TBMM İnsan Haklarını İnceleme Komisyonunun raporundaki ifadelere göre; Tolga Baykal Ceylan'ın güvenlik güçleri tarafından gözaltında kaybedildiğine ilişkin iddiaları araştırmak üzere 9 Şubat 2011 tarihinde bir alt komisyon oluşturuldu ve incelemelere başlandı. Komisyon bu tarihte Kırklareli Cumhuriyet Başsavcılığıyla iletişime geçti. Demirköy Cumhuriyet Başsavcılığının, Tolga Baykal Ceylan’ın kaybolmasının ardından 2004 yılında 2004/232 soruşturma numarasıyla inceleme başlattığı anlaşıldı ve komisyon bu dosyayı incelemek üzere savcılıktan istedi. İnceleme sonucunda komisyon, 10 Ekim 2006 tarihinde Demirköy Cumhuriyet Başsavcılığının, Tolga Baykal Ceylan’ın eşkaline uyan bir beden bulunamadığı ve ölümüne ilişkin herhangi bir delil olmadığı gerekçesiyle “Kovuşturmaya yer olmadığına dair karar” verdiğini gördü.

Demirköy Cumhuriyet Başsavcılığı 14 Şubat 2011 tarihinde Tolga Baykal Ceylan’ın kaybolmasına ilişkin 2011/41 dosya numarasıyla yeni bir soruşturma başlattı. 10 Şubat 2011’de Komisyon İçişleri Bakanlığı ve MİT Müsteşarlığından bilgi istedi. Komisyon raporundaki ifadelere göre, İçişleri Bakanlığı Tolga Baykal Ceylan’ın kaybolmasına ilişkin yapılan tüm işlemlerle ilgili ayrıntılı bilgi verdi. MİT Müsteşarlığı ise müsteşarlık kayıtlarında herhangi bir bilgiye rastlanılmadığını bildirdi.

16 Şubat 2011’de Tolga Baykal’ın annesi ve avukatı komisyona çağrıldı ve bilgi istendi. 15 Mart 2011’de Tolga Baykal Ceylan’ın kaybolduğu tarihte görev yapan Uzman Jandarma Çavuş, Adalet Müfettişi, Mülkiye Başmüfettişi M.F., Jandarma Başçavuş M.B., Jandarma Üstçavuş F.C., Uzman Jandarma Çavuş O.Ç., E.Ç., Z.T. ve H.Y. de Komisyona çağrıldı.

Tüm bilgi ve ifadeleri değerlendiren Komisyon, 8 Ağustos 2004 tarihinde İğneada’da kimlik kontrolü yapılan şahıslar içinde Tolga Baykal Ceylan’ın bulunmadığı, bu yüzden hakkında işlem yapılmadığı ve gözaltına alınmadığı, dolayısıyla gözaltında kaybedilmediği kanısında olduğunu raporladı.

Mayıs 2013 tarihinde çeşitli haber sitelerinde yayınlanan bilgilere göre Silivri 5 No’lu L Tipi Kapalı Cezaevinde tutuklu olarak bulunan itirafçı, 7 Mayıs 2012 tarihinde Küçükçekmece Cumhuriyet Savcılığına tanık olarak verdiği ifadede, 2004 yılında gittiği İkitelli’deki bir adreste Tolga Baykal Ceylan’a A.K., O.Y. ve O.H. tarafından işkence yapıldığına bizzat tanık olduğunu beyan etti. PKK davasından yargılanmakta olduğunu, ancak jandarma istihbarat ile çalıştığını ve söz konusu adreste daha önce E.T. ve O.H. ile de buluştuğunu belirten itirafçı, o gün ise oraya adını hatırlayamadığı bir polis tarafından kendisine verilen bir paketi teslim etmeye gittiğini ve işkence edilen şahsın Tolga Baykal Ceylan olduğunu A.K., O.Y. ve O. H. arasındaki konuşmalardan anladığını açıkladı.

İtirafçı, gazetede fotoğrafını görerek tanıdığı Tolga Baykal Ceylan dosyasıyla ilgili olarak ilk önce 15 Ağustos 2011’de Beşiktaş Cumhuriyet Savcılığına bir ihbar mektubu gönderdi, ancak bu ihbar işleme konmadı. Ayrıca 10 gün sonra Taraf gazetesinden Mehmet Baransu’ya bir mektup yazarak iddiasını ona da anlattı. Beşiktaş Cumhuriyet Savcılığına 10 Eylül 2011’de tekrar bir mektup göndererek daha önceki iletisinin ellerine geçip geçmediğini sordu. İki gün sonra ise o sırada cezaevinde bulunduğu Adıyaman Cumhuriyet Savcılığına aynı konuda başvurdu ve ifade verdi. Bu ifadede, daha sonra Küçükçekmece Cumhuriyet Savcılığına adını hatırlamadığını söyleyeceği polisin Miroğlu lakaplı bugünkü emniyet müdürü olduğunu beyan etti. İtirafçı, Y.T. tarafından telefonla arandığını ve bu telefon üzerine 10 Ağustos 2011’de Taksim TRT binasının otoparkında buluştuğu Y.’den aldığı CD’ler ve fotoğraflar içeren paketi İkitelli’de bir çiftlik evinde bulunan astsubaya götürdüğünü ve orada Tolga Baykal Ceylan’ı işkence edilmiş bir halde, çırılçıplak ve kanlar içinde gördüğünü ifadesinde açıkladı. Astsubayın yanında, O.Y. ve O.H’yi de gördüğünü belirten itirafçının bu ifadesi, Adıyaman Cumhuriyet Savcılığı tarafından İstanbul’daki Özel Yetkili Mahkemeye iletildi. Ancak Özel Yetkili Mahkeme kendilerinde böyle bir açılmış dosya bulunmadığı gerekçesiyle görevsizlik kararı vererek konuyu, olayın geçtiği iddia edilen İkitelli’nin bağlı olduğu Küçükçekmece Cumhuriyet Savcılığına intikal ettirdi. İtirafçı, 7 Mayıs 2012 tarihinde Küçükçekmece’de verdiği ifadede aynı beyanı tekrarladı. Bu arada, 2011’de Baransu’ya gelen mektuptan ancak üç ay sonra, Kasım 2011’de Ahmet Altan tarafından haberdar edilen anne Baykal söz konusu mektubu Demirköy Savcılığına intikal ettirse de onlar da dosyayı birleştirerek Küçükçekmece Savcılığına gönderdi.

İtirafçının, Tolga Baykal’ın İğneada’ya gittiği 7 Ağustos tarihinden dört gün önce, 3 Ağustos 2004 tarihinde tutuklandığına ve 12 Nisan 2006’da tahliye olduğuna dair Adalet Bakanlığından gelen yazı üzerine Küçükçekmece Savcılığı takipsizlik kararı verdi. Karara Baykal ailesinin avukatı yeterince araştırma yapılmadığını belirterek itiraz etti. İtiraz, İstanbul Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi ve Küçükçekmece Savcılığı soruşturmaya devam kararı aldı. Suç ihbarında bulunan itirafçının açıklamaları ile söz konusu kişinin cezaevinde bulunduğu tarih karşılaştırıldığında bir çelişki ortaya çıkmış olsa da 90'lar boyunca cezaevinde tutuklu/hükümlü bulunan itirafçıların çeşitli suçlar işlemek üzere cezaevinden çıkartılarak kullanıldıktan sonra kayda alınmayan bu işlemin ardından yeniden cezaevine konduğunun kamuoyu tarafından bilindiğini vurgulayan avukat, itirafçının iddialarıyla ortaya çıkan şüphelerin ortadan kaldırılması gerektiğini belirterek 15 Mayıs 2013 tarihinde itirafçının tekrar ifadesinin alınmasını talep etti.