Mardin Cumhuriyet Savcılığının 16 Temmuz 2012 tarihli iddianamesinde yer alan bilgilere dayanarak; 1992-1994 yılları arasında Mardin/Derik’te yüzbaşı rütbesi ile İlçe Jandarma Komutanı olan ve 2013 yılı itibariyle Tuğgeneral rütbesi ile Ankara Jandarma Bölge Komutanlığı görevini sürdüren M.Ç. hakkında dava açıldı. İddianamede M.Ç.’ye, (mülga) Türk Ceza Kanunu’nun 450/5 ve 5237 sayılı Türk Ceza Kanunu’nun 53. maddeleri uyarınca birden fazla kişiyi aynı sebeple öldürmek suçu isnat edildi ve 13 sivil şahsın yargısız infazla öldürmesinden veya kaybedilmesinden sorumlu tutuldu. Ayrıca iddianamede şüpheli hakkında, görev yaptığı dönemde “şüphe olsun olmasın sivil vatandaşları çeşitli şekillerde ve tamamen keyfi bir şekilde öldürdüğü anlaşılmıştır” ifadesi kullanıldı.

Şüpheli M.Ç.'nin talimat yoluyla alınan savunmasında, olayların 18-20 sene öncesine dayanması nedeniyle savunmasına gerekçe teşkil edebilecek tüm delilleri bulamadığını, savunmasının acilen alınması istendiğinden konuyu etraflıca araştıramadığını, bazı iddialara konu olayları hatırlayamadığını, ancak görevi süresince hiçbir şekilde yasa dışı bir iş yapmadığını, astlarına da yasa dışı bir talimat vermediğini, bölgede görev yaptığı süre zarfında idari ve adli amirlerinin talimatı dışında ve bilgisi haricinde herhangi bir uygulamaya da gitmediğini beyan etti.

M.Ç.’ye 6 ayrı olayda 13 sivili öldürmekle suçlandığı iddianamede, müşteki ve tanık beyanlarının birbirini doğruladığının; alınan ifadelerden müştekilerin pek çoğunun bizzat M.Ç.’nin emri altındaki birimlerce gözaltına alındıklarının, ortalama 10-25 gün arası gözaltında tutulduklarının ve gözaltında bulundukları süre zarfında gözleri bağlı olarak işkence ve kötü muameleye maruz kaldıklarının ve/veya şahit olduklarının anlaşıldığı ifade edildi.

16 Şubat 1993 tarihinde gerçekleşen ilk olayda M.Ç., 5’i aynı aileden, silahsız-görevli memura mukavemet etmeyen-PKK’ya yardım ettiklerine dair bir kanıt bulunmayan 6 sivil şahsın öldürülmesinden sorumlu tutulmaktadır. Derik İlçe Jandarma Komutanlığının Derik Cumhuriyet Savcılığına sunduğu M.Ç. imzalı 22 Şubat 1993 tarihli ve 24 Şubat 1993 tarihli yazılarda, sivil vatandaşların da olayda terörist sayılması suretiyle, toplamda 9 teröristin öldürüldüğü ileri sürülmektedir. Ancak Derik Cumhuriyet Savcılığının DGM Savcılığına gönderdiği görevsizlik kararında, maktuller “sivil vatandaşlar” olarak nitelendirilmektedir.

12 Haziran 1994 tarihinde gerçekleşen ikinci olayda Vejdin Avcıl terörist olduğu ileri sürülerek öldürülmüş ve yakınlarına haber verilmeksizin kimsesizler mezarlığına gömülmüştür. 4 Ocak 1994 tarihinde meydana gelen üçüncü olayda Mustafa Aydın önce M.Ç. tarafından tehdit edilmiş daha sonra uzun namlulu otomatik bir silahla öldürülmüş ve cesedi yol üzerinde bulunmuştur. Bu olaydan bir ay kadar sonra meydana gelen ve 06 Şubat 1994 tarihinde gerçekleşen dördüncü olayda Mehmet Erek, Ramazan Erek ve Ahmet Erek iki farklı uzun namlulu otomatik silahtan atılan kurşunlarla tıpkı Mustafa Aydın gibi yakın mesafe atışıyla öldürülmüştür. Bu olaya dair 16 Şubat 1994 günü düzenlenen jandarma fezlekesinde maktullerin PKK tarafından öldürüldüğü ve cesetlerin etrafında bulunan 6 kovanın ekspertiz için Mardin İl Jandarma Komutanlığına gönderildiği belirtilmektedir. Diyarbakır Bölge Kr. Pl. Laboratuarının 2 Mayıs 1994 tarihli ve 1994/924 sayılı ekspertiz raporunda bu olayda kullanılan bir silahtan çıkan üç kovanın Mustafa Aydın’ın öldürülmesi olayında kullanılan silahla aynı silaha ait olduğu belirtilmiştir. En son Jandarmanın gerçekleştirdiği yol kontrolünde görülen maktullerin, kontrolün yapıldığı yol üzerinde ölü olarak bulunmalarının Jandarma tarafından öldürüldükleri şüphesini arttırdığı iddianamede belirtilmektedir. Tanık ifadelerine göre bu maktullerin cesetleri kendilerinden sivil giyimli kişilerce alınmış ve mezarlığa girmeleri bir süre engellenerek bu kişilerce gömülmüştür.

1 Ekim 1994 tarihinde gerçekleşen beşinci olay otobüsle seyahat halindeyken Jandarma kontrolünde gözaltına alınan Mehmet Faysal Ötün’ün öldürülmesidir. 17 Mayıs 1994 tarihli altıncı olayda ise Piro Ay tanıkların gözü önünde, köylerine Land Rover marka zırhlı araçlarla gelen jandarma ve korucular tarafından götürülmüş ve bir daha kendisinden haber alınamamıştır. Arazide kan ve giysi parçalarına rastlanmış ve bir çoban tarafından Piro Ay’ın çığlıkları işitilmiş, ancak bugüne kadar maktulün cesedi bulunamamıştır. Bütün bu olaylarda görev alan jandarma birimlerinin başında sanık M.Ç. yer almaktadır ve bu birimlere komuta etmektedir.

Mardin Cumhuriyet Savcılığının hazırladığı iddianamenin kabulüyle Mardin 1. Ağır Ceza Mahkemesi’nde 2. Ağustos 2012 tarihinde açılan ve daha sonra Çorum Ağır Ceza Mahkemesi'ne nakledilen davada, sanık M.Ç.'nin 13 kez ağırlaştırılmış müebbet hapsi istendi ancak hızla görülen davanın 9. Duruşmasında, 21 Mayıs 2014’te atılı suçu islediğine dair soyut beyanlar dışında her türlü şüpheden uzak kesin ve inandırıcı delil elde edilemediği gerekçesiyle beraat kararı verildi.

Mahkemenin kararının ardından müşteki avukatları, dosyayı Yargıtay'a taşıdı. 26.12.2014 tarihinde Yargıtay 1. Dairesi'ne mütalaasını sunan Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı, yerel mahkemenin verdiği kararın yerinde olduğunu savunarak kararın onanması yönünde mütalaa verdi. Yargıtay 1. Ceza Dairesi’nin Ağustos 2015’te beraat kararını onamasının ardından Musa Çitil aynı gün Yüksek Askeri Şura (YAŞ) kararıyla rütbesi Tuğgenerallikten Tümgeneralliğe yükseltilerek Diyarbakır Jandarma Bölge Komutanı olarak atandı.