7 Temmuz 1991 tarihinde, Elazığ’a bağlı Maden ilçesinde cansız bir beden bulundu. Maden Cumhuriyet Savcısı ve bir doktor tarafından olay yerinde yapılan incelemede bedende işkence izlerine rastlandı. Hazırlanan raporda, vücudun arkasında birkaç mermi girişi ve önünde çıkış noktalarına işaret edildi. Bedenin kimliğinin belirlenemediği ileri sürülerek Maden Mezarlığı’na defnedildi. Vedat Aydın’ın kardeşi 8 Temmuz 1991 tarihinde olaydan haberdar olarak Maden’e gitti. Jandarmanın gösterdiği kıyafetlerin Vedat Aydın’a ait olduğunu tespit etti ve bedeni 10 Temmuz 1991 tarihinde teslim aldı.

Aynı süreçte İçişleri Bakanlığı, Vedat Aydın’ı kaçıran kişilerin güvenlik görevlisi olmadığına dair yazılı bir açıklama yaptı. Vedat Aydın’nın eşi 20 ve 28 Temmuz 1991 tarihlerinde ifade vermesi için karakola çağrıldı. 28 Temmuz 1991 tarihinde, Vedat Aydın’ı kaçıran kişilerin eşgalini tarif etti ve buna göre kaçıranların robot resimlerini çizdirdi. Ancak sorumlularla ilgili herhangi bir gelişme yaşanmadı. 23 Şubat 1998 tarihinde aile Elazığ Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Savcısına iletilmek üzere Ankara Cumhuriyet Başsavcısına bir yazı yazdı. Bu yazıda başvuranlar, Vedat Aydın’ın devlet görevlileri tarafından öldürüldüğüne işaret eden Susurluk Raporu’na atıfta bulundu. Cumhuriyet savcısından bu iddiaların incelemesini ve soruşturmanın sonucunun kendilerine bildirilmesini talep ettiler ancak yine herhangi bir yanıt alamadılar.

11 Ekim 1998 tarihinde aile, görüşlerini Ankara Cumhuriyet Başsavcısına gönderdikleri bir yazı ile yineledi. Malatya Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Savcısı, 17 Kasım 1998’de başvuranlara Vedat Aydın’ın öldürülmesine ilişkin soruşturmanın halen beklemekte olduğunu bildirdi. Vedat Aydın’ın ailesi 3 Kasım 1998’te “Türk hukuk sisteminde etkin iç hukuk yolları bulunmamasından dolayı iç hukuk yollarını tüketme gereği duymamış olduklarını,” belirterek AİHM’e başvurdu. Aile, Vedat Aydın’ın gizli devlet ajanları tarafından kaçırıldıktan sonra kötü muameleye maruz kalarak öldürüldüğünü ve yetkili makamların Aydın’ın ölümüne ilişkin etkili ve yeterli bir soruşturma yürütmediğini, Aydın’ın Kürt kökenli olması ve siyasi inançları nedeniyle öldürüldüğünü belirterek şikayetçi oldu.

AİHM söz konusu davada, hiç etkin hukuk yolu bulunmadığı farz edilse bile, başvuranların 23 Şubat 1998 tarihinde cumhuriyet savcısına başvurmadan çok daha önce etkin bir cezai soruşturmanın eksikliğinin farkına varmış olduklarının düşünülmesi gerektiği sonucuna vardı. AİHM, sonuç olarak, başvurunun geçerli zaman içinde yapılmadığını belirterek 26 Mayıs 2005 tarihinde başvurunun kabul edilemez olduğu yönünde karar verdi.

Diyarbakır Özel Yetkili Cumhuriyet Başsavcılığı, 2009 yılında dosyanın iki yıl sonra zaman aşımına uğrayacağını göz önünde bulundurarak aralarında Diyarbakır JİTEM eski Grup Komutanı Binbaşı A.Ö.’nün de bulunduğu altısı itirafçı dokuz JİTEM elemanı hakkında yakalama emri çıkardı. Adı geçenlerin kendi kimlikleriyle yurtdışına giriş-çıkış yapıp yapmadıklarına dair Emniyet Genel Müdürlüğü Pasaport Daire Başkanlığı’na yazı gönderildi. Başsavcılık bu kişilerin Tanık Koruma Kanunu’ndan faydalanıp yeni kimlik alıp almadıkları, eğer almışlarsa yeni kimlik bilgilerinin soruşturma dosyasına gönderilmesi için İçişleri Bakanlığına da yazı gönderdi ve bilgi istedi.

Basına yansıyan haberlere göre soruşturma dosyasına ayrıca PKK itirafçısı JİTEM elemanı M.D.’nin ifadeleri de alındı. İtirafçı M.D., Vedat Aydın'ın kaçırılmasıyla ilgili şunları söyledi: “Cinayetin işlendiği tarihte Silvan 10. Jandarma Er Eğitim Alayı, 2. Tabur 8. Bölükte askerlik yapıyordum. 1 veya 2 Temmuz’du. Cem Ersever geldi ‘Operasyon var,’ diyerek beni, H.Ç. ve İ.Ç.’yi aldı. Ben de kırsala operasyon yapacağız sandım. Alay Komutanı İ.Y., C.E. ile birlikte bize ‘Vedat Aydın’ı alıp sorgulayacağız’ dediklerinde öldürüleceğini anladım. Birkaç itirafçı ile ‘B.', ‘M.' ve kod ismi ‘İ.’ olan özel harekatçılarla Vedat Aydın'ın evine üç arabayla gittik. Vedat Aydın'ın evine itirafçı H.A., İ. ve B. ellerinde telsizle gittiler. Aldıktan sonra Elazığ'a doğru yola çıktık. Cem Ersever kullandığı otomobil ile önümüze geçti. Biz de onu takip ettik. Maden ilçesine 10 kilometre kala araçtan inip kırsala doğru yürüdük. Ersever bize gösterdiği noktada, ‘Sorgulayın sabaha doğru gelirim,’ dedi. Sorguda, Vedat Aydın’ın gençleri dağa gönderdiğini itiraf etmesini istiyorduk. O da öldürüleceğini anladığı için ‘Benden bir şey alamayacaksınız,’ diyordu. Fiziki işkence sabaha kadar devam etti. Gün boyu konuşmamakta ısrar edince geceyarısı Vedat Aydın'ı Maden ilçesi tarafına götürdük. Issız yerde durduk. Vedat Aydın'ı alıp köprünün altında infaz ettiler. Tetiği itirafçı H.A. çekti.”

Diyarbakır Başsavcılığı, JİTEM itirafçısı Abdülkadir Aygan'ın itirafları sonrası açtığı soruşturmada aralarında Vedat Aydın, Mehmet Salih Dönen, Zahid Turan, Talat Akyıldız, Harbi Arman, Musa Anter, Hasan Kaya, Metin Can, Mehmet Şen, Necati Aydın, Ramazan Keskin, Mehmet Aydın, Murat Aslan, İdris Yıldırım, Servet Aslan, Edip Aksoy, Mehmet Sıddık Etyemez, Ahmet Ceylan, Şahabettin Latifeci, Abdulkadir Çelikbilek, İhsan Baran, Fehti Yıldırım, Abdulkerim Zuğurli, Zana Zuğurli, İzzettin Acet, Mehmet Emin Kaynar’ın da olduğu bir çok kişinin infazlarını incelemeye aldı. Savcılık, Aygan'ın itirafları doğrultusunda asker, sivil memur, korucu ve itirafçılardan oluşan 16 şüpheli isim belirledi.

Ancak, bu isimlerle ilgili harekete geçileceği aşamada Diyarbakır Savcılığı, dosyayla ilgili görevsizlik kararı verdi. Kararda, askeri yapılanma içinde bulunan JİTEM ve asker şüphelilerle ilgili soruşturma yapma yetkisinin Diyarbakır 7. Kolordu Komutanlığı Askeri Savcılığında olduğu belirtildi. 2006'da yaşanan bu gelişmelerden ancak yedi yıl sonra askeri savcılıktan görevsizlik kararı geldi ve dosya bu kez Terörle Mücadele Kanunu ile (TMK) sorumlu sivil savcılığa gönderildi.

Kararda, suç örgütünün eylemleri, "Suç işlemek amacıyla örgüt kurmak, kurulan örgüte üye olup adam kaçırmak, öldürmek, ülke birliğini ve bütünlüğünü bozmak" şeklinde sıralandı. Kararda, sanıkların işledikleri suçun askeri suç kapsamında olmadığı belirtilerek, her ne kadar 353 sayılı Askeri Mahkemeler Kuruluşu ve Yargılama Usulü Kanunu'nun 10. Maddesi gereğince şüpheliler içinde asker kişiler olsa dahi, işledikleri suçların askeri suçlar kapsamında olmadığı vurgulandı. 353 sayılı Kanun'un 9. Maddesine göre askeri mahkemelerin, asker kişilerin ancak askerlik hizmet ve görevleri ile ilgili işledikleri suçlara bakmakla yükümlü oldukları, ancak dosyada yazılı suçların çete, adam öldürme ve suç örgütü oluşturmak olduğu, bununla ilgili soruşturma yapma yetkisinin ise adli makamlara ait olduğu ifade edildi. Yeniden gönderilen dosyada, 2006'dan bu yana herhangi bir işlem yapılmadığı görüldü.

Sonuç olarak, soruşturmanın hangi savcılık tarafından yürütüleceğine ilişkin yetki ve görev uyuşmazlığı tartışmaları devam etti. İsimleri tespit edilen şüpheliler yakalanmadı. Şüphelilere ulaşmayı sağlayabilecek resmî veya özel kayıtların araştırılması da yapılmadı, başka dosyalarda JİTEM çalışanlarının tanık koruma kapsamında veya başka yollarla kimliklerinin değiştirildiği gerçeği gözardı edilerek kimliklerinin değiştirilmiş olabileceği ihtimali değerlendirilmedi. Dinlenen tanık ve sanık beyanlarında adı geçen ve bilgi sahibi olabilecek kişilere ulaşma yönünde bir girişim yapılmadı.