Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından hazırlanan iddianamede yer alan bilgilere göre, Cizre-Silopi karayolu üzerinde Şahin Dinlenme Tesisleri olarak bilinen terk edilmiş benzinlik içerisinde 14 Şubat 1994 tarihinde gözleri bağlanmış bir şahsın ateşli silahla öldürüldüğü belirlendi. Cizre Cumhuriyet Başsavcılığınca üzerinden kimlik çıkmayan şahsın ölü muayene tutanağı hazırlandı ve belediye tarafından kimsesizler mezarlığına defnedildi. Savcılık, dosya kapsamında herhangi bir soruşturma yürütmeden ve bu yönde herhangi bir delil bulunmadığı halde, söz konusu eylemin “PKK örgütü mensuplarınca iç hesaplaşma neticesi meydana geldiğini” iddia eden Cizre İlçe Jandarma Komutanı imzalı yazıya istinaden 7 Nisan 1994 tarihinde 1994/178 numaralı görevsizlik kararı verdi ve dosyayı Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi.

Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi 18 Temmuz 1994 tarihinde olay faillerinin yakalanması amacıyla failler hakkında devamlı arama kararı verdi. Arama ve neticelerinden her üç ayda bir düzenli olarak bilgi verilmesini istedi.

26 Ocak 2004 tarihinde Diyarbakır Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı 1994/4403 hazırlık numarası ile Ramazan Elçi hakkında yeniden daimi arama kararı verdi.

Olaydan 11 yıl sonra, 8 Haziran 2005 tarihinde Ramazan Elçi’nin eşi Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına bir dilekçe vererek öldürülen şahsın eşi Ramazan Elçi olduğunu belirterek belediye tarafından yapılan defin işlemi sırasında kardeşi Nurettin Elçi’nin kimlik tespiti yaptığını iddia etti ve eşinin eşkâli ile üzerindeki kıyafetlere ilişkin bilgi verdi. Müştekinin bu iddiaları üzerine Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) yaptığı tahkikatta, şikayete konu Ramazan Elçi'nin, nüfus müdürlüğüne, kalp rahatsızlığı sonucu öldüğünün bildirildiğini tespit etti ve müracaatçılar hakkında suç uydurma suçundan suç duyurusunda bulundu. Ancak savcılık müştekilerin iddialarını da araştırmaya aldı ve aynı tarihte Ramazan Elçi’nin kardeşinin de ifadesini aldı. Elçi ifadesinde, 1994 yılında, abisi olan Ramazan Elçi ile birlikte Cizre’de bakkal dükkanı işlettiğini; Şubat ayı başlarında 21 (Diyarbakır) plakalı beyaz Renault marka bir araçla dükkanlarına gelen silahlı iki sivil kişinin abisini “Bizimle geleceksin,” diyerek araca bindirerek götürdüklerini; dört-beş gün sonra abisinin adliyeden serbest bırakılacağını düşündüğü için adliye önünde beklediğini; civardaki konuşmalardan bir kişinin ölü olarak Cizre Devlet Hastanesine getirildiğini duyduğunu; bunun üzerine önce hastaneye ardından da mezarlığa gittiğini ve defin sırasında cenazenin baş kısmına bakarak abisini teşhis ettiğini belirtti. Elçi ayrıca defin işlemini gerçekleştiren belediye görevlileri arasında bulunan kişilerden birinin ad ve soyadını verdi.

Savcılık dosya kapsamında üç kişinin daha tanık olarak beyanlarına başvurdu. Her üç tanık da 5 Ağustos 2005 tarihli benzer beyanlarında Cizre’nin Yafez Caddesi’nde bakkal dükkanı işleten Elçi kardeşlerden Ramazan’ın, 1994 yılının ikinci ayında dükkanda bulunduğu bir sırada beyaz renkli 21 plakalı bir araçtan gelen iki kişi tarafından götürüldüğünü gördüklerini belirtti. 10 Ağustos 2005 tarihinde ifadesi alınan bir başka tanık ise 1994 yılında Cizre Belediyesinde zabıta olarak görev yaparken üç-dört görevlinin mezarlıkta bir cenazeyi gömdükleri sırada bir kişinin gelerek gömülen kişinin yüz kısmına baktığına ve “Oy kardeşim,” diye bağırdığına şahit olduğunu belirtti. Olay üzerine kendisinin de gömülen şahsa bakarak şahsın bakkallık yapan Ramazan Elçi olduğunu tespit ettiğini ekledi. Defin işleminde bulunan görevlilerden biri de savcılıktaki beyanında köylüsü olduğu için defin işlemi sırasında Ramazan Elçi’yi tanıdığını ifade etti.

Alınan ifadeler sonrasında Devlet Güvenlik Mahkemesi Cumhuriyet Başsavcılığı, 27 Eylül 2005 tarihinde dosyayı, atılı suçun yasadışı PKK terör örgütü üyelerince gerçekleştirildiğine dair delil olmadığı gerekçesiyle görevsizlik kararı vererek Cizre Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. Cizre Cumhuriyet Başsavcılığının 2005/975 numaralı dosyası üzerinden devam eden soruşturma, (Aynı zamanda korucubaşı da olan Cizre Belediye Başkanının kardeşi) Mehmet Nuri Binzet’in 2009 yılındaki itirafları sonrasında Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından 2009/906 soruşturma numarası ile hazırlanan 2009/972 numaralı iddianame kapsamına alındı. Müşteki ve tanık anlatımlarının, Mehmet Nuri Binzet ile dosya gizli tanıkları Tükenmez Kalem ile Sokak Lambası'nın (Hıdır Altuğ ve Abdülhakim Güven) itirafları ile uyduğu gerekçesiyle maktul Ramazan Elçi’nin şüpheli Cizre İlçe Jandarma Komutanının talimatı ile Tuna kod adlı şahıs tarafından ateşli silahla vurulmak suretiyle öldürüldüğü kanaati belirtildi.

18 Haziran 2009 tarihinde Cizre Cumhuriyet Başsavcılığı, 2005/975 soruşturma numaralı dosya ile Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığının (CMK 250. Maddesinde Belirtilen Suçlara Bakmakla Yetkili) 2009/906 numaralı soruşturma evrakının irtibatlı olduğu gerekçesiyle 2009/25 numarası ile birleştirilmesine ve dosyanın 1994/116 soruşturma numaralı evrak üzerinden devam edilmesine karar verdi.

Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından hazırlanan iddianamede, dönemin Cizre İlçe Jandarma Bölük Komutanı Cemal Temizöz, Bedran kod adlı Adem Yakin, F. kod adlı F.A. ve Tayfun kod adlı Hıdır Altuğ ile kod adları bilinen ama gerçek isimleri tespit edilemeyen dört uzman çavuştan oluşan sivil bir sorgu/infaz timi kurduğu, bu grupla, 21 kişiyi terörle mücadele adı altında işkenceyle sorguladığı, zorla kaybettiği ya da öldürdüğü iddia edildi. Tuna kod isimli şahsın bir trafik kazasında öldüğü ancak diğerlerinin gerçek isimleri belirlenemediği için haklarında kamu davası açılamadığı belirtildi. Sanıklar hakkında “Cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak, örgüt üyesi olmak, cinayete azmettirmek ve cinayet”ten Cemal Temizöz için dokuz, Kamil Atağ ve Adem Yakin için yedi, Fırat Altın (Abdülhakim Güven) için altı, Hıdır Altuğ için üç, Temer Atağ için iki ve Kukel Atağ için bir kez ağırlaştırılmış müebbet istendi. 2009 yılında sanıklardan Kamil Atağ, Cemal Temizöz, Temer Atağ, Adem Yakin ve Fırat Altın (Abdülhakim Güven) tutuklanarak yargılanmaya başlandı. Mart 2009’dan beri firari olarak aranan Kukel Atağ ise 8 Ocak 2010’da yakalanarak tutuklandı. Dava başladıktan yaklaşık üç yıl sonra, müdahil avukatlarından Tahir Elçi’nin çabalarıyla dönemin belgelerindeki imzalardan çapraz karşılaştırma yapılarak kimliği tespit edilen “Yavuz Hoca” ya da “Yavuz Güneş” kod adıyla bilinen Uzman Çavuş Burhanettin Kıyak da 27 Temmuz 2012’de Ankara’da tutuklandı.

Bir yılı aşkın bir süre ağırlaştırılmış müebbet hapis istemiyle tutuklu yargılanan Kukel Atağ, 18 Mart 2011’de sağlık sorunları nedeniyle tahliye edildi. 1994 yılında Cizre'de Cemal Temizöz'ün kurduğu ekipte görev aldığı ve Ramazan Uykur'u öldürdüğü iddiasıyla yargılanan Temer Atağ ise suç tarihinde askerde olduğu iddiasıyla 22 Haziran 2012’de tahliye edildi. Kamil Atağ suç vasfı ve delil durumunun değerlendirilmesi sonucu 21 Aralık 2012’de; Hıdır Altuğ ve Abdülhakim Güven 8 Kasım 2013’te, Cemal Temizöz ise 12 Eylül 2014’te tutuklulukta geçirdikleri süre dikkate alınarak tahliye edildi. 23 Mart 2009’da Kayseri İl Jandarma Alay Komutanı iken tutuklanan ve dokuz kez ağırlaştırılmış müebbet hapis cezasıyla yargılanan Cemal Temizöz, 2010 yılında Yüksek Askeri Şurâ tarafından emekliye sevk edildi. Davada en son tutuklanan Burhanettin Kıyak ise, üç yıla yakın tutuklu yargılanmasının ardından 2 Nisan 2015’te adli kontrol şartı ve yurt dışı yasağı konularak tahliye edildi. Güvenlik gerekçesiyle Eskişehir 2. Ağır Ceza Mahkemesine nakledilen davada tüm sanıklar 5 Kasım 2015 tarihli duruşmada delil yetersizliğinden beraat etti.

Beraat kararına karşı yapılan temyiz başvurusu üzerine Yargıtay 1. Ceza Dairesi, 25 Kasım 2021 tarihinde ikiye karşı üç oyla beraat kararlarını onadı. Bu karar sonrasında Anayasa Mahkemesine yapılan bireysel başvurular halen derdest.