AİHM’nin 31 Ekim 2012 tarihli kararındaki ifadelere göre, Ahmet Er’in kardeşi 14 Temmuz 1995 günü Çukurca’daki cumhuriyet cavcısına yazılı olarak kardeşinin askerler tarafından Işıklı Jandarma Karakoluna götürüldüğünü bildirdi ve aile olarak kardeşinin hayatından endişe ettiklerini belirtti. Soruşturma 18 Temmuz 1995 yılında Çukurca Cumhuriyet Savcılığı tarafından başlatıldı. Ahmet Er’in kardeşi 18 Temmuz günü ayrıca Hakkari Valiliğine de başvurdu. Soruşturmayı başlatan cumhuriyet savcısı Çukurca Jandarma Komutanlığı ile Çukurca Komando Tabur Komutanlığından Ahmet Er’in nerede olduğu bilgisinin gönderilmesini talep etti. Savcı askeri yetkililere, Ahmet Er’in kendi nezaretleri altında olması halinde, gözaltında tutulabilmesi için savcılıktan resmi izin almaları gerektiğini hatırlattı.

1 Ağustos 1995 tarihinde, Çukurca Jandarma Komutanlığından Yüzbaşı S.A.U. Çukurca Cumhuriyet Savcısının yazısına verdiği yanıtta Ahmet Er’in komutanlıkta gözaltında bulunmadığı bilgisini verdi. Yüzbaşı S.A.U ayrıca Kurudere köyünün güvenlik gerekçesiyle boşaltıldığını ve bu sebeple Ahmet Er’in durumunu takip etmenin imkansız olduğunu da belirtti. Bunun üzerine 25 Ağustos tarihinde Çukurca Savcısı Tabur Komutanlığından yeniden bilgi istedi. Savcı ayrıca Binbaşı C. Y. ile 16 Temmuz’da yaptığı telefon konuşmasına atıfta bulunarak komando tabur komutanlığından, Ahmet Er’in tam olarak nerede salıverildiği ve salıverilmesine görgü tanıklığı edecek herhangi birinin olup olmadığı bilgilerini talep etti. Çukurca Komando Tabur Komutanlığından askeri bir yetkili, 22 Eylül 1995 tarihli bir yazı ile savcıya, Ahmet Er ve yaşlı bir akrabasının 14 Temmuz 1995 tarihinde bölgede rehberlik yapmak üzere, askerler tarafından köylerinden alındıklarını bildirdi. Yetkili ayrıca yakalanmadıkları veya gözaltına alınmadıkları için, söz konusu kişiler hakkında herhangi bir belge düzenlenmediğini belirtti. İki defa makamına çağırmasına rağmen gelmeyen Çukurca Komando Tabur Komutanlığından Binbaşı C.Y.’nin ifadesi en sonunda Çukurca Cumhuriyet Savcısı tarafından 14 Aralık 1995 tarihinde alındı. İlerleyen tarihlerde savcı olay günü köyde olan H.Ö. ve Ş.Ö. isimli iki üsteğmenin ve dört jandarma görevlisinin daha ifadelerini aldı. Askerler verdikleri ifadelerde, Ahmet Er’in gözaltına alınmak yerine bölgede rehberlik yapması için alındığını, ertesi gün de salıverildiğini ve kızgınlıkla olmuş olabilecek birkaç tokat dışında kendisine kötü muamelede bulunulmadığını söylediler. Askerler Ahmet Er’in nerede olabileceği sorusuna da örgüte katılmış olabileceği yanıtını verdi. Savcılık, 16 Şubat 1996 tarihinde Ahmet Er’in bulunması ve üç ayda bir durum ilerleme raporu sunulması talimatı verdi. Savcı talimat yazısında Ahmet Er’in yakalanmadığını, rehberlik yapması için alındığını ve iki oğlunun da örgüte katılmış olduğundan kendisinin de örgüte katılmış olabileceğini belirtti.

Savcılığın ve polisin uzun süre sonuçsuz giden Ahmet Er’i arama girişimlerinin ardından 10 Aralık 2003 tarihinde Çukurca Cumhuriyet Savcılığı bir karar düzenledi ve görgü tanıklarının ifadelerine göre Ahmet Er’in en son “Askerler tarafından işkence edildiği,” bir askeri bölgede görüldüğünü belirtti. Konunun askeri olduğunu belirten savcı soruşturmanın Van’daki askeri savcılık tarafından sürdürülmesini istedi. Van askeri savcısı 14 Ocak 2004 tarihinde soruşturmayı başlattı. Bir seneden fazla süren soruşturmanın ardından askeri savcı askerlerin Ahmet Er’i kışlaya götürürlerken askeri bir görevden ziyade adli bir görevi yerine getirdiklerine karar verip dosyayı Çukurca Cumhuriyet Savcılığına geri gönderdi. 15 Aralık 2005 tarihinde Çukurca savcısı soruşturma hakkında bir rapor düzenledi. Rapora göre, mayınların tespiti için Işıklı Jandarma Karakoluna götürülen Ahmet Er 16 Temmuz’da salıverilmişti.

Ahmet Er’in yakınları 16 Mayıs 2004 tarihinde AİHM’ye başvurdu. Türkiye Cumhuriyeti Devletinin iç hukuk yollarının tükenmediği iddialarını reddeden mahkeme 26 Şubat 2008 tarihinde davayı kabul edilebilir buldu. Ahmet Er’in ailesiyle devletin arasında Ahmet’in askerler tarafından alınıp karakola götürülmesi konusunda bir anlaşmazlık olmadığı tespitini yapan mahkeme, resmi bir gözaltı olmasa bile gözaltına alınan kişilere uygulanan usul tedbirlerinin uygulanmasına gerek olmadığı yönündeki devlet görüşünü kabul etmedi.

Mahkemenin açıklamasına göre, devlet gözaltına alınma ve askere yardımcı olmak amacıyla alınma arasındaki ikna edici olmayan ve ihtiyari ayrımı dikkate almamaktaydı. Dolayısıyla mahkeme, zorla kaybettirilen Ahmet Er’in karakolda bulundurulması ve salıverilmesiyle ilgili bir belge düzenlenmemesi sebebiyle devleti hesap vermekle sorumlu tuttu.

Mahkeme, 31 Temmuz 2012’de verdiği kararda Avrupa İnsan Hakları Sözleşmesi'nin yaşam hakkını düzenleyen 2. Maddesinin esastan ve usulden ve 3., 5. ve 13. Maddelerinin ihlal edildiğine hükmederek devleti Er ailesine maddi ve manevi tazminat ödemeye mahkum etti.

16 Aralık 2014 tarihinde Çukurca Cumhuriyet Başsavcılığı, Ahmet Er’in kaybedilmesine ilişkin 2005/135 sayılı soruşturma dosyası üzerinden Van Cumhuriyet Başsavcılığınca 15 Aralık 2005 tarihinde fezleke düzenlendiği ve aynı iddia ve olayları içeren aynı konuya dair birden fazla işlem yapılamayacağı gerekçesiyle kovuşturmaya yer olmadığı kararı verdi. Bu karara 24 Aralık 2014 tarihinde itiraz edildi. Temmuz 2023 yılında yapılan araştırmada Ahmet Er yalnızca 2015/193 numaralı dosyada kayıtlı görünmektedir. Dosyası en son Çukurca Cumhuriyet Başsavcılığında 2015/193 numaralı dosyada yeniden yürütülmüş görünmektedir. 27 Haziran 2016 tarihinde dosyada 765 Sayılı TCK 102/1 dikkate alınarak 20 yıllık zamanaşımının dolduğu gerekçe gösterilerek takipsizlik kararı verilmiştir. (Karar no: 2016/328) Bu karara karşı Hakkari Sulh Ceza Hakimliğine itiraz edilmiştir. Hakkari Sulh Ceza Mahkemesi 29 Kasım 2016 tarihinde 2016/901 değişik iş nolu kararla itiraz reddedilmiştir. Temmuz 2023 itibariyle bilgiler günceldir.