Batman Barosu arşivlerine göre, Anne Ağaya, Batman Cumhuriyet Başsavcılığına bir dilekçe ile başvurarak mahalleli kadınlarından duyduğu kadarıyla oğlunun silahlı üç kişi tarafından beyaz/gri Toros marka bir araba ile kaçırıldığını, o günden beri oğlundan bir haber alamadığını, bu hususta gerekli tatbikatın yapılmasını istediğini beyan etti. Bunun üzerine Batman Cumhuriyet Başsavcılığı, Batman Emniyet Müdürlüğünden İsmail Ağaya ile ilgili bilgi istedi. Ancak emniyet müdürlüğü 14 Temmuz 1994 tarihinde İsmail Ağaya’nın gözaltına alınmadığını ve kendisine ilişkin başkaca herhangi bir kayıt bulunmadığını belirtti.

7 Haziran 1994 tarihinde, Özgür Ülke gazetesi avukatları Batman Terörle Mücadele Müdürlüğüne (TEM) başvurarak İsmail Ağaya’nın gözaltına alınıp alınmadığı hususunda bilgi istedi. 10 Haziran 1994 tarihinde Özgür Ülke gazetesinde “Dağıtımcımız 11 gündür kayıp” başlığıyla çıkan haberde bir kişinin isminin geçmesi nedeniyle 7 Eylül 1994 tarihinde Batman Cumhuriyet Başsavcılığı, emniyet müdürlüğünden bu kişinin nüfus kaydının araştırılıp tespit edilmesini talep etti.

27 Nisan 1995 tarihinde Batman Cumhuriyet Başsavcılığı, Terörle Mücadele Şube Müdürlüğünden İsmail Ağaya ile ilgili üç ayda bir bilgi gönderilmesini talep etti. Ancak Terörle Mücadele Şube Müdürlüğü ve Batman Emniyet Müdürlüğü 4 Mayıs 1995 tarihinde İsmail Ağaya ile ilgili araştırmalara devam ettiklerini ve konu ile ilgili bir gelişme olması halinde Batman Cumhuriyet Başsavcılığına bilgi vereceğini belirtti. 11 Ocak 1996 tarihinde Batman’da Hizbullah örgütüne yönelik başlatılan operasyonlarda örgüt üyesi Ş.A. adlı şahıs yakalandı. Ş.A. verdiği ifadesinde, A.Ö.’nün Batman merkezinde kaçırılan kişilere ilişkin bilgi sahibi olabileceğini belirtti. Bunun üzerine Batman Emniyet Müdürlüğü 1 Şubat 1996 tarihinde A.Ö.’nün ifadesini aldı ancak o verdiği ifadede, köy korucusu olduğunu, Hizbullah örgütü ile hiçbir bağlantısı olmadığını, Ş.A. ile ahbaplığı olduğunu ancak onun Hizbullah örgüt üyesi olduğunu bilmediğini iddia etti. 1 Mayıs 1998 tarihinde düzenlenen Batman Jandarma Merkez Komutanlığı olay yeri tutanağına göre, A.T. isimli şahsın ihbarı üzerine, Batman’da faaliyet gösteren Hizbullah örgütüne yönelik yapılan operasyonlar neticesinde, Oymataş köyü Soğuksu mezrasında ikamet eden A.Ö.’nün evinin altında Hizbullah örgütüne ait örgüt adına kaçırılan kişilerin hapsedildiği bir sığınak olduğu tespit edildi.

17 Ocak 2000 tarihinde İstanbul ilinde Hizbullah terör örgütüne yönelik bir operasyon gerçekleştirildi. Bu operasyonda polisle silahlı çatışmaya giren Hizbullah örgüt mensubu H.V. ölü, E.G. sağ olarak ele geçirildi. Bu kişilerin bulunduğu evde yapılan aramalarda ve 27 Haziran 1999 tarihinde Hizbullah örgüt mensubu T.Ç.’nin (Kod adı Suat Hoca) ikametgahında yapılan aramalarda ele geçirilen bilgisayar disklerinde örgüte ait dokümanlara ulaşıldı. Bu dokümanlardan elde edilen bilgiler ışığında birçok kişi Hizbullah terör örgütü mensubu olmak, örgütsel amaçlı toplantılara katılarak ders vermek, örgütün üst düzey sorumlusu olmak, askeri kanat içerisinde yer almak ve eylem yapılması talimatı vermek, örgüt adına adam kaçırmak, örgüt mensupları ile görüşme yapmak, örgüt adına özgeçmiş raporu almak, örgüte istihbari bilgi toplamak, örgüt adına mahkemeler kurarak halk arasındaki anlaşmazlıkları çözmek suçları bağlamında ifade verdi. Bu kişilerin arasında evinin altında sığınak olduğu tespit edilen A.Ö., onunla aynı aileye mensup İ.Ö., E.Ö. ile birlikte F.R. ve E.G. de vardı.

5 Kasım 2000 tarihinde Hizbullah örgüt mensubu F.R., Batman TEM Şubesinde verdiği ifadede, Hizbullah örgüt mensubu olduğunu, Oymataş köyü Soğuksu mezrası Batman’da ikamet ettiğini, örgüte E.Ö.’nün tavsiyesiyle katıldığını, E.Ö. ve kardeşi İ.Ö. ile birlikte bazen camide bazen de kendi evlerinde örgütsel dersler verdiklerini, bu derslere aynı aileden A.Ö., E.Ö. (Kod adı Abuzer), İ.Ö., N.Ö. ve E.Ö.’nün de katıldığını, bu kişilerle örgütün askeri kanadında çalıştıklarını belirtti. Ayrıca 1990’lı yıllarda E.Ö. ve İ.Ö.’nün köye elleri ve gözleri bağlı kişiler getirmeye başladıklarını, bu kişilerin A.Ö.’nün evine götürüldüğünü, evin önünde A.Ö.’nün iki oğlunun nöbet tuttuğunu, bu kişilerin evde bizzat E.Ö. tarafından sorgulandığını İ.Ö.’nün kendisine söylediğini, bu süre içinde kendisinin de köyün girişinde nöbet tuttuğunu, tutsakların bir süre kaldıktan sonra tekrar köyden bilmediği bir yere götürüldüğünü söyledi.

26 Ekim 2001 tarihinde A.Ö. ile birlikte oğlu E.Ö’nün de ifadesi alındı. E.Ö. ifadesinde, 1991-1997 tarihleri arasında babasıyla Batman ili Oymataş köyü Soğuksu mezrasında ailecek ikamet ettiğini, babasının Hizbullah örgütü ile bağlantısını tam olarak bilmediğini ancak 1991 yılından itibaren amcası E.Ö. ve ismini bilmediği birkaç kişinin evlerine gelip toplantı yaptığını, bu toplantılar esnasında abisiyle sırasıyla evin dışında kalaşnikof silahla nöbet tuttuklarını belirtti. Ayrıca 1992 yılında iki kişinin elleri ve gözleri bağlı olarak babası, amcası ve ismini bilmediği diğer iki kişi tarafından eve getirildiğini ve tahmini 10 gün boyunca babası ve amcası tarafından sorgulandığını hatırladığını söyledi. Daha sonra bu kişilerin İskender Sevim ve Hüseyin Sevim olduğu ortaya çıkmış ve amcası onları evden götürdükten sonra bu kişilerden bir daha haber alınamamıştı.

26 Ekim 2001 tarihinde A.Ö., Bursa Merkez Jandarma Komutanlığında verdiği ifadesinde, daha önce 1 Şubat 1996 yılında Hizbullah üyesi olduğunu inkar ettiği ifadesini yalanlayarak “1990 yılında Hizbullah örgütüne üye oldum ve 1995 yılına kadar örgütün her türlü eylem ve faaliyetini destekledim ve Batman merkez Oyma Taş köyü Soğuksu mezrasında bulunan Zorova’daki evimi Hizbullah örgütünün sorgu evi olarak kullandırdım ve kullandım,” dedi.

3 Mart 2004 tarihinde anne M.A. Batman Terörle Mücadele Şube Müdürlüğünde ifade verdi ve oğlunun nasıl kaybolduğunu ve bu tarihe kadar hiçbir sonuç elde edilemediğini anlattı, etkili soruşturma yapılmasını talep etti.

17 Ocak 2006 tarihinde İsmail Ağaya’nın ailesi Batman 2. Asliye Hukuk Mahkemesi 2006/18 esas numarası ile gaiplik davası açtı. Batman 2. Asliye Hukuk Mahkemesi, 25 Nisan 2007 tarihinde İsmail Ağaya hakkında gaiplik kararı verdi.

Batman Cumhuriyet Başsavcılığı, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına 2003/4131 numaralı soruşturma ve 2011/169 karar numaralı fezleke gönderdi. Fezlekede belirtilen 180 kişilik faili meçhul cinayet listesinde İsmail Ağaya’nın da ismi yer almaktaydı.

2013 yılında F.T. adlı şahsın İsmail Ağaya’yı, Resul Saçan, Mahmut Demirer, Zeynep Kürsep ile birlikte A.Ö.’ye ait evin bodrumunda gördüğünü beyan ettiği bir dergi/gazete, anne M.A.’nın eline geçti. Bunun üzerine M.A. 23 Eylül 2013 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının 2011/1228 numaralı soruşturma dosyası kapsamında F.T., A.Ö., H.Ö. ve İ.Ö.’nün ifadelerinin alınmasını ve bu köyde gerçekleşen Hizbullah faaliyeti ile ilgili araştırma yapılmasını talep etti.

11 Ekim 2013 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (TMK 10. Maddesi ile Görevli), Batman Terörle Mücadele Şube Müdürlüğünden anne M.A.’nın açıklamaları doğrultusunda olayın gizli bir şekilde araştırılmasını ve F.T., A.Ö., H.Ö. ve İ.Ö.’nün ifadelerinin alınmasını talep etti.

24 Şubat 2014 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının talebi üzerine Batman Emniyet Müdürlüğü, iddialara ilişkin araştırma yapıldığını ve belirlenen şahısların ifadelerinin alındığını belirtti. Buna göre M.A., F.T., İ.Ö. ve A.Ö.’nün alınan ifadeleri Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildi. 29 Kasım 2013 tarihinde F.T. Terörle Mücadele Şube Müdürlüğünde verdiği ifadesinde 1993 yılında Batman’da Hizbullah örgütü tarafından kaçırıldığını ve bir yıl kadar kurtulamadığını, kaçırıldığı süre boyunca kaldığı sığınakta tutulan diğer kişilerin isimlerini bilmediğini; genellikle bu kişilerin gözlerinin kapalı olduğunu ama yüzlerini hatırladığını; İsmail Ağaya’nın fotoğrafı gösterilirse kendisini teşhis edebileceğini belirtti. Bunun üzerine aynı gün, F.T.’ye İsmail Ağaya’nın fotoğrafı gösterildi. F.T., kendisine fotoğrafı gösterilen şahsın, 1994 senesinde Hizbullah örgütünün sığınağında bulunduğunu, kendisine “Ali” diye hitap edildiğini, sığınakta F.T.’ye Gündem gazetesinde çalıştığını ve gazete satarken Hizbullahçı iki kişinin yanına gelip kendisine silah çekerek PKK mensubu olduğu iddiasıyla kaçırıldığını söylediğini, bir gün bu kişinin odadan ifadesi alınacağı gerekçesiyle götürdüğünü ve bir daha geri getirilmediğini ifade etti.

İ.Ö., 11 şubat 2014 tarihinde verdiği ifadesinde, A.Ö.’nün abisi, H.Ö.’nün ise babası olduğunu; H.Ö.’nün 1995 yılında vefat ettiğini; İsmail Ağaya, Zeynel Kürsep, Mahmut Demirel ve Resul Saçan’ı tanımadığını; polislerin A.Ö.’ye ait evin altında bir sığınak bulunduğu iddiası üzerine 1997-1998 yıllarında evde arama ve kazı çalışması yaptıklarını ancak daha sonrasında herhangi bir yasal işlem başlatılmadığını belirtti. A.Ö., 17 şubat 2014 tarihinde Bursa Terörle Mücadele Şube Müdürlüğünde verdiği ifadesinde olayın gerçekleştiği iddia edilen tarihlerde Soğuksu köyünde korucu olarak görev yaptığını; Özgür Ülke gazetesinin PKK propagandası yaptığını ancak Zeynel Kürsep, Mahmut Demirel ve Resul Saçan ve İsmail Ağaya’yı tanımadığını; kendisinin ve babasının evlerinde herhangi bir sığınak bulunmadığını belirtti. Kendisine 26 Ekim 2001 tarihinde Bursa Merkez Jandarma Komutanlığında verdiği ifadede “1990 yılında Hizbullah örgütüne üye oldum ve 1995 yılına kadar örgütün her türlü eylem ve faaliyetini destekledim ve Batman merkez Oymataş köyü Soğuksu mezrasında bulunan Zorova’daki evimi Hizbullah örgütünün sorgu evi olarak kullandırdım ve kullandım,” dediği hatırlatılınca, o ifadeyi baskı altında verdiğini belirtti. 11 Mart 2014 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (TMK 10. Maddesi ile Görevli), soruşturma devam ettiği sırada 6526 sayılı kanunun 19. maddesi ile TMK’nın 10. maddesi ile görevli özel yetkili cumhuriyet başsavcılıklarının görevlerine son verildiğinden yetkisizlik kararı verdi ve dosyayı Batman Cumhuriyet Başsavcılığına yolladı.

24 Mart 2014 tarihinde Batman Cumhuriyet Başsavcılığı, Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığından (TMK 10. Maddesi ile Görevli) 2011/1228 sayılı soruşturma dosyası kapsamında İsmail Ağaya ile birlikte kayıtlı 181 maktul ile ilgili evrakların kendisine gönderilmesini talep etti.

Haziran 2023 yılında İsmail Ağaya’nın kaybedilmesine ilişkin soruşturmaya dair Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı, Batman Cumhuriyet Başsavcılığı araştırmaları ve avukatlarla yapılan görüşmeler sonucunda dosyanın yetkisizlik kararı sonrası tekrardan Batman Cumhuriyet Başsavcılığına gönderildiği görüldü. Batman Cumhuriyet Başsavcılığında 2014/3871 esas numarası ile görülmeye devam edilen toplu dosyada daimi arama kararı verilmiştir. Bu haliyle dosya zamanaşımı bürosuna devredilmiştir. Batman Emniyet Müdürlüğü belirli periyotlarla daimi arama kararına istinaden araştırma tutanakları sunmaktadır. Bu tutanaklarda faillerin tespit edilemediği ve herhangi bir bulgu, iz ve emareye ulaşılamadığı belirtilmektedir. Dosyada bunun dışında son yıllarda yapılan bir soruşturma işlemi bulunmamaktadır.

Dosyanın zamanaşımı süresi savcılık tarafından sunulan belgelerde 31 Aralık 2023 olarak gösterilmiştir. Haziran 2023 itibariyle bilgiler günceldir.