Mardin Cumhuriyet Başsavcılığının hazırladığı 2012/201 numaralı iddianamede yer alan bilgilere göre; Piro Ay’ın babası, Üçyol Karakoluna, Derik İlçe Jandarma Komutanlığına, Derik Cumhuriyet Savcılığına, Mardin İl Jandarma Komutanlığına ve Mardin İl Emniyet Müdürlüğüne Piro Ay’ın akıbetini öğrenmek üzere başvurdu. Ancak Piro Ay’ın gözaltına alınmadığı yanıtıyla karşılaştı ve başvuruların akıbeti yıllarca öğrenilemedi. Piro Ay’ın babasının mahkemede verdiği ifadeye göre, olaydan sonra Bozok köyü jandarma komutanı kendilerine zorla şikayetten vazgeçtiklerine ilişkin dilekçe imzalattı ve bunu Komutan Musa Çitil’in emrettiğini söyledi.

Mardin Cumhuriyet Başsavcılığı 2012/3527 numaralı soruşturma kapsamında 17 Mayıs 2012 tarihinde Piro Ay’ın oğlunun ve babasının ifadesine başvurdu. 16 Temmuz 2012 tarihinde Mardin Cumhuriyet Başsavcılığı, komutanın 1992-1994 yılları arasında Mardin Derik Jandarma Komutanı olarak Piro Ay ve Seydoş Çeviren, Yusuf Çeviren, Abide Çeviren, Ahmet Çeviren, Ramazan Çeviren, Mehmet Nejat Arıs, Vejdin Avcıl, Mehmet Erek, Ramazan Erek, Ahmet Erek, Mustafa Aydın ve Mehmet Faysal Ötün’ü “Aynı sebeple öldürdüğü” iddiasıyla 2012/1150 esas numaralı iddianameyi düzenledi.

İddianamede “Birden fazla kişiyi aynı sebeple öldürmek” suçlamasıyla mülga TCK’nın 450/5 ve 5237 sayılı TCK’nın 53. Maddeleri uyarınca 13 kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası istendi. Şüphelinin “Gerek bizzat, gerek verdiği talimatlarla maktullerin ölümüne sebep olduğu, bu şekilde çok sayıda ölen şahıs olduğunun tespit edildiği, birçok insanın da haksız yere gözaltına alınarak işkencelere maruz bırakıldığı, bu yönde sistemli ve düzenli bir hareket tarzının olduğu” belirtildi. İddianamede “Görev yaptığı dönemde şüphe olsun olmasın sivil vatandaşları çeşitli yöntemlerle tamamen keyfi şekilde öldürdüğü anlaşılmıştır,” ifadesi kullanıldı. İddianamede ayrıca, öldürülen köylüler ile ilgili "Terörist" diye tutanak tutulduğu belirtildi.

Mardin Ağır Ceza Mahkemesinde açılan dava, Adalet Bakanlığının talebi ve Yargıtay 5. Ceza Dairesi'nin onayı ile "Güvenlik gerekçesiyle" Çorum'a nakledildi. Musa Çitil ilk üç duruşmaya sağlık sorunlarını gerekçe göstererek katılmadı. Dava boyunca tutuksuz yargılanan sanık kendisini amirlerinin emirlerine uyduğunu, hukuk dışı hiçbir eylem gerçekleştirmediğini, insan haklarına saygı duyduğunu söyleyerek savundu. Mardin Derik’te görev yaptığı sürece “Teröristlerle” başarılı bir şekilde mücadele ettiğini beyan etti. Görev süresi boyunca başarılı olduğundan dolayı hedef haline getirildiğini, tanık ve müşteki beyanlarının hiçbirinin belgeye dayanmadığını söyleyerek savunma yaptı. Davanın şahsını ve şahsı üzerinden içerisinde yer aldığı kurumu itibarsızlaştırmak için “Terör örgütüne” yakınlığı ile bilinen tanık ve müştekiler tarafından kurgulandığını iddia etti.

Çorum 2. Ağır Ceza Mahkemesi heyeti Piro Ay’ın oğlunu ve babasını müşteki sıfatıyla dinledi. Tanık sıfatıyla ise Piro Ay ile birlikte askeri araca bindirilen A.D., götürüldükleri yere yakın bir konumda koyunlarını otlatan çobanlar ve Piro Ay’ın kardeşi mahkeme heyeti tarafından dinlendi. İddianamede baskın düzenleyen askerlere eşlik ettiği belirtilen koruculardan ve esasında şüpheli sıfatı taşıması gereken H.P.’nin de mahkeme heyeti tarafından tanık sıfatıyla ifadelerine başvuruldu. Yargılama Piro Ay’ın akıbetini ortaya çıkartacak bir şekilde yürütülmedi. Müşteki avukatlarının olay yerinde keşif yapılması talebi reddedildi ve olay yerinde keşif yapılmadı. Mahkeme, Mardin İl Jandarma Komutanlığından Kelektepe mezrasında herhangi bir birliğin görevlendirilip görevlendirilmediği, görevlendirilmiş ise buna ilişkin tutanak ve belgelerin gönderilmesini talep etti. Cevaben yönerge esaslarına göre beş yıllık bir takvim yılının sonunda arşive kaldırılan belgelerin imha edildiği bildirildi.

Çorum 2. Ağır Ceza Mahkemesi, 21 Mayıs 2014 tarihli karar duruşmasında savcı mütalaasına paralel olarak, Musa Çitil’in “Üzerine atılı suçu işlediğine dair soyut beyanlar dışında her türlü şüpheden uzak kesin ve inandırıcı delil elde edilemediğinden,” beraatine karar verdi. (Esas No: 2013/50, Karar Tarihi: 2014/118) Müşteki avukatları, dosyayı Yargıtay'a taşıdı. 26 Aralık 2014 tarihinde Yargıtay 1. Ceza Dairesi'ne mütalaasını sunan Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı, yerel mahkemenin verdiği kararın yerinde olduğunu savunarak, kararın onanması yönünde mütalaa verdi. Yargıtay 1. Ceza Dairesi Ağustos 2015’te beraat kararını onadı.

Onama kararının ardından Musa Çitil aynı gün Yüksek Askeri Şura (YAŞ) kararıyla rütbesi Tuğgenerallikten Tümgeneralliğe yükseltilerek Diyarbakır Jandarma Bölge Komutanı olarak atandı. Çitil, 2017 yılında Jandarma Genel Komutan Yardımcısı görevine atandı, 30 Ağustos 2018’de ise Korgeneralliğe terfi edildi.