H.A., 24 Haziran 1994 tarihinde Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına başvurarak, oğlu Abdulvahap Ateş'in 14 Haziran 1994 tarihinde Mardin’in Kızıltepe ilçesi Çelbira (Kırkkuyu) köyündeki evinden jandarma tarafından alındığını ve bir daha kendisinden haber alamadıklarını beyan etti. Bunun üzerine Savcılıkça 1994/610 numaralı dosya üzerinden soruşturma başlatıldı ve araştırma yapılması için Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanlığına müzekkere yazıldı. 24 Haziran 1994 tarihinde Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanlığı Yüzbaşı Atilla Uğur imzalı cevabi yazısında "Bugüne kadar hiç kimsenin baskın yapılarak komutanlıkta tutulmadığı" bilgisini iletti.

Kayıp yakınlarının müracaatı üzerine Derik ve Mardin Cumhuriyet Başsavcılıklarınca başlatılıp Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına yetkisizlik kararıyla gelen soruşturmalar da 1994/610 numaralı soruşturmayla birleştirildi. Soruşturma kapsamında defalarca kolluk kuvvetleriyle yazışma yapılmasına rağmen hiçbir sonuca ulaşılamadı ve 8 Ocak 1998 tarihinde daimi arama kararı verildi.

27 Ekim 2008 tarihinde İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığının 2008/1756 numaralı dosya üzerinden yürüttüğü, kamuoyunda Ergenekon Soruşturması olarak anılan soruşturma kapsamında gizli tanık Aydos verdiği ifadede "Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanı Hasan Atilla Uğur’un terörle mücadele adı altında bölgede birçok cinayet, işkence, karanlık faaliyetler gerçekleştirdiğini" beyan etti. Bunun üzerine Savcılık söz konusu iddialarla ilgili kısmı dosyadan ayırarak araştırması için Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (TMK 10. Maddesi ile Görevli) gönderdi.

Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığınca (TMK 10. Maddesi ile Görevli) 2009/3586 numaralı dosya üzerinden soruşturma başlatıldı. Soruşturma kapsamında Abdulvahap Ateş’in amcasının oğlu S.A.’nın ifadesine başvuruldu. S.A. ifadesinde Katarlı köyü sınırındaki bir çatışmada PKK mensubu iki kişinin öldürüldüğünü televizyondan öğrendiklerini, o tarihlerde gayri resmi olarak gözaltına alınan kişilerin çatışma süsü verilerek öldürüldüğüne ilişkin söylentiler nedeniyle Abdulvahap Ateş’in bu kişilerden biri olabileceğini düşündüklerini beyan etti. İfadesine göre çatışmada öldüğü söylenen iki kişinin fotoğrafını görmek için Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına başvuruldu. Savcı otopsi işlemini kendisinin yaptığını ve iki kişinin fotoğraflarının çekilmiş olduğunu belirtmesine rağmen, fotoğrafları talep ettiği Kızıltepe İlçe Komutanlığı bu kişilere ait herhangi bir fotoğraf bulunmadığını söyledi. 10 Ocak 2013 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığınca (TMK 10. Maddesi ile Görevli) Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına "Gizli tanığın ifadesinde geçen olaylar ile benzeri olaylara ilişkin kapsamlı araştırma yapılması" yönünde talimat yazıldı.

Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığı olayların talimat bürosu üzerinden araştırılamayacak kadar geniş kapsamlı olduğu gerekçesiyle 13 Şubat 2013 tarihinde 2013/464 numaralı dosya üzerinden soruşturmaya başladı. 1994/610 numaralı dosya üzerinden yürütülen soruşturma da bu soruşturmayla birleştirildi. Savcılık soruşturma kapsamında Abdulvahap Ateş’in abisi A.A., kardeşi G.Ç.’nin; Çelbira (Kırkkuyu) köyü sakinlerinden S.T., Ş.Ç., H.K.’nin ve muhtar M.T.’nin ifadesine başvurdu. Aynı yöndeki ifadelerde 14 Haziran 1994 tarihinde Çelbira (Kırkkuyu) köyünün askerler tarafından basıldığı ve Abdulvahap Ateş’in götürüldüğü belirtildi.

Muhtar M.T., ifadesinde kendisine korucular tarafından çatışmada ölen PKK mensupları olduğu söylenen iki kişinin cenazesini Kızıltepe Devlet Hastanesine taşıdığını, bu kişilerden birinin Abdulvahap Ateş’e benzediğini, ancak net olarak hatırlamadığını beyan etti. Sözü edilen tarihlerde Kızıltepe Belediyesinde mezarlık işleriyle görevli olan H.K. ise ifadesinde 1990’lı yıllarda yaklaşık 30 tane kimliksiz cenazenin defin işleminde görev yaptığını, bu cenazelerin kendilerine kolluk görevlileri tarafından teslim edildiğini, vücutlarında kurşun izleri bulunduğunu ve üzerlerinde kıyafetlerinin olduğunu beyan etti. H.K., “O dönem günde bir iki kez kimliksiz cenaze teslimi yapılıyordu. Zaten insanlar bilseler de cenazelerini sahiplenemiyorlardı,” diyerek, bu cenazelerin hiçbirini tanımadığını belirtti.

Savcılık araştırmaları sonucu düzenlediği 2013/94 numaralı fezlekeyi 3 Temmuz 2013 tarihinde Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığına (TMK 10. Maddesi ile Görevli) gönderdi. Savcılık 2013/1886 numaralı dosya üzerinden soruşturmaya devam etti. 6 Mart 2014 tarihinde Resmî Gazetede kabul edilerek yasalaşan 6526 sayılı Kanun ile TMK 10. Maddesi ile görevli cumhuriyet başsavcılıklarının görevlerine son verilmesi üzerine Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılığı (TMK 10. Maddesi ile Görevli), 7 Mart 2014 tarihinde yetkisizlik kararı vererek dosyayı Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığına geri gönderdi. Kızıltepe Cumhuriyet Başsavcılığı 2014/1052 numaralı soruşturma üzerinden dosyayı incelemeye devam etti. Bu soruşturma kapsamında İstanbul ve Diyarbakır Cumhuriyet Başsavcılıklarının benzeri soruşturmalar kapsamında temin etmiş oldukları JİTEM adlı oluşuma ilişkin bilgi ve belgeler temin edildi.

Mardin Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından önceki soruşturmalarda elde edilen deliller değerlendirilerek, 20 Temmuz 2014 tarihinde düzenlenen iddianamede (İddianame no: 2014/295) JİTEM adlı oluşumun var olduğu belirtildi. İddianamede “Terörle mücadele amacıyla yürütülen devlet faaliyetlerinin belirli dönemlerde legal çizgiden kaydığı, kamu görevlilerinin organize ettiği oluşumlar bünyesinde PKK mensuplarının, yardım edenlerin veya sempati duyanların haklarında adli süreç başlatılmaksızın işkence, öldürme gibi hukuka aykırı eylemlere maruz bırakıldıkları, 1990'lı yıllarda esasen Güneydoğu Anadolu Bölgesi'nde teröre karşı yürütülen illegal faaliyetlerin de JİTEM adlı örgüt bünyesinde gerçekleştirildiği” ifadeleri yer aldı. Ayrıca, “JİTEM bünyesinde teşkilatlanan timler bulunduğu, bu timlerin bölgedeki çeşitli şehirlerde konuşlandırıldığı ve bu şehirlerdeki komutanlarca yönetildiği, şüpheli Hasan Atilla Uğur, Eşref Hatipoğlu ve Ahmet Boncuk‘un örgütün Kızıltepe ve Diyarbakır yöneticileri oldukları, dönem itibariyle Kızıltepe İlçe Jandarma Komutanlığında görevli olan Ünal Alkan'ın JİTEM isimli örgüte üye olduğu, Kızıltepe ilçesinde bu örgüte bağlı olarak geçici köy korucularından ve itirafçılardan oluşan "Bıçak Timi" adı altında bir timin mevcut olduğu, bu timin korucular Abdurrahman Kurğa, Ramazan Çetin, Mehmet Salih Kılıçaslan, Mehmet Emin Kurğa ve İsmet Kandemir ile asker olan Ünal Alkan'dan oluştuğu, Bıçak Timi'nin 1992 ila 1996 yılları arasında faaliyet gösterdiği belirtildi.

Savcılık bu suretle 14 Haziran 1994 günü evinden alınan Abdulvahap Ateş'in öldürülüp "17 Haziran 1994 günü askerle çatışarak ölen terörist" şeklinde lanse edildiği ve cenazesinin teşhisine izin verilmeksizin mezarlık içinde belirsiz bir yere gömdürüldüğü yönünde kuvvetli şüphe içeren delillerin mevcut olduğunu iddia etti.

Hazırlanan iddianame Mardin 2. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edildi. Ancak mahkemenin talebi üzerine dava Yargıtay 5. Ceza Dairesi tarafından güvenlik gerekçesiyle Ankara 5. Ağır Ceza Mahkemesine nakledildi. 3 Mart 2015 tarihli ilk duruşmada sanıklardan emekli Albay Hasan Atilla Uğur ile dönemin Diyarbakır İl Jandarma Komutanı Albay Eşref Hatipoğlu’nun rütbeleri sebebiyle, yargılanmaları için Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu’ndan (HSYK) izin alınması gerektiğine karar verildi. Yargılama izin alınana dek durduruldu. 18 Ekim 2015 tarihinde görülen duruşmada ise HSYK’dan cevap gelmediği gerekçesiyle bir sonraki duruşma 15 Ocak 2016 tarihine ertelendi. 15 Ocak 2016 tarihli duruşma öncesi HSYK’nın sanıkların “Silahlı örgüt kurmak” ve “Tasarlayarak insan öldürmek” suçlarından yargılandıkları için izin alınmasına gerek olmadığına ve doğrudan kovuşturma yapılabileceğine hükmeden kararı mahkemeye ulaştı ve dava 27 Nisan 2016 tarihli oturumla resmen başladı. 24 Haziran 2016 tarihinde tüm sanıkların duruşmalardan vareste tutulmasına karar verilen davada hiçbir gelişme kaydedilmeden 9 Eylül 2019 tarihinde tüm sanıklar hakkında zamanaşımı, suç unsurlarının oluşmaması ve suçun sabit olmaması gerekçeleriyle beraat kararı verildi. Ankara Bölge Adliye Mahkemesi 19. Ceza Dairesi 14 Temmuz 2021 tarihinde ve beraat ve düşme kararlarının “Hukuka uygun, yasal ve yeterli olarak açıklanan gerekçeye göre verilen hükümde bir isabetsizlik bulunmadığı” gerekçesiyle onanmasına, istinaf başvurusunun esastan reddine karar verdi. Davayla ilgili detaylı bilgi için lütfen bkz. http://failibelli.org/dava/kiziltepe-jitem-davasi/

Davada şüpheli sıfatıyla yargılanan Hasan Atilla Uğur, 2007 yılında albay rütbesiyle emekli oldu. Ergenekon Soruşturması kapsamında 1 Temmuz 2008 tarihinde gözaltına alınmış, savcı tarafından mahkemeye sevk edilerek tutuklanmış, özel yetkili mahkemeleri kaldıran, tutukluluğu azami beş yılla sınırlayan yasa değişikliğiyle, hakkında verilmiş ceza hükmü olmasına rağmen Mart 2014'te tahliye edilmişti. Yargıtay’da bozulan karar üzerine yeniden yargılama sonucunda 2019 yılında Ergenekon davasından beraat etti. Diğer sanık emekli Albay Eşref Hatipoğlu ise emekli Üsteğmen Tünay Yanardağ ile birlikte Lice'de 1993 yılında Jandarma Bölge Komutanı Tuğgeneral Bahtiyar Aydın'ın da aralarında bulunduğu ikisi asker 17 kişinin ölümüyle ilgili 1 Nisan 2015 tarihinde Diyarbakır’da açılan, daha sonra güvenlik gerekçesiyle önce Eskişehir daha sonra İzmir’e taşınan davada tutuksuz yargılanmış; 7 Aralık 2018 tarihli son duruşmada beraat etmişti.