28 Aralık 1994 tarihinde, İdil-Cizre Karayolu üzerinde köylülerce Hasan Esenboğa’nın cenazesinin bulunması üzerine İdil Cumhuriyet Başsavcılığı 1994/287 soruşturma numarası ile soruşturma başlattı. Savcılığın olay yerinde yaptığı tespitlerde, cesedin gözleri bağlı bir şekilde bir kayaya yaslanır vaziyette bırakıldığını, vücudunda darp izleri olduğunu ve bir ip veya telle boğularak öldürüldüğünü dış muayene ile tespit eden savcılık, maktule klasik otopsi yaptırmadı. Olay yeri tespit tutanağında cesedin yanında boş bir kovan olduğu da belirtildi.

Savcılığın talebi ile Hasan Esenboğa'nın eşi ve kayınvalidesi 24 Ocak 1995 tarihinde ifade verdi. Savcılık maktulün iş ilişkisinde bulunduğu kişilerin ifadesini aldı, maktulü son gören kişilerin bulunması için polisten araştırma talep etti. Bu araştırmalardan bir sonuç elde edilemeyerek dosyada 19 Nisan 1996 tarafından daimi arama kararı alındı. 1 Ocak 2010 tarihine kadar İdil İlçe Jandarma Komutanlığı ile yasa gereği zorunlu rutin yazışmalar yapıldı ancak faillere dair hiçbir bilgiye ulaşılmadı.

Sürüncemede kalan soruşturmanın ardında, 2010 yılında Esenboğa’nın eşi, Cizre Cumhuriyet Savcılığına yeniden suç duyurusunda bulundu ve Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 2010/1267 soruşturma numarası ile soruşturma başlattı. Şikâyetçi 1994 yılında belirt(e)mediği ayrıntıları bu başvuruda dile getirdi. Bunlardan ilki, eşinin bedenini gördüğünde başında iki kurşun izi olduğuydu. Savcılığın olay yerinde yaptığı ölü muayenesinde ise beden yanında kovan bulunduğu belirtildiği halde böyle bir bilgi bulunmuyordu. Diğer önemli bir husus ise şikâyetçinin kocasının beyaz Toros araç ile alındığını görenler olduğunu ve maktulü araca bindirenlerin Y., R.H., B. ve S. kod adlı şahıslar olduğunu belirtmesiydi. Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı 14 Nisan 2010 tarihinde yetkisizlik kararı vererek şüphelilerin isimleri ile birlikte dosyayı İdil Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. Soruşturma, İdil Cumhuriyet Başsavcılığında 1994/287 soruşturma numarası üzerinden devam etti.

Savcılık, şikâyetçinin bildirdiği görgü tanığını dinledi. Tanık, Hasan Esenboğa'nın kaybolduğu tarihte başvurmaya gittikleri savcılıkta şüphelileri gördüğü halde korktuğu için bu şahısları tanımadığını söylediğini belirtti. Şikayetçilerin vekilleri B. kod adlı kişinin A.Y., Y. Kod adlı kişinin ise B.K. olduğunu ve bu şahısların 20 kişinin kaybedilmesi ve öldürülmesi suçlamasıyla yargılandıklarını ve tutuklu olduklarını savcılığa bildirdi.

Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının yetkisizlik kararında şüpheli olarak geçen A.Y.'nin ifadesi, İdil Cumhuriyet Savcılığınca “Tanık” olarak alındı. B.K.'nın ise 16 Ekim 2012 tarihinde henüz ifadesi alınmamıştı. Şikâyetçi vekili 16 Ekim 2012 tarihinde İdil Cumhuriyet Savcılığının görevsizlik kararı vermesini ve dosyayı Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (TMK 10. Maddesi ile Görevli) göndermesini talep etti.

Öte yandan aynı dönemde, Hasan Esenboğa olayında adı geçen şüpheliler bir başka hukuki süreçte daha sanık olarak yargılandılar. 2009 yılında cezaevinde tutuklu bulunan iki gizli tanığın, Şırnak ili Cizre ilçesinde 1993 -1995 yılları arasında terörle mücadele adı altında faaliyet yürüten bir suç örgütünün varlığından bahsedip işlenen suçlar hakkında ayrıntılı bilgiler vermeleri üzerine Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) 2009/906 hazırlık numaralı bir soruşturma başlattı. Savcılığın, Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı (soruşturma no 2009/430) ile birlikte yürüttüğü bu soruşturmanın ciddiyetle üzerine düşülmesi sonucu, tanık anlatımlarının birçok eski dosya bilgileri ile örtüştüğü görülerek, önemli kanıtlara ulaşıldı ve şüphelilerin bir kısmı tutuklandı. Yaşanan gelişmelerin duyulmasıyla bölge kamuoyunda sorumluların tespit edilip yargılanabileceği ve adaletin sağlanabileceği umudu doğdu. Bu nedenle 2009 yılında Cizre, Silopi ve İdil ilçelerinde yüzlerce aile Şırnak Barosu aracılığıyla ve gönüllü avukatların destekleriyle kendi kayıplarının da akıbetlerini öğrenebilmek ve adalete ulaşabilmek amacıyla yıllardır hiçbir ilerleme olmamış kayıp dosyaları ile ilgili olarak savcılıklara yeniden başvuru yaptı. Bu başvurular sonucunda savcılık yüzlerce dosya arasından zorla kaybedilmesinin ardından bedeni bulunmuş ya da yasadışı ve keyfi olarak infaz edilmiş 20 maktul açısından ulaştığı delillerle, faillerde birlik olduğunu tespit edip dava açtı. Dönemin ilçe jandarma komutanının baş sanık olarak yargılandığı dava, Kasım 2015'te tüm sanıkların delil yetersizliğinden beraatiyle sonuçlandı.

Haziran 2023 yılında diğer soruşturmalara ilişkin İdil Cumhuriyet Başsavcılığındaki dosya incelendiğinde Hasan Esenboğa’nın dosyada kayıtlı olduğu görüldü. Hasan Esenboğa’nın zorla kaybedilmesine ilişkin İdil Cumhuriyet Başsavcılığındaki 1994/287 numaralı dosya Diyarbakır’a görevsizlikle gitmiş, sonrasında geri gelmiş ve 2013/41 esası ile “28 Aralık 2014 tarihinde zamanaşımı süresi dolduğu” gerekçesiyle kovuşturmaya yer olmadığına dair karar verilmiştir. (Karar Numarası: 2015/325, Karar Tarihi: 20.03.2015) Son durumda kovuşturmaya yer olmadığına dair karara Av. Veysel Vesek tarafından Midyat Sulh Ceza Hakimliğinde itiraz edildi ve itiraz hakimlikçe reddedildi. (Karar Tarihi: 12.05.2015) Haziran 2023 itibariyle bilgiler günceldir.