 3 Temmuz 2013 tarihinde 2013/94 numaralı fezlekeye bağlanarak Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (TMK 10. Maddesi ile Görevli) gönderildi. Burada soruşturmaya 2013/1886 numaralı dosya üzerinden devam edildi. Bu kapsamda Hıdır Öztürk’ün kardeşi B.Ö., eşi H.Ö. müşteki sıfatıyla ve amcasının oğlu C.Ö. tanık sıfatıyla dinlendi. 6 Mart 2014 tarihinde Resmi Gazetede kabul edilerek yasalaşan 6526 sayılı Kanun ile TMK 10. Maddesi ile görevli cumhuriyet başsavcılıklarının görevlerine son verilmesi üzerine dosya Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına gönderilerek 2014/1052 numaralı soruşturma numarasını aldı.

Mardin Cumhuriyet Başsavcılığı delilleri değerlendirerek 20 Temmuz 2014 tarihinde 1992 ile 1996 yılları arasında Mardin’in Kızıltepe İlçesinde Hıdır Öztürk dahil zorla kaybedilen ve yasa dışı keyfi infaz edilen 22 kişiye ve köy yakmalar ile boşaltmalara ilişkin iddianame düzenledi. İddianamede bu eylemlerin “Sistematik” bir şekilde JİTEM faaliyeti olduğu, bu yapının da devlet bağlantısı bulunduğu vurgulandı. “Hıdır Öztürk'un JİTEM’e bağlı olarak Kızıltepe ilçesinde faaliyet gösteren Bıçak Timi üyeleri tarafından ikametinden alınarak ateşli silahla öldürüldüğü yönünde kuvvetli şüphe içeren delillerin mevcut olduğu anlaşılmıştır” tespiti bulundu.

Şüpheli Hasan Atilla Uğur, Eşref Hatipoğlu ve Ahmet Boncuk‘un örgütün Kızıltepe ve Diyarbakır yöneticileri oldukları, dönem itibariyle Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanlığında görevli olan Ünal Alkan'ın JİTEM’e üye olduğu, Kızıltepe’de bu örgüte bağlı olarak geçici köy korucularından ve itirafçılardan oluşan "Bıçak Timi" adı altında bir timin mevcut olduğu, bu timin korucular Abdurrahman Kurğa, Ramazan Çetin, Mehmet Salih Kılıçaslan, Mehmet Emin Kurğa ve İsmet Kandemir ile asker olan Ünal Alkan'dan oluştuğu, Bıçak Timi'nin 1992 ile 1996 yılları arasında faaliyet gösterdiği belirtildi.

İddianame Mardin 2. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi. Dava daha başlamadan güvenlik gerekçesiyle Ankara’ya nakledildi. Ankara 5. Ağır Ceza Mahkemesi’nde 3 Mart 2015 tarihinde görülen ilk duruşmada sanıklar Hasan Atilla Uğur ve Eşref Hatipoğlu’nun rütbeleri nedeniyle CMK M.161/5. Maddesine dayanarak dosyanın izin istemiyle HSYK’ya gönderilmesine karar verildi. 19 Ekim 2015 tarihinde görülen duruşmada ise HSYK’dan cevap gelmediği gerekçesiyle bir sonraki duruşma 15 Ocak 2016 tarihine ertelendi. Duruşma öncesi HSYK’nın sanıkların “Silahlı örgüt kurmak” ve “Tasarlayarak insan öldürmek” suçlarından yargılandıkları için izin alınmasına gerek olmadığına ve doğrudan kovuşturma yapılabileceğine hükmeden kararı mahkemeye ulaştı ve dava 27 Nisan 2016 tarihli oturumla resmen başladı. 24 Haziran 2016 tarihinde tüm sanıkların duruşmalardan vareste tutulmasına karar verilen davada hiçbir gelişme kaydedilmeden 9 Eylül 2019 tarihinde tüm sanıklar hakkında zamanaşımı, suç unsurlarının oluşmaması ve suçun sabit olmaması gerekçeleriyle beraat kararı verildi. İstinaf incelemesi için dosya Ankara Bölge Adliye Mahkemesi 19. Ceza Dairesine gönderildi. 19. Ceza Dairesi, 14 Temmuz 2021 tarihinde avukatların duruşmalı inceleme talebini dikkate almadı ve Ankara 5. Ağır Ceza Mahkemesi’nin beraat ve düşme kararlarının “Hukuka uygun, yasal ve yeterli olarak açıklanan gerekçeye göre verilen hükümde bir isabetsizlik bulunmadığı” gerekçesiyle onanmasına, istinaf başvurusunun esastan reddine karar verdi. Davayla ilgili detaylı bilgi için lütfen bkz. http://failibelli.org/dava/kiziltepe-jitem-davasi/

Davada şüpheli sıfatıyla yargılanan Hasan Atilla Uğur 2007 yılında Albay rütbesiyle emekli oldu. Ergenekon Soruşturması kapsamında 1 Temmuz 2008 tarihinde gözaltına alınmış, savcı tarafından mahkemeye sevk edilerek tutuklanmış, özel yetkili mahkemeleri kaldıran, tutukluluğu azami beş yılla sınırlayan yasa değişikliğiyle, hakkında verilmiş ceza hükmü olmasına rağmen Mart 2014'te tahliye edilmişti. Yargıtay’da bozulan karar üzerine yeniden yargılama sonucunda 2019 yılında Ergenekon Davasından beraat etti. Diğer sanık emekli Albay Eşref Hatipoğlu ise emekli Üsteğmen Tünay Yanardağ ile birlikte Lice'de 1993 yılında Jandarma Bölge Komutanı Tuğgeneral Bahtiyar Aydın'ın da aralarında bulunduğu ikisi asker 17 kişinin ölümüyle ilgili 1 Nisan 2015 tarihinde Diyarbakır’da açılan, daha sonra güvenlik gerekçesiyle önce Eskişehir daha sonra İzmir’e taşınan davada tutuksuz yargılanmış; 7 Aralık 2018 tarihli son duruşmada beraat etmişti.