Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından hazırlanan iddianamede yer alan bilgilere göre, Namık Erdoğan’ın zorla kaybedilmesiyle ilgili olarak ailesinin şikayeti üzerine Kırıkkale Cumhuriyet Başsavcılığı soruşturma başlattı ve şüphelilerin ifadeleri alındı; şüpheliler suçlamayı reddetti. Başsavcılık 11 Şubat 1999'da görevsizlik kararı vererek, dosyayı Ankara Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı da 23 Eylül 1999'da sekiz şüpheli hakkında “Cürüm işlemek için teşekkül oluşturma” suçlamasıyla yaptığı soruşturmanın ardından takipsizlik kararı verdi.

Ankara'daki takipsizlik kararına yapılan itiraz nedeniyle soruşturma dosyası tekrar Kırıkkale Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildi. Bunun üzerine savcılık soruşturmayı ek soruşturmayla bir süre daha sürdürdü. Savcılık, olaydan 16 yıl sonra Namık Erdoğan'ı öldüren kurşunları balistik inceleme yapılması için Aralık 2010'da Emniyet Genel Müdürlüğüne gönderdi. Adli emanete kayıtlı beş adet mermi çekirdeği, gömleğinin parçası ve iki adet mermi çekirdek nüvesinin incelenmesini talep etti. Emniyet, 16 Aralık 2010'da balistik raporunu hazırladı. Rapor şöyleydi: "Çarpma, sürtünmeler ve kopma neticesinde üzerlerinde kesin teşhise imkân verecek nitelikteki karakteristik izlerden büyük bir bölümünün kaybolmuş olduğu; geriye kalan yiv ve set izlerinin ise kısmi teşhise elverişli oldukları; bu nedenle söz konusu beş adet mermi çekirdeği gömlek parçasının bir veya birden fazla tabancayla atılıp atılmadıklarının tespiti yönünde bir sonuç bildirmek mümkün olamamıştır."

Emniyet raporunda ayrıca mermi çekirdeklerinin, Silahı Tespit Edilmeyen Olaylar Arşivi'nde bulunan mermi çekirdekleriyle karşılaştırılmasının ve yine izlerin silinmiş olması yüzünden geçmişe yönelik faili meçhul karşılaştırmalarının yapılamadığı belirtildi.

Gelen rapor üzerinde Kırıkkale Cumhuriyet Başsavcılığı, Namık Erdoğan dosyasında, 17 Ocak 2011'de takipsizlik kararı vererek dosyayı kapattı. Takipsizlik kararında "Şüpheliler hakkında kovuşturmayı gerektirir nitelikte yeterli şüphe oluşturacak delil elde edilmediğinden kamu adına kovuşturmaya yer olmadığına kararı verildi," denildi. Kırıkkale Cumhuriyet Başsavcılığının takipsizlik kararına itiraz edildi. İtirazı 9 Mayıs 2011'de görüşen Ankara 4. Ağır Ceza Mahkemesi, talebi reddetti. Bu karardan kısa bir süre sonra birçok cinayette adı geçen eski bir özel harekat polisi Ayhan Çarkın verdiği ifadelerde, Namık Erdoğan cinayetinin şüphelisi olarak S.Y. adlı bir başka özel harekat polisini işaret etti. İddiaları öne süren eski harekat polisinin soruşturmasını yürüten savcı, Erdoğan'ın dosyasını Kırıkkale Cumhuriyet Başsavcılığından istedi.

1990’lı yıllarda Ankara’da zorla kaybedilen veya yasadışı keyfi infaz edilen 19 kişiye ilişkin Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 2013 yılında soruşturma başlatıldı. 20 Eylül 2013 tarihinde hazırlanan iddianameyle, 20 Aralık 2013 tarihinde, Namık Erdoğan, Metin Vural, Recep Kuzucu, Behçet Cantürk, Savaş Buldan, Hacı Karay, Adnan Yıldırım, İsmail Karaalioğlu, Yusuf Ekinci, Ömer Lütfü Topal, Hikmet Babataş, Medet Serhat, Fevzi Aslan, Lazem Esmaeili, Asker Smitko, Tarık Ümit, Salih Aslan ve Faik Candan cinayetleri de yargılamaya dahil edildi.

Dönemin emniyet genel müdürünün, bir üst düzey askeri yetkilinin ve özel harekat polislerinin içinde bulunduğu 19 sanığın “Cürüm işlemek için oluşturulan silahlı teşekkülün faaliyeti kapsamında insan öldürmek” suçundan yargılandığı dava Ankara 1. Ağır Ceza Mahkemesinde görüldü.

İlk duruşması 16 Mayıs 2014’te görülen ve tutuklu sanığın olmadığı davanın 10 Nisan 2015 tarihli duruşmasında eski MİT Güvenlik Daire Başkanı Mehmet Eymür kendisine verilen 29 kişilik infaz listesini mahkemeye sundu. 3 Temmuz 2015 tarihli duruşmada Susurluk Raporu’nu hazırlayan, dönemin Başbakanlık Teftiş Kurulu Başkanı Kutlu Savaş; 20 Kasım 2015 tarihli duruşmada ise eski Emniyet Müdürü ve Ordu Valisi Kemal Yazıcıoğlu tanık olarak ifade verdiler. 26 Şubat tarihli duruşmaya sanıklardan yalnızca itirafçı özel harekat polisi Ayhan Çarkın katıldı. Sırasıyla Tuncay Özkan, Hikmet Çiçek, Halil Tuğ, Bilgi Ünal, Hanefi Avcı tanık olarak dinlendi. Fikri Sağlar ise mazeret bildirerek duruşmaya katılmadı. 17 Haziran 2016 tarihli duruşmada İçişleri eski Bakanı Nahit Menteşe, Ömer Lütfi Topal cinayetine ilişkin gelen ihbarı tutanak altına alan dönemin Cinayet Büro memuru Lütfullah Uzun; bu ihbar üzerine özel harekat polislerinin gözaltına alınmasında yer alan dönemin İstanbul Emniyet Müdürlüğü Yankesicilik Büro Amiri Şükrü Pekgil; “Ölüm Listesi”nde adı olduğu fakat emniyet genel müdürü ile görüşerek adını listeden çıkarttırdığı idddia edilen iş insanı Vekin Aktan tanık olarak dinlendi. Sanık Emekli Tuğgeneral adresinde tespit edilemediği dolayısıyla tebligat ulaştırılamadığından tanık olarak ifade vermedi. Sanıklardan Mahmut Yıldırım’ın (Yeşil kod adlı) eski Kontrterör Dairesi Başkanı Mehmet Eymür tarafından yapılan sorgusunun “Gizli” ibareli tutanağı okundu. Özel harekat polislerini gözaltına alan Akın Kızıloğlu ve Şentürk Demirel’in tanık olarak dinlenmesine, İsmet Berkan, Mesut Yılmaz, Tanıl Tekin hakkında çağrı belgesi çıkarılmasına ve SEGBİS ile beyanlarının alınmasına karar verildi.

11 Kasım 2016 tarihli duruşmada gazeteci Uğur Dündar ve Yaman Namlı tanık olarak SEGBİS aracılığıyla ifade verdi. Ara kararlarda eski Başbakan Mesut Yılmaz, gazeteci Emin Demirel, Mümtazer Türköne, Fikri Sağlar ve Orhan Taşanlar’ın tanık olarak ifadelerine başvurulmasına; katılan vekilleri gazeteci İsmet Berkan’ın dinlenmesinden vazgeçtiklerini bildirdiklerinden, dinlenmesine yer olmadığına; “2. MİT Raporu” olarak bilinen ve Aydınlık gazetesinde yayınlandığı söylenen raporun İstanbul Emniyet Müdürlüğünden, Susurluk Raporu’na ilişkin kaydın da Kanal D’den tekrar istenmesine; Akın Kızıloğlu, Şentürk Demiral ve Veli Küçük’ün adreslerinin tespitine; Mehmet Eymür’ün ifadelerinde adı geçen ve İngiltere’de öldürüldüğü anlaşılan Mehmet Kaygısız soruşturmasının evraklarının istenmesine karar verildi.

10 Şubat 2017 tarihli duruşmada eski Ankara Emniyet Müdürü Orhan Taşanlar, dönemin Cinayet Büro Amiri Şentürk Demiral, Gasp Büro Amiri Akın Kızıloğlu, dönemin Başbakanı Tansu Çiller’in danışmanı Mümtazer Türköne ve Doğan Özkan tanık olarak dinlendi. Mahkeme Fikri Sağlar’ın tekrar çağrı belgesi ile tanık olarak çağrılmasına; Mesut Yılmaz’ın bir sonraki duruşma SEGBİS yöntemiyle dinlenecek şekilde hazır edilmesine; gizli tanıklar “Emek” ve “Ayışığı”nın dinlenmesi yönündeki talebin dinlenecek tanık sayısı göz önüne alınarak daha sonra değerlendirilmesine karar verdi.

5 Mayıs 2017 tarihli duruşmada Fevzi Türkeri ve Nur İnuğur tanık olarak ifade verdi. Sanık özel harekat polisi ve tanık olarak dinlenmesi beklenen isimlerden gazeteci Emin Demirel SEGBİS bağlantısı kurulamadığından, Veli Küçük istirahat raporu sunduğundan, Mesut Yılmaz ve Fikri Sağlar ise duruşmaya katılmadıklarından dinlenemediler. Tansu Çiller ve eşi Özer Uçuran Çiller ise avukatları aracılığıyla tanıklık talebinin “Abesle iştigal” olduğunu, katılan avukatlarının yazılı sorularına yazılı olarak yanıt verebileceklerini bildiren bir dilekçeyi mahkemeye sundu. Ancak savcı huzurda dinlenmeleri yönünde mütalaa verdi, mahkeme heyeti de SEGBİS aracılığıyla dinlenmeleri için İstanbul Ağır Ceza Mahkemesine yazılmasına karar verdi.

15 Eylül 2017 tarihli duruşmaya Tansu Çiller ve Özer Uçuran Çiller mazeret bildirerek katılmadı. Emekli Tuğgeneral Veli Küçük ve gazeteci Emin Demirel SEGBİS aracılığıyla tanık olarak ifade verdi. Fikri Sağlar’a tanık olarak dinlenilmesi için SMS yoluyla bilgi verilmesine, dönemin Başbakanı Ahmet Mesut Yılmaz’ın SEGBİS yoluyla dinlenmesi için talimat yazılmasına, daha önceki ara kararlara rağmen Tansu Çiller ve Özer Uçuran Çiller’in dinlenmesine bu aşamada gerek olmadığına karar verildi.

22 Aralık 2017 tarihli duruşmada dinlenmesi kararlaştırılan tanıklar ya hazır bulunmamaları ya da SEGBİS bağlantısının sağlanamaması nedeniyle dinlenemediler. Mesut Yılmaz, Tansu Çiller ve eşi Özer Uçuran Çiller’in tanık olarak dinlenmesi talebi 17 Haziran 2016 tarihli duruşmada ifade veren dönemin İçişleri Bakanı Nahit Menteşe’nin beyanları kastedilerek “Dönemlerinde işlenen cinayetlerin faillerinden birebir haberdar olmayacaklarının açık olması, aradan geçen zamanın dönemin içişleri bakanının dahi haberdar olmadığının mahkemece alınan ifadesinde belirtmiş olması” gerekçesiyle reddedildi. Katılan avukatlarına esas hakkında beyanlarını sunmaları için bir ay süre verilmesinin ardından bir sonraki duruşma da yakın bir tarihe ertelendi.

2 Şubat 2018 tarihli duruşmada Susurluk kazasından hemen sonra kurulan Meclis Susurluk Araştırma Komisyonu üyesi Fikri Sağlar tanık olarak verdiği ifadede dönemin başbakanı Mesut Yılmaz’ın talimatıyla Başbakanlık Teftiş Kurulu Başkanı Kutlu Savaş tarafından hazırlanan Susurluk Raporu’nun bir bölümünün dönemin koalisyon hükümeti liderlerinin kararıyla “Devlet Sırrı” ilan edilerek çıkartıldığını; özellikle bütün ekleriyle birlikte edinilmesi halinde raporda davaya ilişkin aydınlatıcı bilgilere ulaşılabileceğini söyledi. Mahkeme, Başbakanlık Teftiş Kuruluna yazılan rapor cevabının beklenmesine, rapor incelendikten sonra Mesut Yılmaz’ın tanık olarak dinlenmesine yer olmadığına ilişkin ara karardan vazgeçilmesi talebinin düşünülmesine karar verdi.

4 Mayıs 2018 tarihli duruşmada mahkemenin defalarca “Ekleriyle birlikte” istediği Başbakanlık Teftiş Kurulu Susurluk Raporu’nun ön yazısında belirtildiği üzere “‘Devlet Sırrı” niteliğindeki bilgilerin çıkarılmış yani “Eksiz” fotokopisinin gönderilmiş olduğu görüldü.

2 Ekim 2018 tarihli duruşma gizli tanık “Emek”in dinleneceği gerekçesiyle gizli yapıldı. Katılan avukatlarının gizli tanığın sesinin algılanamadığını, dolayısıyla soru sormaya uygun bir ortam olmadığını belirtti. 31 Ocak 2019 tarihli duruşmada “Ayışığı” isimli gizli tanığın bulunamadığı belirtildi. Katılan avukatları bu duruma “Sanıklar aleyhine beyanda bulunacağı için bulunamıyor” diyerek tepki gösterdi. 5 Nisan 2019 tarihli son duruşmada katılan vekillerinin tanık dinlenmesi yönündeki talepleri ve Ankara Barosu Toplumsal Davalar Merkezi’nin davaya müdahillik talebi reddedildi. 10 Mayıs 2019 tarihli duruşmada ise katılan vekillerine esas hakkındaki beyanlarını sunmaları için ek süre verildi. 4 Temmuz 2019 tarihli son duruşmada duruşma savcısının değiştiği görüldü.

20 Eylül 2019 günü görülen duruşmada katılan avukatları kovuşturmanın genişletilerek, Tansu Çiller, Özer Uçuran Çiller ve Mesut Yılmaz’ın dinlenilmesine; Kutlu Savaş’ın hazırladığı Teftiş Kurulu Raporu’nun ve eklerin getirilmesi talebinde bulundu.

13 Aralık 2019‘da görülen karar duruşmasında, Ahmet Demirel’in ölmüş olması nedeniyle hakkındaki davanın düşmesine; Maktuller Lazem Esmaeili ve Asker Smitko’nun öldürülmesi ile ilgili sanık Yeşil kod Mahmut Yıldırım’ın yakalanamamış olması nedeniyle tefrik edilmesine (Dosyanın yalnızca bu maktuller yönünde ayrılmasıyla davanın bu iki cinayet eylemi bakımından devam etmesine); diğer tüm maktullerin (Namık Erdoğan, Metin Vural, Recep Kuzucu, Behçet Cantürk, Savaş Buldan, Hacı Karay, Adnan Yıldırım, İsmail Karaalioğlu, Yusuf Ekinci, Ömer Lutfi Topal, Hikmet Babataş, Medet Serhat, Feyzi Aslan, Salih Aslan, Faik Candan, Abdulmecit Baskın, Tarık Ümit) öldürülmeleri ile ilgili eylemlerden tüm sanıkların beraatlerine karar verildi.

5 Nisan 2021 tarihinde Ankara Bölge Adliye Mahkemesi 1. Ceza Dairesi, istinaf itirazları üzerine beraat hükmünü bozdu ve dosyayı yerel mahkemeye geri gönderdi. Bozma gerekçesi olarak; Sanık Enver Ulu’nun sorgusu yapılmadan eksik kovuşturma ile yazılı şekilde hüküm kurulması, hükme esas alınan deliller ile dosya kapsamında bulunmasına rağmen gerekçeli kararda zikredilmediğinden zımnen reddedildiği değerlendirilen delillerin genel soyut ifadelerle açıklanması ve/veya hiç tartışılmaması yerine, istinaf denetimine olanak verecek sekilde iddiaya konu olaylar bakımından ayrı ayrı tartışılıp değerlendirilmesi ve açıkça karar yerinde gösterilmesi gerektiğinin gözetilmemesi, bazı delillerin yargılamada tartışılmaması, Sanık Ayhan Çarkın’ın beyanlarının diğer deliller ve maddi olgular ile birlikte tartışılmaması, olayda ele geçirilen kovan ve mermilerin menşei, kullanımlarına ilişkin aidiyetleri, bunların ve diğer maddi olguların birbiri ile ilişkisinin, faillerinin, hedef alınan maktullerinin, organizasyon ve netice arasında irtibat bulunup bulunmadığının değerlendirilmemesi ve bazı usule dair eksiklikler nedeniyle sanıklar hakkında kasten insan öldürme suçundan verilen beraat hükümlerinin bozulmasına karar verildi.

Ankara 1. Ağır Ceza Mahkemesine gönderilen dosyada bozma kararı sonrası ilk duruşma 15 Ekim 2021 günü görüldü. Bozma kararı sonrası yapılan yargılamada ilk derece mahkemesi dosyada Abdülmecit Baskın ve Behçet Cantürk hakkında zamanaşımından düşme kararı verdi. Sanıklardan yalnızca Ayhan Çarkın katıldı ve diğer sanıklarla yüzleşmek istediğini beyan etti. Mahkeme başkanı duruşma öncesi İstinaf bozma ilamına cevaben hazırladığı metni, duruşmada tarafların avukatlarına verdi. Bu uygulamanın usulde yeri olmadığına ve hakimin tarafsızlığını zedelediğine ilişkin itirazlar karşılık bulmadı. Sanıkların duruşmalardan vareste tutulması kararlarının kaldırılması, Sedat Peker’in kardeşi Atilla Peker’in dinlenmesi ve Ayhan Çarkın’ın sanıklarla yüzleşme talepleri reddedildi.

21 Ocak 2022 günü görülen duruşmada sanık Enver Ulu SEGBİS ile dinlendi ve Ayhan Çarkın ile herhangi bir husumeti olmadığını ve cinayetleri işlemediğini savundu. Katılan vekilleri İstinaf Mahkemesinin bozma kararında belirtilen eksikliklerin yerine getirilmediğini, ilk duruşmada mahkemenin bozma ilamına karşı hazırlayıp verdiği yazılı cevabın, mahkemenin araştırma yapma niyetinde olmadığını gösterdiğini ifade etti.

22 Nisan 2022 tarihli duruşmada Emniyet Genel Müdürlüğünün gönderdiği yazıda 22 Eylül 1994’te toplamda 430 adet Uzi marka silahın kayıtlara giriş yaptığının anlaşıldığı, silahlardan 39’unun incelenmek üzere polis kriminal laboratuvarına gönderildiği, sekiz adetinin 11 olayla irtibatlı olduğunun anlaşıldığı, Parabellum marka mermilerin imal yılının 1902 olduğu, Uzi marka silahların imal yılının ise 1950 olduğu, bundan hareketle Parabellum marka mermilerinin Uzi marka tabanca dışındaki silahlarla da kullanılabildiği zapta geçti. Emniyet Genel Müdürlüğü Destek Hizmet Daire Başkanlığının 4 Nisan 2022 tarihli yazı içeriği ile daha önceki 1 Nisan 2011, 29 Mart 2011, 6 Ocak 1997, 28 Kasım 1997 tarihli müzekkere içeriğindeki aykırılığın sorulmasına, Kutlu Adalı dosyasının getirilmesinin dosyaya tesiri bulunmayacağı ayrıca uzun zaman alacağı anlaşılmakla celbine yer olmadığına, 39 Uzi marka silah dışındaki emniyet kuvvetine kayıtlı diğer silahların balistik incelemesinin yaptırılmasına yer olmadığına karar verildi.

24 Haziran 2022 tarihinde görülen son duruşmada Emniyet Genel Müdürlüğünden gönderilen belgeler, Hospro firması tarafından hibe görüntüsü altında gönderilen 280 Uzi marka tam otomatik silah ve özel ekipmanların davanın sanıklarından, eski Özel Harekat Dairesi Başkan Vekili İbrahim Şahin’in talimatıyla, sayım yapılmadan Özel Harekat Şube Müdürlüğünün Antalya ve Ankara Gölbaşı’ndaki tesislerine gönderildiğini ortaya koydu. Daha fazla araştırma yapılmasına gerek olmadığı ve bu nedenle taraflara esas hakkında beyanda bulunmak için süre verilmesine karar verildi.

Dava daha sonra 16 Eylül 2022 tarihindeki duruşmada ve sonra tekrar 20 Ocak 2023 tarihindeki duruşmada, bu kez de savcı değişikliği sebebiyle, uzadı. Davada savcı değişikliği olmasa 20 Ocak 2023 duruşmasında mütalaanın açıklanması bekleniyordu. 10 Mart 2023 gününe ertelenen davada, yeniden sanık müdafilerine esas hakındaki savunmaları; katılan ve katılan vekillerine ise esas hakkındaki beyanlarını sunmaları için süre verildi.

26 Mayıs 2023 tarihindeki duruşmada tüm sanıklar hakkında beraat kararı verildi. İkinci kez İstinaf Mahkemesi önüne gelen karar, bu kez Ankara İstinaf Mahkemesi 1. Ceza Dairesi tarafından onaylandı ve dosya 2024 yılı itibariyle Yargıtay önünde bekliyor.