Özgür Gündem gazetesi, Cumhuriyet gazetesi ve Bianet’te yayınlanan haberlere ve yakınlarının ifadelerine göre, 1992 Mayıs ayında yayına başlayan Özgür Gündem gazetesinin Urfa bürosunda 1992 yılı sonlarında büro elemanı olarak çalışmaya başlayan Nazım Babaoğlu, daha sonra muhabir oldu. 12 Mart 1994 tarihinde kaybolmadan birkaç gün önce, Siverek'teki korucularla ilgili Urfa bürosunun yaptığı haber, gazetede manşet olmuştu. “İşte Tecavüzcü Korucular” başlığıyla yayınlanan haberde, Urfalı bir aşirete bağlı korucuların bir kadın öğretmenin evini basarak hem öğretmene hem de evinde kalan kız kardeşine tecavüz ettikleri ve olayın ardından koruculardan bazılarının tutuklandığı anlatılıyordu. Haber Siverek'te bir devlet memuru ve Siverek Cezaevi müdürüne, sanki Urfa'dan savcılıktan arıyormuş gibi teyit ettirilerek yayınlandı. Haber sonrasında gazetenin Urfa bürosu etrafında şüpheli kişilerin dolaşmaya başlaması üzerine, gazete personeli yedinci kattaki büronun pencerelerine demir parmaklık taktırdı. Siverek’te gazetenin dağıtımını yapan M.Y. adlı kişi, 12 Mart sabahı Urfa büroyu "Burada çok önemli haber var, gelin," diye ısrarla aradı. Aldıkları tehditler ve Siverek’in durumu nedeniyle kimse gitmek istemese de Nazım Babaoğlu, o sırada gazetenin Urfa temsilcisi tarafından Siverek’e gönderildi. Tanıkların ifadesine göre Nazım Babaoğlu o gün en son yerel bir matbaa civarında görüldü.

Sonradan M.Y.’den öğrenilen bilgilere göre; korucular M.Y.’yi dağıtılacak gazetelerle yakalayıp, haberde bahsedilen aşiretin reisinin Siverek'in çıkışında bulunan çiftlik evinin altında gözaltına aldı. Halk arasında aşiret reisinin bilgisi dâhilinde korucuların bu evde gözaltına aldıkları insanlara işkence yapıp sorguladıktan sonra öldürdüğü ve Fırat Nehri’ne ya da kuyulara atarak kaybettikleri söylentileri yaygındı. Korucular, M.Y.’ye gazetenin abonelerini, Siverek'teki haber kaynaklarını ve ilişkilerini sordular; aşiret reisinin zorlaması ile onun yanından gazete bürosuna telefon ettirdiler. M.Y. daha sonra başka bir nedenle girdiği cezaevindeyken “Ben korkudan telefon ettim,” diyerek yaşadıklarını ve aşiret reisinin “Bakalım hangi delikanlı gelecek Özgür Gündem'den,” dediğini anlattı.

Aşiret reisinin evinin alt katındaki hücrelerde gözaltında olan başka kişiler Nazım Babaoğlu'nu görmüş, ona ne sorduklarını, ne yaptıklarını duymuşlardı. O günlerde Urfa'da Hüseyin Taşkaya ve iki kişi daha yine korucular tarafından kaçırılarak kaybedilmişti. Kayıp olan kardeşini ararken aşiret reisinin evinde Nazım Babaoğlu’nu gören ve günler sonra gazetedeki resminden tanıyan bir kişi, daha sonra kendisi aşiretin evindeyken getirilen Nazım Babaoğlu'nun kim olduğunu sorduğunda “Bu genç gazeteci,” cevabını aldığını ifade etti. Aynı yerde sorgulanıp bırakılan başkaları da gazeteye gelip bildiklerini anlattı.

M.Y. daha sonra anlattıkları ile bu bilgileri doğrulamış oldu. Nazım Babaoğlu’nun 20 gün kadar aşiret reisinin elinde sağ olarak kaldığını ve bir araçla Urfa’da gezdirilerek sorgulandığını görenler vardı. Nazım Babaoğlu’nun bu duyumlar üzerine davacı olan babası, polisler tarafından gözaltına alınıp tehdit edildi. O da diğer çocuklarını korumak amacıyla “Oğlumu kim kaçırdı ben bilmiyorum,” şeklinde bir ifade verdi. Böylelikle soruşturma kapatılmış oldu. Aynı zamanda, Nazım Babaoğlu’nun babası ve annesi de bizzat gidip aşiret reisi ile görüştü. Yaklaşık bir ay sonra Fırat Nehri'nin kenarında kimliksiz bir ceset bulundu. Nazım Babaoğlu olabilir şüphesiyle gidip araştırmak isteyen aileye izin vermeyen emniyet yetkilileri, bulunan bedeni kimlik tespiti yapmadan kimsesizler mezarlığına gömdü.

Aileye zaman zaman gayri resmi şekilde Nazım Babaoğlu ile ilgili tanıklıklar ulaşsa da bu tanıklıkları resmiyete dökmeye kimse yanaşmadı. Son olarak birkaç sene evvel Erzurum Cezaevi’nden A.S. adlı tutuklu, Urfa Barosuna mektup yazarak “Nazım'ın kaçırıldığı dönemde ben Siverek'teydim, o dönemde ben adli suçlardan dolayı aranıyordum. Dolayısıyla beni de kendi amaçları için kullandılar, Nazım'ı biz kaçırdık, falan yerde gömdük,” diyerek yer bilgisi verdi. Baro kanalıyla İnsan Hakları Derneği (İHD) Urfa Şubesi ve savcılık gösterilen yerde yapılan kazıya katıldı. Kazıdan ufak tefek hayvanlara ait kemiklerin dışında bir şey çıkmayınca İHD, Erzurum'a bir heyet göndererek A.S. ile görüşmek istedi. Erzurum’da görüştükleri savcı, İHD heyetine A.S'nin akli dengesinin yerinde olmadığını ve kendisinin Trabzon'a gönderildiğini söyledi. A.S. mektubunda baskı altında olduğunu, ölüm tehdidi aldığını, kendisine çabuk ulaşılmasını istediğini yazdığı halde heyet bu kişiyle görüştürülmedi.

M.Y., Nazım Babaoğlu’nun ailesinin isteği üzerine iki sene kadar önce Diyarbakır Savcılığına başvurdu. Diyarbakır Cumhuriyet Savcılığı henüz resmi olarak M.Y.’nin ifadesini almış değil, zira M.Y. ifadesini ancak can güvenliği sağlanırsa vereceğini söylüyor. Eğer savcılıktaki bu soruşturma da kapatırlarsa, Nazım Babaoğlu'nun dosyası zaman aşımından düşecek.