Cumartesi İnsanları’nın 27 Ağustos 2011 tarihli basın açıklamasında ve Özgür Gündem gazetesinin 17 Eylül 1993 tarihli haberinde yer alan bilgilere göre 13 Ağustos 1993 günü Erdoğan Şakar, eşine arkadaşı Nebi Akyürek'in çalıştığı İstanbul Şişli Perpa İş Merkezi’nin 11. katında bulunan Beyaz Kafeterya'ya gideceğini söyleyerek evden çıktı. Bu tarihten sonra bir daha kendisinden haber alınamadı. Erdoğan Şakar’ı operasyondan önce Perpa’da gören tanıklar vardı.

Aynı gün Beyaz Kafetarya'da, işyeri sahibi, garson ve kasiyerin de olduğu beş kişi (Mehmet Salgın, Hakan Kasa, Nebi Akyürek, Selma Çıtlak ve Sabri Atılmış) İstanbul Terörler Mücadele Şubesine bağlı polisler tarafından düzenlenen operasyonda öldürüldü. Operasyona polis memurları Ö.K., A.Ç., A.Ö., H.D., S.K., K.U., Başkomiser H.E., Emniyet Amiri A.Ç., Terörle Mücadele Şubesi Müdür Yardımcısı E.Y. katıldı. A.Ç., daha sonra yaptığı itiraflarda bu operasyonla ilgili olarak “Çatışma süsü verilmiş bir infazdı, masum insanları öldürdük,” ifadelerini kullandı.

Şakar Ailesi, Erdoğan Şakar’ın akıbetini öğrenebilmek için tüm resmi mercilere başvurdu, ancak her defasında Erdoğan Şakar isimli birinin gözaltına alınmadığı yanıtıyla karşılaştı. Eşi, TBMM İnsan Haklarını İnceleme Komisyonu ile görüştü; konu ile ilgilendikleri ancak güçlerinin sınırlı olduğu yanıtını aldı.

Eski Emniyet Genel Müdürü M.A.’nın Susurluk Davası kapsamında Emniyet Genel Müdürlüğü görevi sırasında işlediği iddia olunan suçlarla ilgili “Suç işlemek için silahlı örgüt kurma” suçundan Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesinde yargılandığı davaya Şakar’ın eşi, avukatı aracılığıyla müdahil olma talebinde bulundu. Ancak, bu talebi suçtan doğrudan zarar gördüğü ispat edilemediği gerekçesiyle reddedildi.